MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 lp28-6

Total Repeats: 323

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017408	ATT	2	6	137	142	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826487
2	NC_017408	TGC	2	6	347	352	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826487
3	NC_017408	ATT	2	6	413	418	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826487
4	NC_017408	GAT	2	6	453	458	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826487
5	NC_017408	CCA	2	6	492	497	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826487
6	NC_017408	ATT	2	6	578	583	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826487
7	NC_017408	TTG	2	6	656	661	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826487
8	NC_017408	GAT	2	6	673	678	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826487
9	NC_017408	TAT	2	6	712	717	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826487
10	NC_017408	TGA	2	6	788	793	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826487
11	NC_017408	AGC	2	6	860	865	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826487
12	NC_017408	CAT	2	6	874	879	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826487
13	NC_017408	CTT	2	6	982	987	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826487
14	NC_017408	AAT	2	6	1021	1026	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826487
15	NC_017408	TTG	2	6	1234	1239	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826487
16	NC_017408	TCT	2	6	1298	1303	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826488
17	NC_017408	TCA	2	6	1343	1348	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826488
18	NC_017408	TTA	2	6	1349	1354	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826488
19	NC_017408	AAC	2	6	1379	1384	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826488
20	NC_017408	TTC	2	6	1456	1461	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826488
21	NC_017408	TAA	2	6	1549	1554	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826488
22	NC_017408	AAG	2	6	1895	1900	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826488
23	NC_017408	AAT	2	6	2287	2292	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826489
24	NC_017408	TAA	2	6	2322	2327	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826489
25	NC_017408	CTT	2	6	2382	2387	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826489
26	NC_017408	TAT	2	6	2424	2429	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826489
27	NC_017408	TCT	2	6	2444	2449	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826489
28	NC_017408	TAT	2	6	2691	2696	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826489
29	NC_017408	TTA	2	6	2748	2753	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826489
30	NC_017408	TAT	2	6	2769	2774	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826489
31	NC_017408	TTC	2	6	2785	2790	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826489
32	NC_017408	ATA	2	6	3006	3011	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826490
33	NC_017408	CTC	2	6	3030	3035	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826490
34	NC_017408	TAT	2	6	3132	3137	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826490
35	NC_017408	TGC	2	6	3285	3290	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826490
36	NC_017408	TAT	2	6	3336	3341	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826490
37	NC_017408	AGT	2	6	3380	3385	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826490
38	NC_017408	TGT	2	6	3518	3523	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826490
39	NC_017408	TTA	2	6	3544	3549	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826490
40	NC_017408	TAG	2	6	3600	3605	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826490
41	NC_017408	TTA	2	6	3692	3697	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826490
42	NC_017408	TCC	2	6	3731	3736	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826491
43	NC_017408	ATT	2	6	3791	3796	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826491
44	NC_017408	CAA	2	6	3842	3847	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826491
45	NC_017408	TAT	2	6	3934	3939	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826491
46	NC_017408	GTC	2	6	4004	4009	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826491
47	NC_017408	AAT	2	6	4036	4041	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826491
48	NC_017408	TCT	2	6	4164	4169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826491
49	NC_017408	ACT	2	6	4250	4255	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826491
50	NC_017408	ATT	2	6	4294	4299	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826492
51	NC_017408	TAT	2	6	4303	4308	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826492
52	NC_017408	GTT	2	6	4331	4336	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826492
53	NC_017408	TAG	2	6	4353	4358	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826492
54	NC_017408	ATC	2	6	4363	4368	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826492
55	NC_017408	TAA	2	6	4531	4536	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826492
56	NC_017408	TTA	2	6	4622	4627	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826492
57	NC_017408	TAT	2	6	4647	4652	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826492
58	NC_017408	CTA	2	6	4757	4762	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826492
59	NC_017408	TGA	3	9	4979	4987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826492
60	NC_017408	TTA	2	6	5027	5032	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826492
61	NC_017408	ATT	2	6	5514	5519	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826493
62	NC_017408	TCT	2	6	5560	5565	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826493
63	NC_017408	AAT	2	6	5568	5573	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826493
64	NC_017408	CAC	3	9	5705	5713	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826493
65	NC_017408	CCA	2	6	5826	5831	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826493
66	NC_017408	GGT	2	6	5952	5957	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826493
