MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D-LC chromosome

Total Repeats: 337

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017436	AATG	2	8	466	473	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017436	CTAT	2	8	800	807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017436	AAGG	2	8	1309	1316	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017436	GGAG	2	8	6306	6313	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017436	TATG	2	8	6955	6962	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017436	ATTT	2	8	7096	7103	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017436	TTTG	2	8	7188	7195	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017436	TATT	2	8	9310	9317	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017436	AGAA	2	8	11202	11209	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017436	AAGG	2	8	13438	13445	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017436	CAAA	2	8	16072	16079	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_017436	CGCT	2	8	21268	21275	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
13	NC_017436	TTAA	2	8	21289	21296	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017436	GTTA	2	8	21326	21333	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017436	GATC	2	8	21381	21388	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_017436	ATTG	2	8	27938	27945	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017436	TGTT	2	8	43817	43824	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017436	AATA	2	8	44056	44063	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017436	GTTT	2	8	54040	54047	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017436	TGTT	2	8	54048	54055	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017436	TAAT	2	8	54092	54099	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017436	CAGA	2	8	60637	60644	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_017436	AAGG	2	8	67385	67392	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017436	GATA	2	8	71866	71873	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017436	TCTA	2	8	76525	76532	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_017436	GTTT	2	8	79300	79307	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017436	ATTC	2	8	79503	79510	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_017436	GGTT	2	8	79653	79660	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017436	ACTT	2	8	87325	87332	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_017436	GTTT	2	8	87958	87965	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017436	TTTA	2	8	87981	87988	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017436	GTTT	2	8	87993	88000	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017436	GTTT	2	8	88044	88051	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017436	AACA	2	8	88057	88064	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_017436	AAAT	2	8	93589	93596	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017436	TATT	2	8	97619	97626	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017436	AAGA	2	8	106606	106613	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017436	CTGG	2	8	120307	120314	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_017436	GTTT	2	8	134805	134812	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017436	TACA	2	8	144259	144266	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_017436	ATCT	2	8	151524	151531	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_017436	GCTG	2	8	151563	151570	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_017436	TGTT	2	8	157138	157145	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017436	AAAG	2	8	157981	157988	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017436	TTTA	2	8	157990	157997	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017436	TAAT	2	8	158107	158114	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017436	TAAT	2	8	158943	158950	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017436	GCTT	2	8	161579	161586	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_017436	CTTC	2	8	165650	165657	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_017436	TTAG	2	8	170058	170065	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017436	AAAC	2	8	171805	171812	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_017436	GTAT	2	8	172987	172994	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017436	TTCC	2	8	180580	180587	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_017436	AAAC	2	8	180683	180690	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_017436	AAGA	2	8	181991	181998	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017436	GGAC	2	8	187788	187795	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_017436	ATGC	2	8	192603	192610	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_017436	CTTT	2	8	192744	192751	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_017436	ATTT	2	8	196193	196200	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017436	ACGA	2	8	202311	202318	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_017436	GAAA	2	8	202597	202604	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017436	CCTT	2	8	215731	215738	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_017436	CTAT	2	8	219458	219465	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_017436	GCAA	2	8	219701	219708	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_017436	CTTG	2	8	221385	221392	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_017436	AAAC	2	8	225115	225122	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_017436	TCCT	2	8	227740	227747	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_017436	AAAT	2	8	243355	243362	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017436	AAGA	2	8	243374	243381	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017436	TAAA	2	8	246809	246816	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017436	AATA	2	8	250468	250475	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017436	GAAA	2	8	252088	252095	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017436	GCAG	2	8	252137	252144	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_017436	AGAA	2	8	252170	252177	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017436	CCAA	2	8	254053	254060	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_017436	AAAC	2	8	254651	254658	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_017436	TAAA	2	8	264059	264066	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017436	ATTT	2	8	273507	273514	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017436	GTTT	2	8	279349	279356	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017436	AAAG	2	8	279384	279391	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017436	TGCC	2	8	279872	279879	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
82	NC_017436	GGGA	2	8	283720	283727	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017436	TAAA	2	8	284862	284869	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017436	GATA	2	8	286523	286530	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017436	AATC	2	8	291648	291655	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_017436	ACAA	2	8	297419	297426	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_017436	CCCT	2	8	299316	299323	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
88	NC_017436	ACTA	2	8	301565	301572	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_017436	TAAA	2	8	301788	301795	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017436	TCCA	2	8	304947	304954	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_017436	TCCC	2	8	305149	305156	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
92	NC_017436	AATA	2	8	317710	317717	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017436	TAAA	2	8	317731	317738	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017436	CAGA	2	8	317739	317746	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_017436	AATA	2	8	317806	317813	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017436	CAAT	2	8	327412	327419	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_017436	GCTA	2	8	328102	328109	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_017436	TTAA	2	8	333445	333452	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017436	CAAG	2	8	339977	339984	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_017436	TTTA	2	8	363484	363491	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017436	CAAA	2	8	363778	363785	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_017436	TAGT	2	8	364088	364095	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017436	TATG	2	8	367362	367369	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017436	GCTT	2	8	368036	368043	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_017436	TAAA	2	8	368314	368321	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017436	AAAT	2	8	369233	369240	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017436	CCTT	2	8	369255	369262	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_017436	ATCT	2	8	369288	369295	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_017436	CAAC	2	8	371787	371794	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_017436	TAAA	2	8	381067	381074	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017436	TTTA	2	8	391034	391041	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017436	GATT	2	8	391793	391800	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017436	AATT	2	8	391842	391849	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017436	ATAA	2	8	391902	391909	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017436	TTAT	2	8	395235	395242	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017436	GCAA	2	8	395288	395295	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_017436	TCAT	2	8	404573	404580	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_017436	CAAA	2	8	406709	406716	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_017436	CTTG	2	8	409643	409650	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_017436	ATGC	2	8	411247	411254	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_017436	ATTT	2	8	416128	416135	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017436	AGAA	2	8	416138	416145	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017436	ATTA	2	8	417927	417934	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017436	TTCT	2	8	427985	427992	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_017436	AACT	2	8	430217	430224	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_017436	CAAA	2	8	430565	430572	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_017436	AAAT	2	8	440430	440437	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017436	TAAC	2	8	442996	443003	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_017436	AATT	2	8	447860	447867	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017436	AAAC	2	8	447873	447880	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_017436	CTTC	2	8	448015	448022	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_017436	TCTT	2	8	453680	453687	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_017436	TAAT	2	8	453693	453700	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017436	GCAA	2	8	457347	457354	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NC_017436	CTTT	2	8	464896	464903	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_017436	TTCT	2	8	466337	466344	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_017436	CAAA	2	8	466362	466369	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_017436	AGAA	2	8	485386	485393	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017436	GATC	2	8	488106	488113	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_017436	GACA	2	8	488619	488626	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_017436	AACA	2	8	488983	488990	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_017436	TAAA	2	8	489046	489053	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017436	AAGT	2	8	491435	491442	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017436	ATTT	2	8	502574	502581	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017436	TATT	2	8	503490	503497	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017436	TTTG	2	8	508584	508591	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017436	TAAT	2	8	508698	508705	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017436	TAGT	2	8	513710	513717	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017436	ACTA	2	8	513736	513743	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_017436	CAAA	2	8	514221	514228	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_017436	ACAA	2	8	514272	514279	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_017436	AATA	2	8	514295	514302	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.