MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis D-LC chromosome

Total Repeats: 755

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017436	TGTGA	2	10	3281	3290	20 %	40 %	40 %	0 %	385244091
2	NC_017436	TTGAA	2	10	3637	3646	40 %	40 %	20 %	0 %	385244092
3	NC_017436	GAGAA	2	10	3931	3940	60 %	0 %	40 %	0 %	385244092
4	NC_017436	GAAAA	2	10	4368	4377	80 %	0 %	20 %	0 %	385244092
5	NC_017436	TTACA	2	10	4523	4532	40 %	40 %	0 %	20 %	385244092
6	NC_017436	GTCTT	2	10	5219	5228	0 %	60 %	20 %	20 %	385244093
7	NC_017436	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017436	TGGTA	2	10	7691	7700	20 %	40 %	40 %	0 %	385244095
9	NC_017436	CGAAA	2	10	9099	9108	60 %	0 %	20 %	20 %	385244096
10	NC_017436	GGCTG	2	10	9733	9742	0 %	20 %	60 %	20 %	385244097
11	NC_017436	CCTCT	2	10	10525	10534	0 %	40 %	0 %	60 %	385244098
12	NC_017436	AAAGG	2	10	10684	10693	60 %	0 %	40 %	0 %	385244098
13	NC_017436	AAGAA	2	10	11804	11813	80 %	0 %	20 %	0 %	385244099
14	NC_017436	AAAGA	2	10	13202	13211	80 %	0 %	20 %	0 %	385244100
15	NC_017436	GGTGT	2	10	13306	13315	0 %	40 %	60 %	0 %	385244100
16	NC_017436	GATTT	2	10	15049	15058	20 %	60 %	20 %	0 %	385244102
17	NC_017436	CGTTC	2	10	16160	16169	0 %	40 %	20 %	40 %	385244103
18	NC_017436	GCTTC	2	10	16533	16542	0 %	40 %	20 %	40 %	385244103
19	NC_017436	GAAGG	2	10	16904	16913	40 %	0 %	60 %	0 %	385244103
20	NC_017436	GTTGT	2	10	20330	20339	0 %	60 %	40 %	0 %	385244106
21	NC_017436	AAGAT	2	10	21442	21451	60 %	20 %	20 %	0 %	385244107
22	NC_017436	TTTGC	2	10	22053	22062	0 %	60 %	20 %	20 %	385244107
23	NC_017436	GGAAA	2	10	23807	23816	60 %	0 %	40 %	0 %	385244107
24	NC_017436	AGAGG	2	10	25532	25541	40 %	0 %	60 %	0 %	385244108
25	NC_017436	GGAGA	2	10	27311	27320	40 %	0 %	60 %	0 %	385244109
26	NC_017436	GGATA	2	10	27337	27346	40 %	20 %	40 %	0 %	385244109
27	NC_017436	ATCCG	2	10	28062	28071	20 %	20 %	20 %	40 %	385244111
28	NC_017436	AGGGT	2	10	28580	28589	20 %	20 %	60 %	0 %	385244111
29	NC_017436	CCTAT	2	10	29620	29629	20 %	40 %	0 %	40 %	385244112
30	NC_017436	GAAGG	2	10	30419	30428	40 %	0 %	60 %	0 %	385244113
31	NC_017436	GAGCT	2	10	31459	31468	20 %	20 %	40 %	20 %	385244114
32	NC_017436	AAAGA	2	10	33092	33101	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017436	CTATT	2	10	36133	36142	20 %	60 %	0 %	20 %	385244120
34	NC_017436	TCCTA	2	10	36180	36189	20 %	40 %	0 %	40 %	385244120
35	NC_017436	ACGAT	2	10	38096	38105	40 %	20 %	20 %	20 %	385244121
36	NC_017436	TTTGA	2	10	38461	38470	20 %	60 %	20 %	0 %	385244121
37	NC_017436	AGCAA	2	10	42112	42121	60 %	0 %	20 %	20 %	385244123
38	NC_017436	CGATG	2	10	42169	42178	20 %	20 %	40 %	20 %	385244123
39	NC_017436	TGCAA	2	10	42327	42336	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017436	CAAAA	2	10	42646	42655	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017436	TTTAT	2	10	44243	44252	20 %	80 %	0 %	0 %	385244127
