MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis E/11023 chromosome

Total Repeats: 41

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017431	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017431	CAAAAA	2	12	6250	6261	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017431	TAGCAT	2	12	48622	48633	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017431	CCAAGA	2	12	57664	57675	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017431	AGTTGT	2	12	57770	57781	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017431	AAAAAT	2	12	60995	61006	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017431	ATCTAG	2	12	76718	76729	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017431	TTTTAG	2	12	115996	116007	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017431	TAAAAA	2	12	120593	120604	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017431	AGAAAA	2	12	182210	182221	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017431	TATGAA	2	12	194982	194993	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017431	TTTTAC	2	12	221267	221278	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_017431	AACCCT	2	12	254984	254995	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_017431	ATTTTT	2	12	255779	255790	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017431	AGGAGA	2	12	270878	270889	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017431	ATATTA	2	12	279776	279787	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017431	AAAAAG	2	12	323944	323955	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017431	AGAATA	2	12	361438	361449	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017431	TTTTAA	2	12	409586	409597	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017431	TAACTA	2	12	503163	503174	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017431	AAGAAA	2	12	503176	503187	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017431	AGAATA	2	12	509154	509165	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017431	AACTAA	2	12	514891	514902	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017431	TCCCTC	2	12	548780	548791	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_017431	AAAAAT	2	12	566752	566763	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017431	TAGGGG	2	12	605905	605916	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017431	TCTTTT	2	12	617890	617901	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017431	TTATTT	2	12	649102	649113	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017431	TATTTT	2	12	755051	755062	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017431	TTTTCT	2	12	804966	804977	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_017431	ATTTTT	2	12	808745	808756	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017431	ATTTTT	2	12	835224	835235	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017431	TAAGGA	2	12	856188	856199	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017431	CCGGAG	2	12	857106	857117	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_017431	CCTCTA	2	12	870257	870268	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_017431	TAAGGA	2	12	878239	878250	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017431	CCGGAG	2	12	879157	879168	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017431	GACGGC	2	12	921581	921592	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_017431	AAACAA	2	12	923269	923280	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_017431	TTGTAA	2	12	1014779	1014790	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017431	TAAAAT	2	12	1042382	1042393	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.