MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A2497 chromosome

Total Repeats: 97

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017437	TATTT	2	10	7628	7637	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017437	AAAGA	2	10	33685	33694	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017437	CTATT	2	10	50181	50190	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017437	AATTT	2	10	54537	54546	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017437	AAAAG	2	10	69512	69521	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017437	CTTGC	2	10	72455	72464	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_017437	AAAAG	2	10	77205	77214	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017437	ATCAA	2	10	78897	78906	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017437	CTTTC	2	10	80086	80095	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
10	NC_017437	TTTGT	2	10	85634	85643	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017437	AGAGC	2	10	87755	87764	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017437	AATAA	2	10	88633	88642	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017437	TTTAA	2	10	94169	94178	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017437	ACAAA	2	10	98249	98258	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017437	TTGCA	2	10	137487	137496	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017437	TTCTA	2	10	157748	157757	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017437	CAAAA	2	10	162205	162214	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017437	TTTGC	2	10	182837	182846	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017437	AGAAA	2	10	183149	183158	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017437	CGATA	2	10	188519	188528	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017437	CTAAG	2	10	204613	204622	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017437	ATTTC	2	10	223137	223146	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017437	CAATA	2	10	226260	226269	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017437	TACAA	2	10	249974	249983	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017437	TTTCA	2	10	266080	266089	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017437	TGTTT	2	10	303791	303800	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017437	GCAAC	2	10	335798	335807	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_017437	CTTGT	2	10	335858	335867	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017437	CCTTT	2	10	336314	336323	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
30	NC_017437	AAGGC	2	10	364069	364078	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017437	GCTTC	2	10	366179	366188	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_017437	AGTAG	2	10	366256	366265	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017437	TCTCT	2	10	369832	369841	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_017437	AAAAC	2	10	370537	370546	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017437	AAGCG	2	10	406048	406057	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017437	GTATA	2	10	418291	418300	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017437	AGCAA	2	10	418327	418336	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017437	AAAAT	2	10	420176	420185	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017437	CTCTT	2	10	430237	430246	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_017437	TAAAA	2	10	432780	432789	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017437	AAATT	2	10	438782	438791	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017437	AATTT	2	10	438803	438812	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017437	TAAAA	2	10	467014	467023	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017437	CAAAA	2	10	487457	487466	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017437	AATCT	2	10	504799	504808	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017437	CTTCT	2	10	505012	505021	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_017437	TTTCT	2	10	510399	510408	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017437	CCTTT	2	10	511407	511416	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_017437	TAAAA	2	10	516428	516437	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017437	AGGAA	2	10	518412	518421	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017437	ATGAA	2	10	518436	518445	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017437	CAAAA	2	10	526642	526651	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017437	TTTTC	2	10	538972	538981	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017437	GCGTA	2	10	542407	542416	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017437	ATAAA	2	10	542701	542710	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017437	AAAAG	2	10	560226	560235	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017437	GAAAA	2	10	567410	567419	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017437	ATTTT	2	10	568848	568857	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017437	ATACT	2	10	574920	574929	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017437	TCCCC	2	10	577713	577722	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
61	NC_017437	AAAGG	2	10	583876	583885	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017437	TTTCC	2	10	631490	631499	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_017437	TCGTC	2	10	652340	652349	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_017437	TAAAA	2	10	687971	687980	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017437	TCTGC	2	10	688753	688762	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_017437	TTTAT	2	10	699924	699933	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017437	TCATG	2	10	700119	700128	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017437	AAAAC	2	10	704236	704245	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017437	GAAAA	2	10	709585	709594	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017437	TTATT	2	10	716644	716653	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017437	GAAGA	2	10	739544	739553	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017437	AGAAT	2	10	762352	762361	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017437	AGGGG	2	10	762583	762592	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017437	ATTTT	2	10	781336	781345	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017437	AAAAG	2	10	783166	783175	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017437	AGGTA	2	10	786565	786574	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017437	TCCTT	2	10	787748	787757	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_017437	CTCCA	2	10	787903	787912	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
79	NC_017437	TTTCT	2	10	807143	807152	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017437	AGAAA	2	10	815675	815684	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017437	CTTTT	2	10	861765	861774	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017437	AGAAA	2	10	866117	866126	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017437	CTTTT	2	10	883812	883821	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017437	TAGAA	2	10	892282	892291	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017437	CTTTT	2	10	908322	908331	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017437	TTTTA	2	10	909067	909076	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017437	AGAGC	2	10	911355	911364	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017437	CTTCA	2	10	964293	964302	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
89	NC_017437	ATGAA	2	10	969581	969590	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017437	TAAAA	2	10	987145	987154	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017437	ATAAA	2	10	987176	987185	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017437	GGAAA	2	10	1001815	1001824	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017437	GAAAA	2	10	1002244	1002253	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017437	CGGGG	2	10	1008581	1008590	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017437	TAGAA	2	10	1022042	1022051	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017437	TTTTC	2	10	1040419	1040428	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017437	TTTTA	2	10	1044299	1044308	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.