MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis G/11222 chromosome

Total Repeats: 282

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017430	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385240435
2	NC_017430	TAGCAA	2	12	10828	10839	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385240441
3	NC_017430	AAAGCT	2	12	10959	10970	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385240441
4	NC_017430	TAGTGA	2	12	12105	12116	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385240442
5	NC_017430	GTTCCT	2	12	19390	19401	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385240448
6	NC_017430	CTTTTT	2	12	21544	21555	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385240451
7	NC_017430	GGATTT	2	12	35951	35962	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385240464
8	NC_017430	AATTAG	2	12	37372	37383	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385240465
9	NC_017430	TTCCTG	2	12	37671	37682	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385240465
10	NC_017430	TTTTGA	2	12	44980	44991	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385240473
11	NC_017430	TGAACG	2	12	52329	52340	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385240480
12	NC_017430	GTGATT	2	12	52348	52359	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385240480
13	NC_017430	GATCTG	2	12	54996	55007	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385240482
14	NC_017430	GTGTAA	2	12	55044	55055	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385240482
15	NC_017430	GGTTCA	2	12	55133	55144	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385240482
16	NC_017430	TGAAAA	2	12	59133	59144	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385240485
17	NC_017430	TCCTAA	2	12	59472	59483	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385240485
18	NC_017430	GTTCTT	2	12	63392	63403	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385240487
19	NC_017430	CTATTT	2	12	71714	71725	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385240494
20	NC_017430	ACTCTT	2	12	72843	72854	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385240495
21	NC_017430	TTTCTG	2	12	73393	73404	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385240496
22	NC_017430	GATCAT	2	12	73523	73534	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385240496
23	NC_017430	TAGTAC	2	12	76603	76614	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385240497
24	NC_017430	GGTTTA	2	12	80253	80264	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385240501
25	NC_017430	TTTAGT	2	12	82026	82037	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385240503
26	NC_017430	GTCTGT	2	12	83297	83308	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385240504
27	NC_017430	TTCTGA	2	12	88911	88922	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385240508
28	NC_017430	AGCTGT	2	12	96068	96079	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385240515
29	NC_017430	TCTTTT	2	12	96733	96744	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385240517
30	NC_017430	GGGGCT	2	12	97681	97692	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	385240517
31	NC_017430	TTTGAG	2	12	99885	99896	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385240519
32	NC_017430	TCAGAA	2	12	106525	106536	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385240523
33	NC_017430	CATAAC	2	12	109569	109580	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385240526
34	NC_017430	TGTTCT	2	12	112333	112344	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385240528
35	NC_017430	ACTTCG	2	12	115617	115628	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385240530
36	NC_017430	TTGCCA	2	12	119156	119167	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385240534
37	NC_017430	TTGGTA	2	12	120696	120707	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385240536
38	NC_017430	AGGATC	2	12	121075	121086	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385240536
39	NC_017430	AAGGGT	2	12	122882	122893	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385240537
40	NC_017430	GGGTTT	2	12	123845	123856	0 %	50 %	50 %	0 %	385240538
41	NC_017430	TTGCAT	2	12	124127	124138	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385240538
42	NC_017430	AAGAGA	2	12	124496	124507	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385240538
43	NC_017430	TTAAAA	2	12	133430	133441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385240544
44	NC_017430	AGGTTG	2	12	134672	134683	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	385240545
45	NC_017430	GAGTTA	2	12	139723	139734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385240554
46	NC_017430	TGGAAA	2	12	142276	142287	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385240557
47	NC_017430	TGGAAT	2	12	143151	143162	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385240558
48	NC_017430	ATGGTT	2	12	143395	143406	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385240558
49	NC_017430	TGCTCT	2	12	145586	145597	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385240561
50	NC_017430	GAAAGG	2	12	149324	149335	50 %	0 %	50 %	0 %	385240563
51	NC_017430	GCTTTG	2	12	149567	149578	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385240563
52	NC_017430	TGTGCG	2	12	153689	153700	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	385240567
53	NC_017430	CCTCAT	2	12	154987	154998	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385240568
54	NC_017430	TGGAGA	2	12	156445	156456	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385240570
55	NC_017430	CTCCAT	2	12	157812	157823	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385240571
56	NC_017430	TCCTTG	2	12	158408	158419	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385240572
57	NC_017430	AACAGC	2	12	161045	161056	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385240575
58	NC_017430	AAAAAG	2	12	173632	173643	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385240582
59	NC_017430	TCCCAA	2	12	181632	181643	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385240587
60	NC_017430	ACTTCT	2	12	189309	189320	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385240595
61	NC_017430	ATTTGC	2	12	192002	192013	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385240596
62	NC_017430	AAACAT	2	12	193092	193103	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385240600
63	NC_017430	AGCAAC	2	12	193427	193438	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385240600
64	NC_017430	TTGCCT	2	12	196138	196149	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385240604
65	NC_017430	TCTGGA	2	12	199389	199400	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385240608
66	NC_017430	CTGGAT	2	12	214980	214991	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385240621
