MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D-LC chromosome

Total Repeats: 1292

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017436	GCC	2	6	4	9	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_017436	TGC	2	6	63	68	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017436	ATT	2	6	75	80	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017436	CGA	2	6	97	102	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017436	TAT	2	6	239	244	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017436	GAA	2	6	286	291	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017436	AGA	2	6	315	320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017436	AGA	2	6	369	374	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017436	CAA	2	6	442	447	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_017436	TTG	2	6	585	590	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017436	CTC	2	6	614	619	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_017436	GAT	2	6	676	681	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017436	GAT	2	6	730	735	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017436	ATG	2	6	793	798	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017436	CCT	2	6	952	957	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_017436	CTT	2	6	1013	1018	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017436	CAG	2	6	1078	1083	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017436	TGA	2	6	1139	1144	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017436	AAG	2	6	1220	1225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017436	TGG	2	6	1236	1241	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017436	CTT	2	6	1243	1248	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017436	TAA	2	6	1651	1656	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017436	GCA	2	6	5055	5060	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017436	AGA	2	6	5082	5087	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017436	CTT	2	6	6362	6367	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_017436	TTA	2	6	7154	7159	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017436	GAA	2	6	7203	7208	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017436	ATG	2	6	7238	7243	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017436	TTC	3	9	9176	9184	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_017436	ATC	2	6	9192	9197	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017436	GAA	2	6	9230	9235	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017436	CCT	2	6	9331	9336	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_017436	TAG	2	6	11192	11197	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017436	CTT	2	6	11242	11247	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_017436	TCA	2	6	11279	11284	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017436	ATT	2	6	13373	13378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017436	AAG	2	6	13390	13395	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017436	TTA	2	6	13416	13421	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017436	AAG	2	6	13450	13455	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017436	AAC	2	6	13534	13539	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017436	GAA	2	6	18374	18379	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017436	CTT	3	9	19892	19900	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017436	GAA	2	6	20417	20422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017436	CCT	2	6	20565	20570	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_017436	GGA	2	6	20611	20616	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017436	AGA	3	9	20651	20659	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017436	TGG	2	6	20870	20875	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017436	AAC	2	6	20909	20914	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_017436	AGC	2	6	20926	20931	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017436	AGG	2	6	21015	21020	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017436	TGA	2	6	21127	21132	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017436	TCC	2	6	21244	21249	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_017436	TTA	2	6	24573	24578	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017436	ACT	2	6	26527	26532	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017436	TAA	2	6	27880	27885	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017436	AGA	2	6	27992	27997	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017436	CTG	2	6	33121	33126	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_017436	CTT	2	6	36478	36483	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_017436	TAA	2	6	38816	38821	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017436	AAG	2	6	38857	38862	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017436	CTC	2	6	40135	40140	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_017436	AAG	2	6	40220	40225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017436	GCT	2	6	40435	40440	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017436	GAA	2	6	40501	40506	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017436	CTT	2	6	40516	40521	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017436	AGG	2	6	40530	40535	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017436	TTG	2	6	40688	40693	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017436	GCT	2	6	40723	40728	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_017436	TAA	2	6	40896	40901	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017436	TCT	2	6	40902	40907	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017436	AAG	2	6	41006	41011	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017436	TTC	2	6	41049	41054	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017436	ATG	2	6	42377	42382	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017436	GAG	2	6	42391	42396	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017436	ACC	2	6	42535	42540	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_017436	GAT	2	6	42676	42681	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017436	AAG	2	6	42682	42687	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017436	GGA	2	6	42734	42739	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017436	TAA	2	6	42832	42837	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017436	ACT	2	6	44064	44069	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_017436	AAG	2	6	45915	45920	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017436	TGT	2	6	48062	48067	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017436	GTC	2	6	48740	48745	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017436	AAG	2	6	48762	48767	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017436	TAT	2	6	48791	48796	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017436	AGA	2	6	49561	49566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017436	AAG	2	6	49623	49628	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017436	TCT	2	6	49637	49642	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_017436	ACT	2	6	49678	49683	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017436	AAT	2	6	49713	49718	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017436	TGT	2	6	49735	49740	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017436	GCC	2	6	49782	49787	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_017436	ATT	2	6	49831	49836	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017436	CAA	2	6	49850	49855	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_017436	TAA	2	6	51408	51413	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017436	AGT	3	9	51476	51484	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017436	GCA	2	6	51532	51537	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_017436	CTG	2	6	51547	51552	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017436	GTA	2	6	51564	51569	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017436	AAG	2	6	51585	51590	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017436	AAG	2	6	51630	51635	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017436	AGC	2	6	51671	51676	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_017436	AAG	2	6	51738	51743	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017436	AGC	2	6	51779	51784	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_017436	AAG	2	6	51846	51851	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017436	AGC	2	6	51887	51892	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_017436	CAA	2	6	51922	51927	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_017436	GAT	2	6	52129	52134	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017436	CTT	2	6	57278	57283	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_017436	TCC	2	6	57338	57343	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
111	NC_017436	TAA	2	6	60692	60697	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017436	AAG	2	6	60754	60759	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017436	AGG	2	6	60762	60767	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017436	ACA	2	6	68568	68573	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017436	AGA	2	6	71763	71768	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017436	CGT	2	6	71811	71816	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_017436	AAG	2	6	74604	74609	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017436	ACT	2	6	74619	74624	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_017436	AGT	2	6	74655	74660	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017436	CTT	2	6	76624	76629	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_017436	GAG	3	9	78384	78392	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017436	AGG	2	6	78415	78420	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017436	ACC	2	6	78466	78471	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_017436	CAT	2	6	79319	79324	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_017436	TAG	2	6	79335	79340	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017436	TTC	2	6	79369	79374	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_017436	GTT	2	6	79387	79392	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017436	GTT	2	6	79429	79434	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017436	ATT	2	6	79438	79443	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017436	AGG	2	6	79568	79573	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017436	TAG	2	6	79640	79645	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017436	GTG	2	6	84984	84989	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017436	GTA	2	6	85008	85013	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017436	AGC	2	6	85080	85085	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017436	TTG	2	6	87107	87112	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017436	TCT	2	6	87129	87134	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_017436	ATG	2	6	87213	87218	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017436	ATG	2	6	87237	87242	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017436	CAT	2	6	87292	87297	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_017436	TCT	3	9	87300	87308	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_017436	AGA	2	6	87365	87370	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017436	AAG	2	6	87413	87418	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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