MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis D-LC chromosome

Total Repeats: 334

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017436	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017436	TATGGA	2	12	813	824	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017436	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385244092
4	NC_017436	CAAAAA	2	12	6252	6263	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017436	TAGCAA	2	12	10828	10839	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385244098
6	NC_017436	AAAGCT	2	12	10959	10970	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385244098
7	NC_017436	TAGTGA	2	12	12105	12116	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244099
8	NC_017436	GTTCCT	2	12	19390	19401	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385244105
9	NC_017436	CTTTTT	2	12	21544	21555	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385244107
10	NC_017436	GTGAGG	2	12	25474	25485	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	385244108
11	NC_017436	GGATTT	2	12	35951	35962	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385244120
12	NC_017436	AATTAG	2	12	37372	37383	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385244121
13	NC_017436	TTCCTG	2	12	37671	37682	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385244121
14	NC_017436	TTTTGA	2	12	44980	44991	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385244127
15	NC_017436	TGAACG	2	12	52329	52340	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385244134
16	NC_017436	GTGATT	2	12	52348	52359	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385244134
17	NC_017436	GATCTG	2	12	54981	54992	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385244136
18	NC_017436	GTGTAA	2	12	55029	55040	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244136
19	NC_017436	GGTTCA	2	12	55118	55129	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385244136
20	NC_017436	CTGGAG	2	12	56027	56038	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385244137
21	NC_017436	GAAAAG	2	12	56221	56232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244137
22	NC_017436	AGTTGT	2	12	57590	57601	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385244138
23	NC_017436	TCTTGT	2	12	58508	58519	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385244138
24	NC_017436	TGAAAA	2	12	58980	58991	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385244139
25	NC_017436	TCCTAA	2	12	59319	59330	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244139
26	NC_017436	AAAAAT	2	12	60814	60825	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017436	GTTCTT	2	12	63239	63250	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385244141
28	NC_017436	CTATTT	2	12	71561	71572	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385244148
29	NC_017436	ACTCTT	2	12	72690	72701	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385244149
30	NC_017436	TTTCTG	2	12	73240	73251	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385244150
31	NC_017436	GATCAT	2	12	73370	73381	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385244150
32	NC_017436	TAGTAC	2	12	76364	76375	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385244151
33	NC_017436	ATCTAG	2	12	76543	76554	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017436	GGTTTA	2	12	80014	80025	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385244154
35	NC_017436	TTTAGT	2	12	81787	81798	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385244156
36	NC_017436	GTCTGT	2	12	83058	83069	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385244157
37	NC_017436	TTCTGA	2	12	88672	88683	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385244160
38	NC_017436	AAAAGA	2	12	93736	93747	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385244166
39	NC_017436	AGCTGT	2	12	95829	95840	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385244168
40	NC_017436	TCTTTT	2	12	96494	96505	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385244170
41	NC_017436	GGGGCT	2	12	97442	97453	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	385244170
42	NC_017436	TTTGAG	2	12	99646	99657	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385244172
43	NC_017436	TCAGAA	2	12	106287	106298	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385244177
44	NC_017436	CATAAC	2	12	109331	109342	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385244180
45	NC_017436	TGTTCT	2	12	112095	112106	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385244182
46	NC_017436	ACTTCG	2	12	115379	115390	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385244184
47	NC_017436	TTTTAG	2	12	115814	115825	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017436	TTGCCA	2	12	118919	118930	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385244189
49	NC_017436	TAAAAA	2	12	120411	120422	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017436	TTGGTA	2	12	120459	120470	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385244191
51	NC_017436	AGGATC	2	12	120838	120849	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385244191
52	NC_017436	AAGGGT	2	12	122645	122656	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385244192
53	NC_017436	GGGTTT	2	12	123608	123619	0 %	50 %	50 %	0 %	385244193
54	NC_017436	TTGCAT	2	12	123890	123901	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385244193
55	NC_017436	AAGAGA	2	12	124259	124270	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244193
56	NC_017436	TTAAAA	2	12	133192	133203	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244199
57	NC_017436	AGGTTG	2	12	134434	134445	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	385244200
58	NC_017436	CTGTTT	2	12	135129	135140	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385244201
59	NC_017436	GAGTTA	2	12	139484	139495	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244209
60	NC_017436	TGGAAA	2	12	142037	142048	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385244212
61	NC_017436	TGGAAT	2	12	142912	142923	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244213
62	NC_017436	ATGGTT	2	12	143156	143167	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385244213
63	NC_017436	TGCTCT	2	12	145348	145359	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385244216
64	NC_017436	GAAAGG	2	12	149086	149097	50 %	0 %	50 %	0 %	385244218
65	NC_017436	GCTTTG	2	12	149329	149340	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385244218
66	NC_017436	TGTGCG	2	12	153450	153461	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	385244223
67	NC_017436	CCTCAT	2	12	154748	154759	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385244224
68	NC_017436	TGGAGA	2	12	156206	156217	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385244226
69	NC_017436	CTCCAT	2	12	157576	157587	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385244227
70	NC_017436	TCCTTG	2	12	158172	158183	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385244228
71	NC_017436	AAGTTT	2	12	158257	158268	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385244228
72	NC_017436	AACAGC	2	12	160809	160820	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385244231
73	NC_017436	AAAAAG	2	12	173396	173407	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385244238
74	NC_017436	AGAAAA	2	12	182033	182044	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017436	ACTTCT	2	12	189134	189145	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385244252
76	NC_017436	ATTTGC	2	12	191827	191838	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385244253
77	NC_017436	AAACAT	2	12	192917	192928	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385244256
78	NC_017436	AGCAAC	2	12	193252	193263	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385244256
79	NC_017436	TATGAA	2	12	194846	194857	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017436	TTGCCT	2	12	195966	195977	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385244260
81	NC_017436	TCTGGA	2	12	199216	199227	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385244264
82	NC_017436	CTGGAT	2	12	214807	214818	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385244277