67	NC_017430	GAAATA	2	12	215303	215314	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385240621
68	NC_017430	GATGCA	2	12	222193	222204	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385240628
69	NC_017430	ACTCCA	2	12	223083	223094	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385240629
70	NC_017430	CTGCTT	2	12	223315	223326	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385240629
71	NC_017430	ATTGCT	2	12	226624	226635	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385240632
72	NC_017430	TCCTAG	2	12	226914	226925	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385240632
73	NC_017430	GCAACG	2	12	227402	227413	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385240633
74	NC_017430	CTTAGC	2	12	230035	230046	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385240635
75	NC_017430	TTCCTT	2	12	236867	236878	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385240640
76	NC_017430	TCTCCT	2	12	239748	239759	0 %	50 %	0 %	50 %	385240641
77	NC_017430	AAACCA	2	12	240323	240334	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385240642
78	NC_017430	CCTGCA	2	12	255713	255724	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385240661
79	NC_017430	ACCTTT	2	12	260908	260919	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385240666
80	NC_017430	TCATAA	2	12	268755	268766	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385240673
81	NC_017430	AAGTGT	2	12	269481	269492	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385240673
82	NC_017430	ATCTAA	2	12	272759	272770	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385240676
83	NC_017430	TGGAAT	2	12	274957	274968	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385240678
84	NC_017430	GGAACA	2	12	278844	278855	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385240680
85	NC_017430	CACGCG	2	12	281217	281228	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	385240682
86	NC_017430	TTTCTT	2	12	281396	281407	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385240682
87	NC_017430	CTCCTA	2	12	285558	285569	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385240685
88	NC_017430	GCAATG	2	12	291677	291688	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385240691
89	NC_017430	CGACAT	2	12	292352	292363	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385240693
90	NC_017430	CCCTTA	2	12	293806	293817	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385240695
91	NC_017430	AAAATA	2	12	295904	295915	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385240697
92	NC_017430	ACCACT	2	12	298259	298270	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385240699
93	NC_017430	CATTGC	2	12	301505	301516	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385240702
94	NC_017430	CCAAAA	2	12	302684	302695	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385240703
95	NC_017430	TCTTTT	2	12	304569	304580	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385240705
96	NC_017430	CAAGAC	2	12	305660	305671	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385240706
97	NC_017430	AGCTTA	2	12	306941	306952	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385240708
98	NC_017430	CAAAGA	2	12	312313	312324	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385240713
99	NC_017430	ATGGCT	2	12	312929	312940	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385240714
100	NC_017430	TACAAA	2	12	317119	317130	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385240717
101	NC_017430	TTAATT	2	12	318798	318809	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385240719
102	NC_017430	AAAACA	2	12	322285	322296	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	385240722
103	NC_017430	CAGAAC	2	12	344255	344266	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385240740
104	NC_017430	ATTCAA	2	12	349232	349243	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385240745
105	NC_017430	TTCTTA	2	12	361209	361220	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385240753
106	NC_017430	CAGCCT	2	12	373181	373192	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385240767
107	NC_017430	AGCTGA	2	12	373231	373242	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385240767
108	NC_017430	ATGCTA	2	12	377098	377109	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385240769
109	NC_017430	CAATAG	2	12	383704	383715	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385240772
110	NC_017430	ACTGAA	2	12	383845	383856	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385240772
111	NC_017430	CTGCAC	2	12	384038	384049	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385240772
112	NC_017430	TCCATA	2	12	394396	394407	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385240781
113	NC_017430	TTAGGT	2	12	395754	395765	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385240783
114	NC_017430	AGGGAA	2	12	397080	397091	50 %	0 %	50 %	0 %	385240784
115	NC_017430	CTGAAG	2	12	397915	397926	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385240785
116	NC_017430	TAATCT	2	12	403323	403334	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385240788
117	NC_017430	GAACAA	2	12	403825	403836	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385240789
118	NC_017430	CTAAAG	2	12	404208	404219	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385240790
119	NC_017430	CCTTTC	2	12	405372	405383	0 %	50 %	0 %	50 %	385240791
120	NC_017430	ACATGC	2	12	414915	414926	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385240802
121	NC_017430	GGCTCT	2	12	415650	415661	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385240803
122	NC_017430	ATCTTG	2	12	417244	417255	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385240804
123	NC_017430	CCCCCA	2	12	418578	418589	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	385240805
124	NC_017430	TTCCTC	2	12	422643	422654	0 %	50 %	0 %	50 %	385240809
125	NC_017430	CTCTAC	2	12	425892	425903	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385240811
126	NC_017430	ACATCA	2	12	426537	426548	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385240812
127	NC_017430	CGGAAT	2	12	426799	426810	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385240813
128	NC_017430	TGATAA	2	12	428704	428715	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385240814
129	NC_017430	AGCTAA	2	12	431078	431089	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385240816
130	NC_017430	TTCTCC	2	12	443114	443125	0 %	50 %	0 %	50 %	385240827
131	NC_017430	ATGAAG	2	12	452165	452176	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385240835
132	NC_017430	TAACTC	2	12	452682	452693	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385240835
133	NC_017430	ATCCGC	2	12	453607	453618	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385240835
