MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D-LC chromosome

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017436	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017436	AAAGA	2	10	33092	33101	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017436	TGCAA	2	10	42327	42336	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017436	CAAAA	2	10	42646	42655	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017436	CTATT	2	10	49590	49599	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017436	AATTT	2	10	54056	54065	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017436	AAAAG	2	10	68899	68908	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017436	CTTGC	2	10	71842	71851	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_017436	AAAAG	2	10	76592	76601	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017436	ATCAA	2	10	78290	78299	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017436	TTTGT	2	10	85026	85035	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017436	AGAGC	2	10	87147	87156	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017436	AATAA	2	10	88025	88034	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017436	ACAAA	2	10	97642	97651	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017436	TTGCA	2	10	136893	136902	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017436	AAAAG	2	10	141365	141374	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017436	TTCTA	2	10	157151	157160	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017436	CAAAA	2	10	161609	161618	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017436	AGAAA	2	10	181970	181979	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017436	CGATA	2	10	187347	187356	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017436	CTAAG	2	10	202477	202486	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017436	ATTTC	2	10	221003	221012	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017436	CAATA	2	10	224126	224135	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017436	TACAA	2	10	247838	247847	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017436	TTTCA	2	10	263949	263958	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017436	TGTTT	2	10	301661	301670	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017436	AGAAC	2	10	307934	307943	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017436	TCAAT	2	10	321724	321733	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017436	GCAAC	2	10	333669	333678	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_017436	CTTGT	2	10	333729	333738	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017436	CCTTT	2	10	334185	334194	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_017436	AAGGC	2	10	361940	361949	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017436	GCTTC	2	10	364050	364059	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_017436	AGTAG	2	10	364127	364136	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017436	TCTCT	2	10	367594	367603	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_017436	AACAA	2	10	367977	367986	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017436	AAAAC	2	10	368299	368308	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017436	AAGCG	2	10	403808	403817	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017436	GTATA	2	10	416057	416066	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017436	AGCAA	2	10	416093	416102	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017436	AAAAT	2	10	417942	417951	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017436	CTCTT	2	10	428006	428015	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_017436	TAAAA	2	10	430549	430558	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017436	AGAAA	2	10	436223	436232	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017436	CTCTT	2	10	436262	436271	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_017436	GAAGA	2	10	436272	436281	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017436	AAATT	2	10	436551	436560	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017436	AATTT	2	10	436572	436581	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017436	TAAAA	2	10	464784	464793	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017436	CAAAA	2	10	485185	485194	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017436	AATCT	2	10	502527	502536	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017436	CTTCT	2	10	502740	502749	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_017436	TTTCT	2	10	508127	508136	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017436	CCTTT	2	10	509136	509145	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_017436	TAAAA	2	10	514152	514161	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017436	AGGAA	2	10	516136	516145	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017436	ATGAA	2	10	516160	516169	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017436	TTGGA	2	10	523601	523610	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017436	CAAAA	2	10	524367	524376	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017436	TTTTC	2	10	536395	536404	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017436	GCGTA	2	10	539830	539839	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017436	ATAAA	2	10	540124	540133	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017436	AAAAG	2	10	557648	557657	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017436	GAAAA	2	10	564832	564841	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017436	ATTTT	2	10	566270	566279	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017436	ATACT	2	10	572342	572351	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017436	TCCCC	2	10	575135	575144	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
68	NC_017436	AAAGG	2	10	581297	581306	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017436	TTTCC	2	10	628916	628925	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_017436	ATTAA	2	10	636867	636876	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017436	TCGTC	2	10	649765	649774	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_017436	TAAAA	2	10	685395	685404	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017436	TCTGC	2	10	686177	686186	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_017436	TTTAT	2	10	697348	697357	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017436	TCATG	2	10	697543	697552	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017436	AAAAC	2	10	701661	701670	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017436	GAAAA	2	10	707010	707019	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017436	TTATT	2	10	714057	714066	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017436	GAAGA	2	10	736951	736960	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017436	AGAAT	2	10	759757	759766	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017436	AGGGG	2	10	759988	759997	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017436	ATTTT	2	10	778725	778734	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017436	AAAAG	2	10	780546	780555	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017436	AGGTA	2	10	783945	783954	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017436	TCCTT	2	10	785128	785137	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_017436	CTCCA	2	10	785283	785292	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
87	NC_017436	AAAAC	2	10	796324	796333	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017436	TTTCT	2	10	804545	804554	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017436	AGAAA	2	10	813077	813086	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017436	CTTTT	2	10	859167	859176	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017436	GCTTT	2	10	863059	863068	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017436	AGAAA	2	10	863518	863527	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017436	CTTTT	2	10	881212	881221	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_017436	TAGAA	2	10	889682	889691	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017436	CTTTT	2	10	905722	905731	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017436	TTTTA	2	10	906467	906476	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017436	AGAGC	2	10	908755	908764	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017436	AAGAG	2	10	928427	928436	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017436	GCTAG	2	10	928453	928462	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017436	CTTCA	2	10	961691	961700	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_017436	CTAGT	2	10	968548	968557	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017436	TAAAA	2	10	984541	984550	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017436	GGAAA	2	10	999218	999227	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017436	GAAAA	2	10	999647	999656	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017436	CGGGG	2	10	1005984	1005993	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017436	TATTT	2	10	1008143	1008152	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017436	TAGAA	2	10	1019571	1019580	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017436	TTTTC	2	10	1037945	1037954	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017436	AAAAG	2	10	1038576	1038585	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017436	GTTAG	2	10	1038768	1038777	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017436	TTATT	2	10	1041843	1041852	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017436	TTTTA	2	10	1041893	1041902	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.