MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D-LC chromosome

Total Repeats: 39

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017436	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017436	TATGGA	2	12	813	824	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017436	CAAAAA	2	12	6252	6263	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017436	AAAAAT	2	12	60814	60825	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017436	ATCTAG	2	12	76543	76554	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_017436	TTTTAG	2	12	115814	115825	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017436	TAAAAA	2	12	120411	120422	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017436	AGAAAA	2	12	182033	182044	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017436	TATGAA	2	12	194846	194857	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017436	TTTTAC	2	12	220860	220871	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_017436	AACCCT	2	12	254577	254588	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_017436	ATTTTT	2	12	255372	255383	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017436	AGGAGA	2	12	270474	270485	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017436	ATATTA	2	12	279372	279383	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017436	AAAAAG	2	12	323532	323543	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017436	AGAATA	2	12	361007	361018	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017436	CCAATC	2	12	488277	488288	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_017436	TAACTA	2	12	502582	502593	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017436	AAGAAA	2	12	502595	502606	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017436	AGAATA	2	12	508570	508581	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017436	AACTAA	2	12	514303	514314	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017436	AAATAA	2	12	530820	530831	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017436	AAAAAT	2	12	566290	566301	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017436	TAGGGG	2	12	605457	605468	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017436	TTATTT	2	12	648661	648672	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017436	TCTGCA	2	12	745117	745128	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017436	TATTTT	2	12	754593	754604	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017436	GAGAAA	2	12	802041	802052	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017436	TTTTCT	2	12	804499	804510	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017436	ATTTTT	2	12	808278	808289	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017436	TTTTTA	2	12	834716	834727	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017436	TAAGGA	2	12	855679	855690	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017436	CCGGAG	2	12	856597	856608	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017436	CCTCTA	2	12	869742	869753	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_017436	TAAGGA	2	12	877724	877735	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017436	CCGGAG	2	12	878642	878653	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_017436	AAACAA	2	12	922759	922770	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017436	ATTTTT	2	12	1038254	1038265	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017436	TAAAAT	2	12	1041877	1041888	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.