67	NC_017408	TTC	2	6	6015	6020	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826493
68	NC_017408	TCA	2	6	6079	6084	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826493
69	NC_017408	TCA	2	6	6124	6129	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826493
70	NC_017408	TTC	2	6	6177	6182	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826493
71	NC_017408	CAG	2	6	6296	6301	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826493
72	NC_017408	CAG	2	6	6317	6322	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826493
73	NC_017408	TCC	2	6	6397	6402	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826493
74	NC_017408	ATT	2	6	6414	6419	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826493
75	NC_017408	TTC	2	6	6423	6428	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826493
76	NC_017408	TCA	2	6	6886	6891	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826493
77	NC_017408	ATT	2	6	6940	6945	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826493
78	NC_017408	TCA	2	6	7075	7080	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826493
79	NC_017408	TTA	2	6	7174	7179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826493
80	NC_017408	TCT	2	6	7228	7233	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826493
81	NC_017408	AAC	2	6	7537	7542	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826493
82	NC_017408	ATC	2	6	7687	7692	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826493
83	NC_017408	CTT	2	6	7778	7783	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826493
84	NC_017408	ACC	2	6	7806	7811	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826493
85	NC_017408	CTT	2	6	7907	7912	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826493
86	NC_017408	TCT	2	6	7963	7968	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826493
87	NC_017408	CCA	2	6	8038	8043	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826493
88	NC_017408	TAG	2	6	8114	8119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826493
89	NC_017408	CTT	2	6	8231	8236	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826493
90	NC_017408	TCA	2	6	8245	8250	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826493
91	NC_017408	TAA	2	6	8321	8326	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826493
92	NC_017408	GCC	2	6	8338	8343	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387826493
93	NC_017408	TGC	2	6	8441	8446	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826493
94	NC_017408	ATC	2	6	8580	8585	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826493
95	NC_017408	ATT	2	6	8649	8654	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826493
96	NC_017408	ATT	3	9	8677	8685	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826493
97	NC_017408	TCA	2	6	8686	8691	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826493
98	NC_017408	TTG	2	6	9112	9117	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826494
99	NC_017408	CGA	2	6	9129	9134	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826494
100	NC_017408	TTG	2	6	9186	9191	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826494
101	NC_017408	TCT	3	9	9320	9328	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826494
102	NC_017408	TTG	2	6	9411	9416	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826494
103	NC_017408	CCT	2	6	9417	9422	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826495
104	NC_017408	GAA	2	6	9430	9435	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826495
105	NC_017408	CCA	2	6	9564	9569	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826495
106	NC_017408	ATT	2	6	9670	9675	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826495
107	NC_017408	TTA	2	6	9737	9742	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826495
108	NC_017408	GTT	2	6	9824	9829	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826495
109	NC_017408	TTG	2	6	9849	9854	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826495
110	NC_017408	TCA	2	6	9911	9916	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826495
111	NC_017408	TAG	2	6	9962	9967	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826495
112	NC_017408	TAC	2	6	9972	9977	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826495
113	NC_017408	CTT	2	6	9978	9983	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826495
114	NC_017408	TAG	2	6	10110	10115	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826495
115	NC_017408	ATT	3	9	10135	10143	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826495
116	NC_017408	AAT	2	6	10375	10380	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826496
117	NC_017408	GTT	2	6	10596	10601	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826496
118	NC_017408	TTC	2	6	10655	10660	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826496
119	NC_017408	TCT	2	6	10740	10745	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826497
120	NC_017408	TGC	2	6	10792	10797	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826497
121	NC_017408	GTT	3	9	10834	10842	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826497
122	NC_017408	TCT	2	6	10919	10924	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826497
123	NC_017408	ATT	2	6	11230	11235	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826498
124	NC_017408	TTA	2	6	11339	11344	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826498
125	NC_017408	ATA	2	6	11390	11395	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826498
126	NC_017408	CAA	2	6	11457	11462	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826499
127	NC_017408	CTT	2	6	11463	11468	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826499
128	NC_017408	CTG	2	6	11490	11495	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826499
129	NC_017408	TGA	2	6	11527	11532	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826499
130	NC_017408	CTT	2	6	11661	11666	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826499
131	NC_017408	TAA	2	6	11701	11706	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826499
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.