MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D-EC chromosome

Total Repeats: 295

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017434	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385243212
2	NC_017434	TAGCAA	2	12	10828	10839	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385243218
3	NC_017434	AAAGCT	2	12	10959	10970	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385243218
4	NC_017434	TAGTGA	2	12	12105	12116	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385243219
5	NC_017434	GTTCCT	2	12	19390	19401	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385243225
6	NC_017434	CTTTTT	2	12	21544	21555	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385243227
7	NC_017434	GTGAGG	2	12	25474	25485	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	385243228
8	NC_017434	GGATTT	2	12	35951	35962	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385243240
9	NC_017434	AATTAG	2	12	37372	37383	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385243241
10	NC_017434	TTCCTG	2	12	37671	37682	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385243241
11	NC_017434	TTTTGA	2	12	44980	44991	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385243247
12	NC_017434	TGAACG	2	12	52329	52340	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385243254
13	NC_017434	GTGATT	2	12	52348	52359	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385243254
14	NC_017434	GATCTG	2	12	54981	54992	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385243256
15	NC_017434	GTGTAA	2	12	55029	55040	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385243256
16	NC_017434	GGTTCA	2	12	55118	55129	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385243256
17	NC_017434	CTGGAG	2	12	56027	56038	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385243257
18	NC_017434	GAAAAG	2	12	56221	56232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385243257
19	NC_017434	AGTTGT	2	12	57590	57601	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385243258
20	NC_017434	TCTTGT	2	12	58508	58519	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385243258
21	NC_017434	TGAAAA	2	12	58980	58991	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385243259
22	NC_017434	TCCTAA	2	12	59319	59330	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385243259
23	NC_017434	GTTCTT	2	12	63239	63250	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385243261
24	NC_017434	CTATTT	2	12	71561	71572	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385243268
25	NC_017434	ACTCTT	2	12	72690	72701	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385243269
26	NC_017434	TTTCTG	2	12	73240	73251	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385243270
27	NC_017434	GATCAT	2	12	73370	73381	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385243270
28	NC_017434	TAGTAC	2	12	76364	76375	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385243271
29	NC_017434	GGTTTA	2	12	80014	80025	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385243274
30	NC_017434	TTTAGT	2	12	81787	81798	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385243276
31	NC_017434	GTCTGT	2	12	83058	83069	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385243277
32	NC_017434	TTCTGA	2	12	88672	88683	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385243280
33	NC_017434	AAAAGA	2	12	93736	93747	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385243286
34	NC_017434	AGCTGT	2	12	95829	95840	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385243288
35	NC_017434	TCTTTT	2	12	96494	96505	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385243290
36	NC_017434	GGGGCT	2	12	97442	97453	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	385243290
37	NC_017434	TTTGAG	2	12	99646	99657	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385243292
38	NC_017434	TCAGAA	2	12	106287	106298	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385243297
39	NC_017434	CATAAC	2	12	109331	109342	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385243300
40	NC_017434	TGTTCT	2	12	112095	112106	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385243302
41	NC_017434	ACTTCG	2	12	115379	115390	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385243304
42	NC_017434	TTGCCA	2	12	118919	118930	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385243309
43	NC_017434	TTGGTA	2	12	120459	120470	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385243311
44	NC_017434	AGGATC	2	12	120838	120849	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385243311
45	NC_017434	AAGGGT	2	12	122645	122656	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385243312
46	NC_017434	GGGTTT	2	12	123608	123619	0 %	50 %	50 %	0 %	385243313
47	NC_017434	TTGCAT	2	12	123890	123901	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385243313
48	NC_017434	AAGAGA	2	12	124259	124270	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385243313
49	NC_017434	TTAAAA	2	12	133192	133203	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385243319
50	NC_017434	AGGTTG	2	12	134434	134445	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	385243320
51	NC_017434	CTGTTT	2	12	135129	135140	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385243321
52	NC_017434	GAGTTA	2	12	139484	139495	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385243329
53	NC_017434	TGGAAA	2	12	142037	142048	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385243332
54	NC_017434	TGGAAT	2	12	142912	142923	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385243333
55	NC_017434	ATGGTT	2	12	143156	143167	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385243333
56	NC_017434	TGCTCT	2	12	145348	145359	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385243336
57	NC_017434	GAAAGG	2	12	149086	149097	50 %	0 %	50 %	0 %	385243338
58	NC_017434	GCTTTG	2	12	149329	149340	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385243338
59	NC_017434	TGTGCG	2	12	153452	153463	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	385243343
60	NC_017434	CCTCAT	2	12	154750	154761	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385243344
61	NC_017434	TGGAGA	2	12	156208	156219	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385243346
62	NC_017434	CTCCAT	2	12	157578	157589	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385243347