42	NC_017436	CTTTC	2	10	46339	46348	0 %	60 %	0 %	40 %	385244129
43	NC_017436	AGTTT	2	10	46878	46887	20 %	60 %	20 %	0 %	385244129
44	NC_017436	GAAGA	2	10	48011	48020	60 %	0 %	40 %	0 %	385244129
45	NC_017436	CTATT	2	10	49590	49599	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017436	CTTTT	2	10	50041	50050	0 %	80 %	0 %	20 %	385244132
47	NC_017436	CCGTA	2	10	53816	53825	20 %	20 %	20 %	40 %	385244135
48	NC_017436	AATTT	2	10	54056	54065	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017436	TTATC	2	10	55219	55228	20 %	60 %	0 %	20 %	385244136
50	NC_017436	GAGCA	2	10	59665	59674	40 %	0 %	40 %	20 %	385244139
51	NC_017436	TGTGA	2	10	62114	62123	20 %	40 %	40 %	0 %	385244141
52	NC_017436	AGTGA	2	10	63641	63650	40 %	20 %	40 %	0 %	385244142
53	NC_017436	CCTTC	2	10	63915	63924	0 %	40 %	0 %	60 %	385244142
54	NC_017436	AGGAG	2	10	66143	66152	40 %	0 %	60 %	0 %	385244144
55	NC_017436	GTTAA	2	10	66273	66282	40 %	40 %	20 %	0 %	385244144
56	NC_017436	CAAGC	2	10	68651	68660	40 %	0 %	20 %	40 %	385244146
57	NC_017436	AAAAG	2	10	68899	68908	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017436	GCGAT	2	10	69711	69720	20 %	20 %	40 %	20 %	385244147
59	NC_017436	CTCTT	2	10	70065	70074	0 %	60 %	0 %	40 %	385244147
60	NC_017436	AGGGG	2	10	70711	70720	20 %	0 %	80 %	0 %	385244147
61	NC_017436	AAGAA	2	10	70753	70762	80 %	0 %	20 %	0 %	385244147
62	NC_017436	CTTGC	2	10	71842	71851	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_017436	ATTGG	2	10	72043	72052	20 %	40 %	40 %	0 %	385244149
64	NC_017436	GAAAA	2	10	73115	73124	80 %	0 %	20 %	0 %	385244149
65	NC_017436	TGGGA	2	10	73532	73541	20 %	20 %	60 %	0 %	385244150
66	NC_017436	TATTT	2	10	76059	76068	20 %	80 %	0 %	0 %	385244151
67	NC_017436	AAAAG	2	10	76592	76601	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017436	ATCAA	2	10	78290	78299	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017436	TGTCT	2	10	79851	79860	0 %	60 %	20 %	20 %	385244154
70	NC_017436	TTACT	2	10	80358	80367	20 %	60 %	0 %	20 %	385244154
71	NC_017436	AGAAA	2	10	81748	81757	80 %	0 %	20 %	0 %	385244156
72	NC_017436	GGAAG	2	10	82261	82270	40 %	0 %	60 %	0 %	385244156
73	NC_017436	TTTGT	2	10	85026	85035	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017436	GATCC	2	10	85812	85821	20 %	20 %	20 %	40 %	385244159
75	NC_017436	AGAGC	2	10	87147	87156	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017436	AATAA	2	10	88025	88034	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017436	TTTTC	2	10	90879	90888	0 %	80 %	0 %	20 %	385244162
78	NC_017436	GGATG	2	10	91139	91148	20 %	20 %	60 %	0 %	385244163
79	NC_017436	CAACA	2	10	92678	92687	60 %	0 %	0 %	40 %	385244164
80	NC_017436	ACAGC	2	10	93723	93732	40 %	0 %	20 %	40 %	385244166
