MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis G/11074 chromosome

Total Repeats: 283

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017440	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385245900
2	NC_017440	TAGCAA	2	12	10828	10839	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385245906
3	NC_017440	AAAGCT	2	12	10959	10970	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385245906
4	NC_017440	TAGTGA	2	12	12105	12116	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385245907
5	NC_017440	GTTCCT	2	12	19390	19401	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385245913
6	NC_017440	CTTTTT	2	12	21544	21555	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385245916
7	NC_017440	GTGAGG	2	12	25474	25485	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	385245917
8	NC_017440	GGATTT	2	12	35951	35962	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385245929
9	NC_017440	AATTAG	2	12	37372	37383	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385245930
10	NC_017440	TTCCTG	2	12	37671	37682	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385245930
11	NC_017440	TTTTGA	2	12	44980	44991	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385245938
12	NC_017440	TGAACG	2	12	52281	52292	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385245945
13	NC_017440	GTGATT	2	12	52300	52311	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385245945
14	NC_017440	GATCTG	2	12	54915	54926	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385245947
15	NC_017440	GTGTAA	2	12	54963	54974	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385245947
16	NC_017440	GGTTCA	2	12	55052	55063	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385245947
17	NC_017440	TGAAAA	2	12	59048	59059	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385245950
18	NC_017440	TCCTAA	2	12	59387	59398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385245950
19	NC_017440	GTTCTT	2	12	63307	63318	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385245952
20	NC_017440	CTATTT	2	12	71629	71640	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385245959
21	NC_017440	ACTCTT	2	12	72758	72769	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385245960
22	NC_017440	TTTCTG	2	12	73308	73319	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385245961
23	NC_017440	GATCAT	2	12	73438	73449	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385245961
24	NC_017440	TAGTAC	2	12	76432	76443	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385245962
25	NC_017440	GGTTTA	2	12	80083	80094	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385245966
26	NC_017440	TTTAGT	2	12	81856	81867	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385245968
27	NC_017440	GTCTGT	2	12	83127	83138	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385245969
28	NC_017440	TTCTGA	2	12	88741	88752	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385245973
29	NC_017440	AGCTGT	2	12	95898	95909	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385245980
30	NC_017440	TCTTTT	2	12	96563	96574	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385245982
31	NC_017440	GGGGCT	2	12	97511	97522	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	385245982
32	NC_017440	TTTGAG	2	12	99715	99726	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385245984
33	NC_017440	TCAGAA	2	12	106356	106367	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385245989
34	NC_017440	CATAAC	2	12	109400	109411	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385245992
35	NC_017440	TGTTCT	2	12	112164	112175	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385245994
36	NC_017440	ACTTCG	2	12	115448	115459	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385245996
37	NC_017440	TTGCCA	2	12	118987	118998	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385246000
38	NC_017440	TTGGTA	2	12	120527	120538	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385246002
39	NC_017440	AGGATC	2	12	120906	120917	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385246002
40	NC_017440	AAGGGT	2	12	122713	122724	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385246003
41	NC_017440	GGGTTT	2	12	123676	123687	0 %	50 %	50 %	0 %	385246004
42	NC_017440	TTGCAT	2	12	123958	123969	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385246004
43	NC_017440	AAGAGA	2	12	124327	124338	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385246004
44	NC_017440	TTAAAA	2	12	133261	133272	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385246010
45	NC_017440	AGGTTG	2	12	134503	134514	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	385246011
46	NC_017440	CTGTTT	2	12	135198	135209	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385246012
47	NC_017440	GAGTTA	2	12	139552	139563	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385246020
48	NC_017440	TGGAAA	2	12	142105	142116	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385246023
49	NC_017440	TGGAAT	2	12	142980	142991	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385246024
50	NC_017440	ATGGTT	2	12	143224	143235	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385246024
51	NC_017440	TGCTCT	2	12	145415	145426	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385246027
52	NC_017440	GAAAGG	2	12	149153	149164	50 %	0 %	50 %	0 %	385246029
53	NC_017440	GCTTTG	2	12	149396	149407	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385246029
