MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis Sweden2

Total Repeats: 764

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017441	TGTGA	2	10	3881	3890	20 %	40 %	40 %	0 %	386262361
2	NC_017441	TTGAA	2	10	4237	4246	40 %	40 %	20 %	0 %	386262362
3	NC_017441	GAGAA	2	10	4531	4540	60 %	0 %	40 %	0 %	386262362
4	NC_017441	GAAAA	2	10	4968	4977	80 %	0 %	20 %	0 %	386262362
5	NC_017441	TTACA	2	10	5123	5132	40 %	40 %	0 %	20 %	386262362
6	NC_017441	GTCTT	2	10	5819	5828	0 %	60 %	20 %	20 %	386262363
7	NC_017441	TATTT	2	10	7634	7643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017441	TGGTA	2	10	8291	8300	20 %	40 %	40 %	0 %	386262365
9	NC_017441	CGAAA	2	10	9699	9708	60 %	0 %	20 %	20 %	386262366
10	NC_017441	GGCTG	2	10	10333	10342	0 %	20 %	60 %	20 %	386262367
11	NC_017441	CCTCT	2	10	11125	11134	0 %	40 %	0 %	60 %	386262368
12	NC_017441	AAAGG	2	10	11284	11293	60 %	0 %	40 %	0 %	386262368
13	NC_017441	AAGAA	2	10	12394	12403	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017441	AAAGA	2	10	13792	13801	80 %	0 %	20 %	0 %	386262369
15	NC_017441	GGTGT	2	10	13896	13905	0 %	40 %	60 %	0 %	386262369
16	NC_017441	GATTT	2	10	15639	15648	20 %	60 %	20 %	0 %	386262371
17	NC_017441	CGTTC	2	10	16750	16759	0 %	40 %	20 %	40 %	386262372
18	NC_017441	GCTTC	2	10	17123	17132	0 %	40 %	20 %	40 %	386262372
19	NC_017441	GAAGG	2	10	17494	17503	40 %	0 %	60 %	0 %	386262372
20	NC_017441	GTTGT	2	10	20920	20929	0 %	60 %	40 %	0 %	386262375
21	NC_017441	AAGAT	2	10	22032	22041	60 %	20 %	20 %	0 %	386262376
22	NC_017441	TTTGC	2	10	22643	22652	0 %	60 %	20 %	20 %	386262376
23	NC_017441	GGAAA	2	10	24397	24406	60 %	0 %	40 %	0 %	386262376
24	NC_017441	AGAGG	2	10	26122	26131	40 %	0 %	60 %	0 %	386262377
25	NC_017441	GGAGA	2	10	27901	27910	40 %	0 %	60 %	0 %	386262378
26	NC_017441	ATCCG	2	10	28652	28661	20 %	20 %	20 %	40 %	386262380
27	NC_017441	AGGGT	2	10	29170	29179	20 %	20 %	60 %	0 %	386262380
28	NC_017441	CCTAT	2	10	30210	30219	20 %	40 %	0 %	40 %	386262381
29	NC_017441	AAGGA	2	10	31010	31019	60 %	0 %	40 %	0 %	386262382
30	NC_017441	GAGCT	2	10	32049	32058	20 %	20 %	40 %	20 %	386262383
31	NC_017441	AAAGA	2	10	33682	33691	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017441	TCAGT	2	10	36289	36298	20 %	40 %	20 %	20 %	386262389
33	NC_017441	CTATT	2	10	36723	36732	20 %	60 %	0 %	20 %	386262389
34	NC_017441	TCCTA	2	10	36770	36779	20 %	40 %	0 %	40 %	386262389
35	NC_017441	ACGAT	2	10	38686	38695	40 %	20 %	20 %	20 %	386262390
36	NC_017441	TTTGA	2	10	39051	39060	20 %	60 %	20 %	0 %	386262390
37	NC_017441	AGCAA	2	10	42701	42710	60 %	0 %	20 %	20 %	386262393
38	NC_017441	CGATG	2	10	42758	42767	20 %	20 %	40 %	20 %	386262393
39	NC_017441	TGCAA	2	10	42916	42925	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017441	CAAAA	2	10	43234	43243	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017441	TTTAT	2	10	44831	44840	20 %	80 %	0 %	0 %	386262397
42	NC_017441	CTTTC	2	10	46928	46937	0 %	60 %	0 %	40 %	386262399
43	NC_017441	AGTTT	2	10	47467	47476	20 %	60 %	20 %	0 %	386262399
44	NC_017441	GAAGA	2	10	48600	48609	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017441	CTATT	2	10	50179	50188	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017441	CTTTT	2	10	50630	50639	0 %	80 %	0 %	20 %	386262402
47	NC_017441	CCGTA	2	10	54296	54305	20 %	20 %	20 %	40 %	386262405
48	NC_017441	AATTT	2	10	54536	54545	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017441	TTATC	2	10	55705	55714	20 %	60 %	0 %	20 %	386262406
50	NC_017441	TGAGT	2	10	55726	55735	20 %	40 %	40 %	0 %	386262406
51	NC_017441	GTTGT	2	10	56773	56782	0 %	60 %	40 %	0 %	386262407
52	NC_017441	GAGCA	2	10	60221	60230	40 %	0 %	40 %	20 %	386262409
