MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis E/11023 chromosome

Total Repeats: 281

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017431	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385241363
2	NC_017431	TAGCAA	2	12	10829	10840	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385241370
3	NC_017431	AAAGCT	2	12	10960	10971	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385241370
4	NC_017431	TAGTGA	2	12	12106	12117	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385241371
5	NC_017431	GTTCCT	2	12	19391	19402	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385241377
6	NC_017431	CTTTTT	2	12	21545	21556	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385241379
7	NC_017431	GTGAGG	2	12	25475	25486	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	385241380
8	NC_017431	GGATTT	2	12	35952	35963	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385241392
9	NC_017431	AATTAG	2	12	37373	37384	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385241393
10	NC_017431	TTCCTG	2	12	37672	37683	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385241393
11	NC_017431	TTTTGA	2	12	44980	44991	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385241401
12	NC_017431	TGAACG	2	12	52443	52454	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385241408
13	NC_017431	GTGATT	2	12	52462	52473	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385241408
14	NC_017431	GATCTG	2	12	55095	55106	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385241410
15	NC_017431	GTGTAA	2	12	55143	55154	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385241410
16	NC_017431	GGTTCA	2	12	55232	55243	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385241410
17	NC_017431	TCCTAA	2	12	59500	59511	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385241413
18	NC_017431	GTTCTT	2	12	63414	63425	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385241415
19	NC_017431	CTATTT	2	12	71736	71747	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385241422
20	NC_017431	ACTCTT	2	12	72865	72876	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385241424
21	NC_017431	TTTCTG	2	12	73415	73426	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385241425
22	NC_017431	GATCAT	2	12	73545	73556	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385241425
23	NC_017431	TAGTAC	2	12	76539	76550	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385241426
24	NC_017431	GGTTTA	2	12	80190	80201	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385241430
25	NC_017431	GTCTGT	2	12	83234	83245	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385241433
26	NC_017431	TTCTGA	2	12	88848	88859	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385241437
27	NC_017431	AAAAGA	2	12	93911	93922	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385241443
28	NC_017431	AGCTGT	2	12	96005	96016	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385241444
29	NC_017431	TCTTTT	2	12	96664	96675	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385241446
30	NC_017431	GGGGCT	2	12	97612	97623	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	385241446
31	NC_017431	TTTGAG	2	12	99816	99827	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385241448
32	NC_017431	TCAGAA	2	12	106457	106468	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385241453
33	NC_017431	CATAAC	2	12	109501	109512	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385241456
34	NC_017431	TGTTCT	2	12	112268	112279	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385241458
35	NC_017431	ACTTCG	2	12	115561	115572	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385241460
36	NC_017431	TTGGTA	2	12	120641	120652	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385241467
37	NC_017431	AGGATC	2	12	121020	121031	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385241467
38	NC_017431	AAGGGT	2	12	122827	122838	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385241468
39	NC_017431	GGGTTT	2	12	123790	123801	0 %	50 %	50 %	0 %	385241469
40	NC_017431	TTGCAT	2	12	124072	124083	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385241469
41	NC_017431	AAGAGA	2	12	124441	124452	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385241469
42	NC_017431	TTAAAA	2	12	133377	133388	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385241476
43	NC_017431	AGGTTG	2	12	134619	134630	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	385241477
44	NC_017431	GAGTTA	2	12	139670	139681	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385241486
45	NC_017431	TGGAAT	2	12	143098	143109	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385241491
46	NC_017431	ATGGTT	2	12	143342	143353	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385241491
47	NC_017431	TGCTCT	2	12	145533	145544	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385241494
48	NC_017431	GAAAGG	2	12	149271	149282	50 %	0 %	50 %	0 %	385241496
49	NC_017431	GCTTTG	2	12	149514	149525	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385241496
50	NC_017431	TGTGCG	2	12	153636	153647	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	385241500
51	NC_017431	CCTCAT	2	12	154934	154945	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385241501
52	NC_017431	TGGAGA	2	12	156392	156403	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385241503
53	NC_017431	CTCCAT	2	12	157761	157772	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385241504
54	NC_017431	TCCTTG	2	12	158357	158368	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385241505
55	NC_017431	AACAGC	2	12	160993	161004	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385241508
56	NC_017431	AAAAAG	2	12	173583	173594	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385241515
57	NC_017431	ACTTCT	2	12	189270	189281	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385241528
58	NC_017431	ATTTGC	2	12	191963	191974	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385241529
59	NC_017431	AAACAT	2	12	193053	193064	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385241533