134	NC_017430	CTAAAG	2	12	456025	456036	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385240836
135	NC_017430	CCAATA	2	12	461010	461021	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385240841
136	NC_017430	ATCGGC	2	12	466857	466868	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385240849
137	NC_017430	TATTGG	2	12	467450	467461	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385240849
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139	NC_017430	TCTTCA	2	12	480229	480240	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385240854
140	NC_017430	CTACAA	2	12	483992	484003	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385240854
141	NC_017430	CCAATC	2	12	488460	488471	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385240858
142	NC_017430	TTCTTT	2	12	492281	492292	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385240865
143	NC_017430	CTGAAG	2	12	495340	495351	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385240867
144	NC_017430	TGAGTA	2	12	495794	495805	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385240867
145	NC_017430	AAACTG	2	12	499241	499252	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385240871
146	NC_017430	GGTAAT	2	12	507579	507590	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385240880
147	NC_017430	AGTTTT	2	12	508587	508598	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385240882
148	NC_017430	GGTTGT	2	12	510715	510726	0 %	50 %	50 %	0 %	385240884
149	NC_017430	GCTGTT	2	12	513074	513085	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385240887
150	NC_017430	CTCTAT	2	12	516568	516579	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385240891
151	NC_017430	TGAACT	2	12	517075	517086	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385240891
152	NC_017430	TAATTC	2	12	518398	518409	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385240892
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158	NC_017430	ACTGTA	2	12	531311	531322	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385240903
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163	NC_017430	AGGGAA	2	12	539217	539228	50 %	0 %	50 %	0 %	385240910
164	NC_017430	AAAGAA	2	12	541074	541085	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385240913
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169	NC_017430	CGGAAA	2	12	555802	555813	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385240928
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188	NC_017430	CGATAT	3	18	613708	613725	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385240998
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199	NC_017430	GCTTCT	2	12	649830	649841	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385241032
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213	NC_017430	TATTGA	2	12	737288	737299	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385241102
214	NC_017430	TCTGCA	2	12	744941	744952	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385241109
215	NC_017430	CAGGAA	2	12	748810	748821	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385241112
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218	NC_017430	ATGCAA	2	12	764518	764529	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385241129
219	NC_017430	GAGAAA	2	12	764747	764758	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385241129
220	NC_017430	TATATT	2	12	770187	770198	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385241134
221	NC_017430	TTTCCA	2	12	777009	777020	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385241141
222	NC_017430	ATGAAG	2	12	783615	783626	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385241145
223	NC_017430	ATTAGG	2	12	789400	789411	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385241152
224	NC_017430	CCCTGA	2	12	792396	792407	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385241155
225	NC_017430	AGAATT	2	12	795318	795329	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385241158
226	NC_017430	AAGCTC	2	12	795557	795568	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385241158
227	NC_017430	TTTCTT	2	12	798424	798435	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385241160
228	NC_017430	AGAAAT	2	12	801614	801625	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385241163
229	NC_017430	GAAATT	2	12	803227	803238	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385241165
230	NC_017430	TAGCCT	2	12	806856	806867	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385241166
231	NC_017430	CACCTA	2	12	821417	821428	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385241177
232	NC_017430	AGCTAC	2	12	825385	825396	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385241179
233	NC_017430	AAGAGG	2	12	827256	827267	50 %	0 %	50 %	0 %	385241181
234	NC_017430	GAAAGG	2	12	832131	832142	50 %	0 %	50 %	0 %	385241186
235	NC_017430	AGCTTC	2	12	833585	833596	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385241187
236	NC_017430	ATCACA	2	12	837690	837701	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385241193
237	NC_017430	GATCCG	2	12	842299	842310	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385241197
238	NC_017430	TTATGC	2	12	849238	849249	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385241203
239	NC_017430	ATGGGG	2	12	852272	852283	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	385241206
240	NC_017430	AAAGAA	2	12	852751	852762	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385241206
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243	NC_017430	CTTCTA	2	12	860365	860376	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385241208
244	NC_017430	CTTTTT	2	12	861049	861060	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385241209
245	NC_017430	GACCTG	2	12	866011	866022	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385241213
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256	NC_017430	GATAGT	2	12	914613	914624	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385241250
257	NC_017430	CTTCTC	2	12	921821	921832	0 %	50 %	0 %	50 %	385241258
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260	NC_017430	CGGAGG	2	12	945501	945512	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	385241282
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262	NC_017430	GAAAAA	2	12	955963	955974	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385241289
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265	NC_017430	CAAATG	2	12	970004	970015	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385241302
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282	NC_017430	ACCATC	2	12	1036106	1036117	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385241354

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.