MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A2497 chromosome

Total Repeats: 284

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017437	AAGG	2	8	1903	1910	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017437	GGAG	2	8	6900	6907	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017437	TATG	2	8	7549	7556	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017437	TATT	2	8	9904	9911	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017437	AGAA	2	8	11796	11803	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017437	CAAA	2	8	16665	16672	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_017437	CGCT	2	8	21861	21868	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
8	NC_017437	TTAA	2	8	21882	21889	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017437	GTTA	2	8	21919	21926	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017437	GATC	2	8	21974	21981	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_017437	ATTG	2	8	28531	28538	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017437	TGTT	2	8	44408	44415	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017437	AATA	2	8	44647	44654	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017437	GTTT	2	8	54521	54528	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017437	TGTT	2	8	54529	54536	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017437	TAAT	2	8	54573	54580	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017437	AAGG	2	8	67998	68005	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017437	GATA	2	8	72479	72486	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017437	TCTA	2	8	77138	77145	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_017437	ATTC	2	8	80110	80117	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_017437	ACTT	2	8	87933	87940	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_017437	GTTT	2	8	88566	88573	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017437	TTTA	2	8	88589	88596	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017437	GTTT	2	8	88601	88608	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017437	GTTT	2	8	88652	88659	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017437	AACA	2	8	88665	88672	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_017437	AAAT	2	8	94196	94203	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017437	TATT	2	8	98226	98233	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017437	CTGG	2	8	120913	120920	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
30	NC_017437	TTCC	2	8	123036	123043	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_017437	GTTT	2	8	135412	135419	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017437	ATCT	2	8	152115	152122	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_017437	GCTG	2	8	152154	152161	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
34	NC_017437	TGTT	2	8	157735	157742	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017437	AAAG	2	8	158578	158585	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017437	TTTA	2	8	158587	158594	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017437	TAAT	2	8	159539	159546	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017437	GCTT	2	8	162175	162182	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_017437	CTTC	2	8	166246	166253	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_017437	TTAG	2	8	170655	170662	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017437	AAAC	2	8	172402	172409	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_017437	GTAT	2	8	173584	173591	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017437	TTCC	2	8	181605	181612	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_017437	TCTA	2	8	181673	181680	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_017437	AATT	2	8	181807	181814	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017437	AAGA	2	8	183170	183177	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017437	GGAC	2	8	188960	188967	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
48	NC_017437	TAAA	2	8	189979	189986	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017437	ATTT	2	8	198329	198336	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017437	ACGA	2	8	204447	204454	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_017437	GAAA	2	8	204733	204740	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017437	CCTT	2	8	217867	217874	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_017437	CTAT	2	8	221591	221598	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_017437	GCAA	2	8	221834	221841	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_017437	CTTG	2	8	223519	223526	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_017437	AAAC	2	8	227249	227256	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_017437	TCCT	2	8	229874	229881	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_017437	AAAT	2	8	245491	245498	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017437	TAAA	2	8	248945	248952	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017437	AATA	2	8	252604	252611	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017437	CCAA	2	8	256184	256191	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_017437	AAAC	2	8	256782	256789	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_017437	TAAA	2	8	266190	266197	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017437	ATTT	2	8	275638	275645	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017437	GTTT	2	8	281480	281487	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017437	AAAG	2	8	281515	281522	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017437	TGCC	2	8	282003	282010	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
68	NC_017437	GGGA	2	8	285851	285858	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017437	TAAA	2	8	286993	287000	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017437	GATA	2	8	288654	288661	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017437	AATC	2	8	293779	293786	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_017437	ACAA	2	8	299549	299556	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_017437	CCCT	2	8	301446	301453	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
74	NC_017437	ACTA	2	8	303695	303702	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_017437	TAAA	2	8	303918	303925	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017437	TCCA	2	8	307077	307084	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_017437	TCCC	2	8	307279	307286	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
78	NC_017437	AATA	2	8	319840	319847	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017437	TAAA	2	8	319861	319868	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017437	CAGA	2	8	319869	319876	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_017437	AATA	2	8	319936	319943	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017437	CAAT	2	8	329541	329548	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_017437	GCTA	2	8	330231	330238	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_017437	TTAA	2	8	335574	335581	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017437	CAAG	2	8	342106	342113	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_017437	TTTA	2	8	365613	365620	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017437	CAAA	2	8	365907	365914	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_017437	TAGT	2	8	366217	366224	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017437	TATG	2	8	369602	369609	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017437	TAAA	2	8	370552	370559	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017437	AAAT	2	8	371472	371479	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017437	CCTT	2	8	371494	371501	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_017437	ATCT	2	8	371527	371534	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_017437	TAAA	2	8	383306	383313	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017437	TTTA	2	8	393273	393280	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017437	GATT	2	8	394032	394039	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017437	AATT	2	8	394081	394088	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017437	ATAA	2	8	394141	394148	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017437	TTAT	2	8	397474	397481	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017437	GCAA	2	8	397527	397534	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_017437	TCAT	2	8	406813	406820	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_017437	ATTT	2	8	418362	418369	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017437	AGAA	2	8	418372	418379	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017437	ATTA	2	8	420161	420168	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017437	TTCT	2	8	430216	430223	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_017437	AACT	2	8	432448	432455	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_017437	CAAA	2	8	432796	432803	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_017437	AAAT	2	8	442661	442668	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017437	TAAC	2	8	445227	445234	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_017437	AATT	2	8	450091	450098	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017437	AAAC	2	8	450104	450111	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_017437	TTTA	2	8	455831	455838	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017437	TTCT	2	8	455909	455916	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_017437	TAAT	2	8	455923	455930	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017437	GCAA	2	8	459577	459584	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_017437	TTCT	2	8	468567	468574	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_017437	CAAA	2	8	468592	468599	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_017437	AGAA	2	8	487658	487665	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017437	GATC	2	8	490378	490385	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_017437	GACA	2	8	490891	490898	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_017437	AACA	2	8	491255	491262	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_017437	TAAA	2	8	491318	491325	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017437	ATTT	2	8	504846	504853	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017437	TTTG	2	8	510856	510863	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017437	TAAT	2	8	510969	510976	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017437	TAGT	2	8	515986	515993	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017437	ACTA	2	8	516012	516019	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_017437	CAAA	2	8	516497	516504	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_017437	ACAA	2	8	516548	516555	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_017437	AATA	2	8	516571	516578	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017437	ATCT	2	8	516592	516599	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_017437	AACA	2	8	516611	516618	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_017437	ACTA	2	8	516620	516627	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_017437	ATTC	2	8	518530	518537	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_017437	AAAT	2	8	519253	519260	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017437	AGCG	2	8	519386	519393	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
137	NC_017437	AAAT	2	8	519476	519483	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017437	TACC	2	8	521382	521389	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_017437	TCCT	2	8	521416	521423	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_017437	GAAG	2	8	525766	525773	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017437	AAAG	2	8	525805	525812	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017437	CTAA	2	8	526498	526505	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_017437	ACTT	2	8	526532	526539	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_017437	CAAA	2	8	533094	533101	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_017437	TTTA	2	8	533163	533170	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017437	GAAG	2	8	539329	539336	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017437	TTCC	2	8	542454	542461	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
148	NC_017437	TCTA	2	8	542539	542546	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_017437	TCCC	2	8	542612	542619	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
150	NC_017437	TCCT	2	8	546427	546434	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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152	NC_017437	GCAA	2	8	548475	548482	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.