MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis G/11222 chromosome

Total Repeats: 106

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017430	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017430	AAAGA	2	10	33092	33101	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017430	GAAGA	2	10	48011	48020	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017430	CTATT	2	10	49590	49599	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017430	AATTT	2	10	54056	54065	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017430	AAAAG	2	10	69052	69061	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017430	CTTGC	2	10	71995	72004	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_017430	AAAAG	2	10	76831	76840	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017430	ATCAA	2	10	78529	78538	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017430	TTTGT	2	10	85265	85274	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017430	AATAA	2	10	88264	88273	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017430	CTTTT	2	10	94336	94345	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017430	ACAAA	2	10	97881	97890	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017430	TTCCC	2	10	100619	100628	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
15	NC_017430	GCTCT	2	10	114153	114162	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_017430	TTGCA	2	10	137132	137141	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017430	AAAAG	2	10	141604	141613	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017430	TTCTA	2	10	157387	157396	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017430	CAAAA	2	10	161845	161854	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017430	GGAAT	2	10	179519	179528	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017430	CGATA	2	10	187522	187531	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017430	CTAAG	2	10	202650	202659	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017430	ATTTC	2	10	221175	221184	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017430	CAATA	2	10	224298	224307	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017430	TACAA	2	10	248010	248019	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017430	TTTCA	2	10	264129	264138	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017430	AAAGC	2	10	298960	298969	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017430	TGTTT	2	10	301839	301848	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017430	GCAAC	2	10	333851	333860	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_017430	CTTGT	2	10	333911	333920	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017430	CCTTT	2	10	334367	334376	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_017430	AAGGC	2	10	362122	362131	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017430	GCTTC	2	10	364232	364241	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_017430	AGTAG	2	10	364309	364318	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017430	TCTCT	2	10	367777	367786	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_017430	AACAA	2	10	368160	368169	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017430	AAAAC	2	10	368482	368491	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017430	AAGCG	2	10	403991	404000	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017430	GTATA	2	10	416240	416249	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017430	AGCAA	2	10	416276	416285	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017430	AAAAT	2	10	418125	418134	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017430	CTCTT	2	10	428189	428198	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_017430	TAAAA	2	10	430732	430741	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017430	AGAAA	2	10	436406	436415	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017430	CTCTT	2	10	436445	436454	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_017430	GAAGA	2	10	436455	436464	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017430	AAATT	2	10	436734	436743	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017430	AATTT	2	10	436755	436764	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017430	ATAGA	2	10	450030	450039	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017430	TAAAA	2	10	464967	464976	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017430	CAAAA	2	10	485368	485377	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017430	AATCT	2	10	502709	502718	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017430	TTTCT	2	10	508309	508318	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017430	CCTTT	2	10	509318	509327	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_017430	TAAAA	2	10	514334	514343	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017430	AGGAA	2	10	516318	516327	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017430	ATGAA	2	10	516342	516351	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017430	TTGGA	2	10	523783	523792	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017430	CAAAA	2	10	524549	524558	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017430	TTTTC	2	10	536214	536223	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017430	AAAAG	2	10	557467	557476	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017430	GAAAA	2	10	564651	564660	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017430	ATTTT	2	10	566089	566098	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017430	ATACT	2	10	572161	572170	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017430	AAAGG	2	10	581116	581125	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017430	CTTCT	2	10	622553	622562	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_017430	TTTCC	2	10	628734	628743	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_017430	ATTAA	2	10	636686	636695	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017430	TCGTC	2	10	649584	649593	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_017430	GCAAA	2	10	671151	671160	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017430	TATCG	2	10	672373	672382	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017430	TAAAA	2	10	685208	685217	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017430	TTTAT	2	10	697161	697170	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017430	TCATG	2	10	697356	697365	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017430	AAAAC	2	10	701474	701483	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017430	GAAAA	2	10	706823	706832	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017430	TTATT	2	10	713882	713891	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017430	GAAGA	2	10	736776	736785	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017430	AGAAT	2	10	759583	759592	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017430	AGGGG	2	10	759814	759823	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017430	AAAAG	2	10	780388	780397	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017430	AGGTA	2	10	783787	783796	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017430	TCCTT	2	10	784970	784979	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
84	NC_017430	AAAAC	2	10	796167	796176	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_017430	TTTCT	2	10	804388	804397	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017430	AGAAA	2	10	812920	812929	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017430	CTTTT	2	10	859010	859019	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017430	AGAAA	2	10	863362	863371	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017430	GAAGA	2	10	875533	875542	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017430	CTTTT	2	10	881053	881062	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017430	TAGAA	2	10	889523	889532	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017430	CTTTT	2	10	905563	905572	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017430	AGAGC	2	10	908596	908605	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_017430	TCGTT	2	10	936688	936697	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017430	TTCTT	2	10	939645	939654	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017430	CTTCA	2	10	961532	961541	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
97	NC_017430	CTAGT	2	10	968388	968397	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017430	TAAAA	2	10	984381	984390	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017430	CGGGG	2	10	1005824	1005833	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017430	TATTT	2	10	1007983	1007992	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017430	CAAGC	2	10	1014292	1014301	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_017430	TAGAA	2	10	1019411	1019420	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017430	AAAAT	2	10	1019442	1019451	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017430	TTTTC	2	10	1037779	1037788	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017430	TTATT	2	10	1041677	1041686	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017430	TTTTA	2	10	1041727	1041736	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.