MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D-LC plasmid pCTDLC1

Total Repeats: 88

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017433	TTG	2	6	249	254	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244959
2	NC_017433	TGT	2	6	1207	1212	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244960
3	NC_017433	AGA	2	6	1213	1218	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244960
4	NC_017433	AGG	2	6	1229	1234	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244960
5	NC_017433	ATG	2	6	1255	1260	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244960
6	NC_017433	TTC	2	6	1297	1302	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244960
7	NC_017433	AGA	2	6	1557	1562	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244960
8	NC_017433	GTT	2	6	1600	1605	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244960
9	NC_017433	GAG	2	6	1606	1611	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244960
10	NC_017433	AAG	2	6	1662	1667	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244960
11	NC_017433	TCT	2	6	1726	1731	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244960
12	NC_017433	TTC	2	6	1740	1745	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244960
13	NC_017433	AAT	2	6	1774	1779	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244960
14	NC_017433	TCT	2	6	1844	1849	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244960
15	NC_017433	CTT	2	6	1898	1903	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244960
16	NC_017433	TCT	2	6	1995	2000	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244961
17	NC_017433	TCT	2	6	2037	2042	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244961
18	NC_017433	AAG	2	6	2045	2050	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244961
19	NC_017433	CGA	2	6	2073	2078	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244961
20	NC_017433	ATC	2	6	2153	2158	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244961
21	NC_017433	TTC	3	9	2189	2197	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244961
22	NC_017433	CAA	2	6	2293	2298	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244961
23	NC_017433	CTT	2	6	2302	2307	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244961
24	NC_017433	TAT	2	6	2339	2344	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244961
25	NC_017433	GTT	2	6	2393	2398	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244961
26	NC_017433	ATG	2	6	2446	2451	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244961
27	NC_017433	AGA	2	6	2570	2575	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244961
28	NC_017433	GTT	2	6	2661	2666	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244961
29	NC_017433	TCC	2	6	2675	2680	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385244961
30	NC_017433	AAT	2	6	2847	2852	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244962
31	NC_017433	TTG	2	6	2870	2875	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244962
32	NC_017433	TAA	2	6	3010	3015	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244962
33	NC_017433	GTT	2	6	3252	3257	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244963
34	NC_017433	TGA	2	6	3314	3319	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244963
35	NC_017433	AAC	2	6	3374	3379	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244963
36	NC_017433	GCC	2	6	3380	3385	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385244963
37	NC_017433	AAT	2	6	3401	3406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244963
38	NC_017433	CTG	2	6	3409	3414	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244963
39	NC_017433	TCC	2	6	3473	3478	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385244963
40	NC_017433	TAA	2	6	3479	3484	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244963
41	NC_017433	TTA	2	6	3528	3533	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244963
42	NC_017433	GTT	2	6	3545	3550	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244963
43	NC_017433	CAA	2	6	3560	3565	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244963
44	NC_017433	TGT	2	6	3581	3586	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244963
45	NC_017433	CAA	2	6	3619	3624	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244963
46	NC_017433	TGA	2	6	3725	3730	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244963
47	NC_017433	ATT	2	6	3731	3736	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244963
48	NC_017433	ATT	2	6	3807	3812	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244963
49	NC_017433	TTC	2	6	4020	4025	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244964
50	NC_017433	AGA	2	6	4071	4076	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244964
51	NC_017433	TCT	2	6	4098	4103	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244964
52	NC_017433	TAA	2	6	4233	4238	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244964
53	NC_017433	GCT	2	6	4291	4296	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244964
54	NC_017433	TTC	2	6	4497	4502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244964
55	NC_017433	CTA	2	6	4565	4570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244964
56	NC_017433	CTT	2	6	4661	4666	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244964
57	NC_017433	AAC	2	6	4800	4805	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244964
58	NC_017433	GCT	2	6	4855	4860	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244964
59	NC_017433	TCT	2	6	4956	4961	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244964
60	NC_017433	TGA	2	6	4997	5002	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244964
61	NC_017433	AGA	2	6	5129	5134	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244965
62	NC_017433	TCT	2	6	5397	5402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244965
63	NC_017433	CTT	2	6	5497	5502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244965
64	NC_017433	AAT	2	6	5511	5516	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244965
65	NC_017433	TCT	2	6	5517	5522	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244965
66	NC_017433	CAA	2	6	5575	5580	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244965
67	NC_017433	CAA	2	6	5587	5592	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244965
68	NC_017433	GCT	2	6	5703	5708	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244965
69	NC_017433	ATC	2	6	5747	5752	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244965
70	NC_017433	GCT	2	6	5811	5816	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244965
71	NC_017433	TTC	2	6	6026	6031	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244965
72	NC_017433	ATC	2	6	6050	6055	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244965
73	NC_017433	CAT	2	6	6103	6108	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244965
74	NC_017433	ACG	2	6	6149	6154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244965
75	NC_017433	ATG	2	6	6239	6244	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244965
76	NC_017433	AAC	2	6	6321	6326	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244965
77	NC_017433	GCA	2	6	6498	6503	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244966
78	NC_017433	TTA	2	6	6605	6610	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244966
79	NC_017433	CAA	2	6	6630	6635	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244966
80	NC_017433	CTT	2	6	6779	6784	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244966
81	NC_017433	AGC	2	6	6810	6815	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244966
82	NC_017433	AGG	2	6	7029	7034	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244966
83	NC_017433	CTC	2	6	7041	7046	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385244966
84	NC_017433	CAA	2	6	7084	7089	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244966
85	NC_017433	ATT	2	6	7138	7143	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244966
86	NC_017433	TGG	2	6	7232	7237	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385244966
87	NC_017433	GAT	2	6	7401	7406	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244966
88	NC_017433	AGA	2	6	7448	7453	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244966

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.