MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis G/11074 chromosome

Total Repeats: 326

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017440	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017440	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385245900
3	NC_017440	CAAAAA	2	12	6252	6263	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017440	TAGCAA	2	12	10828	10839	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385245906
5	NC_017440	AAAGCT	2	12	10959	10970	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385245906
6	NC_017440	TAGTGA	2	12	12105	12116	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385245907
7	NC_017440	GTTCCT	2	12	19390	19401	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385245913
8	NC_017440	CTTTTT	2	12	21544	21555	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385245916
9	NC_017440	GTGAGG	2	12	25474	25485	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	385245917
10	NC_017440	GGATTT	2	12	35951	35962	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385245929
11	NC_017440	AATTAG	2	12	37372	37383	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385245930
12	NC_017440	TTCCTG	2	12	37671	37682	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385245930
13	NC_017440	TTTTGA	2	12	44980	44991	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385245938
14	NC_017440	TGAACG	2	12	52281	52292	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385245945
15	NC_017440	GTGATT	2	12	52300	52311	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385245945
16	NC_017440	GATCTG	2	12	54915	54926	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385245947
17	NC_017440	GTGTAA	2	12	54963	54974	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385245947
18	NC_017440	GGTTCA	2	12	55052	55063	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385245947
19	NC_017440	GAAAAG	2	12	56311	56322	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017440	AGTTGT	2	12	57659	57670	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017440	TCTTGT	2	12	58577	58588	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017440	TGAAAA	2	12	59048	59059	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385245950
23	NC_017440	TCCTAA	2	12	59387	59398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385245950
24	NC_017440	AAAAAT	2	12	60882	60893	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017440	GTTCTT	2	12	63307	63318	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385245952
26	NC_017440	CTATTT	2	12	71629	71640	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385245959
27	NC_017440	ACTCTT	2	12	72758	72769	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385245960
28	NC_017440	TTTCTG	2	12	73308	73319	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385245961
29	NC_017440	GATCAT	2	12	73438	73449	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385245961
30	NC_017440	TAGTAC	2	12	76432	76443	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385245962
31	NC_017440	ATCTAG	2	12	76611	76622	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_017440	GGTTTA	2	12	80083	80094	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385245966
33	NC_017440	TTTAGT	2	12	81856	81867	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385245968
34	NC_017440	GTCTGT	2	12	83127	83138	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385245969
35	NC_017440	TTCTGA	2	12	88741	88752	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385245973
36	NC_017440	AGCTGT	2	12	95898	95909	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385245980
37	NC_017440	TCTTTT	2	12	96563	96574	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385245982
38	NC_017440	GGGGCT	2	12	97511	97522	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	385245982
39	NC_017440	TTTGAG	2	12	99715	99726	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385245984
40	NC_017440	TCAGAA	2	12	106356	106367	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385245989
41	NC_017440	CATAAC	2	12	109400	109411	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385245992
42	NC_017440	TGTTCT	2	12	112164	112175	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385245994
43	NC_017440	ACTTCG	2	12	115448	115459	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385245996
44	NC_017440	TTTTAG	2	12	115883	115894	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017440	TTGCCA	2	12	118987	118998	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385246000
46	NC_017440	TAAAAA	2	12	120479	120490	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017440	TTGGTA	2	12	120527	120538	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385246002
48	NC_017440	AGGATC	2	12	120906	120917	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385246002
49	NC_017440	AAGGGT	2	12	122713	122724	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385246003
50	NC_017440	GGGTTT	2	12	123676	123687	0 %	50 %	50 %	0 %	385246004
51	NC_017440	TTGCAT	2	12	123958	123969	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385246004
52	NC_017440	AAGAGA	2	12	124327	124338	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385246004
53	NC_017440	TTAAAA	2	12	133261	133272	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385246010
54	NC_017440	AGGTTG	2	12	134503	134514	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	385246011
55	NC_017440	CTGTTT	2	12	135198	135209	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385246012
