MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis G/9768 chromosome

Total Repeats: 326

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017429	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017429	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385239514
3	NC_017429	CAAAAA	2	12	6252	6263	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017429	TAGCAA	2	12	10828	10839	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385239520
5	NC_017429	AAAGCT	2	12	10959	10970	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385239520
6	NC_017429	TAGTGA	2	12	12105	12116	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385239521
7	NC_017429	GTTCCT	2	12	19390	19401	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385239527
8	NC_017429	CTTTTT	2	12	21544	21555	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385239530
9	NC_017429	GTGAGG	2	12	25474	25485	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	385239531
10	NC_017429	GGATTT	2	12	35951	35962	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385239543
11	NC_017429	AATTAG	2	12	37372	37383	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385239544
12	NC_017429	TTCCTG	2	12	37671	37682	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385239544
13	NC_017429	TTTTGA	2	12	44980	44991	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385239552
14	NC_017429	TGAACG	2	12	52281	52292	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385239559
15	NC_017429	GTGATT	2	12	52300	52311	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385239559
16	NC_017429	GATCTG	2	12	54915	54926	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385239561
17	NC_017429	GTGTAA	2	12	54963	54974	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385239561
18	NC_017429	GGTTCA	2	12	55052	55063	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385239561
19	NC_017429	GAAAAG	2	12	56311	56322	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017429	AGTTGT	2	12	57659	57670	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017429	TCTTGT	2	12	58577	58588	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017429	TGAAAA	2	12	59048	59059	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385239564
23	NC_017429	TCCTAA	2	12	59387	59398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385239564
24	NC_017429	AAAAAT	2	12	60882	60893	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017429	GTTCTT	2	12	63307	63318	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385239566
26	NC_017429	CTATTT	2	12	71629	71640	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385239573
27	NC_017429	ACTCTT	2	12	72758	72769	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385239574
28	NC_017429	TTTCTG	2	12	73308	73319	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385239575
29	NC_017429	GATCAT	2	12	73438	73449	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385239575
30	NC_017429	TAGTAC	2	12	76432	76443	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385239576
31	NC_017429	ATCTAG	2	12	76611	76622	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_017429	GGTTTA	2	12	80083	80094	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385239580
33	NC_017429	TTTAGT	2	12	81856	81867	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385239582
34	NC_017429	GTCTGT	2	12	83127	83138	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385239583
35	NC_017429	TTCTGA	2	12	88741	88752	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385239587
36	NC_017429	AGCTGT	2	12	95898	95909	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385239594
37	NC_017429	TCTTTT	2	12	96563	96574	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385239596
38	NC_017429	GGGGCT	2	12	97511	97522	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	385239596
39	NC_017429	TTTGAG	2	12	99715	99726	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385239598
40	NC_017429	TCAGAA	2	12	106356	106367	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385239603
41	NC_017429	CATAAC	2	12	109400	109411	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385239606
42	NC_017429	TGTTCT	2	12	112164	112175	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385239608
43	NC_017429	ACTTCG	2	12	115448	115459	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385239610
44	NC_017429	TTTTAG	2	12	115883	115894	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017429	TTGCCA	2	12	118987	118998	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385239614
46	NC_017429	TAAAAA	2	12	120479	120490	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017429	TTGGTA	2	12	120527	120538	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385239616
48	NC_017429	AGGATC	2	12	120906	120917	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385239616
49	NC_017429	AAGGGT	2	12	122713	122724	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385239617
50	NC_017429	GGGTTT	2	12	123676	123687	0 %	50 %	50 %	0 %	385239618
51	NC_017429	TTGCAT	2	12	123958	123969	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385239618
52	NC_017429	AAGAGA	2	12	124327	124338	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385239618
53	NC_017429	TTAAAA	2	12	133261	133272	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385239624
54	NC_017429	AGGTTG	2	12	134503	134514	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	385239625
55	NC_017429	CTGTTT	2	12	135198	135209	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385239626
56	NC_017429	GAGTTA	2	12	139552	139563	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385239634
57	NC_017429	TGGAAA	2	12	142105	142116	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385239637
58	NC_017429	TGGAAT	2	12	142980	142991	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385239638
59	NC_017429	ATGGTT	2	12	143224	143235	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385239638
60	NC_017429	TGCTCT	2	12	145415	145426	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385239641
61	NC_017429	GAAAGG	2	12	149153	149164	50 %	0 %	50 %	0 %	385239643
