MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 lp28-5

Total Repeats: 200

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017406	TCA	2	6	7	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826722
2	NC_017406	TGA	2	6	112	117	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826722
3	NC_017406	CAA	2	6	161	166	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826722
4	NC_017406	TCT	3	9	187	195	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826722
5	NC_017406	TTC	2	6	264	269	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826722
6	NC_017406	TCT	2	6	306	311	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826722
7	NC_017406	TTC	2	6	351	356	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826722
8	NC_017406	ATT	2	6	375	380	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826722
9	NC_017406	ATC	2	6	393	398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826722
10	NC_017406	CTA	2	6	416	421	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826722
11	NC_017406	TCT	2	6	438	443	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826722
12	NC_017406	ATG	2	6	444	449	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826722
13	NC_017406	ATA	2	6	464	469	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826722
14	NC_017406	AAT	2	6	522	527	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826722
15	NC_017406	ATT	2	6	1450	1455	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826723
16	NC_017406	CCA	2	6	1475	1480	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826723
17	NC_017406	CAA	2	6	1495	1500	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826723
18	NC_017406	ATA	2	6	1557	1562	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826723
19	NC_017406	TAA	2	6	1582	1587	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826723
20	NC_017406	AAG	2	6	1632	1637	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826723
21	NC_017406	AAC	2	6	1823	1828	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826723
22	NC_017406	AAG	2	6	1845	1850	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826723
23	NC_017406	ATA	2	6	1865	1870	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826723
24	NC_017406	ATT	2	6	2061	2066	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826723
25	NC_017406	TAA	2	6	2137	2142	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826723
26	NC_017406	TAA	2	6	2182	2187	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826723
27	NC_017406	AAT	2	6	2351	2356	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826724
28	NC_017406	ATT	2	6	2357	2362	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826724
29	NC_017406	CAA	2	6	2378	2383	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826724
30	NC_017406	AAT	2	6	2419	2424	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826724
31	NC_017406	GAA	2	6	2476	2481	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826724
32	NC_017406	GAA	3	9	2495	2503	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826724
33	NC_017406	AGA	2	6	2527	2532	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826724
34	NC_017406	AGA	2	6	2594	2599	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826724
35	NC_017406	CTT	2	6	2926	2931	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826725
36	NC_017406	AAT	2	6	2933	2938	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826725
37	NC_017406	CTA	2	6	2951	2956	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826725
38	NC_017406	TAA	2	6	2990	2995	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826725
39	NC_017406	TCT	2	6	3025	3030	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826725
40	NC_017406	ATT	2	6	3063	3068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826725
41	NC_017406	TCT	2	6	3130	3135	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826725
42	NC_017406	TTC	2	6	3258	3263	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826725
43	NC_017406	TCT	2	6	3321	3326	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826725
44	NC_017406	ATA	2	6	3364	3369	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826725
45	NC_017406	AAT	2	6	3370	3375	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826725
46	NC_017406	GTT	2	6	3535	3540	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826725
47	NC_017406	TCT	2	6	3556	3561	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826725
48	NC_017406	ATT	2	6	3669	3674	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826725
49	NC_017406	TCT	2	6	3676	3681	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826725
50	NC_017406	TTC	2	6	3783	3788	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826725
51	NC_017406	TAT	2	6	3804	3809	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826725
52	NC_017406	CAC	2	6	3923	3928	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826725
53	NC_017406	TTA	2	6	4157	4162	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826725
54	NC_017406	ACT	2	6	4212	4217	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826725
55	NC_017406	ATT	2	6	4245	4250	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826725
56	NC_017406	ATT	2	6	4254	4259	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826725
57	NC_017406	TAT	2	6	5329	5334	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826726
58	NC_017406	TTA	2	6	5447	5452	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826726
59	NC_017406	AAT	2	6	5467	5472	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826726
60	NC_017406	TCT	2	6	5639	5644	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826726
61	NC_017406	CAT	2	6	5682	5687	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826726
62	NC_017406	TTA	2	6	5700	5705	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826726
63	NC_017406	TCT	2	6	5777	5782	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826726
64	NC_017406	ATT	2	6	5792	5797	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826726
65	NC_017406	TCA	2	6	5816	5821	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826726
66	NC_017406	TAT	2	6	6045	6050	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826726
