MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D-EC chromosome

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017434	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017434	AAAGA	2	10	33092	33101	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017434	TGCAA	2	10	42327	42336	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017434	CAAAA	2	10	42646	42655	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017434	CTATT	2	10	49590	49599	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017434	AATTT	2	10	54056	54065	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017434	AAAAG	2	10	68899	68908	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017434	CTTGC	2	10	71842	71851	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_017434	AAAAG	2	10	76592	76601	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017434	ATCAA	2	10	78290	78299	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017434	TTTGT	2	10	85026	85035	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017434	AGAGC	2	10	87147	87156	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017434	AATAA	2	10	88025	88034	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017434	ACAAA	2	10	97642	97651	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017434	TTGCA	2	10	136893	136902	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017434	AAAAG	2	10	141365	141374	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017434	TTCTA	2	10	157153	157162	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017434	CAAAA	2	10	161611	161620	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017434	AGAAA	2	10	181972	181981	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017434	CGATA	2	10	187349	187358	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017434	CTAAG	2	10	202479	202488	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017434	ATTTC	2	10	221005	221014	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017434	CAATA	2	10	224128	224137	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017434	TACAA	2	10	247840	247849	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017434	TTTCA	2	10	263951	263960	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017434	TGTTT	2	10	301663	301672	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017434	AGAAC	2	10	307936	307945	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017434	TCAAT	2	10	321726	321735	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017434	GCAAC	2	10	333671	333680	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_017434	CTTGT	2	10	333731	333740	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017434	CCTTT	2	10	334187	334196	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_017434	AAGGC	2	10	361942	361951	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017434	GCTTC	2	10	364052	364061	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_017434	AGTAG	2	10	364129	364138	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017434	TCTCT	2	10	367596	367605	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_017434	AACAA	2	10	367979	367988	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017434	AAAAC	2	10	368301	368310	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017434	AAGCG	2	10	403810	403819	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017434	GTATA	2	10	416059	416068	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017434	AGCAA	2	10	416095	416104	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017434	AAAAT	2	10	417944	417953	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017434	CTCTT	2	10	428008	428017	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_017434	TAAAA	2	10	430551	430560	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017434	AGAAA	2	10	436225	436234	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017434	CTCTT	2	10	436264	436273	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_017434	GAAGA	2	10	436274	436283	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017434	AAATT	2	10	436553	436562	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017434	AATTT	2	10	436574	436583	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017434	TAAAA	2	10	464786	464795	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017434	CAAAA	2	10	485187	485196	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017434	AATCT	2	10	502529	502538	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017434	CTTCT	2	10	502742	502751	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_017434	TTTCT	2	10	508129	508138	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017434	CCTTT	2	10	509138	509147	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_017434	TAAAA	2	10	514154	514163	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017434	AGGAA	2	10	516138	516147	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017434	ATGAA	2	10	516162	516171	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017434	TTGGA	2	10	523603	523612	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017434	CAAAA	2	10	524369	524378	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017434	TTTTC	2	10	536397	536406	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017434	GCGTA	2	10	539832	539841	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017434	ATAAA	2	10	540126	540135	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017434	AAAAG	2	10	557650	557659	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017434	GAAAA	2	10	564834	564843	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017434	ATTTT	2	10	566272	566281	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017434	ATACT	2	10	572344	572353	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017434	TCCCC	2	10	575137	575146	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
68	NC_017434	AAAGG	2	10	581299	581308	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017434	TTTCC	2	10	628918	628927	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_017434	ATTAA	2	10	636869	636878	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017434	TCGTC	2	10	649767	649776	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_017434	TAAAA	2	10	685397	685406	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017434	TCTGC	2	10	686179	686188	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_017434	TTTAT	2	10	697350	697359	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017434	TCATG	2	10	697545	697554	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017434	AAAAC	2	10	701663	701672	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017434	GAAAA	2	10	707012	707021	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017434	TTATT	2	10	714059	714068	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017434	GAAGA	2	10	736953	736962	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017434	AGAAT	2	10	759759	759768	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017434	AGGGG	2	10	759990	759999	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017434	ATTTT	2	10	778727	778736	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017434	AAAAG	2	10	780548	780557	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017434	AGGTA	2	10	783947	783956	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017434	TCCTT	2	10	785130	785139	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_017434	CTCCA	2	10	785285	785294	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
87	NC_017434	AAAAC	2	10	796326	796335	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017434	TTTCT	2	10	804547	804556	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017434	AGAAA	2	10	813079	813088	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017434	CTTTT	2	10	859169	859178	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017434	GCTTT	2	10	863061	863070	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017434	AGAAA	2	10	863520	863529	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017434	CTTTT	2	10	881214	881223	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_017434	TAGAA	2	10	889684	889693	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017434	CTTTT	2	10	905724	905733	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017434	TTTTA	2	10	906469	906478	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017434	AGAGC	2	10	908757	908766	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017434	AAGAG	2	10	928429	928438	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017434	GCTAG	2	10	928455	928464	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017434	CTTCA	2	10	961693	961702	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_017434	CTAGT	2	10	968550	968559	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017434	TAAAA	2	10	984543	984552	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017434	GGAAA	2	10	999220	999229	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017434	GAAAA	2	10	999649	999658	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017434	CGGGG	2	10	1005986	1005995	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017434	TATTT	2	10	1008145	1008154	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017434	TAGAA	2	10	1019573	1019582	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017434	TTTTC	2	10	1037947	1037956	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017434	AAAAG	2	10	1038578	1038587	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017434	GTTAG	2	10	1038770	1038779	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017434	TTATT	2	10	1041845	1041854	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017434	TTTTA	2	10	1041895	1041904	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.