MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 lp28-4

Total Repeats: 260

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017407	ATT	2	6	254	259	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826818
2	NC_017407	GAT	2	6	342	347	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826818
3	NC_017407	CTT	2	6	369	374	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826818
4	NC_017407	AGA	2	6	422	427	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826818
5	NC_017407	GAA	2	6	633	638	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826818
6	NC_017407	GAA	2	6	675	680	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826818
7	NC_017407	AGT	2	6	735	740	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826818
8	NC_017407	TAA	2	6	815	820	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826818
9	NC_017407	ATA	2	6	859	864	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826818
10	NC_017407	GAA	2	6	921	926	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826818
11	NC_017407	TAA	2	6	968	973	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826818
12	NC_017407	TGG	2	6	1022	1027	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826818
13	NC_017407	AGA	2	6	1052	1057	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826818
14	NC_017407	AAG	2	6	1061	1066	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826818
15	NC_017407	AGA	2	6	1142	1147	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826818
16	NC_017407	AAT	2	6	1203	1208	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826818
17	NC_017407	GAA	2	6	1221	1226	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826818
18	NC_017407	CTT	2	6	1561	1566	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826819
19	NC_017407	AAT	2	6	1649	1654	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826819
20	NC_017407	ATT	2	6	1659	1664	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826819
21	NC_017407	CTA	2	6	1692	1697	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826819
22	NC_017407	TTA	2	6	2235	2240	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826820
23	NC_017407	AGA	2	6	2296	2301	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826820
24	NC_017407	ATC	2	6	2389	2394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826820
25	NC_017407	TAG	3	9	2461	2469	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826820
26	NC_017407	TAC	2	6	2477	2482	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826820
27	NC_017407	ATA	2	6	2660	2665	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826821
28	NC_017407	AAC	2	6	2688	2693	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826821
29	NC_017407	ATT	2	6	2748	2753	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826821
30	NC_017407	AAT	2	6	2768	2773	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826821
31	NC_017407	CAA	2	6	2847	2852	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826821
32	NC_017407	ATA	2	6	2891	2896	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826821
33	NC_017407	TAT	2	6	2933	2938	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826821
34	NC_017407	ACT	2	6	2982	2987	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826821
35	NC_017407	ACA	2	6	3013	3018	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826821
36	NC_017407	CTA	2	6	3036	3041	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826821
37	NC_017407	TAA	2	6	3211	3216	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826822
38	NC_017407	ACA	2	6	3235	3240	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826822
39	NC_017407	TAG	2	6	3272	3277	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826822
40	NC_017407	ACA	2	6	3322	3327	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826822
41	NC_017407	TTA	2	6	3357	3362	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826822
42	NC_017407	AAC	2	6	3387	3392	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826822
43	NC_017407	TAA	2	6	3407	3412	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826822
44	NC_017407	TAC	2	6	3444	3449	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826822
45	NC_017407	ACT	2	6	3490	3495	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826822
46	NC_017407	TTA	3	9	3798	3806	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826823
47	NC_017407	TTA	2	6	3982	3987	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826824
48	NC_017407	ACA	2	6	4026	4031	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826824
49	NC_017407	AAC	2	6	4035	4040	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826824
50	NC_017407	TAA	2	6	4055	4060	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826824
51	NC_017407	CAA	2	6	4090	4095	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826824
52	NC_017407	TAA	2	6	5047	5052	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826825
53	NC_017407	AGA	2	6	5075	5080	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826825
54	NC_017407	ATT	2	6	5091	5096	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826825
55	NC_017407	AGA	2	6	5120	5125	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826825
56	NC_017407	AGA	2	6	5130	5135	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826825
57	NC_017407	ATA	2	6	5170	5175	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826825
58	NC_017407	ACA	2	6	5343	5348	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826825
59	NC_017407	TAA	2	6	5488	5493	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826825
60	NC_017407	ATC	2	6	5515	5520	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826825
61	NC_017407	AGA	2	6	5540	5545	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826825
62	NC_017407	ATC	2	6	5625	5630	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826825
63	NC_017407	CAA	2	6	5651	5656	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826825
64	NC_017407	AAT	2	6	5661	5666	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826825
65	NC_017407	GAT	2	6	5670	5675	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826825
66	NC_017407	CTT	2	6	5698	5703	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826825
