MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A2497 chromosome

Total Repeats: 293

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017437	GAAGGA	2	12	1354	1365	50 %	0 %	50 %	0 %	385269642
2	NC_017437	AAAGCT	2	12	5535	5546	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385269646
3	NC_017437	TAGCAA	2	12	11422	11433	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385269653
4	NC_017437	AAAGCT	2	12	11553	11564	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385269653
5	NC_017437	TAGTGA	2	12	12698	12709	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385269654
6	NC_017437	GTTCCT	2	12	19983	19994	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385269661
7	NC_017437	CTTTTT	2	12	22137	22148	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385269664
8	NC_017437	GTGAGG	2	12	26067	26078	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	385269665
9	NC_017437	GGATTT	2	12	36543	36554	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385269677
10	NC_017437	AATTAG	2	12	37964	37975	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385269678
11	NC_017437	TTCCTG	2	12	38263	38274	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385269678
12	NC_017437	TTTTGA	2	12	45571	45582	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385269687
13	NC_017437	TGAACG	2	12	52810	52821	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385269695
14	NC_017437	GTGATT	2	12	52829	52840	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385269695
15	NC_017437	GATCTG	2	12	55462	55473	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385269697
16	NC_017437	GGTTCA	2	12	55599	55610	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385269697
17	NC_017437	CTGGAG	2	12	56652	56663	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385269698
18	NC_017437	GAAAAG	2	12	56846	56857	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385269698
19	NC_017437	GGTTCA	2	12	57098	57109	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385269698
20	NC_017437	CCAAGA	2	12	58100	58111	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385269699
21	NC_017437	AGTTGT	2	12	58206	58217	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385269699
22	NC_017437	TCTTGT	2	12	59127	59138	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385269699
23	NC_017437	TGAAAA	2	12	59599	59610	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385269700
24	NC_017437	TCCTAA	2	12	59938	59949	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385269700
25	NC_017437	GTTCTT	2	12	63852	63863	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385269703
26	NC_017437	CTATTT	2	12	72174	72185	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385269711
27	NC_017437	ACTCTT	2	12	73303	73314	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385269712
28	NC_017437	TTTCTG	2	12	73853	73864	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385269713
29	NC_017437	GATCAT	2	12	73983	73994	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385269713
30	NC_017437	TAGTAC	2	12	76977	76988	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385269714
31	NC_017437	GGTTTA	2	12	80622	80633	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385269717
32	NC_017437	GTCTGT	2	12	83666	83677	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385269721
33	NC_017437	TTCTGA	2	12	89280	89291	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385269724
34	NC_017437	AAAAGA	2	12	94343	94354	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385269730
35	NC_017437	AGCTGT	2	12	96436	96447	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385269732
36	NC_017437	TCTTTT	2	12	97101	97112	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385269734
37	NC_017437	GGGGCT	2	12	98049	98060	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	385269734
38	NC_017437	GAACAT	2	12	99980	99991	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385269735
39	NC_017437	TTTGAG	2	12	100252	100263	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385269736
40	NC_017437	TCAGAA	2	12	106893	106904	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385269741
41	NC_017437	CATAAC	2	12	109937	109948	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385269745
42	NC_017437	TGTTCT	2	12	112701	112712	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385269747
43	NC_017437	ACTTCG	2	12	115985	115996	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385269750
44	NC_017437	TTGCCA	2	12	119525	119536	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385269755
45	NC_017437	TTGGTA	2	12	121065	121076	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385269757
46	NC_017437	AAGGGT	2	12	123251	123262	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385269759
47	NC_017437	GGGTTT	2	12	124214	124225	0 %	50 %	50 %	0 %	385269760
48	NC_017437	TTGCAT	2	12	124496	124507	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385269760
49	NC_017437	AAGAGA	2	12	124865	124876	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385269760
50	NC_017437	TTAAAA	2	12	133799	133810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385269768
51	NC_017437	AGGTTG	2	12	135041	135052	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	385269769