53	NC_017441	TGTGA	2	10	62670	62679	20 %	40 %	40 %	0 %	386262411
54	NC_017441	AGTGA	2	10	64191	64200	40 %	20 %	40 %	0 %	386262412
55	NC_017441	CCTTC	2	10	64465	64474	0 %	40 %	0 %	60 %	386262412
56	NC_017441	AGGAG	2	10	66693	66702	40 %	0 %	60 %	0 %	386262414
57	NC_017441	GTTAA	2	10	66823	66832	40 %	40 %	20 %	0 %	386262414
58	NC_017441	AAAAG	2	10	69449	69458	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017441	GGAGC	2	10	70071	70080	20 %	0 %	60 %	20 %	386262417
60	NC_017441	GCGAT	2	10	70261	70270	20 %	20 %	40 %	20 %	386262417
61	NC_017441	CTCTT	2	10	70615	70624	0 %	60 %	0 %	40 %	386262417
62	NC_017441	AGGGG	2	10	71261	71270	20 %	0 %	80 %	0 %	386262417
63	NC_017441	AAGAA	2	10	71303	71312	80 %	0 %	20 %	0 %	386262417
64	NC_017441	CTTGC	2	10	72392	72401	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_017441	ATTGG	2	10	72593	72602	20 %	40 %	40 %	0 %	386262419
66	NC_017441	GAAAA	2	10	73665	73674	80 %	0 %	20 %	0 %	386262419
67	NC_017441	TGGGA	2	10	74082	74091	20 %	20 %	60 %	0 %	386262420
68	NC_017441	TATTT	2	10	76609	76618	20 %	80 %	0 %	0 %	386262421
69	NC_017441	AAAAG	2	10	77142	77151	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017441	ATCAA	2	10	78840	78849	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017441	TGTCT	2	10	80402	80411	0 %	60 %	20 %	20 %	386262424
72	NC_017441	TTACT	2	10	80909	80918	20 %	60 %	0 %	20 %	386262424
73	NC_017441	AGAAA	2	10	82299	82308	80 %	0 %	20 %	0 %	386262426
74	NC_017441	GGAAG	2	10	82812	82821	40 %	0 %	60 %	0 %	386262426
75	NC_017441	AGCGA	2	10	85278	85287	40 %	0 %	40 %	20 %	386262428
76	NC_017441	TTTGT	2	10	85577	85586	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017441	GATCC	2	10	86363	86372	20 %	20 %	20 %	40 %	386262429
78	NC_017441	AGAGC	2	10	87698	87707	40 %	0 %	40 %	20 %	386262430
79	NC_017441	AATAA	2	10	88576	88585	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017441	TTTTC	2	10	91430	91439	0 %	80 %	0 %	20 %	386262433
81	NC_017441	GGATG	2	10	91690	91699	20 %	20 %	60 %	0 %	386262434
82	NC_017441	CAACA	2	10	93229	93238	60 %	0 %	0 %	40 %	386262435
83	NC_017441	TTTAA	2	10	94112	94121	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017441	ACAGC	2	10	94273	94282	40 %	0 %	20 %	40 %	386262437
85	NC_017441	CTTTT	2	10	94647	94656	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017441	GGAAC	2	10	94986	94995	40 %	0 %	40 %	20 %	386262438
87	NC_017441	GGATT	2	10	95886	95895	20 %	40 %	40 %	0 %	386262438
88	NC_017441	CAATC	2	10	96982	96991	40 %	20 %	0 %	40 %	386262440
89	NC_017441	TTTGC	2	10	97116	97125	0 %	60 %	20 %	20 %	386262440
90	NC_017441	ATTCA	2	10	97380	97389	40 %	40 %	0 %	20 %	386262440
91	NC_017441	GATCC	2	10	97639	97648	20 %	20 %	20 %	40 %	386262440
92	NC_017441	GTTTT	2	10	98060	98069	0 %	80 %	20 %	0 %	386262440
93	NC_017441	ACAAA	2	10	98187	98196	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_017441	AAGCT	2	10	99263	99272	40 %	20 %	20 %	20 %	386262441
95	NC_017441	AGGGG	2	10	99622	99631	20 %	0 %	80 %	0 %	386262441
96	NC_017441	ATAGC	2	10	100321	100330	40 %	20 %	20 %	20 %	386262442
97	NC_017441	TTCCC	2	10	100925	100934	0 %	40 %	0 %	60 %	386262443
98	NC_017441	AGCGA	2	10	103249	103258	40 %	0 %	40 %	20 %	386262445
99	NC_017441	TTTCT	2	10	103607	103616	0 %	80 %	0 %	20 %	386262445
100	NC_017441	CTTCT	2	10	103661	103670	0 %	60 %	0 %	40 %	386262445
101	NC_017441	ATCAT	2	10	104813	104822	40 %	40 %	0 %	20 %	386262446
102	NC_017441	GGCAT	2	10	105521	105530	20 %	20 %	40 %	20 %	386262446
103	NC_017441	AAAGC	2	10	109247	109256	60 %	0 %	20 %	20 %	386262449
104	NC_017441	GCATT	2	10	110407	110416	20 %	40 %	20 %	20 %	386262451