81	NC_017436	CTTTT	2	10	94097	94106	0 %	80 %	0 %	20 %	385244167
82	NC_017436	GGAAC	2	10	94435	94444	40 %	0 %	40 %	20 %	385244168
83	NC_017436	GGATT	2	10	95335	95344	20 %	40 %	40 %	0 %	385244168
84	NC_017436	AGCAT	2	10	95356	95365	40 %	20 %	20 %	20 %	385244168
85	NC_017436	CAATC	2	10	96437	96446	40 %	20 %	0 %	40 %	385244170
86	NC_017436	TTTGC	2	10	96571	96580	0 %	60 %	20 %	20 %	385244170
87	NC_017436	ATTCA	2	10	96835	96844	40 %	40 %	0 %	20 %	385244170
88	NC_017436	GATCC	2	10	97094	97103	20 %	20 %	20 %	40 %	385244170
89	NC_017436	GTTTT	2	10	97515	97524	0 %	80 %	20 %	0 %	385244170
90	NC_017436	ACAAA	2	10	97642	97651	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017436	AAGCT	2	10	98718	98727	40 %	20 %	20 %	20 %	385244171
92	NC_017436	AGGGG	2	10	99077	99086	20 %	0 %	80 %	0 %	385244171
93	NC_017436	ATAGC	2	10	99776	99785	40 %	20 %	20 %	20 %	385244172
94	NC_017436	AGCGA	2	10	102704	102713	40 %	0 %	40 %	20 %	385244175
95	NC_017436	TTTCT	2	10	103062	103071	0 %	80 %	0 %	20 %	385244175
96	NC_017436	ATCAT	2	10	104268	104277	40 %	40 %	0 %	20 %	385244176
97	NC_017436	GGCAT	2	10	104976	104985	20 %	20 %	40 %	20 %	385244176
98	NC_017436	AAAGC	2	10	108702	108711	60 %	0 %	20 %	20 %	385244179
99	NC_017436	GCATT	2	10	109862	109871	20 %	40 %	20 %	20 %	385244181
100	NC_017436	GCTCT	2	10	113915	113924	0 %	40 %	20 %	40 %	385244183
101	NC_017436	TGTTT	2	10	114539	114548	0 %	80 %	20 %	0 %	385244184
102	NC_017436	CATGT	2	10	114917	114926	20 %	40 %	20 %	20 %	385244184
103	NC_017436	TATCG	2	10	115621	115630	20 %	40 %	20 %	20 %	385244184
104	NC_017436	TTTCT	2	10	116137	116146	0 %	80 %	0 %	20 %	385244185
105	NC_017436	AAAGA	2	10	118383	118392	80 %	0 %	20 %	0 %	385244188
106	NC_017436	GCTTC	2	10	122373	122382	0 %	40 %	20 %	40 %	385244191
107	NC_017436	TACAA	2	10	126161	126170	60 %	20 %	0 %	20 %	385244195
108	NC_017436	ATCCA	2	10	128566	128575	40 %	20 %	0 %	40 %	385244198
109	NC_017436	GAAGA	2	10	130116	130125	60 %	0 %	40 %	0 %	385244198
110	NC_017436	AAAAG	2	10	132029	132038	80 %	0 %	20 %	0 %	385244199
111	NC_017436	GATTC	2	10	132360	132369	20 %	40 %	20 %	20 %	385244199
112	NC_017436	GGATA	2	10	134980	134989	40 %	20 %	40 %	0 %	385244201
113	NC_017436	ATTGG	2	10	135645	135654	20 %	40 %	40 %	0 %	385244202
114	NC_017436	ATTGT	2	10	135678	135687	20 %	60 %	20 %	0 %	385244202
115	NC_017436	TGTTT	2	10	136104	136113	0 %	80 %	20 %	0 %	385244203
116	NC_017436	TTGCA	2	10	136893	136902	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017436	TCCAG	2	10	139849	139858	20 %	20 %	20 %	40 %	385244209
118	NC_017436	GTACA	2	10	140580	140589	40 %	20 %	20 %	20 %	385244210
119	NC_017436	TAGAT	2	10	140953	140962	40 %	40 %	20 %	0 %	385244210
120	NC_017436	AAAAG	2	10	141365	141374	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017436	AAAAC	2	10	141845	141854	80 %	0 %	0 %	20 %	385244211
