MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis G/11222 chromosome

Total Repeats: 327

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017430	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017430	TATGGA	2	12	813	824	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017430	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385240435
4	NC_017430	CAAAAA	2	12	6252	6263	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017430	TAGCAA	2	12	10828	10839	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385240441
6	NC_017430	AAAGCT	2	12	10959	10970	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385240441
7	NC_017430	TAGTGA	2	12	12105	12116	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385240442
8	NC_017430	GTTCCT	2	12	19390	19401	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385240448
9	NC_017430	CTTTTT	2	12	21544	21555	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385240451
10	NC_017430	GGATTT	2	12	35951	35962	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385240464
11	NC_017430	AATTAG	2	12	37372	37383	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385240465
12	NC_017430	TTCCTG	2	12	37671	37682	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385240465
13	NC_017430	TTTTGA	2	12	44980	44991	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385240473
14	NC_017430	TAAAGA	2	12	48966	48977	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017430	TGAACG	2	12	52329	52340	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385240480
16	NC_017430	GTGATT	2	12	52348	52359	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385240480
17	NC_017430	GATCTG	2	12	54996	55007	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385240482
18	NC_017430	GTGTAA	2	12	55044	55055	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385240482
19	NC_017430	GGTTCA	2	12	55133	55144	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385240482
20	NC_017430	GAAAAG	2	12	56392	56403	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017430	AGTTGT	2	12	57743	57754	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017430	TTGTTC	2	12	58663	58674	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_017430	TGAAAA	2	12	59133	59144	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385240485
24	NC_017430	TCCTAA	2	12	59472	59483	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385240485
25	NC_017430	AAAAAT	2	12	60967	60978	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017430	GTTCTT	2	12	63392	63403	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385240487
27	NC_017430	CTATTT	2	12	71714	71725	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385240494
28	NC_017430	ACTCTT	2	12	72843	72854	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385240495
29	NC_017430	TTTCTG	2	12	73393	73404	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385240496
30	NC_017430	GATCAT	2	12	73523	73534	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385240496
31	NC_017430	TAGTAC	2	12	76603	76614	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385240497
32	NC_017430	ATCTAG	2	12	76782	76793	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_017430	GGTTTA	2	12	80253	80264	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385240501
34	NC_017430	TTTAGT	2	12	82026	82037	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385240503
35	NC_017430	GTCTGT	2	12	83297	83308	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385240504
36	NC_017430	TTCTGA	2	12	88911	88922	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385240508
37	NC_017430	AGCTGT	2	12	96068	96079	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385240515
38	NC_017430	TCTTTT	2	12	96733	96744	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385240517
39	NC_017430	GGGGCT	2	12	97681	97692	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	385240517
40	NC_017430	TTTGAG	2	12	99885	99896	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385240519
41	NC_017430	TCAGAA	2	12	106525	106536	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385240523
42	NC_017430	CATAAC	2	12	109569	109580	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385240526
43	NC_017430	TGTTCT	2	12	112333	112344	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385240528
44	NC_017430	ACTTCG	2	12	115617	115628	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385240530
45	NC_017430	TTTTAG	2	12	116052	116063	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017430	TTGCCA	2	12	119156	119167	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385240534
47	NC_017430	TAAAAA	2	12	120648	120659	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017430	TTGGTA	2	12	120696	120707	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385240536
49	NC_017430	AGGATC	2	12	121075	121086	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385240536
50	NC_017430	AAGGGT	2	12	122882	122893	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385240537
51	NC_017430	GGGTTT	2	12	123845	123856	0 %	50 %	50 %	0 %	385240538
52	NC_017430	TTGCAT	2	12	124127	124138	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385240538
53	NC_017430	AAGAGA	2	12	124496	124507	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385240538
54	NC_017430	TTAAAA	2	12	133430	133441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385240544
55	NC_017430	AGGTTG	2	12	134672	134683	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	385240545
56	NC_017430	GAGTTA	2	12	139723	139734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385240554
57	NC_017430	TGGAAA	2	12	142276	142287	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385240557