67	NC_017406	CTA	2	6	6087	6092	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826726
68	NC_017406	ATA	2	6	6769	6774	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826727
69	NC_017406	GCA	2	6	6877	6882	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826727
70	NC_017406	AAT	2	6	6926	6931	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826727
71	NC_017406	AAT	2	6	7155	7160	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826728
72	NC_017406	TTA	2	6	7173	7178	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826728
73	NC_017406	TCT	2	6	7193	7198	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826728
74	NC_017406	TCT	2	6	7247	7252	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826728
75	NC_017406	TCT	2	6	7319	7324	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826728
76	NC_017406	TTA	2	6	7343	7348	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826728
77	NC_017406	TTC	2	6	7354	7359	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826728
78	NC_017406	TTA	2	6	7400	7405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826728
79	NC_017406	AAG	2	6	7428	7433	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826728
80	NC_017406	TCT	2	6	7543	7548	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826728
81	NC_017406	TGA	2	6	7847	7852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826728
82	NC_017406	ATT	2	6	7888	7893	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826728
83	NC_017406	CCT	2	6	7934	7939	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826728
84	NC_017406	TAA	2	6	7992	7997	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826728
85	NC_017406	TTC	2	6	8005	8010	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826728
86	NC_017406	TAT	2	6	8026	8031	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826728
87	NC_017406	ATC	2	6	8143	8148	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826728
88	NC_017406	TAA	2	6	8199	8204	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826728
89	NC_017406	TCT	2	6	8248	8253	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826728
90	NC_017406	TTA	2	6	8379	8384	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826728
91	NC_017406	CCA	2	6	8429	8434	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826728
92	NC_017406	ATT	2	6	8467	8472	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826728
93	NC_017406	GAT	2	6	8520	8525	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826728
94	NC_017406	TCT	2	6	8578	8583	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826728
95	NC_017406	TCA	2	6	8618	8623	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826728
96	NC_017406	GGA	2	6	8642	8647	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387826728
97	NC_017406	CTT	2	6	8670	8675	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826728
98	NC_017406	TAG	2	6	8714	8719	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826728
99	NC_017406	TTC	2	6	8908	8913	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826728
100	NC_017406	TAG	2	6	8955	8960	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826728
101	NC_017406	CAT	2	6	9282	9287	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826728
102	NC_017406	TTC	2	6	9289	9294	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826728
103	NC_017406	TTC	2	6	9472	9477	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826728
104	NC_017406	TGA	2	6	9481	9486	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826728
105	NC_017406	TAG	2	6	9581	9586	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826728
106	NC_017406	CTT	2	6	9621	9626	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826728
107	NC_017406	CAA	2	6	9654	9659	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826728
108	NC_017406	GTA	2	6	9671	9676	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826728
109	NC_017406	TTC	2	6	9811	9816	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826728
110	NC_017406	ATT	2	6	9844	9849	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826728
111	NC_017406	TCT	2	6	9866	9871	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826728
112	NC_017406	TCC	2	6	9880	9885	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826728
113	NC_017406	TTA	2	6	9942	9947	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826728
114	NC_017406	TCA	2	6	9980	9985	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826728
115	NC_017406	AGA	2	6	10009	10014	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826728
116	NC_017406	TTC	2	6	10030	10035	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826728
117	NC_017406	CTC	2	6	10108	10113	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826728
118	NC_017406	TTC	2	6	10360	10365	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826728
119	NC_017406	TTC	2	6	10369	10374	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826728
120	NC_017406	TCT	2	6	10520	10525	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826728
121	NC_017406	CTT	2	6	10527	10532	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826728
122	NC_017406	CTA	2	6	10578	10583	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826728
123	NC_017406	ATT	2	6	10615	10620	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826728
124	NC_017406	CTT	2	6	10629	10634	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826728
125	NC_017406	TGT	2	6	10727	10732	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826728
126	NC_017406	TTC	2	6	10750	10755	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826728
127	NC_017406	ATC	2	6	10801	10806	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826728
128	NC_017406	ATT	2	6	10946	10951	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826728
129	NC_017406	TAT	2	6	16012	16017	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826729
130	NC_017406	CTA	2	6	16050	16055	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826729
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132	NC_017406	CTT	2	6	16138	16143	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826729
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.