MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis D-EC chromosome

Total Repeats: 755

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017434	TGTGA	2	10	3281	3290	20 %	40 %	40 %	0 %	385243211
2	NC_017434	TTGAA	2	10	3637	3646	40 %	40 %	20 %	0 %	385243212
3	NC_017434	GAGAA	2	10	3931	3940	60 %	0 %	40 %	0 %	385243212
4	NC_017434	GAAAA	2	10	4368	4377	80 %	0 %	20 %	0 %	385243212
5	NC_017434	TTACA	2	10	4523	4532	40 %	40 %	0 %	20 %	385243212
6	NC_017434	GTCTT	2	10	5219	5228	0 %	60 %	20 %	20 %	385243213
7	NC_017434	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017434	TGGTA	2	10	7691	7700	20 %	40 %	40 %	0 %	385243215
9	NC_017434	CGAAA	2	10	9099	9108	60 %	0 %	20 %	20 %	385243216
10	NC_017434	GGCTG	2	10	9733	9742	0 %	20 %	60 %	20 %	385243217
11	NC_017434	CCTCT	2	10	10525	10534	0 %	40 %	0 %	60 %	385243218
12	NC_017434	AAAGG	2	10	10684	10693	60 %	0 %	40 %	0 %	385243218
13	NC_017434	AAGAA	2	10	11804	11813	80 %	0 %	20 %	0 %	385243219
14	NC_017434	AAAGA	2	10	13202	13211	80 %	0 %	20 %	0 %	385243220
15	NC_017434	GGTGT	2	10	13306	13315	0 %	40 %	60 %	0 %	385243220
16	NC_017434	GATTT	2	10	15049	15058	20 %	60 %	20 %	0 %	385243222
17	NC_017434	CGTTC	2	10	16160	16169	0 %	40 %	20 %	40 %	385243223
18	NC_017434	GCTTC	2	10	16533	16542	0 %	40 %	20 %	40 %	385243223
19	NC_017434	GAAGG	2	10	16904	16913	40 %	0 %	60 %	0 %	385243223
20	NC_017434	GTTGT	2	10	20330	20339	0 %	60 %	40 %	0 %	385243226
21	NC_017434	AAGAT	2	10	21442	21451	60 %	20 %	20 %	0 %	385243227
22	NC_017434	TTTGC	2	10	22053	22062	0 %	60 %	20 %	20 %	385243227
23	NC_017434	GGAAA	2	10	23807	23816	60 %	0 %	40 %	0 %	385243227
24	NC_017434	AGAGG	2	10	25532	25541	40 %	0 %	60 %	0 %	385243228
25	NC_017434	GGAGA	2	10	27311	27320	40 %	0 %	60 %	0 %	385243229
26	NC_017434	GGATA	2	10	27337	27346	40 %	20 %	40 %	0 %	385243229
27	NC_017434	ATCCG	2	10	28062	28071	20 %	20 %	20 %	40 %	385243231
28	NC_017434	AGGGT	2	10	28580	28589	20 %	20 %	60 %	0 %	385243231
29	NC_017434	CCTAT	2	10	29620	29629	20 %	40 %	0 %	40 %	385243232
30	NC_017434	GAAGG	2	10	30419	30428	40 %	0 %	60 %	0 %	385243233
31	NC_017434	GAGCT	2	10	31459	31468	20 %	20 %	40 %	20 %	385243234
32	NC_017434	AAAGA	2	10	33092	33101	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017434	CTATT	2	10	36133	36142	20 %	60 %	0 %	20 %	385243240
34	NC_017434	TCCTA	2	10	36180	36189	20 %	40 %	0 %	40 %	385243240
35	NC_017434	ACGAT	2	10	38096	38105	40 %	20 %	20 %	20 %	385243241
36	NC_017434	TTTGA	2	10	38461	38470	20 %	60 %	20 %	0 %	385243241
37	NC_017434	AGCAA	2	10	42112	42121	60 %	0 %	20 %	20 %	385243243
38	NC_017434	CGATG	2	10	42169	42178	20 %	20 %	40 %	20 %	385243243
39	NC_017434	TGCAA	2	10	42327	42336	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017434	CAAAA	2	10	42646	42655	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017434	TTTAT	2	10	44243	44252	20 %	80 %	0 %	0 %	385243247
42	NC_017434	CTTTC	2	10	46339	46348	0 %	60 %	0 %	40 %	385243249
43	NC_017434	AGTTT	2	10	46878	46887	20 %	60 %	20 %	0 %	385243249
44	NC_017434	GAAGA	2	10	48011	48020	60 %	0 %	40 %	0 %	385243249
