MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 lp25

Total Repeats: 163

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017409	TTC	2	6	13	18	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
2	NC_017409	TCT	2	6	75	80	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
3	NC_017409	AAC	2	6	93	98	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826518
4	NC_017409	TGA	2	6	147	152	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826518
5	NC_017409	ATT	2	6	188	193	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826518
6	NC_017409	TAA	2	6	298	303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826518
7	NC_017409	TTA	2	6	315	320	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826518
8	NC_017409	ATC	2	6	401	406	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826518
9	NC_017409	TAA	2	6	439	444	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826518
10	NC_017409	ATC	2	6	449	454	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826518
11	NC_017409	TCT	2	6	554	559	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
12	NC_017409	TTA	2	6	685	690	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826518
13	NC_017409	CAC	3	9	733	741	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826518
14	NC_017409	GAT	2	6	826	831	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826518
15	NC_017409	TCT	2	6	884	889	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
16	NC_017409	GAA	2	6	911	916	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826518
17	NC_017409	TGG	2	6	947	952	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826518
18	NC_017409	ATT	2	6	1185	1190	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826518
19	NC_017409	TCT	2	6	1254	1259	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
20	NC_017409	TAG	2	6	1261	1266	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826518
21	NC_017409	TCT	2	6	1299	1304	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
22	NC_017409	CAT	2	6	1588	1593	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826518
23	NC_017409	TTC	2	6	1595	1600	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
24	NC_017409	AGT	2	6	1690	1695	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826518
25	NC_017409	TTC	2	6	1778	1783	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
26	NC_017409	TAG	2	6	1887	1892	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826518
27	NC_017409	CTT	2	6	1927	1932	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
28	NC_017409	CAA	2	6	1960	1965	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826518
29	NC_017409	GTA	2	6	1977	1982	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826518
30	NC_017409	TTC	2	6	2117	2122	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
31	NC_017409	ATT	2	6	2150	2155	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826518
32	NC_017409	TCT	2	6	2172	2177	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
33	NC_017409	TCC	2	6	2186	2191	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826518
34	NC_017409	TTA	2	6	2248	2253	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826518
35	NC_017409	TCA	2	6	2286	2291	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826518
36	NC_017409	AGA	2	6	2315	2320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826518
37	NC_017409	TTC	2	6	2336	2341	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
38	NC_017409	CTC	2	6	2414	2419	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826518
39	NC_017409	TTC	2	6	2675	2680	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
40	NC_017409	TCT	2	6	2826	2831	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
41	NC_017409	CTT	2	6	2833	2838	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
42	NC_017409	CTA	2	6	2884	2889	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826518
43	NC_017409	ATT	2	6	2921	2926	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826518
44	NC_017409	CTT	2	6	2935	2940	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
45	NC_017409	TGT	2	6	3033	3038	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826518
46	NC_017409	TTC	2	6	3056	3061	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826518
47	NC_017409	ATC	2	6	3107	3112	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826518
48	NC_017409	ATT	2	6	3252	3257	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826518
49	NC_017409	TTG	2	6	5347	5352	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826519
50	NC_017409	CCT	2	6	5365	5370	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826519
51	NC_017409	CTT	2	6	5397	5402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826519
52	NC_017409	CTC	2	6	5434	5439	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826519
53	NC_017409	TAT	2	6	5478	5483	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826519
54	NC_017409	ATA	2	6	5504	5509	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826519
55	NC_017409	AAC	2	6	5510	5515	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826519
56	NC_017409	TTA	2	6	5561	5566	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826519
57	NC_017409	CTC	2	6	5572	5577	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826519
58	NC_017409	ACT	2	6	5731	5736	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826519
59	NC_017409	AAC	2	6	5790	5795	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826519
60	NC_017409	TAT	2	6	5812	5817	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826519
61	NC_017409	TTC	2	6	6761	6766	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826520
62	NC_017409	TAA	2	6	6800	6805	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826520
63	NC_017409	AAT	2	6	8054	8059	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826521
64	NC_017409	TGC	2	6	8202	8207	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826521
65	NC_017409	ATT	2	6	8225	8230	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826521
66	NC_017409	TCA	2	6	8374	8379	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826521
67	NC_017409	TCA	2	6	8472	8477	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826521