56	NC_017440	GAGTTA	2	12	139552	139563	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385246020
57	NC_017440	TGGAAA	2	12	142105	142116	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385246023
58	NC_017440	TGGAAT	2	12	142980	142991	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385246024
59	NC_017440	ATGGTT	2	12	143224	143235	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385246024
60	NC_017440	TGCTCT	2	12	145415	145426	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385246027
61	NC_017440	GAAAGG	2	12	149153	149164	50 %	0 %	50 %	0 %	385246029
62	NC_017440	GCTTTG	2	12	149396	149407	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385246029
63	NC_017440	TGTGCG	2	12	153518	153529	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	385246033
64	NC_017440	CCTCAT	2	12	154816	154827	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385246034
65	NC_017440	TGGAGA	2	12	156274	156285	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385246036
66	NC_017440	CTCCAT	2	12	157641	157652	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385246037
67	NC_017440	TCCTTG	2	12	158237	158248	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385246038
68	NC_017440	AAGTTT	2	12	158322	158333	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385246038
69	NC_017440	AACAGC	2	12	160873	160884	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385246041
70	NC_017440	AAAAAG	2	12	173460	173471	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385246048
71	NC_017440	AGAAAA	2	12	182534	182545	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017440	ACTTCT	2	12	189630	189641	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385246060
73	NC_017440	ATTTGC	2	12	192323	192334	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385246061
74	NC_017440	AAACAT	2	12	193413	193424	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385246065
75	NC_017440	AGCAAC	2	12	193748	193759	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385246065
76	NC_017440	TATGAA	2	12	195342	195353	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017440	TTGCCT	2	12	196461	196472	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385246069
78	NC_017440	TCTGGA	2	12	199711	199722	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385246073
79	NC_017440	CTGGAT	2	12	215302	215313	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385246086
80	NC_017440	GAAATA	2	12	215625	215636	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385246086
81	NC_017440	TTTTAC	2	12	221354	221365	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_017440	GATGCA	2	12	222515	222526	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385246093
83	NC_017440	ACTCCA	2	12	223405	223416	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385246094
84	NC_017440	CTGCTT	2	12	223637	223648	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385246094
85	NC_017440	ATTGCT	2	12	226946	226957	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385246097
86	NC_017440	TCCTAG	2	12	227236	227247	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385246097
87	NC_017440	GCAACG	2	12	227724	227735	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385246098
88	NC_017440	CTTAGC	2	12	230357	230368	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385246100
89	NC_017440	TTCCTT	2	12	237189	237200	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385246105
90	NC_017440	TCTCCT	2	12	240070	240081	0 %	50 %	0 %	50 %	385246106
91	NC_017440	AAACCA	2	12	240645	240656	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385246107
92	NC_017440	AACCCT	2	12	255071	255082	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_017440	ATTTTT	2	12	255875	255886	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017440	CCTGCA	2	12	256036	256047	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385246126
95	NC_017440	ACCTTT	2	12	261231	261242	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385246131
96	NC_017440	TCATAA	2	12	269078	269089	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385246138
97	NC_017440	AAGTGT	2	12	269804	269815	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385246138
98	NC_017440	AGGAGA	2	12	270977	270988	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017440	ATCTAA	2	12	273082	273093	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385246141
100	NC_017440	TGGAAT	2	12	275280	275291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385246143
101	NC_017440	GGAACA	2	12	279167	279178	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385246145
102	NC_017440	ATATTA	2	12	279875	279886	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017440	CACGCG	2	12	281540	281551	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	385246147
104	NC_017440	TTTCTT	2	12	281719	281730	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385246147
105	NC_017440	CTCCTA	2	12	285881	285892	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385246150
106	NC_017440	GCAATG	2	12	292000	292011	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385246156
107	NC_017440	CGACAT	2	12	292680	292691	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385246157
108	NC_017440	CCCTTA	2	12	294134	294145	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385246159
109	NC_017440	AAAATA	2	12	296232	296243	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385246161
110	NC_017440	ACCACT	2	12	298587	298598	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385246163