45	NC_017434	CTATT	2	10	49590	49599	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017434	CTTTT	2	10	50041	50050	0 %	80 %	0 %	20 %	385243252
47	NC_017434	CCGTA	2	10	53816	53825	20 %	20 %	20 %	40 %	385243255
48	NC_017434	AATTT	2	10	54056	54065	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017434	TTATC	2	10	55219	55228	20 %	60 %	0 %	20 %	385243256
50	NC_017434	GAGCA	2	10	59665	59674	40 %	0 %	40 %	20 %	385243259
51	NC_017434	TGTGA	2	10	62114	62123	20 %	40 %	40 %	0 %	385243261
52	NC_017434	AGTGA	2	10	63641	63650	40 %	20 %	40 %	0 %	385243262
53	NC_017434	CCTTC	2	10	63915	63924	0 %	40 %	0 %	60 %	385243262
54	NC_017434	AGGAG	2	10	66143	66152	40 %	0 %	60 %	0 %	385243264
55	NC_017434	GTTAA	2	10	66273	66282	40 %	40 %	20 %	0 %	385243264
56	NC_017434	CAAGC	2	10	68651	68660	40 %	0 %	20 %	40 %	385243266
57	NC_017434	AAAAG	2	10	68899	68908	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017434	GCGAT	2	10	69711	69720	20 %	20 %	40 %	20 %	385243267
59	NC_017434	CTCTT	2	10	70065	70074	0 %	60 %	0 %	40 %	385243267
60	NC_017434	AGGGG	2	10	70711	70720	20 %	0 %	80 %	0 %	385243267
61	NC_017434	AAGAA	2	10	70753	70762	80 %	0 %	20 %	0 %	385243267
62	NC_017434	CTTGC	2	10	71842	71851	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_017434	ATTGG	2	10	72043	72052	20 %	40 %	40 %	0 %	385243269
64	NC_017434	GAAAA	2	10	73115	73124	80 %	0 %	20 %	0 %	385243269
65	NC_017434	TGGGA	2	10	73532	73541	20 %	20 %	60 %	0 %	385243270
66	NC_017434	TATTT	2	10	76059	76068	20 %	80 %	0 %	0 %	385243271
67	NC_017434	AAAAG	2	10	76592	76601	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017434	ATCAA	2	10	78290	78299	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017434	TGTCT	2	10	79851	79860	0 %	60 %	20 %	20 %	385243274
70	NC_017434	TTACT	2	10	80358	80367	20 %	60 %	0 %	20 %	385243274
71	NC_017434	AGAAA	2	10	81748	81757	80 %	0 %	20 %	0 %	385243276
72	NC_017434	GGAAG	2	10	82261	82270	40 %	0 %	60 %	0 %	385243276
73	NC_017434	TTTGT	2	10	85026	85035	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017434	GATCC	2	10	85812	85821	20 %	20 %	20 %	40 %	385243279
75	NC_017434	AGAGC	2	10	87147	87156	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017434	AATAA	2	10	88025	88034	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017434	TTTTC	2	10	90879	90888	0 %	80 %	0 %	20 %	385243282
78	NC_017434	GGATG	2	10	91139	91148	20 %	20 %	60 %	0 %	385243283
79	NC_017434	CAACA	2	10	92678	92687	60 %	0 %	0 %	40 %	385243284
80	NC_017434	ACAGC	2	10	93723	93732	40 %	0 %	20 %	40 %	385243286
81	NC_017434	CTTTT	2	10	94097	94106	0 %	80 %	0 %	20 %	385243287
82	NC_017434	GGAAC	2	10	94435	94444	40 %	0 %	40 %	20 %	385243288
83	NC_017434	GGATT	2	10	95335	95344	20 %	40 %	40 %	0 %	385243288
84	NC_017434	AGCAT	2	10	95356	95365	40 %	20 %	20 %	20 %	385243288
85	NC_017434	CAATC	2	10	96437	96446	40 %	20 %	0 %	40 %	385243290
86	NC_017434	TTTGC	2	10	96571	96580	0 %	60 %	20 %	20 %	385243290
87	NC_017434	ATTCA	2	10	96835	96844	40 %	40 %	0 %	20 %	385243290
88	NC_017434	GATCC	2	10	97094	97103	20 %	20 %	20 %	40 %	385243290
89	NC_017434	GTTTT	2	10	97515	97524	0 %	80 %	20 %	0 %	385243290