52	NC_017437	GAGTTA	2	12	140076	140087	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385269779
53	NC_017437	TGGAAA	2	12	142629	142640	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385269783
54	NC_017437	TGGAAT	2	12	143504	143515	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385269784
55	NC_017437	ATGGTT	2	12	143748	143759	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385269784
56	NC_017437	TGCTCT	2	12	145939	145950	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385269787
57	NC_017437	GAAAGG	2	12	149677	149688	50 %	0 %	50 %	0 %	385269789
58	NC_017437	GCTTTG	2	12	149920	149931	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385269789
59	NC_017437	TGTGCG	2	12	154047	154058	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	385269794
60	NC_017437	CCTCAT	2	12	155345	155356	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385269795
61	NC_017437	TGGAGA	2	12	156803	156814	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385269797
62	NC_017437	CTCCAT	2	12	158173	158184	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385269798
63	NC_017437	TCCTTG	2	12	158769	158780	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385269799
64	NC_017437	AAGTTT	2	12	158854	158865	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385269799
65	NC_017437	TAAGGC	2	12	159021	159032	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385269800
66	NC_017437	AACAGC	2	12	161405	161416	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385269803
67	NC_017437	AAAAAG	2	12	173993	174004	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385269810
68	NC_017437	ACTTCT	2	12	190327	190338	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385269826
69	NC_017437	GGATAT	2	12	190950	190961	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385269826
70	NC_017437	GAATGC	2	12	192477	192488	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385269827
71	NC_017437	ATTTGC	2	12	193964	193975	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385269830
72	NC_017437	AAACAT	2	12	195054	195065	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385269834
73	NC_017437	AGCAAC	2	12	195389	195400	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385269834
74	NC_017437	TTGCCT	2	12	198102	198113	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385269839
75	NC_017437	TCTGGA	2	12	201352	201363	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385269843
76	NC_017437	CTGGAT	2	12	216943	216954	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385269856
77	NC_017437	GAAATA	2	12	217266	217277	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385269856
78	NC_017437	GATGCA	2	12	224155	224166	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385269864
79	NC_017437	ACTCCA	2	12	225045	225056	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385269865
80	NC_017437	CTGCTT	2	12	225277	225288	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385269865
81	NC_017437	ATTGCT	2	12	228586	228597	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385269868
82	NC_017437	TCCTAG	2	12	228876	228887	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385269868
83	NC_017437	GCAACG	2	12	229364	229375	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385269869
84	NC_017437	CTTAGC	2	12	231997	232008	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385269871
85	NC_017437	TTCCTT	2	12	238829	238840	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385269876
86	NC_017437	TCTCCT	2	12	241710	241721	0 %	50 %	0 %	50 %	385269877
87	NC_017437	AAACCA	2	12	242285	242296	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385269878
88	NC_017437	TTTTTA	2	12	257504	257515	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	385269898
89	NC_017437	CCTGCA	2	12	257664	257675	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385269899
90	NC_017437	ACCTTT	2	12	262859	262870	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385269905
91	NC_017437	TCATAA	2	12	270706	270717	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385269915
92	NC_017437	AAGTGT	2	12	271432	271443	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385269915
93	NC_017437	ATCTAA	2	12	274710	274721	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385269918
94	NC_017437	TGGAAT	2	12	276908	276919	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385269920
95	NC_017437	GGAACA	2	12	280795	280806	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385269922
96	NC_017437	CACGCG	2	12	283168	283179	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	385269924
97	NC_017437	TTTCTT	2	12	283347	283358	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385269924
98	NC_017437	CTCCTA	2	12	287509	287520	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385269927
99	NC_017437	GCAATG	2	12	293628	293639	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385269933
100	NC_017437	CGACAT	2	12	294304	294315	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385269935
101	NC_017437	CCCTTA	2	12	295758	295769	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385269937
102	NC_017437	AAAATA	2	12	297856	297867	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385269939
103	NC_017437	ACCACT	2	12	300211	300222	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385269941