105	NC_017441	GCTCT	2	10	114460	114469	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_017441	TGTTT	2	10	115084	115093	0 %	80 %	20 %	0 %	386262454
107	NC_017441	CATGT	2	10	115462	115471	20 %	40 %	20 %	20 %	386262454
108	NC_017441	TATCG	2	10	116166	116175	20 %	40 %	20 %	20 %	386262454
109	NC_017441	TTTCT	2	10	116682	116691	0 %	80 %	0 %	20 %	386262455
110	NC_017441	AAAGA	2	10	118927	118936	80 %	0 %	20 %	0 %	386262457
111	NC_017441	GCTTC	2	10	122917	122926	0 %	40 %	20 %	40 %	386262460
112	NC_017441	TACAA	2	10	126706	126715	60 %	20 %	0 %	20 %	386262464
113	NC_017441	ATCCA	2	10	129114	129123	40 %	20 %	0 %	40 %	386262467
114	NC_017441	GAAGA	2	10	130664	130673	60 %	0 %	40 %	0 %	386262467
115	NC_017441	AAAAG	2	10	132577	132586	80 %	0 %	20 %	0 %	386262468
116	NC_017441	GATTC	2	10	132908	132917	20 %	40 %	20 %	20 %	386262468
117	NC_017441	ATTGG	2	10	136193	136202	20 %	40 %	40 %	0 %	386262471
118	NC_017441	TGTTT	2	10	136652	136661	0 %	80 %	20 %	0 %	386262472
119	NC_017441	TTGCA	2	10	137442	137451	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017441	TCCAG	2	10	140398	140407	20 %	20 %	20 %	40 %	386262477
121	NC_017441	GTACA	2	10	141129	141138	40 %	20 %	20 %	20 %	386262478
122	NC_017441	TAGAT	2	10	141502	141511	40 %	40 %	20 %	0 %	386262478
123	NC_017441	AAAAG	2	10	141914	141923	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017441	AAAAC	2	10	142394	142403	80 %	0 %	0 %	20 %	386262479
125	NC_017441	TGCTA	2	10	143480	143489	20 %	40 %	20 %	20 %	386262481
126	NC_017441	GGAGC	2	10	143527	143536	20 %	0 %	60 %	20 %	386262481
127	NC_017441	CTGGG	2	10	144941	144950	0 %	20 %	60 %	20 %	386262483
128	NC_017441	GTTTT	2	10	145688	145697	0 %	80 %	20 %	0 %	386262484
129	NC_017441	GAACC	2	10	149422	149431	40 %	0 %	20 %	40 %	386262485
130	NC_017441	ATTCT	2	10	152918	152927	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017441	CTGTG	2	10	153122	153131	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017441	TTCTT	2	10	155595	155604	0 %	80 %	0 %	20 %	386262491
133	NC_017441	TTCTA	2	10	157700	157709	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017441	AGGAA	2	10	160156	160165	60 %	0 %	40 %	0 %	386262495
135	NC_017441	CAAAA	2	10	162159	162168	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_017441	AGAGA	2	10	163387	163396	60 %	0 %	40 %	0 %	386262498
137	NC_017441	AGCAA	2	10	163822	163831	60 %	0 %	20 %	20 %	386262498
138	NC_017441	CAAAA	2	10	167325	167334	80 %	0 %	0 %	20 %	386262500
139	NC_017441	AAGAG	2	10	168158	168167	60 %	0 %	40 %	0 %	386262500
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153	NC_017441	TTGAG	2	10	182903	182912	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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254	NC_017441	CTAAA	2	10	332345	332354	60 %	20 %	0 %	20 %	386262649
255	NC_017441	CAAAA	2	10	332825	332834	80 %	0 %	0 %	20 %	386262649
256	NC_017441	GCAAC	2	10	334526	334535	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
257	NC_017441	CTTGT	2	10	334586	334595	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
258	NC_017441	CCTTT	2	10	335044	335053	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
259	NC_017441	CTAAA	2	10	338139	338148	60 %	20 %	0 %	20 %	386262653
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262	NC_017441	CAGAG	2	10	341251	341260	40 %	0 %	40 %	20 %	386262654
263	NC_017441	CTTCA	2	10	342949	342958	20 %	40 %	0 %	40 %	386262656
264	NC_017441	CATTG	2	10	343053	343062	20 %	40 %	20 %	20 %	386262656
265	NC_017441	ATCCC	2	10	345106	345115	20 %	20 %	0 %	60 %	386262658
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267	NC_017441	GTTAC	2	10	350760	350769	20 %	40 %	20 %	20 %	386262664
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