90	NC_017434	ACAAA	2	10	97642	97651	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017434	AAGCT	2	10	98718	98727	40 %	20 %	20 %	20 %	385243291
92	NC_017434	AGGGG	2	10	99077	99086	20 %	0 %	80 %	0 %	385243291
93	NC_017434	ATAGC	2	10	99776	99785	40 %	20 %	20 %	20 %	385243292
94	NC_017434	AGCGA	2	10	102704	102713	40 %	0 %	40 %	20 %	385243295
95	NC_017434	TTTCT	2	10	103062	103071	0 %	80 %	0 %	20 %	385243295
96	NC_017434	ATCAT	2	10	104268	104277	40 %	40 %	0 %	20 %	385243296
97	NC_017434	GGCAT	2	10	104976	104985	20 %	20 %	40 %	20 %	385243296
98	NC_017434	AAAGC	2	10	108702	108711	60 %	0 %	20 %	20 %	385243299
99	NC_017434	GCATT	2	10	109862	109871	20 %	40 %	20 %	20 %	385243301
100	NC_017434	GCTCT	2	10	113915	113924	0 %	40 %	20 %	40 %	385243303
101	NC_017434	TGTTT	2	10	114539	114548	0 %	80 %	20 %	0 %	385243304
102	NC_017434	CATGT	2	10	114917	114926	20 %	40 %	20 %	20 %	385243304
103	NC_017434	TATCG	2	10	115621	115630	20 %	40 %	20 %	20 %	385243304
104	NC_017434	TTTCT	2	10	116137	116146	0 %	80 %	0 %	20 %	385243305
105	NC_017434	AAAGA	2	10	118383	118392	80 %	0 %	20 %	0 %	385243308
106	NC_017434	GCTTC	2	10	122373	122382	0 %	40 %	20 %	40 %	385243311
107	NC_017434	TACAA	2	10	126161	126170	60 %	20 %	0 %	20 %	385243315
108	NC_017434	ATCCA	2	10	128566	128575	40 %	20 %	0 %	40 %	385243318
109	NC_017434	GAAGA	2	10	130116	130125	60 %	0 %	40 %	0 %	385243318
110	NC_017434	AAAAG	2	10	132029	132038	80 %	0 %	20 %	0 %	385243319
111	NC_017434	GATTC	2	10	132360	132369	20 %	40 %	20 %	20 %	385243319
112	NC_017434	GGATA	2	10	134980	134989	40 %	20 %	40 %	0 %	385243321
113	NC_017434	ATTGG	2	10	135645	135654	20 %	40 %	40 %	0 %	385243322
114	NC_017434	ATTGT	2	10	135678	135687	20 %	60 %	20 %	0 %	385243322
115	NC_017434	TGTTT	2	10	136104	136113	0 %	80 %	20 %	0 %	385243323
116	NC_017434	TTGCA	2	10	136893	136902	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017434	TCCAG	2	10	139849	139858	20 %	20 %	20 %	40 %	385243329
118	NC_017434	GTACA	2	10	140580	140589	40 %	20 %	20 %	20 %	385243330
119	NC_017434	TAGAT	2	10	140953	140962	40 %	40 %	20 %	0 %	385243330
120	NC_017434	AAAAG	2	10	141365	141374	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017434	AAAAC	2	10	141845	141854	80 %	0 %	0 %	20 %	385243331
122	NC_017434	TGCTA	2	10	142931	142940	20 %	40 %	20 %	20 %	385243333
123	NC_017434	GGAGC	2	10	142978	142987	20 %	0 %	60 %	20 %	385243333
124	NC_017434	CTGGG	2	10	144393	144402	0 %	20 %	60 %	20 %	385243335
125	NC_017434	GTTTT	2	10	145140	145149	0 %	80 %	20 %	0 %	385243336
126	NC_017434	GAACC	2	10	148874	148883	40 %	0 %	20 %	40 %	385243337
127	NC_017434	ATTCT	2	10	152370	152379	20 %	60 %	0 %	20 %	385243341
128	NC_017434	CTGTG	2	10	152574	152583	0 %	40 %	40 %	20 %	385243341
129	NC_017434	TTCTT	2	10	155048	155057	0 %	80 %	0 %	20 %	385243345
130	NC_017434	TTCTA	2	10	157153	157162	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017434	AGGAA	2	10	159608	159617	60 %	0 %	40 %	0 %	385243349
132	NC_017434	CAAAA	2	10	161611	161620	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017434	AGAGA	2	10	162839	162848	60 %	0 %	40 %	0 %	385243352
134	NC_017434	AGCAA	2	10	163274	163283	60 %	0 %	20 %	20 %	385243352