62	NC_017429	GCTTTG	2	12	149396	149407	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385239643
63	NC_017429	TGTGCG	2	12	153518	153529	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	385239647
64	NC_017429	CCTCAT	2	12	154816	154827	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385239648
65	NC_017429	TGGAGA	2	12	156274	156285	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385239650
66	NC_017429	CTCCAT	2	12	157641	157652	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385239651
67	NC_017429	TCCTTG	2	12	158237	158248	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385239652
68	NC_017429	AAGTTT	2	12	158322	158333	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385239652
69	NC_017429	AACAGC	2	12	160873	160884	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385239655
70	NC_017429	AAAAAG	2	12	173460	173471	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385239662
71	NC_017429	AGAAAA	2	12	182534	182545	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017429	ACTTCT	2	12	189630	189641	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385239674
73	NC_017429	ATTTGC	2	12	192323	192334	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385239675
74	NC_017429	AAACAT	2	12	193413	193424	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385239679
75	NC_017429	AGCAAC	2	12	193748	193759	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385239679
76	NC_017429	TATGAA	2	12	195342	195353	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017429	TTGCCT	2	12	196461	196472	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385239683
78	NC_017429	TCTGGA	2	12	199711	199722	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385239687
79	NC_017429	CTGGAT	2	12	215302	215313	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385239700
80	NC_017429	GAAATA	2	12	215625	215636	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385239700
81	NC_017429	TTTTAC	2	12	221354	221365	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_017429	GATGCA	2	12	222515	222526	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385239707
83	NC_017429	ACTCCA	2	12	223405	223416	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385239708
84	NC_017429	CTGCTT	2	12	223637	223648	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385239708
85	NC_017429	ATTGCT	2	12	226946	226957	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385239711
86	NC_017429	TCCTAG	2	12	227236	227247	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385239711
87	NC_017429	GCAACG	2	12	227724	227735	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385239712
88	NC_017429	CTTAGC	2	12	230357	230368	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385239714
89	NC_017429	TTCCTT	2	12	237189	237200	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385239719
90	NC_017429	TCTCCT	2	12	240070	240081	0 %	50 %	0 %	50 %	385239720
91	NC_017429	AAACCA	2	12	240645	240656	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385239721
92	NC_017429	AACCCT	2	12	255071	255082	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_017429	ATTTTT	2	12	255875	255886	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017429	CCTGCA	2	12	256036	256047	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385239740
95	NC_017429	ACCTTT	2	12	261231	261242	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385239745
96	NC_017429	TCATAA	2	12	269078	269089	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385239752
97	NC_017429	AAGTGT	2	12	269804	269815	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385239752
98	NC_017429	AGGAGA	2	12	270977	270988	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017429	ATCTAA	2	12	273082	273093	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385239755
100	NC_017429	TGGAAT	2	12	275280	275291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385239757
101	NC_017429	GGAACA	2	12	279167	279178	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385239759
102	NC_017429	ATATTA	2	12	279875	279886	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017429	CACGCG	2	12	281540	281551	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	385239761
104	NC_017429	TTTCTT	2	12	281719	281730	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385239761
105	NC_017429	CTCCTA	2	12	285881	285892	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385239764
106	NC_017429	GCAATG	2	12	292000	292011	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385239770
107	NC_017429	CGACAT	2	12	292679	292690	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385239771
108	NC_017429	CCCTTA	2	12	294133	294144	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385239773
109	NC_017429	AAAATA	2	12	296231	296242	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385239775
110	NC_017429	ACCACT	2	12	298586	298597	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385239777
111	NC_017429	CATTGC	2	12	301832	301843	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385239780
112	NC_017429	CCAAAA	2	12	303011	303022	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385239781
113	NC_017429	TCTTTT	2	12	304896	304907	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385239783
114	NC_017429	CAAGAC	2	12	305987	305998	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385239784
115	NC_017429	AGCTTA	2	12	307268	307279	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385239786
116	NC_017429	CAAAGA	2	12	312640	312651	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385239791
117	NC_017429	ATGGCT	2	12	313256	313267	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385239792
118	NC_017429	TACAAA	2	12	317446	317457	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385239795
119	NC_017429	TTAATT	2	12	319125	319136	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385239797
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168	NC_017429	AAGAAA	2	12	503208	503219	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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228	NC_017429	TTATTT	2	12	648923	648934	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