67	NC_017407	TAG	2	6	5719	5724	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826825
68	NC_017407	TCA	2	6	6327	6332	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826826
69	NC_017407	GAT	2	6	6366	6371	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826826
70	NC_017407	AGC	2	6	6399	6404	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826826
71	NC_017407	GTA	2	6	6454	6459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826826
72	NC_017407	AAT	2	6	6469	6474	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826826
73	NC_017407	TAA	2	6	6485	6490	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826826
74	NC_017407	TGA	2	6	6591	6596	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826826
75	NC_017407	AAC	2	6	6636	6641	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826826
76	NC_017407	ATT	2	6	7613	7618	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826827
77	NC_017407	AGA	2	6	7676	7681	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826827
78	NC_017407	ATT	2	6	9045	9050	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826828
79	NC_017407	CAA	2	6	9071	9076	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826828
80	NC_017407	AGA	2	6	9144	9149	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826828
81	NC_017407	GAA	2	6	9207	9212	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826828
82	NC_017407	TAT	2	6	9218	9223	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826828
83	NC_017407	AGA	3	9	9762	9770	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
84	NC_017407	CAA	2	6	9784	9789	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
85	NC_017407	GAA	2	6	9790	9795	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
86	NC_017407	CAA	2	6	9811	9816	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
87	NC_017407	GAA	2	6	9817	9822	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
88	NC_017407	CAA	2	6	9838	9843	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
89	NC_017407	GAA	2	6	9844	9849	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
90	NC_017407	CAA	2	6	9865	9870	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
91	NC_017407	GAA	2	6	9871	9876	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
92	NC_017407	CAA	2	6	9892	9897	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
93	NC_017407	GAA	2	6	9898	9903	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
94	NC_017407	CAA	2	6	9919	9924	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
95	NC_017407	GAA	2	6	9925	9930	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
96	NC_017407	CAA	2	6	9946	9951	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
97	NC_017407	GAA	2	6	9952	9957	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
98	NC_017407	CAA	2	6	9973	9978	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
99	NC_017407	GAA	2	6	9979	9984	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
100	NC_017407	CAA	2	6	10000	10005	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
101	NC_017407	GAA	2	6	10006	10011	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
102	NC_017407	CAA	2	6	10027	10032	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
103	NC_017407	GAA	2	6	10033	10038	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
104	NC_017407	CAA	2	6	10054	10059	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
105	NC_017407	GAA	2	6	10060	10065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
106	NC_017407	CAA	2	6	10081	10086	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
107	NC_017407	GAA	2	6	10087	10092	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
108	NC_017407	CAA	2	6	10108	10113	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
109	NC_017407	GAA	2	6	10114	10119	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
110	NC_017407	CAA	2	6	10135	10140	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
111	NC_017407	GAA	2	6	10141	10146	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
112	NC_017407	CAA	2	6	10162	10167	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
113	NC_017407	GAA	2	6	10168	10173	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
114	NC_017407	CAA	2	6	10189	10194	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
115	NC_017407	GAA	2	6	10195	10200	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
116	NC_017407	CAA	2	6	10216	10221	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
117	NC_017407	GAA	2	6	10222	10227	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
118	NC_017407	CAA	2	6	10243	10248	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
119	NC_017407	GAA	2	6	10249	10254	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
120	NC_017407	CAA	2	6	10270	10275	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
121	NC_017407	GAA	2	6	10276	10281	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
122	NC_017407	CAA	2	6	10297	10302	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
123	NC_017407	GAA	2	6	10303	10308	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
124	NC_017407	CAA	2	6	10324	10329	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
125	NC_017407	GAA	2	6	10330	10335	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
126	NC_017407	CAA	2	6	10351	10356	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
127	NC_017407	GAA	2	6	10357	10362	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
128	NC_017407	CAA	2	6	10378	10383	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
129	NC_017407	GAA	2	6	10384	10389	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826829
130	NC_017407	CAA	2	6	10405	10410	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
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132	NC_017407	ACA	2	6	10437	10442	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826829
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259	NC_017407	CTT	2	6	30040	30045	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826839
260	NC_017407	ATT	2	6	30050	30055	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826839

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.