MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Borrelia burgdorferi N40 chromosome

Total Repeats: 117

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017418	GCTTT	2	10	2057	2066	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017418	AATCA	2	10	2392	2401	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017418	ACTAT	2	10	3115	3124	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017418	TAAAT	2	10	19804	19813	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017418	AATTA	2	10	22371	22380	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017418	AAATT	2	10	48894	48903	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017418	AATTA	2	10	56437	56446	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017418	ACAAA	2	10	65799	65808	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017418	CTTTT	2	10	66755	66764	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017418	AAAAT	2	10	80585	80594	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017418	ATTAA	2	10	83548	83557	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017418	ATAAA	2	10	93723	93732	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017418	AAAGT	2	10	98292	98301	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017418	ATAAA	2	10	101052	101061	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017418	TACAA	2	10	107826	107835	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017418	TAAAA	2	10	130857	130866	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017418	TTATA	2	10	130869	130878	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017418	GAAAA	2	10	137869	137878	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017418	AAATA	2	10	137896	137905	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017418	TATAA	2	10	143909	143918	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017418	TTTAT	2	10	148589	148598	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017418	AATTT	2	10	149216	149225	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017418	CAAAA	2	10	149878	149887	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017418	TAAAA	2	10	150509	150518	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017418	TAAAG	2	10	152677	152686	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017418	GACTT	2	10	158139	158148	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017418	ATCAG	2	10	169076	169085	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017418	TTTAA	2	10	188901	188910	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017418	TAAAA	2	10	193323	193332	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017418	GTCAA	2	10	202416	202425	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017418	AAATT	2	10	208307	208316	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017418	TAAAA	2	10	243573	243582	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017418	ATAAA	2	10	244321	244330	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017418	AGAAA	2	10	244350	244359	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017418	TAAAA	2	10	244483	244492	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017418	TAAAA	2	10	244517	244526	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017418	AGAAA	2	10	247321	247330	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017418	TAAAA	2	10	251913	251922	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017418	AACAA	2	10	262574	262583	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017418	CTTTG	2	10	272484	272493	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017418	TATAA	3	15	272551	272565	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017418	TTTTA	2	10	272594	272603	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017418	AAACA	2	10	316964	316973	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017418	AGATT	2	10	317020	317029	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017418	TAATT	2	10	326708	326717	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017418	AAAGC	2	10	338850	338859	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017418	ATAAA	2	10	354255	354264	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017418	AGCAA	2	10	355745	355754	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017418	TAAAA	2	10	359994	360003	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017418	TAAAA	2	10	394086	394095	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017418	TTTCA	2	10	404460	404469	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017418	AATTT	2	10	407367	407376	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017418	TTAAT	2	10	409536	409545	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017418	AGAAA	2	10	415304	415313	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017418	CTCCC	2	10	436524	436533	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
56	NC_017418	CTCCC	2	10	439769	439778	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
57	NC_017418	AAAAG	2	10	443350	443359	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017418	TCGCT	2	10	443690	443699	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_017418	TTATT	2	10	444939	444948	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017418	AAAAC	2	10	448215	448224	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017418	ATTCA	2	10	462800	462809	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017418	TTTTA	2	10	475056	475065	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017418	TATTT	2	10	480030	480039	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017418	TTTTA	2	10	488335	488344	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017418	AATTT	2	10	489432	489441	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017418	TTATT	2	10	490887	490896	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017418	ATAAA	2	10	493414	493423	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017418	TTCTT	2	10	532462	532471	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017418	ATTTA	2	10	533045	533054	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017418	TTTTA	2	10	538112	538121	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017418	ATTTT	2	10	552630	552639	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017418	ATTAT	2	10	552644	552653	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017418	TAATT	2	10	564617	564626	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017418	TATTT	2	10	574537	574546	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017418	ATTTA	2	10	575898	575907	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017418	TAAAT	2	10	575976	575985	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017418	TAATT	2	10	584856	584865	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017418	TTTTA	2	10	586632	586641	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017418	TAAAT	4	20	589644	589663	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017418	ATTTG	2	10	589781	589790	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017418	GGATA	2	10	605705	605714	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017418	CAATT	2	10	605753	605762	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017418	GTTTT	2	10	617458	617467	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017418	ATTGT	2	10	629398	629407	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017418	TAAAT	2	10	633209	633218	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017418	ATTTA	2	10	633235	633244	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017418	TAATT	2	10	641965	641974	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017418	TTTAT	2	10	644316	644325	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017418	TTAAA	2	10	661649	661658	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017418	TTGAT	2	10	673609	673618	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017418	TTAAA	2	10	685208	685217	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017418	TAATT	2	10	701647	701656	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017418	TTTTA	2	10	713466	713475	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017418	TAGAA	2	10	713620	713629	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017418	TATAA	2	10	722851	722860	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017418	GATAT	2	10	732697	732706	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017418	TTTTG	2	10	737524	737533	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017418	ATTAT	2	10	741301	741310	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017418	ATTTT	2	10	743564	743573	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017418	ATTTT	2	10	781462	781471	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017418	ATTAA	2	10	781959	781968	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017418	TTTTG	2	10	787913	787922	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017418	CTTAA	2	10	797745	797754	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017418	ATTAT	2	10	797757	797766	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017418	ATTTT	2	10	808237	808246	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017418	AATTT	2	10	811946	811955	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017418	TAAAA	2	10	814112	814121	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017418	CTTTT	2	10	817207	817216	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017418	AATTT	2	10	827838	827847	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017418	GTTTA	2	10	841138	841147	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017418	GTTTT	2	10	858825	858834	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017418	TTTTA	2	10	858935	858944	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017418	AGTTT	2	10	868686	868695	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017418	TTTTA	2	10	886777	886786	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017418	TATAT	2	10	897990	897999	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017418	AAATT	2	10	900385	900394	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017418	TTTCT	2	10	901857	901866	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.