63	NC_017434	TCCTTG	2	12	158174	158185	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385243348
64	NC_017434	AAGTTT	2	12	158259	158270	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385243348
65	NC_017434	AACAGC	2	12	160811	160822	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385243351
66	NC_017434	AAAAAG	2	12	173398	173409	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385243358
67	NC_017434	ACTTCT	2	12	189136	189147	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385243372
68	NC_017434	ATTTGC	2	12	191829	191840	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385243373
69	NC_017434	AAACAT	2	12	192919	192930	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385243376
70	NC_017434	AGCAAC	2	12	193254	193265	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385243376
71	NC_017434	TTGCCT	2	12	195968	195979	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385243380
72	NC_017434	TCTGGA	2	12	199218	199229	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385243384
73	NC_017434	CTGGAT	2	12	214809	214820	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385243397
74	NC_017434	GAAATA	2	12	215132	215143	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385243397
75	NC_017434	GATGCA	2	12	222023	222034	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385243404
76	NC_017434	ACTCCA	2	12	222913	222924	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385243405
77	NC_017434	CTGCTT	2	12	223145	223156	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385243405
78	NC_017434	ATTGCT	2	12	226454	226465	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385243408
79	NC_017434	TCCTAG	2	12	226744	226755	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385243408
80	NC_017434	GCAACG	2	12	227232	227243	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385243409
81	NC_017434	CTTAGC	2	12	229865	229876	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385243411
82	NC_017434	TTCCTT	2	12	236697	236708	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385243416
83	NC_017434	TCTCCT	2	12	239578	239589	0 %	50 %	0 %	50 %	385243417
84	NC_017434	AAACCA	2	12	240153	240164	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385243418
85	NC_017434	CCTGCA	2	12	255535	255546	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385243436
86	NC_017434	ACCTTT	2	12	260730	260741	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385243441
87	NC_017434	TCATAA	2	12	268577	268588	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385243448
88	NC_017434	AAGTGT	2	12	269303	269314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385243448
89	NC_017434	ATCTAA	2	12	272581	272592	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385243451
90	NC_017434	TGGAAT	2	12	274779	274790	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385243453
91	NC_017434	GGAACA	2	12	278666	278677	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385243455
92	NC_017434	CACGCG	2	12	281039	281050	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	385243457
93	NC_017434	TTTCTT	2	12	281218	281229	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385243457
94	NC_017434	CTCCTA	2	12	285380	285391	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385243460
95	NC_017434	GCAATG	2	12	291499	291510	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385243466
96	NC_017434	CGACAT	2	12	292176	292187	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385243467
97	NC_017434	CCCTTA	2	12	293630	293641	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385243469
98	NC_017434	AAAATA	2	12	295728	295739	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385243471
99	NC_017434	ACCACT	2	12	298083	298094	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385243473
100	NC_017434	CATTGC	2	12	301329	301340	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385243476
101	NC_017434	CCAAAA	2	12	302508	302519	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385243477
102	NC_017434	TCTTTT	2	12	304393	304404	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385243479
103	NC_017434	CAAGAC	2	12	305484	305495	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385243480
104	NC_017434	AGCTTA	2	12	306765	306776	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385243482
105	NC_017434	CAAAGA	2	12	312137	312148	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385243486
106	NC_017434	ATGGCT	2	12	312753	312764	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385243487
107	NC_017434	TACAAA	2	12	316943	316954	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385243490
108	NC_017434	TTAATT	2	12	318622	318633	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385243492
109	NC_017434	AAAACA	2	12	322108	322119	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	385243494
110	NC_017434	CAGAAC	2	12	344075	344086	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385243513
111	NC_017434	ATTCAA	2	12	349052	349063	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385243518
112	NC_017434	TTCTTA	2	12	361029	361040	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385243526
113	NC_017434	CAGCCT	2	12	373000	373011	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385243538
114	NC_017434	AGCTGA	2	12	373050	373061	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385243538
115	NC_017434	ATGCTA	2	12	376917	376928	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385243540
116	NC_017434	CAATAG	2	12	383523	383534	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385243543
117	NC_017434	ACTGAA	2	12	383664	383675	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385243543
118	NC_017434	CTGCAC	2	12	383857	383868	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385243543
119	NC_017434	TCCATA	2	12	394215	394226	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385243551
120	NC_017434	TTAGGT	2	12	395573	395584	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385243553
121	NC_017434	AGGGAA	2	12	396899	396910	50 %	0 %	50 %	0 %	385243554
122	NC_017434	CTGAAG	2	12	397734	397745	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385243555
123	NC_017434	TAATCT	2	12	403142	403153	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385243558
124	NC_017434	GAACAA	2	12	403644	403655	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385243559
125	NC_017434	CTAAAG	2	12	404027	404038	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385243560
