MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis G/11074 chromosome

Total Repeats: 105

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017440	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017440	AAAGA	2	10	33092	33101	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017440	GAAGA	2	10	48011	48020	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017440	CTATT	2	10	49590	49599	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017440	AATTT	2	10	54008	54017	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017440	AAAAG	2	10	68967	68976	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017440	CTTGC	2	10	71910	71919	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_017440	AAAAG	2	10	76660	76669	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017440	ATCAA	2	10	78358	78367	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017440	TTTGT	2	10	85095	85104	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017440	AATAA	2	10	88094	88103	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017440	CTTTT	2	10	94166	94175	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017440	ACAAA	2	10	97711	97720	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017440	GCTCT	2	10	113984	113993	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_017440	TTGCA	2	10	136963	136972	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017440	AAAAG	2	10	141433	141442	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017440	TTCTA	2	10	157216	157225	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017440	CAAAA	2	10	161673	161682	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017440	GGAAT	2	10	179359	179368	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017440	AGAAA	2	10	182471	182480	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017440	CGATA	2	10	187842	187851	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017440	CTAAG	2	10	202972	202981	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017440	ATTTC	2	10	221497	221506	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017440	CAATA	2	10	224620	224629	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017440	TACAA	2	10	248332	248341	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017440	TTTCA	2	10	264452	264461	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017440	AAAGC	2	10	299288	299297	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017440	TGTTT	2	10	302167	302176	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017440	GCAAC	2	10	334174	334183	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_017440	CTTGT	2	10	334234	334243	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017440	CCTTT	2	10	334689	334698	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_017440	AAGGC	2	10	362444	362453	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017440	GCTTC	2	10	364554	364563	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_017440	AGTAG	2	10	364631	364640	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017440	TCTCT	2	10	368207	368216	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_017440	AACAA	2	10	368590	368599	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017440	AAAAC	2	10	368912	368921	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017440	AAGCG	2	10	404422	404431	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017440	GTATA	2	10	416671	416680	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017440	AGCAA	2	10	416707	416716	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017440	AAAAT	2	10	418556	418565	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017440	CTCTT	2	10	428620	428629	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_017440	TAAAA	2	10	431163	431172	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017440	AGAAA	2	10	436837	436846	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017440	CTCTT	2	10	436876	436885	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_017440	GAAGA	2	10	436886	436895	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017440	AAATT	2	10	437165	437174	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017440	AATTT	2	10	437186	437195	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017440	ATAGA	2	10	450461	450470	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017440	TAAAA	2	10	465398	465407	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017440	CAAAA	2	10	485799	485808	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017440	AATCT	2	10	503141	503150	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017440	TTTCT	2	10	508741	508750	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017440	CCTTT	2	10	509750	509759	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_017440	TAAAA	2	10	514766	514775	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017440	AGGAA	2	10	516750	516759	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017440	ATGAA	2	10	516774	516783	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017440	TTGGA	2	10	524215	524224	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017440	CAAAA	2	10	524981	524990	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017440	TTTTC	2	10	536721	536730	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017440	AAAAG	2	10	557975	557984	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017440	GAAAA	2	10	565158	565167	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017440	ATTTT	2	10	566596	566605	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017440	ATACT	2	10	572668	572677	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017440	AAAGG	2	10	581623	581632	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017440	CTTCT	2	10	623062	623071	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_017440	TTTCC	2	10	629242	629251	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_017440	ATTAA	2	10	637194	637203	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017440	TCGTC	2	10	650092	650101	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_017440	TAAAA	2	10	685722	685731	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017440	TTTAT	2	10	697675	697684	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017440	TCATG	2	10	697870	697879	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017440	AAAAC	2	10	701988	701997	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_017440	GAAAA	2	10	707337	707346	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017440	TTATT	2	10	714396	714405	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017440	GAAGA	2	10	737290	737299	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017440	AGAAT	2	10	760098	760107	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017440	AGGGG	2	10	760329	760338	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017440	AAAAG	2	10	780903	780912	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017440	AGGTA	2	10	784302	784311	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017440	TCCTT	2	10	785485	785494	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_017440	AAAAC	2	10	796681	796690	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017440	TTTCT	2	10	804902	804911	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017440	AGAAA	2	10	813434	813443	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017440	CTTTT	2	10	859525	859534	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017440	AGAAA	2	10	863877	863886	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017440	GAAGA	2	10	876051	876060	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017440	CTTTT	2	10	881571	881580	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017440	TAGAA	2	10	890041	890050	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017440	CTTTT	2	10	906081	906090	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017440	TTTTA	2	10	906826	906835	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017440	AGAGC	2	10	909114	909123	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017440	AAGAG	2	10	928788	928797	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017440	GCTAG	2	10	928814	928823	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017440	TCGTT	2	10	937209	937218	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017440	TTCTT	2	10	940166	940175	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017440	CTTCA	2	10	962053	962062	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_017440	CTAGT	2	10	968910	968919	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017440	TAAAA	2	10	984903	984912	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017440	CGGGG	2	10	1006343	1006352	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017440	TATTT	2	10	1008502	1008511	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017440	CAAGC	2	10	1014811	1014820	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_017440	TAGAA	2	10	1019930	1019939	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017440	TTTTC	2	10	1038298	1038307	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017440	TTTTA	2	10	1042248	1042257	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.