111	NC_017440	CATTGC	2	12	301833	301844	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385246166
112	NC_017440	CCAAAA	2	12	303012	303023	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385246167
113	NC_017440	TCTTTT	2	12	304897	304908	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385246169
114	NC_017440	CAAGAC	2	12	305988	305999	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385246170
115	NC_017440	AGCTTA	2	12	307269	307280	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385246172
116	NC_017440	CAAAGA	2	12	312641	312652	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385246177
117	NC_017440	ATGGCT	2	12	313257	313268	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385246178
118	NC_017440	TACAAA	2	12	317447	317458	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385246181
119	NC_017440	TTAATT	2	12	319126	319137	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385246183
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121	NC_017440	AAAAAG	2	12	324039	324050	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017440	CAGAAC	2	12	344577	344588	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385246204
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229	NC_017440	GCTTCT	2	12	650338	650349	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385246493
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235	NC_017440	AGCTGG	2	12	687498	687509	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385246525
236	NC_017440	GCATCA	2	12	689340	689351	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385246526
237	NC_017440	ATCAAT	2	12	693665	693676	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385246530
238	NC_017440	CCGCAA	2	12	698546	698557	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	385246535
239	NC_017440	AAATGC	2	12	704508	704519	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385246537
240	NC_017440	GAAAGA	2	12	706626	706637	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385246538
241	NC_017440	TCTTGA	2	12	711732	711743	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385246541
242	NC_017440	TATCCA	2	12	721915	721926	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385246553
243	NC_017440	TATTGA	2	12	737803	737814	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385246562
244	NC_017440	TCTGCA	2	12	745456	745467	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385246569
245	NC_017440	CAGGAA	2	12	749325	749336	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385246572
246	NC_017440	TATTTT	2	12	754934	754945	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
247	NC_017440	GGGAAG	2	12	759056	759067	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385246583
248	NC_017440	GGAAGA	2	12	762721	762732	50 %	0 %	50 %	0 %	385246586
249	NC_017440	ATGCAA	2	12	765033	765044	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385246590
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252	NC_017440	TTTCCA	2	12	777524	777535	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385246602
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255	NC_017440	CCCTGA	2	12	792911	792922	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385246615
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260	NC_017440	GAGAAA	2	12	802398	802409	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
261	NC_017440	GAAATT	2	12	803741	803752	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385246625
262	NC_017440	TTTTCT	2	12	804856	804867	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
263	NC_017440	TAGCCT	2	12	807370	807381	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385246626
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265	NC_017440	CACCTA	2	12	821931	821942	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385246637
266	NC_017440	AGCTAC	2	12	825899	825910	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385246639
267	NC_017440	AAGAGG	2	12	827770	827781	50 %	0 %	50 %	0 %	385246641
268	NC_017440	GAAAGG	2	12	832646	832657	50 %	0 %	50 %	0 %	385246646
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270	NC_017440	TTTTTA	2	12	835073	835084	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
271	NC_017440	ATCACA	2	12	838205	838216	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385246653
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283	NC_017440	CCTCTA	2	12	870101	870112	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
284	NC_017440	TAAGGA	2	12	878083	878094	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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313	NC_017440	CAGAAT	2	12	996754	996765	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385246782
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320	NC_017440	TTGTAA	2	12	1014628	1014639	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
321	NC_017440	GAAAAA	2	12	1028868	1028879	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385246808
322	NC_017440	TTTCTT	2	12	1029532	1029543	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385246809
323	NC_017440	CAGCAC	2	12	1035712	1035723	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	385246811
324	NC_017440	ACCATC	2	12	1036625	1036636	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385246811
325	NC_017440	ATTTTT	2	12	1038607	1038618	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
326	NC_017440	TAAAAT	2	12	1042232	1042243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.