58	NC_017430	TGGAAT	2	12	143151	143162	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385240558
59	NC_017430	ATGGTT	2	12	143395	143406	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385240558
60	NC_017430	TGCTCT	2	12	145586	145597	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385240561
61	NC_017430	GAAAGG	2	12	149324	149335	50 %	0 %	50 %	0 %	385240563
62	NC_017430	GCTTTG	2	12	149567	149578	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385240563
63	NC_017430	TGTGCG	2	12	153689	153700	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	385240567
64	NC_017430	CCTCAT	2	12	154987	154998	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385240568
65	NC_017430	TGGAGA	2	12	156445	156456	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385240570
66	NC_017430	CTCCAT	2	12	157812	157823	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385240571
67	NC_017430	TCCTTG	2	12	158408	158419	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385240572
68	NC_017430	AACAGC	2	12	161045	161056	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385240575
69	NC_017430	AAAAAG	2	12	173632	173643	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385240582
70	NC_017430	TCCCAA	2	12	181632	181643	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385240587
71	NC_017430	AGAAAA	2	12	182249	182260	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017430	ACTTCT	2	12	189309	189320	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385240595
73	NC_017430	ATTTGC	2	12	192002	192013	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385240596
74	NC_017430	AAACAT	2	12	193092	193103	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385240600
75	NC_017430	AGCAAC	2	12	193427	193438	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385240600
76	NC_017430	TATGAA	2	12	195021	195032	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017430	TTGCCT	2	12	196138	196149	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385240604
78	NC_017430	TCTGGA	2	12	199389	199400	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385240608
79	NC_017430	CTGGAT	2	12	214980	214991	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385240621
80	NC_017430	GAAATA	2	12	215303	215314	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385240621
81	NC_017430	TTTTAC	2	12	221032	221043	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_017430	GATGCA	2	12	222193	222204	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385240628
83	NC_017430	ACTCCA	2	12	223083	223094	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385240629
84	NC_017430	CTGCTT	2	12	223315	223326	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385240629
85	NC_017430	ATTGCT	2	12	226624	226635	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385240632
86	NC_017430	TCCTAG	2	12	226914	226925	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385240632
87	NC_017430	GCAACG	2	12	227402	227413	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385240633
88	NC_017430	CTTAGC	2	12	230035	230046	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385240635
89	NC_017430	TTCCTT	2	12	236867	236878	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385240640
90	NC_017430	TCTCCT	2	12	239748	239759	0 %	50 %	0 %	50 %	385240641
91	NC_017430	AAACCA	2	12	240323	240334	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385240642
92	NC_017430	AACCCT	2	12	254748	254759	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_017430	ATTTTT	2	12	255552	255563	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017430	CCTGCA	2	12	255713	255724	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385240661
95	NC_017430	ACCTTT	2	12	260908	260919	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385240666
96	NC_017430	TCATAA	2	12	268755	268766	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385240673
97	NC_017430	AAGTGT	2	12	269481	269492	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385240673
98	NC_017430	AGGAGA	2	12	270654	270665	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017430	ATCTAA	2	12	272759	272770	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385240676
100	NC_017430	TGGAAT	2	12	274957	274968	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385240678
101	NC_017430	GGAACA	2	12	278844	278855	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385240680
102	NC_017430	ATATTA	2	12	279552	279563	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017430	CACGCG	2	12	281217	281228	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	385240682
104	NC_017430	TTTCTT	2	12	281396	281407	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385240682
105	NC_017430	CTCCTA	2	12	285558	285569	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385240685
106	NC_017430	GCAATG	2	12	291677	291688	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385240691
107	NC_017430	CGACAT	2	12	292352	292363	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385240693
108	NC_017430	CCCTTA	2	12	293806	293817	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385240695
109	NC_017430	AAAATA	2	12	295904	295915	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385240697
110	NC_017430	ACCACT	2	12	298259	298270	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385240699
111	NC_017430	CATTGC	2	12	301505	301516	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385240702
112	NC_017430	CCAAAA	2	12	302684	302695	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385240703
113	NC_017430	TCTTTT	2	12	304569	304580	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385240705
