MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 lp28-7

Total Repeats: 350

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017412	TCT	2	6	179	184	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826749
2	NC_017412	TAC	2	6	261	266	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826749
3	NC_017412	ATT	2	6	271	276	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826749
4	NC_017412	ATT	2	6	437	442	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826749
5	NC_017412	TCT	2	6	524	529	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826749
6	NC_017412	TTC	2	6	757	762	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826750
7	NC_017412	AAT	2	6	831	836	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826750
8	NC_017412	GCT	2	6	885	890	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826750
9	NC_017412	CTT	2	6	1095	1100	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826750
10	NC_017412	CAA	3	9	1195	1203	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826750
11	NC_017412	TAA	3	9	1204	1212	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826750
12	NC_017412	TAA	2	6	1216	1221	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826750
13	NC_017412	TTC	2	6	1407	1412	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826751
14	NC_017412	AAT	2	6	1416	1421	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826751
15	NC_017412	TCT	2	6	1454	1459	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826751
16	NC_017412	TAA	2	6	1473	1478	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826751
17	NC_017412	TCT	2	6	1508	1513	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826751
18	NC_017412	ATT	2	6	1546	1551	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826751
19	NC_017412	TCT	2	6	1613	1618	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826751
20	NC_017412	TTC	2	6	1741	1746	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826751
21	NC_017412	CAT	2	6	1753	1758	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826751
22	NC_017412	AGC	2	6	1792	1797	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826751
23	NC_017412	TCT	2	6	2039	2044	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826751
24	NC_017412	TCA	2	6	2150	2155	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826751
25	NC_017412	ATT	2	6	2182	2187	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826751
26	NC_017412	TCT	2	6	2228	2233	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826751
27	NC_017412	CAA	2	6	2265	2270	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826751
28	NC_017412	TAT	2	6	2299	2304	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826751
29	NC_017412	TAA	2	6	2427	2432	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826751
30	NC_017412	TGT	2	6	2452	2457	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826751
31	NC_017412	CAC	2	6	2606	2611	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826751
32	NC_017412	CAC	3	9	2700	2708	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826751
33	NC_017412	ATT	2	6	2740	2745	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826751
34	NC_017412	GAT	2	6	2793	2798	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826751
35	NC_017412	TCA	2	6	2891	2896	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826751
36	NC_017412	GGA	2	6	2915	2920	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387826751
37	NC_017412	CTT	2	6	2943	2948	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826751
38	NC_017412	GCT	2	6	2992	2997	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826751
39	NC_017412	TCG	2	6	3032	3037	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826751
40	NC_017412	ATT	2	6	3152	3157	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826751
41	NC_017412	ATT	2	6	3163	3168	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826751
42	NC_017412	TAG	2	6	3228	3233	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826751
43	NC_017412	TCT	2	6	3266	3271	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826751
44	NC_017412	AGC	2	6	3312	3317	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826751
45	NC_017412	TGG	2	6	3412	3417	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826751
46	NC_017412	ATT	2	6	3707	3712	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826751
47	NC_017412	TTC	2	6	3745	3750	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826751
48	NC_017412	CCG	2	6	3753	3758	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387826751
49	NC_017412	TCT	2	6	3782	3787	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826751
50	NC_017412	CAC	2	6	3801	3806	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826751
51	NC_017412	TAG	2	6	3854	3859	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826751
52	NC_017412	TAG	2	6	3942	3947	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826751
53	NC_017412	AGA	2	6	4062	4067	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826751
54	NC_017412	TTC	2	6	4084	4089	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826751
55	NC_017412	ACT	3	9	4096	4104	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826751
56	NC_017412	ATT	2	6	4117	4122	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826751
57	NC_017412	TCC	2	6	4153	4158	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826751
58	NC_017412	TAT	2	6	4216	4221	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826751
59	NC_017412	TCA	2	6	4253	4258	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826751
60	NC_017412	AAG	2	6	4319	4324	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826751
61	NC_017412	AAT	2	6	4372	4377	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826751
62	NC_017412	TTC	2	6	4381	4386	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826751
63	NC_017412	GTC	2	6	4480	4485	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826751
64	NC_017412	TCA	2	6	4611	4616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826751
65	NC_017412	TTG	2	6	4958	4963	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826752
66	NC_017412	AAT	2	6	5157	5162	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826753