122	NC_017436	TGCTA	2	10	142931	142940	20 %	40 %	20 %	20 %	385244213
123	NC_017436	GGAGC	2	10	142978	142987	20 %	0 %	60 %	20 %	385244213
124	NC_017436	CTGGG	2	10	144393	144402	0 %	20 %	60 %	20 %	385244215
125	NC_017436	GTTTT	2	10	145140	145149	0 %	80 %	20 %	0 %	385244216
126	NC_017436	GAACC	2	10	148874	148883	40 %	0 %	20 %	40 %	385244217
127	NC_017436	ATTCT	2	10	152369	152378	20 %	60 %	0 %	20 %	385244222
128	NC_017436	CTGTG	2	10	152573	152582	0 %	40 %	40 %	20 %	385244222
129	NC_017436	TTCTT	2	10	155046	155055	0 %	80 %	0 %	20 %	385244225
130	NC_017436	TTCTA	2	10	157151	157160	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017436	AGGAA	2	10	159606	159615	60 %	0 %	40 %	0 %	385244229
132	NC_017436	CAAAA	2	10	161609	161618	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017436	AGAGA	2	10	162837	162846	60 %	0 %	40 %	0 %	385244232
134	NC_017436	AGCAA	2	10	163272	163281	60 %	0 %	20 %	20 %	385244232
135	NC_017436	CAAAA	2	10	166775	166784	80 %	0 %	0 %	20 %	385244234
136	NC_017436	AAGAG	2	10	167608	167617	60 %	0 %	40 %	0 %	385244234
137	NC_017436	GATTG	2	10	167953	167962	20 %	40 %	40 %	0 %	385244234
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176	NC_017436	TTTCT	2	10	215330	215339	0 %	80 %	0 %	20 %	385244277
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244	NC_017436	TCAAT	2	10	321724	321733	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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249	NC_017436	CTAAA	2	10	331488	331497	60 %	20 %	0 %	20 %	385244384
250	NC_017436	CAAAA	2	10	331968	331977	80 %	0 %	0 %	20 %	385244384
251	NC_017436	GCAAC	2	10	333669	333678	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
252	NC_017436	CTTGT	2	10	333729	333738	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
253	NC_017436	CCTTT	2	10	334185	334194	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
254	NC_017436	CTAAA	2	10	337288	337297	60 %	20 %	0 %	20 %	385244388
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256	NC_017436	TCCAT	2	10	338006	338015	20 %	40 %	0 %	40 %	385244388
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259	NC_017436	CATTG	2	10	342202	342211	20 %	40 %	20 %	20 %	385244391
260	NC_017436	ATCCC	2	10	344255	344264	20 %	20 %	0 %	60 %	385244393
261	NC_017436	AAAAG	2	10	347152	347161	80 %	0 %	20 %	0 %	385244395
262	NC_017436	GTTAC	2	10	349908	349917	20 %	40 %	20 %	20 %	385244399
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264	NC_017436	CCTTC	2	10	353332	353341	0 %	40 %	0 %	60 %	385244400
265	NC_017436	CACGA	2	10	356843	356852	40 %	0 %	20 %	40 %	385244401
266	NC_017436	ATTTA	2	10	357428	357437	40 %	60 %	0 %	0 %	385244401
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