114	NC_017430	CAAGAC	2	12	305660	305671	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385240706
115	NC_017430	AGCTTA	2	12	306941	306952	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385240708
116	NC_017430	CAAAGA	2	12	312313	312324	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385240713
117	NC_017430	ATGGCT	2	12	312929	312940	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385240714
118	NC_017430	TACAAA	2	12	317119	317130	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385240717
119	NC_017430	TTAATT	2	12	318798	318809	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385240719
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229	NC_017430	GCTTCT	2	12	649830	649841	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385241032
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234	NC_017430	CATATT	2	12	680809	680820	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385241056
235	NC_017430	AGCTGG	2	12	686984	686995	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385241064
236	NC_017430	GCATCA	2	12	688826	688837	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385241065
237	NC_017430	ATCAAT	2	12	693151	693162	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385241069
238	NC_017430	CCGCAA	2	12	698032	698043	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	385241074
239	NC_017430	AAATGC	2	12	703994	704005	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385241076
240	NC_017430	GAAAGA	2	12	706112	706123	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385241077
241	NC_017430	TCTTGA	2	12	711218	711229	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385241080
242	NC_017430	TATCCA	2	12	721401	721412	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385241092
243	NC_017430	TATTGA	2	12	737288	737299	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385241102
244	NC_017430	TCTGCA	2	12	744941	744952	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385241109
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246	NC_017430	TATTTT	2	12	754419	754430	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
247	NC_017430	GGGAAG	2	12	758541	758552	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385241123
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254	NC_017430	ATTAGG	2	12	789400	789411	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385241152
255	NC_017430	CCCTGA	2	12	792396	792407	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385241155
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260	NC_017430	GAGAAA	2	12	801884	801895	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
261	NC_017430	GAAATT	2	12	803227	803238	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385241165
262	NC_017430	TTTTCT	2	12	804342	804353	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
263	NC_017430	TAGCCT	2	12	806856	806867	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385241166
264	NC_017430	ATTTTT	2	12	808121	808132	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
265	NC_017430	CACCTA	2	12	821417	821428	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385241177
266	NC_017430	AGCTAC	2	12	825385	825396	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385241179
267	NC_017430	AAGAGG	2	12	827256	827267	50 %	0 %	50 %	0 %	385241181
268	NC_017430	GAAAGG	2	12	832131	832142	50 %	0 %	50 %	0 %	385241186
269	NC_017430	AGCTTC	2	12	833585	833596	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385241187
270	NC_017430	TTTTTA	2	12	834558	834569	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
271	NC_017430	ATCACA	2	12	837690	837701	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385241193
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273	NC_017430	TTATGC	2	12	849238	849249	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385241203
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279	NC_017430	CCGGAG	2	12	856440	856451	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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283	NC_017430	CCTCTA	2	12	869586	869597	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
284	NC_017430	TAAGGA	2	12	877565	877576	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
285	NC_017430	CCGGAG	2	12	878483	878494	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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300	NC_017430	GAGCAA	2	12	924422	924433	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385241263
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314	NC_017430	CAGAAT	2	12	996232	996243	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385241325
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319	NC_017430	CTTTAT	2	12	1010812	1010823	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385241339
320	NC_017430	AGCTGG	2	12	1011240	1011251	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385241339
321	NC_017430	TTGTAA	2	12	1014109	1014120	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
322	NC_017430	GAAAAA	2	12	1028361	1028372	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385241351
323	NC_017430	TTTCTT	2	12	1029025	1029036	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385241352
324	NC_017430	GTAATA	2	12	1035364	1035375	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385241354
325	NC_017430	ACCATC	2	12	1036106	1036117	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385241354
326	NC_017430	ATTTTT	2	12	1038088	1038099	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
327	NC_017430	TAAAAT	2	12	1041711	1041722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.