67	NC_017412	TAA	2	6	5188	5193	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826753
68	NC_017412	ATC	2	6	5333	5338	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826753
69	NC_017412	TTC	2	6	5434	5439	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826753
70	NC_017412	TCC	2	6	5585	5590	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826753
71	NC_017412	CTT	2	6	5610	5615	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826753
72	NC_017412	ATA	2	6	5777	5782	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826754
73	NC_017412	ATT	2	6	5810	5815	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826754
74	NC_017412	TAT	2	6	5833	5838	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826754
75	NC_017412	AAT	2	6	6041	6046	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826754
76	NC_017412	GCG	2	6	6097	6102	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387826754
77	NC_017412	TTA	2	6	6192	6197	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826754
78	NC_017412	TCT	2	6	6282	6287	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826754
79	NC_017412	ATA	2	6	6420	6425	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826754
80	NC_017412	ATT	2	6	6471	6476	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826754
81	NC_017412	CTT	2	6	6658	6663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826755
82	NC_017412	TAA	2	6	6680	6685	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826755
83	NC_017412	TAA	2	6	6720	6725	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826755
84	NC_017412	TTC	2	6	6805	6810	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826755
85	NC_017412	ACT	2	6	6829	6834	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826755
86	NC_017412	CTT	2	6	6857	6862	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826755
87	NC_017412	TAA	2	6	6867	6872	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826755
88	NC_017412	TCT	2	6	6886	6891	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826755
89	NC_017412	TAA	2	6	7195	7200	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826756
90	NC_017412	ATT	2	6	7256	7261	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826756
91	NC_017412	TTA	2	6	7265	7270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826756
92	NC_017412	ATA	2	6	7292	7297	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826756
93	NC_017412	CAT	2	6	7401	7406	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826756
94	NC_017412	ATT	3	9	7447	7455	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826756
95	NC_017412	TAA	2	6	7510	7515	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826756
96	NC_017412	AAT	2	6	7525	7530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826756
97	NC_017412	TTA	2	6	7535	7540	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826756
98	NC_017412	AAT	2	6	7608	7613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826756
99	NC_017412	ATT	2	6	8107	8112	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826757
100	NC_017412	TCT	2	6	8153	8158	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826757
101	NC_017412	AAT	2	6	8161	8166	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826757
102	NC_017412	ATC	3	9	8398	8406	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826757
103	NC_017412	CTT	2	6	8495	8500	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826757
104	NC_017412	TTC	2	6	8521	8526	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826757
105	NC_017412	TTC	2	6	8605	8610	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826757
106	NC_017412	TCA	2	6	8669	8674	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826757
107	NC_017412	CTT	2	6	8734	8739	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826757
108	NC_017412	GCT	2	6	8900	8905	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826757
109	NC_017412	TTA	2	6	8916	8921	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826757
110	NC_017412	TTC	2	6	9226	9231	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826757
111	NC_017412	TAA	3	9	9238	9246	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826757
112	NC_017412	ATT	2	6	9538	9543	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826757
113	NC_017412	CTG	2	6	9579	9584	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826757
114	NC_017412	TTG	2	6	9709	9714	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826757
115	NC_017412	TCT	2	6	9758	9763	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826757
116	NC_017412	TAT	2	6	9774	9779	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826757
117	NC_017412	TAT	2	6	9784	9789	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826757
118	NC_017412	AGC	2	6	9853	9858	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826757
119	NC_017412	ATC	2	6	10127	10132	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826757
120	NC_017412	CTT	2	6	10218	10223	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826757
121	NC_017412	ACC	2	6	10246	10251	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826757
122	NC_017412	CTT	2	6	10347	10352	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826757
123	NC_017412	TCT	2	6	10403	10408	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826757
124	NC_017412	CCA	2	6	10478	10483	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826757
125	NC_017412	TAG	2	6	10554	10559	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826757
126	NC_017412	CTT	2	6	10671	10676	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826757
127	NC_017412	TCA	2	6	10685	10690	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826757
128	NC_017412	TAA	2	6	10761	10766	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826757
129	NC_017412	GCC	2	6	10778	10783	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387826757
130	NC_017412	TGC	2	6	10881	10886	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826757
131	NC_017412	ATC	2	6	11020	11025	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826757
132	NC_017412	ATT	2	6	11089	11094	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826757
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.