60	NC_017431	AGCAAC	2	12	193388	193399	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385241533
61	NC_017431	TCTGGA	2	12	199658	199669	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385241540
62	NC_017431	CTGGAT	2	12	215251	215262	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385241553
63	NC_017431	GAAATA	2	12	215574	215585	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385241553
64	NC_017431	GATGCA	2	12	222428	222439	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385241560
65	NC_017431	ACTCCA	2	12	223318	223329	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385241561
66	NC_017431	CTGCTT	2	12	223550	223561	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385241561
67	NC_017431	ATTGCT	2	12	226859	226870	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385241564
68	NC_017431	TCCTAG	2	12	227149	227160	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385241564
69	NC_017431	GCAACG	2	12	227637	227648	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385241565
70	NC_017431	CTTAGC	2	12	230270	230281	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385241567
71	NC_017431	TTCCTT	2	12	237102	237113	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385241572
72	NC_017431	TCTCCT	2	12	239983	239994	0 %	50 %	0 %	50 %	385241573
73	NC_017431	AAACCA	2	12	240558	240569	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385241574
74	NC_017431	CCTGCA	2	12	255940	255951	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385241593
75	NC_017431	ACCTTT	2	12	261135	261146	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385241598
76	NC_017431	TCATAA	2	12	268979	268990	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385241606
77	NC_017431	AAGTGT	2	12	269705	269716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385241606
78	NC_017431	ATCTAA	2	12	272983	272994	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385241609
79	NC_017431	TGGAAT	2	12	275181	275192	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385241611
80	NC_017431	GGAACA	2	12	279068	279079	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385241613
81	NC_017431	CACGCG	2	12	281441	281452	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	385241615
82	NC_017431	TTTCTT	2	12	281620	281631	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385241615
83	NC_017431	CTCCTA	2	12	285782	285793	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385241618
84	NC_017431	GCAATG	2	12	291901	291912	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385241624
85	NC_017431	CGACAT	2	12	292574	292585	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385241626
86	NC_017431	CCCTTA	2	12	294028	294039	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385241628
87	NC_017431	AAAATA	2	12	296126	296137	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385241630
88	NC_017431	ACCACT	2	12	298481	298492	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385241632
89	NC_017431	CATTGC	2	12	301727	301738	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385241635
90	NC_017431	CCAAAA	2	12	302906	302917	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385241636
91	NC_017431	TCTTTT	2	12	304791	304802	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385241638
92	NC_017431	CAAGAC	2	12	305882	305893	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385241639
93	NC_017431	AGCTTA	2	12	307163	307174	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385241641
94	NC_017431	CAAAGA	2	12	312548	312559	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385241646
95	NC_017431	ATGGCT	2	12	313164	313175	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385241647
96	NC_017431	TACAAA	2	12	317354	317365	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385241650
97	NC_017431	TTAATT	2	12	319033	319044	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385241652
98	NC_017431	AAAAAT	2	12	322126	322137	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385241654
99	NC_017431	AAAACA	2	12	322518	322529	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	385241655
100	NC_017431	CAGAAC	2	12	344503	344514	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385241673
101	NC_017431	ATTCAA	2	12	349481	349492	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385241678
102	NC_017431	TTCTTA	2	12	361458	361469	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385241686
103	NC_017431	CAGCCT	2	12	373521	373532	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385241700
104	NC_017431	AGCTGA	2	12	373571	373582	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385241700
105	NC_017431	ATGCTA	2	12	377438	377449	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385241702
106	NC_017431	CAATAG	2	12	384044	384055	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385241705
107	NC_017431	ACTGAA	2	12	384185	384196	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385241705
108	NC_017431	CTGCAC	2	12	384378	384389	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385241705
109	NC_017431	TCCATA	2	12	394737	394748	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385241714
110	NC_017431	TTAGGT	2	12	396095	396106	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385241716
111	NC_017431	AGGGAA	2	12	397421	397432	50 %	0 %	50 %	0 %	385241717
112	NC_017431	CTGAAG	2	12	398256	398267	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385241718
113	NC_017431	TAATCT	2	12	403673	403684	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385241721
114	NC_017431	GAACAA	2	12	404175	404186	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385241722
115	NC_017431	CTAAAG	2	12	404558	404569	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385241723
116	NC_017431	CCTTTC	2	12	405722	405733	0 %	50 %	0 %	50 %	385241724
117	NC_017431	ACATGC	2	12	415263	415274	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385241735
118	NC_017431	GGCTCT	2	12	415998	416009	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385241736