68	NC_017409	ATC	2	6	8489	8494	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826521
69	NC_017409	CAA	2	6	8503	8508	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826521
70	NC_017409	TAT	2	6	8512	8517	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826521
71	NC_017409	ATA	2	6	8520	8525	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826521
72	NC_017409	ATT	2	6	8702	8707	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826522
73	NC_017409	TCA	2	6	8712	8717	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826522
74	NC_017409	TCT	2	6	8748	8753	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826522
75	NC_017409	AAT	2	6	8815	8820	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826522
76	NC_017409	GGT	2	6	8857	8862	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826522
77	NC_017409	CGT	2	6	8953	8958	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826522
78	NC_017409	AAC	2	6	9044	9049	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826522
79	NC_017409	TTC	2	6	9050	9055	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826522
80	NC_017409	CTG	2	6	9081	9086	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826522
81	NC_017409	TAA	2	6	9092	9097	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826522
82	NC_017409	ATT	3	9	9111	9119	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826522
83	NC_017409	TTC	2	6	9714	9719	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826523
84	NC_017409	CTT	2	6	9929	9934	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826523
85	NC_017409	TCA	2	6	10153	10158	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826523
86	NC_017409	ATC	2	6	10411	10416	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826524
87	NC_017409	TTA	2	6	10422	10427	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826524
88	NC_017409	TAA	2	6	10522	10527	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826524
89	NC_017409	ATT	2	6	10568	10573	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826524
90	NC_017409	AAT	2	6	10606	10611	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826524
91	NC_017409	TAT	3	9	10633	10641	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826524
92	NC_017409	ATT	2	6	10756	10761	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826524
93	NC_017409	GAA	2	6	10778	10783	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826524
94	NC_017409	TTC	2	6	10846	10851	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826524
95	NC_017409	TAG	2	6	10872	10877	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826524
96	NC_017409	AGA	2	6	10904	10909	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826524
97	NC_017409	ATA	2	6	10943	10948	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826524
98	NC_017409	ATT	2	6	10994	10999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826524
99	NC_017409	TCC	2	6	11031	11036	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826525
100	NC_017409	CTT	2	6	11155	11160	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826525
101	NC_017409	AAT	2	6	11259	11264	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826525
102	NC_017409	ATT	2	6	11512	11517	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826525
103	NC_017409	TAA	2	6	11627	11632	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826526
104	NC_017409	ATT	2	6	11649	11654	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826526
105	NC_017409	ATC	2	6	11817	11822	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826526
106	NC_017409	CTT	2	6	11948	11953	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826526
107	NC_017409	TTA	2	6	11954	11959	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826526
108	NC_017409	ATA	2	6	12051	12056	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826526
109	NC_017409	GTT	2	6	12091	12096	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826526
110	NC_017409	TAA	3	9	12116	12124	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826526
111	NC_017409	TAT	2	6	12230	12235	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826526
112	NC_017409	TAG	2	6	12345	12350	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826526
113	NC_017409	TAG	2	6	12385	12390	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826526
114	NC_017409	TAG	2	6	12424	12429	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826526
115	NC_017409	AGT	2	6	12464	12469	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826526
116	NC_017409	CTT	2	6	12491	12496	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826526
117	NC_017409	TTA	2	6	12568	12573	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826526
118	NC_017409	TTG	2	6	12584	12589	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826526
119	NC_017409	ATT	2	6	13301	13306	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826527
120	NC_017409	CTT	2	6	13328	13333	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826527
121	NC_017409	TTA	2	6	13344	13349	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826527
122	NC_017409	ATC	2	6	13492	13497	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826527
123	NC_017409	TAT	2	6	13638	13643	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826527
124	NC_017409	TGG	2	6	13680	13685	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826527
125	NC_017409	CAA	2	6	13686	13691	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826527
126	NC_017409	AAT	2	6	13701	13706	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826527
127	NC_017409	GCT	2	6	17970	17975	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826528
128	NC_017409	ATA	2	6	17981	17986	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826528
129	NC_017409	TTG	2	6	18002	18007	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826528
130	NC_017409	TAA	2	6	18108	18113	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826528
131	NC_017409	AGG	2	6	18286	18291	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387826528
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.