83	NC_017436	GAAATA	2	12	215130	215141	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385244277
84	NC_017436	TTTTAC	2	12	220860	220871	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017436	GATGCA	2	12	222021	222032	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385244284
86	NC_017436	ACTCCA	2	12	222911	222922	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385244285
87	NC_017436	CTGCTT	2	12	223143	223154	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385244285
88	NC_017436	ATTGCT	2	12	226452	226463	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385244288
89	NC_017436	TCCTAG	2	12	226742	226753	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385244288
90	NC_017436	GCAACG	2	12	227230	227241	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244289
91	NC_017436	CTTAGC	2	12	229863	229874	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385244291
92	NC_017436	TTCCTT	2	12	236695	236706	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244296
93	NC_017436	TCTCCT	2	12	239576	239587	0 %	50 %	0 %	50 %	385244297
94	NC_017436	AAACCA	2	12	240151	240162	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244298
95	NC_017436	AACCCT	2	12	254577	254588	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_017436	ATTTTT	2	12	255372	255383	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017436	CCTGCA	2	12	255533	255544	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385244316
98	NC_017436	ACCTTT	2	12	260728	260739	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385244321
99	NC_017436	TCATAA	2	12	268575	268586	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385244328
100	NC_017436	AAGTGT	2	12	269301	269312	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244328
101	NC_017436	AGGAGA	2	12	270474	270485	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017436	ATCTAA	2	12	272579	272590	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385244331
103	NC_017436	TGGAAT	2	12	274777	274788	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244333
104	NC_017436	GGAACA	2	12	278664	278675	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385244335
105	NC_017436	ATATTA	2	12	279372	279383	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017436	CACGCG	2	12	281037	281048	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	385244337
107	NC_017436	TTTCTT	2	12	281216	281227	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385244337
108	NC_017436	CTCCTA	2	12	285378	285389	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385244340
109	NC_017436	GCAATG	2	12	291497	291508	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385244346
110	NC_017436	CGACAT	2	12	292174	292185	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385244347
111	NC_017436	CCCTTA	2	12	293628	293639	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385244349
112	NC_017436	AAAATA	2	12	295726	295737	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385244351
113	NC_017436	ACCACT	2	12	298081	298092	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385244353
114	NC_017436	CATTGC	2	12	301327	301338	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385244356
115	NC_017436	CCAAAA	2	12	302506	302517	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244357
116	NC_017436	TCTTTT	2	12	304391	304402	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385244359
117	NC_017436	CAAGAC	2	12	305482	305493	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385244360
118	NC_017436	AGCTTA	2	12	306763	306774	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385244362
119	NC_017436	CAAAGA	2	12	312135	312146	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385244366
120	NC_017436	ATGGCT	2	12	312751	312762	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385244367
121	NC_017436	TACAAA	2	12	316941	316952	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385244370
122	NC_017436	TTAATT	2	12	318620	318631	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244372
123	NC_017436	AAAACA	2	12	322106	322117	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	385244374
124	NC_017436	AAAAAG	2	12	323532	323543	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017436	CAGAAC	2	12	344073	344084	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385244393
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129	NC_017436	CAGCCT	2	12	372998	373009	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385244418
130	NC_017436	AGCTGA	2	12	373048	373059	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385244418
131	NC_017436	ATGCTA	2	12	376915	376926	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385244420
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133	NC_017436	ACTGAA	2	12	383662	383673	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385244423
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152	NC_017436	TGATAA	2	12	428521	428532	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385244462
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154	NC_017436	TTCTCC	2	12	442931	442942	0 %	50 %	0 %	50 %	385244475
155	NC_017436	ATGAAG	2	12	451982	451993	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385244483
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157	NC_017436	ATCCGC	2	12	453424	453435	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385244483
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165	NC_017436	CCAATC	2	12	488277	488288	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
166	NC_017436	TTCTTT	2	12	492099	492110	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385244510
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171	NC_017436	AAGAAA	2	12	502595	502606	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
172	NC_017436	GGTAAT	2	12	507397	507408	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244524
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187	NC_017436	AGCCAC	2	12	531164	531175	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	385244544
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216	NC_017436	CAAAGA	2	12	606271	606282	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385244626
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219	NC_017436	CGATAT	3	18	613890	613907	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385244632
220	NC_017436	TCTTTT	2	12	617452	617463	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385244634
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223	NC_017436	CCTTAG	2	12	623245	623256	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385244641
224	NC_017436	AACCTC	2	12	631310	631321	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385244645
225	NC_017436	CTCTTT	2	12	638319	638330	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244654
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228	NC_017436	ATAAAC	2	12	642158	642169	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385244659
229	NC_017436	ATCTTG	2	12	642851	642862	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385244659
230	NC_017436	TTAAAT	2	12	645622	645633	50 %	50 %	0 %	0 %	385244661
231	NC_017436	TTATTT	2	12	648661	648672	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
232	NC_017436	GCTTCT	2	12	650011	650022	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385244665
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234	NC_017436	CACAGG	2	12	652971	652982	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244667
235	NC_017436	TTCTAT	2	12	666800	666811	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385244676
236	NC_017436	AGAAAG	2	12	669122	669133	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244677
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239	NC_017436	GCATCA	2	12	689013	689024	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385244696
240	NC_017436	ATCAAT	2	12	693338	693349	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385244700
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334	NC_017436	TAAAAT	2	12	1041877	1041888	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.