119	NC_017431	ATCTTG	2	12	417592	417603	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385241737
120	NC_017431	CCCCCA	2	12	418927	418938	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	385241738
121	NC_017431	TTCCTC	2	12	422992	423003	0 %	50 %	0 %	50 %	385241742
122	NC_017431	CTCTAC	2	12	426240	426251	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385241744
123	NC_017431	ACATCA	2	12	426885	426896	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385241745
124	NC_017431	CGGAAT	2	12	427147	427158	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385241746
125	NC_017431	AGCTAA	2	12	431426	431437	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385241749
126	NC_017431	TTCTCC	2	12	443471	443482	0 %	50 %	0 %	50 %	385241759
127	NC_017431	ATGAAG	2	12	452518	452529	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385241767
128	NC_017431	TAACTC	2	12	453035	453046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385241767
129	NC_017431	ATCCGC	2	12	453960	453971	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385241767
130	NC_017431	CTGTAT	2	12	455310	455321	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385241768
131	NC_017431	CTAAAG	2	12	456378	456389	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385241768
132	NC_017431	CCAATA	2	12	461363	461374	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385241772
133	NC_017431	ATCGGC	2	12	467210	467221	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385241780
134	NC_017431	TATTGG	2	12	467803	467814	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385241780
135	NC_017431	AAATAC	2	12	478147	478158	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385241784
136	NC_017431	TCTTCA	2	12	480586	480597	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385241785
137	NC_017431	CTACAA	2	12	484391	484402	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385241785
138	NC_017431	CCAATC	2	12	488859	488870	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385241789
139	NC_017431	TTCTTT	2	12	492680	492691	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385241796
140	NC_017431	CTGAAG	2	12	495739	495750	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385241798
141	NC_017431	TGAGTA	2	12	496193	496204	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385241798
142	NC_017431	AAACTG	2	12	499640	499651	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385241802
143	NC_017431	GGTAAT	2	12	507981	507992	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385241811
144	NC_017431	AGTTTT	2	12	508989	509000	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385241813
145	NC_017431	GGTTGT	2	12	511118	511129	0 %	50 %	50 %	0 %	385241815
146	NC_017431	TCTCTA	2	12	516977	516988	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385241821
147	NC_017431	TGAACT	2	12	517485	517496	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385241821
148	NC_017431	TAATTC	2	12	518815	518826	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385241822
149	NC_017431	ACTCCT	2	12	519084	519095	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385241822
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153	NC_017431	ACTGTA	2	12	531739	531750	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385241834
154	NC_017431	AGCCAC	2	12	531774	531785	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	385241834
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210	NC_017431	TATTGA	2	12	737920	737931	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385242030
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214	NC_017431	ATGCAA	2	12	765151	765162	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385242057
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216	NC_017431	TATATT	2	12	770817	770828	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385242062
217	NC_017431	CAATTA	2	12	778476	778487	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385242069
218	NC_017431	TAGCTG	2	12	779594	779605	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385242070
219	NC_017431	ATGAAG	2	12	784241	784252	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385242071
220	NC_017431	ATTAGG	2	12	790025	790036	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385242077
221	NC_017431	TAAACC	2	12	790864	790875	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385242078
222	NC_017431	CCCTGA	2	12	793021	793032	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385242080
223	NC_017431	AGAATT	2	12	795943	795954	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385242083
224	NC_017431	AAGCTC	2	12	796182	796193	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385242083
225	NC_017431	TTTCTT	2	12	799048	799059	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385242085
226	NC_017431	AGAAAT	2	12	802238	802249	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385242088
227	NC_017431	GAAATT	2	12	803851	803862	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385242090
228	NC_017431	GCTGAG	2	12	804533	804544	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385242090
229	NC_017431	TAGCCT	2	12	807480	807491	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385242091
230	NC_017431	AAGAGG	2	12	827921	827932	50 %	0 %	50 %	0 %	385242106
231	NC_017431	GAAAGG	2	12	832798	832809	50 %	0 %	50 %	0 %	385242112
232	NC_017431	AGCTTC	2	12	834252	834263	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385242113
233	NC_017431	ATCACA	2	12	838357	838368	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385242119
234	NC_017431	GATCCG	2	12	842966	842977	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385242123
235	NC_017431	TTATGC	2	12	849904	849915	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385242129
236	NC_017431	ATGGGG	2	12	852938	852949	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	385242132
237	NC_017431	AAAGAA	2	12	853417	853428	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385242132
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.