54	NC_017440	TGTGCG	2	12	153518	153529	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	385246033
55	NC_017440	CCTCAT	2	12	154816	154827	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385246034
56	NC_017440	TGGAGA	2	12	156274	156285	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385246036
57	NC_017440	CTCCAT	2	12	157641	157652	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385246037
58	NC_017440	TCCTTG	2	12	158237	158248	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385246038
59	NC_017440	AAGTTT	2	12	158322	158333	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385246038
60	NC_017440	AACAGC	2	12	160873	160884	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385246041
61	NC_017440	AAAAAG	2	12	173460	173471	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385246048
62	NC_017440	ACTTCT	2	12	189630	189641	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385246060
63	NC_017440	ATTTGC	2	12	192323	192334	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385246061
64	NC_017440	AAACAT	2	12	193413	193424	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385246065
65	NC_017440	AGCAAC	2	12	193748	193759	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385246065
66	NC_017440	TTGCCT	2	12	196461	196472	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385246069
67	NC_017440	TCTGGA	2	12	199711	199722	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385246073
68	NC_017440	CTGGAT	2	12	215302	215313	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385246086
69	NC_017440	GAAATA	2	12	215625	215636	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385246086
70	NC_017440	GATGCA	2	12	222515	222526	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385246093
71	NC_017440	ACTCCA	2	12	223405	223416	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385246094
72	NC_017440	CTGCTT	2	12	223637	223648	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385246094
73	NC_017440	ATTGCT	2	12	226946	226957	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385246097
74	NC_017440	TCCTAG	2	12	227236	227247	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385246097
75	NC_017440	GCAACG	2	12	227724	227735	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385246098
76	NC_017440	CTTAGC	2	12	230357	230368	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385246100
77	NC_017440	TTCCTT	2	12	237189	237200	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385246105
78	NC_017440	TCTCCT	2	12	240070	240081	0 %	50 %	0 %	50 %	385246106
79	NC_017440	AAACCA	2	12	240645	240656	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385246107
80	NC_017440	CCTGCA	2	12	256036	256047	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385246126
81	NC_017440	ACCTTT	2	12	261231	261242	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385246131
82	NC_017440	TCATAA	2	12	269078	269089	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385246138
83	NC_017440	AAGTGT	2	12	269804	269815	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385246138
84	NC_017440	ATCTAA	2	12	273082	273093	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385246141
85	NC_017440	TGGAAT	2	12	275280	275291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385246143
86	NC_017440	GGAACA	2	12	279167	279178	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385246145
87	NC_017440	CACGCG	2	12	281540	281551	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	385246147
88	NC_017440	TTTCTT	2	12	281719	281730	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385246147
89	NC_017440	CTCCTA	2	12	285881	285892	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385246150
90	NC_017440	GCAATG	2	12	292000	292011	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385246156
91	NC_017440	CGACAT	2	12	292680	292691	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385246157
92	NC_017440	CCCTTA	2	12	294134	294145	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385246159
93	NC_017440	AAAATA	2	12	296232	296243	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385246161
94	NC_017440	ACCACT	2	12	298587	298598	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385246163
95	NC_017440	CATTGC	2	12	301833	301844	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385246166
96	NC_017440	CCAAAA	2	12	303012	303023	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385246167
97	NC_017440	TCTTTT	2	12	304897	304908	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385246169
98	NC_017440	CAAGAC	2	12	305988	305999	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385246170
99	NC_017440	AGCTTA	2	12	307269	307280	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385246172
100	NC_017440	CAAAGA	2	12	312641	312652	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385246177
101	NC_017440	ATGGCT	2	12	313257	313268	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385246178
102	NC_017440	TACAAA	2	12	317447	317458	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385246181
103	NC_017440	TTAATT	2	12	319126	319137	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385246183
104	NC_017440	AAAACA	2	12	322613	322624	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	385246186
105	NC_017440	CAGAAC	2	12	344577	344588	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385246204