229	NC_017429	GCTTCT	2	12	650273	650284	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385240107
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235	NC_017429	AGCTGG	2	12	687433	687444	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385240139
236	NC_017429	GCATCA	2	12	689275	689286	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385240140
237	NC_017429	ATCAAT	2	12	693600	693611	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385240144
238	NC_017429	CCGCAA	2	12	698481	698492	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	385240149
239	NC_017429	AAATGC	2	12	704443	704454	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385240151
240	NC_017429	GAAAGA	2	12	706561	706572	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385240152
241	NC_017429	TCTTGA	2	12	711667	711678	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385240155
242	NC_017429	TATCCA	2	12	721850	721861	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385240167
243	NC_017429	TATTGA	2	12	737738	737749	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385240176
244	NC_017429	TCTGCA	2	12	745391	745402	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385240183
245	NC_017429	CAGGAA	2	12	749260	749271	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385240186
246	NC_017429	TATTTT	2	12	754869	754880	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
247	NC_017429	GGGAAG	2	12	758991	759002	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385240197
248	NC_017429	GGAAGA	2	12	762656	762667	50 %	0 %	50 %	0 %	385240200
249	NC_017429	ATGCAA	2	12	764968	764979	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385240204
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254	NC_017429	ATTAGG	2	12	789850	789861	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385240226
255	NC_017429	CCCTGA	2	12	792846	792857	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385240229
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257	NC_017429	AAGCTC	2	12	796007	796018	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385240232
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260	NC_017429	GAGAAA	2	12	802333	802344	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
261	NC_017429	GAAATT	2	12	803676	803687	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385240239
262	NC_017429	TTTTCT	2	12	804791	804802	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
263	NC_017429	TAGCCT	2	12	807305	807316	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385240240
264	NC_017429	ATTTTT	2	12	808570	808581	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
265	NC_017429	CACCTA	2	12	821866	821877	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385240251
266	NC_017429	AGCTAC	2	12	825834	825845	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385240253
267	NC_017429	AAGAGG	2	12	827705	827716	50 %	0 %	50 %	0 %	385240255
268	NC_017429	GAAAGG	2	12	832581	832592	50 %	0 %	50 %	0 %	385240260
269	NC_017429	AGCTTC	2	12	834035	834046	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385240261
270	NC_017429	TTTTTA	2	12	835008	835019	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
271	NC_017429	ATCACA	2	12	838140	838151	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385240267
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278	NC_017429	TAAGGA	2	12	855972	855983	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
279	NC_017429	CCGGAG	2	12	856890	856901	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
280	NC_017429	CTTCTA	2	12	860815	860826	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385240282
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282	NC_017429	GACCTG	2	12	866461	866472	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385240287
283	NC_017429	CCTCTA	2	12	870036	870047	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
284	NC_017429	TAAGGA	2	12	878018	878029	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
285	NC_017429	CCGGAG	2	12	878936	878947	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
286	NC_017429	TTTTCT	2	12	889318	889329	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385240300
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290	NC_017429	TATTGG	2	12	895276	895287	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385240306
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299	NC_017429	GAGCAA	2	12	924878	924889	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385240336
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313	NC_017429	CAGAAT	2	12	996689	996700	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385240397
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315	NC_017429	AGAATA	2	12	1004182	1004193	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385240407
316	NC_017429	AATTAA	2	12	1006926	1006937	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385240409
317	NC_017429	GCAATA	2	12	1007872	1007883	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385240409
318	NC_017429	CTTTAT	2	12	1011266	1011277	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385240411
319	NC_017429	AGCTGG	2	12	1011694	1011705	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385240411
320	NC_017429	TTGTAA	2	12	1014563	1014574	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
321	NC_017429	GAAAAA	2	12	1028803	1028814	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385240423
322	NC_017429	TTTCTT	2	12	1029467	1029478	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385240424
323	NC_017429	CAGCAC	2	12	1035647	1035658	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	385240426
324	NC_017429	ACCATC	2	12	1036560	1036571	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385240426
325	NC_017429	ATTTTT	2	12	1038542	1038553	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
326	NC_017429	TAAAAT	2	12	1042167	1042178	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.