104	NC_017437	CATTGC	2	12	303457	303468	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385269944
105	NC_017437	CCAAAA	2	12	304636	304647	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385269945
106	NC_017437	TCTTTT	2	12	306521	306532	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385269947
107	NC_017437	CAAGAC	2	12	307612	307623	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385269948
108	NC_017437	AGCTTA	2	12	308893	308904	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385269950
109	NC_017437	CAAAGA	2	12	314265	314276	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385269955
110	NC_017437	ATGGCT	2	12	314881	314892	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385269956
111	NC_017437	TACAAA	2	12	319071	319082	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385269960
112	NC_017437	TTAATT	2	12	320750	320761	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385269963
113	NC_017437	AAAACA	2	12	324235	324246	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	385269966
114	NC_017437	CAGAAC	2	12	346202	346213	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385269985
115	NC_017437	ATTCAA	2	12	351179	351190	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385269992
116	NC_017437	TTCTTA	2	12	363156	363167	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385270000
117	NC_017437	CAGCCT	2	12	375237	375248	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385270014
118	NC_017437	AGCTGA	2	12	375287	375298	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385270014
119	NC_017437	ATGCTA	2	12	379154	379165	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385270016
120	NC_017437	CAATAG	2	12	385760	385771	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385270019
121	NC_017437	ACTGAA	2	12	385901	385912	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385270019
122	NC_017437	CTGCAC	2	12	386094	386105	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385270019
123	NC_017437	TCCATA	2	12	396452	396463	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385270028
124	NC_017437	TTAGGT	2	12	397810	397821	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385270030
125	NC_017437	AGGGAA	2	12	399136	399147	50 %	0 %	50 %	0 %	385270031
126	NC_017437	CTGAAG	2	12	399971	399982	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385270032
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130	NC_017437	CCTTTC	2	12	407429	407440	0 %	50 %	0 %	50 %	385270038
131	NC_017437	TTTTAA	2	12	411293	411304	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385270041
132	NC_017437	ACATGC	2	12	416966	416977	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385270050
133	NC_017437	GGCTCT	2	12	417701	417712	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385270051
134	NC_017437	ATCTTG	2	12	419295	419306	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385270052
135	NC_017437	CCCCCA	2	12	420629	420640	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	385270053
136	NC_017437	TTCCTC	2	12	424694	424705	0 %	50 %	0 %	50 %	385270057
137	NC_017437	CTCTAC	2	12	427942	427953	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385270059
138	NC_017437	ACATCA	2	12	428587	428598	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385270060
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140	NC_017437	TGATAA	2	12	430752	430763	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385270064
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142	NC_017437	TTCTCC	2	12	445162	445173	0 %	50 %	0 %	50 %	385270079
143	NC_017437	ATGAAG	2	12	454212	454223	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385270087
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145	NC_017437	ATCCGC	2	12	455654	455665	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385270087
146	NC_017437	CTAAAG	2	12	458072	458083	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385270088
147	NC_017437	CCAATA	2	12	463057	463068	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385270093
148	NC_017437	ATCGGC	2	12	468904	468915	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385270102
149	NC_017437	TATTGG	2	12	469497	469508	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385270102
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152	NC_017437	CTACAA	2	12	486081	486092	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385270107
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218	NC_017437	GCATCA	2	12	691589	691600	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385270321
219	NC_017437	ATCAAT	2	12	695914	695925	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385270325
220	NC_017437	CCGCAA	2	12	700794	700805	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	385270330
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228	NC_017437	GGGAAG	2	12	761310	761321	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385270384
229	NC_017437	GGAAGA	2	12	764975	764986	50 %	0 %	50 %	0 %	385270388
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231	NC_017437	GAGAAA	2	12	767516	767527	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385270392
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.