106	NC_017440	ATTCAA	2	12	349554	349565	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385246209
107	NC_017440	TTCTTA	2	12	361531	361542	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385246217
108	NC_017440	CAGCCT	2	12	373612	373623	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385246230
109	NC_017440	AGCTGA	2	12	373662	373673	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385246230
110	NC_017440	ATGCTA	2	12	377529	377540	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385246232
111	NC_017440	CAATAG	2	12	384135	384146	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385246235
112	NC_017440	ACTGAA	2	12	384276	384287	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385246235
113	NC_017440	CTGCAC	2	12	384469	384480	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385246235
114	NC_017440	TCCATA	2	12	394827	394838	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385246244
115	NC_017440	TTAGGT	2	12	396185	396196	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385246246
116	NC_017440	AGGGAA	2	12	397511	397522	50 %	0 %	50 %	0 %	385246247
117	NC_017440	CTGAAG	2	12	398346	398357	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385246248
118	NC_017440	TAATCT	2	12	403754	403765	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385246251
119	NC_017440	GAACAA	2	12	404256	404267	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385246252
120	NC_017440	CTAAAG	2	12	404639	404650	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385246253
121	NC_017440	CCTTTC	2	12	405803	405814	0 %	50 %	0 %	50 %	385246254
122	NC_017440	ACATGC	2	12	415346	415357	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385246265
123	NC_017440	GGCTCT	2	12	416081	416092	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385246266
124	NC_017440	ATCTTG	2	12	417675	417686	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385246267
125	NC_017440	CCCCCA	2	12	419009	419020	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	385246268
126	NC_017440	TTCCTC	2	12	423074	423085	0 %	50 %	0 %	50 %	385246272
127	NC_017440	CTCTAC	2	12	426323	426334	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385246274
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130	NC_017440	TGATAA	2	12	429135	429146	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385246277
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132	NC_017440	TTCTCC	2	12	443545	443556	0 %	50 %	0 %	50 %	385246290
133	NC_017440	ATGAAG	2	12	452596	452607	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385246298
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137	NC_017440	CCAATA	2	12	461441	461452	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385246304
138	NC_017440	ATCGGC	2	12	467288	467299	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385246312
139	NC_017440	TATTGG	2	12	467881	467892	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385246312
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144	NC_017440	TTCTTT	2	12	492713	492724	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385246328
145	NC_017440	CTGAAG	2	12	495772	495783	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385246330
146	NC_017440	TGAGTA	2	12	496226	496237	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385246330
147	NC_017440	AAACTG	2	12	499673	499684	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385246334
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150	NC_017440	GGTTGT	2	12	511147	511158	0 %	50 %	50 %	0 %	385246347
151	NC_017440	GCTGTT	2	12	513506	513517	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385246350
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185	NC_017440	CTGCTC	2	12	600904	600915	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	385246448
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201	NC_017440	GCTTCT	2	12	650338	650349	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385246493
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219	NC_017440	GGAAGA	2	12	762721	762732	50 %	0 %	50 %	0 %	385246586
220	NC_017440	ATGCAA	2	12	765033	765044	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385246590
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223	NC_017440	TTTCCA	2	12	777524	777535	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385246602
224	NC_017440	ATGAAG	2	12	784130	784141	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385246606
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228	NC_017440	AAGCTC	2	12	796072	796083	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385246618
229	NC_017440	TTTCTT	2	12	798938	798949	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385246620
230	NC_017440	AGAAAT	2	12	802128	802139	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385246623
231	NC_017440	GAAATT	2	12	803741	803752	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385246625
232	NC_017440	TAGCCT	2	12	807370	807381	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385246626
233	NC_017440	CACCTA	2	12	821931	821942	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385246637
234	NC_017440	AGCTAC	2	12	825899	825910	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385246639
235	NC_017440	AAGAGG	2	12	827770	827781	50 %	0 %	50 %	0 %	385246641
236	NC_017440	GAAAGG	2	12	832646	832657	50 %	0 %	50 %	0 %	385246646
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.