126	NC_017434	CCTTTC	2	12	405191	405202	0 %	50 %	0 %	50 %	385243561
127	NC_017434	TTTTAA	2	12	409055	409066	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385243563
128	NC_017434	ACATGC	2	12	414734	414745	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385243570
129	NC_017434	GGCTCT	2	12	415469	415480	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385243571
130	NC_017434	ATCTTG	2	12	417063	417074	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385243572
131	NC_017434	CCCCCA	2	12	418397	418408	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	385243573
132	NC_017434	TTCCTC	2	12	422462	422473	0 %	50 %	0 %	50 %	385243577
133	NC_017434	CTCTAC	2	12	425711	425722	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385243579
134	NC_017434	ACATCA	2	12	426356	426367	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385243580
135	NC_017434	CGGAAT	2	12	426618	426629	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385243581
136	NC_017434	TGATAA	2	12	428523	428534	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385243582
137	NC_017434	AGCTAA	2	12	430897	430908	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385243585
138	NC_017434	TTCTCC	2	12	442933	442944	0 %	50 %	0 %	50 %	385243595
139	NC_017434	ATGAAG	2	12	451984	451995	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385243603
140	NC_017434	TAACTC	2	12	452501	452512	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385243603
141	NC_017434	ATCCGC	2	12	453426	453437	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385243603
142	NC_017434	CTAAAG	2	12	455844	455855	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385243604
143	NC_017434	CCAATA	2	12	460829	460840	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385243608
144	NC_017434	ATCGGC	2	12	466676	466687	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385243616
145	NC_017434	TATTGG	2	12	467269	467280	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385243616
146	NC_017434	AAATAC	2	12	477609	477620	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385243620
147	NC_017434	TCTTCA	2	12	480048	480059	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385243621
148	NC_017434	CTACAA	2	12	483811	483822	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385243621
149	NC_017434	TTCTTT	2	12	492101	492112	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385243630
150	NC_017434	CTGAAG	2	12	495160	495171	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385243632
151	NC_017434	TGAGTA	2	12	495614	495625	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385243632
152	NC_017434	AAACTG	2	12	499061	499072	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385243636
153	NC_017434	GGTAAT	2	12	507399	507410	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385243644
154	NC_017434	AGTTTT	2	12	508407	508418	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385243646
155	NC_017434	GGTTGT	2	12	510535	510546	0 %	50 %	50 %	0 %	385243648
156	NC_017434	GCTGTT	2	12	512894	512905	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385243650
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158	NC_017434	TGAACT	2	12	516895	516906	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385243654
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169	NC_017434	AGGGAA	2	12	539400	539411	50 %	0 %	50 %	0 %	385243671
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185	NC_017434	CTCCAT	2	12	579047	579058	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385243706
186	NC_017434	TTCAAA	2	12	585393	585404	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385243714
187	NC_017434	TTTGTT	2	12	586175	586186	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	385243716
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189	NC_017434	CTGATA	2	12	600531	600542	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385243740
190	NC_017434	CTGCTC	2	12	600579	600590	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	385243740
191	NC_017434	AGTCCA	2	12	602491	602502	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385243741
192	NC_017434	CAAAGA	2	12	606273	606284	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385243746
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194	NC_017434	GGATGG	2	12	611564	611575	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	385243751
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218	NC_017434	GAAAGA	2	12	706301	706312	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385243828
219	NC_017434	TCTTGA	2	12	711395	711406	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385243831
220	NC_017434	TATCCA	2	12	721578	721589	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385243841
221	NC_017434	TATTGA	2	12	737466	737477	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385243850
222	NC_017434	TGTGAT	2	12	745762	745773	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385243857
223	NC_017434	CAGGAA	2	12	748988	748999	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385243859
224	NC_017434	GGGAAG	2	12	758717	758728	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385243870
225	NC_017434	GGAAGA	2	12	762375	762386	50 %	0 %	50 %	0 %	385243872
226	NC_017434	ATGCAA	2	12	764687	764698	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385243876
227	NC_017434	GAGAAA	2	12	764916	764927	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385243876
228	NC_017434	TATATT	2	12	770356	770367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385243881
229	NC_017434	TTTCCA	2	12	777178	777189	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385243887
230	NC_017434	TAGCTG	2	12	779128	779139	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385243889
231	NC_017434	ATGAAG	2	12	783775	783786	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385243890
232	NC_017434	ATTAGG	2	12	789560	789571	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385243895
233	NC_017434	CCCTGA	2	12	792556	792567	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385243898
234	NC_017434	AGAATT	2	12	795478	795489	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385243901
235	NC_017434	AAGCTC	2	12	795717	795728	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385243901
236	NC_017434	TTTCTT	2	12	798583	798594	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385243903
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.