MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis G/11222 chromosome

Total Repeats: 344

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017430	AATG	2	8	466	473	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017430	CTAT	2	8	800	807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017430	AAGG	2	8	1309	1316	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017430	GGAG	2	8	6306	6313	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017430	TATG	2	8	6955	6962	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017430	ATTT	2	8	7096	7103	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017430	TTTG	2	8	7188	7195	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017430	TATT	2	8	9310	9317	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017430	AGAA	2	8	11202	11209	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017430	AAGG	2	8	13438	13445	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017430	CAAA	2	8	16072	16079	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_017430	TGCG	2	8	18526	18533	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_017430	CGCT	2	8	21268	21275	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_017430	TTAA	2	8	21289	21296	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017430	GTTA	2	8	21326	21333	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017430	GATC	2	8	21381	21388	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_017430	ATTG	2	8	27938	27945	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017430	TGTT	2	8	43817	43824	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017430	AATA	2	8	44056	44063	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017430	AAGT	2	8	47978	47985	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017430	TATT	2	8	52180	52187	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017430	GTTT	2	8	54040	54047	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017430	TGTT	2	8	54048	54055	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017430	TAAT	2	8	54092	54099	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017430	AGCT	2	8	56508	56515	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_017430	TTTG	2	8	56820	56827	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017430	GGTT	2	8	57280	57287	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017430	AGAA	2	8	58141	58148	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017430	AGGT	2	8	58181	58188	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017430	TAGA	2	8	58860	58867	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017430	TGAA	2	8	58965	58972	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017430	CAGA	2	8	60790	60797	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_017430	ACAA	2	8	67440	67447	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_017430	AAGG	2	8	67538	67545	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017430	GATA	2	8	72019	72026	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017430	TCTA	2	8	76764	76771	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_017430	GTTT	2	8	79539	79546	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017430	ATTC	2	8	79742	79749	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_017430	GGTT	2	8	79892	79899	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017430	GTTT	2	8	88197	88204	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017430	TTTA	2	8	88220	88227	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017430	GTTT	2	8	88232	88239	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017430	GTTT	2	8	88283	88290	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017430	AACA	2	8	88296	88303	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_017430	GAAT	2	8	90550	90557	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017430	AAGT	2	8	90582	90589	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017430	AAAT	2	8	93828	93835	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017430	CATT	2	8	94475	94482	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_017430	TATT	2	8	97858	97865	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017430	GATT	2	8	100329	100336	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017430	ATTG	2	8	100593	100600	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017430	TATC	2	8	101732	101739	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_017430	AAGA	2	8	106844	106851	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017430	CTGG	2	8	120544	120551	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_017430	GTTT	2	8	135043	135050	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017430	ATCT	2	8	151762	151769	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_017430	GCTG	2	8	151801	151808	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_017430	AAAG	2	8	158217	158224	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017430	TTTA	2	8	158226	158233	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017430	TAAT	2	8	158343	158350	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017430	TAAT	2	8	159179	159186	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017430	GCTT	2	8	161815	161822	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_017430	CTTC	2	8	165886	165893	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_017430	TTAG	2	8	170294	170301	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017430	AAAC	2	8	172041	172048	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_017430	GTAT	2	8	173223	173230	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017430	GGAA	2	8	178411	178418	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017430	TTGA	2	8	179593	179600	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017430	TTCC	2	8	180811	180818	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_017430	AAAC	2	8	180914	180921	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_017430	AAAG	2	8	182189	182196	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017430	AAGA	2	8	182207	182214	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017430	AAAG	2	8	182387	182394	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017430	TCGC	2	8	183079	183086	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_017430	GTTG	2	8	183684	183691	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017430	AAAC	2	8	187604	187611	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_017430	GGAC	2	8	187963	187970	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
78	NC_017430	ATTT	2	8	196365	196372	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017430	ACGA	2	8	202484	202491	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_017430	GAAA	2	8	202770	202777	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017430	CCTT	2	8	215904	215911	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_017430	CTAT	2	8	219630	219637	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_017430	GCAA	2	8	219873	219880	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_017430	AATT	2	8	221208	221215	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017430	CTTG	2	8	221557	221564	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_017430	AAAC	2	8	225287	225294	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_017430	TCCT	2	8	227912	227919	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_017430	AAAT	2	8	243527	243534	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017430	AAGA	2	8	243546	243553	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017430	TTTC	2	8	246147	246154	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_017430	TAAA	2	8	246981	246988	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017430	AATA	2	8	250640	250647	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017430	GAAA	2	8	252259	252266	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017430	GCAG	2	8	252308	252315	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
95	NC_017430	AGAA	2	8	252341	252348	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017430	CCAA	2	8	254224	254231	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_017430	AAAC	2	8	254831	254838	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_017430	TAAA	2	8	264239	264246	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017430	CAAA	2	8	267174	267181	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_017430	ATTT	2	8	273687	273694	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017430	GTTT	2	8	279529	279536	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017430	AAAG	2	8	279564	279571	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017430	TGCC	2	8	280052	280059	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
104	NC_017430	GGGA	2	8	283900	283907	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017430	TAAA	2	8	285042	285049	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017430	GATA	2	8	286703	286710	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017430	AATC	2	8	291828	291835	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_017430	ACAA	2	8	297597	297604	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_017430	GCTT	2	8	298927	298934	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_017430	CCCT	2	8	299494	299501	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
111	NC_017430	ACTA	2	8	301743	301750	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_017430	TAAA	2	8	301966	301973	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017430	TCCA	2	8	305125	305132	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_017430	TCCC	2	8	305327	305334	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
115	NC_017430	ATTG	2	8	306512	306519	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017430	AATA	2	8	317888	317895	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017430	TAAA	2	8	317909	317916	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017430	CAGA	2	8	317917	317924	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_017430	AATA	2	8	317984	317991	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017430	CAAT	2	8	327594	327601	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_017430	GCTA	2	8	328284	328291	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_017430	TTAA	2	8	333627	333634	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017430	CAGT	2	8	333973	333980	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_017430	TTGT	2	8	334111	334118	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017430	CAAG	2	8	340159	340166	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_017430	TTTA	2	8	363666	363673	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017430	CAAA	2	8	363960	363967	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_017430	TAGT	2	8	364270	364277	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017430	GCTT	2	8	368219	368226	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_017430	TAAA	2	8	368497	368504	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017430	AAAT	2	8	369416	369423	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017430	CCTT	2	8	369438	369445	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_017430	ATCT	2	8	369471	369478	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_017430	TAAA	2	8	381250	381257	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017430	TTTA	2	8	391217	391224	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017430	GATT	2	8	391976	391983	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017430	AATT	2	8	392025	392032	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017430	ATAA	2	8	392085	392092	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017430	TTAT	2	8	395418	395425	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017430	GCAA	2	8	395471	395478	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_017430	TCAT	2	8	404756	404763	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_017430	CAAA	2	8	406892	406899	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_017430	ATTT	2	8	416311	416318	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017430	AGAA	2	8	416321	416328	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017430	ATTA	2	8	418110	418117	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017430	ACTG	2	8	424604	424611	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_017430	CTTT	2	8	424623	424630	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_017430	TTCT	2	8	428168	428175	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_017430	AACT	2	8	430400	430407	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_017430	CAAA	2	8	430748	430755	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_017430	ACTC	2	8	435439	435446	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
152	NC_017430	AAAC	2	8	440471	440478	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
153	NC_017430	AAAT	2	8	440613	440620	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.