135	NC_017434	CAAAA	2	10	166777	166786	80 %	0 %	0 %	20 %	385243354
136	NC_017434	AAGAG	2	10	167610	167619	60 %	0 %	40 %	0 %	385243354
137	NC_017434	GATTG	2	10	167955	167964	20 %	40 %	40 %	0 %	385243354
138	NC_017434	GTTTT	2	10	174434	174443	0 %	80 %	20 %	0 %	385243358
139	NC_017434	TATTG	2	10	174457	174466	20 %	60 %	20 %	0 %	385243358
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150	NC_017434	TTGAG	2	10	182355	182364	20 %	40 %	40 %	0 %	385243364
151	NC_017434	GAATG	2	10	182380	182389	40 %	20 %	40 %	0 %	385243364
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176	NC_017434	TTTCT	2	10	215332	215341	0 %	80 %	0 %	20 %	385243397
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181	NC_017434	TATCT	2	10	224346	224355	20 %	60 %	0 %	20 %	385243406
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233	NC_017434	AGAAC	2	10	307936	307945	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
234	NC_017434	CTTTT	2	10	308524	308533	0 %	80 %	0 %	20 %	385243483
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238	NC_017434	TCCGG	2	10	316152	316161	0 %	20 %	40 %	40 %	385243490
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243	NC_017434	ATGGA	2	10	321394	321403	40 %	20 %	40 %	0 %	385243493
244	NC_017434	TCAAT	2	10	321726	321735	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
245	NC_017434	AAGAA	2	10	324456	324465	80 %	0 %	20 %	0 %	385243495
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247	NC_017434	AGAAA	2	10	330201	330210	80 %	0 %	20 %	0 %	385243502
248	NC_017434	TAAAT	2	10	330725	330734	60 %	40 %	0 %	0 %	385243503
249	NC_017434	CTAAA	2	10	331490	331499	60 %	20 %	0 %	20 %	385243504
250	NC_017434	CAAAA	2	10	331970	331979	80 %	0 %	0 %	20 %	385243504
251	NC_017434	GCAAC	2	10	333671	333680	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
252	NC_017434	CTTGT	2	10	333731	333740	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
253	NC_017434	CCTTT	2	10	334187	334196	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
254	NC_017434	CTAAA	2	10	337290	337299	60 %	20 %	0 %	20 %	385243508
255	NC_017434	TCCAA	2	10	337925	337934	40 %	20 %	0 %	40 %	385243508
256	NC_017434	TCCAT	2	10	338008	338017	20 %	40 %	0 %	40 %	385243508
257	NC_017434	CAGAG	2	10	340402	340411	40 %	0 %	40 %	20 %	385243509
258	NC_017434	CTTCA	2	10	342100	342109	20 %	40 %	0 %	40 %	385243511
259	NC_017434	CATTG	2	10	342204	342213	20 %	40 %	20 %	20 %	385243511
260	NC_017434	ATCCC	2	10	344257	344266	20 %	20 %	0 %	60 %	385243513
261	NC_017434	AAAAG	2	10	347154	347163	80 %	0 %	20 %	0 %	385243515
262	NC_017434	GTTAC	2	10	349910	349919	20 %	40 %	20 %	20 %	385243519
263	NC_017434	ATCTC	2	10	351128	351137	20 %	40 %	0 %	40 %	385243520
264	NC_017434	CCTTC	2	10	353334	353343	0 %	40 %	0 %	60 %	385243520
265	NC_017434	CACGA	2	10	356845	356854	40 %	0 %	20 %	40 %	385243521
266	NC_017434	ATTTA	2	10	357430	357439	40 %	60 %	0 %	0 %	385243521
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499	NC_017434	TTCTC	2	10	678720	678729	0 %	60 %	0 %	40 %	385243806
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