MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 lp28-3

Total Repeats: 125

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017405	AAAT	2	8	386	393	75 %	25 %	0 %	0 %	387826796
2	NC_017405	CAAA	2	8	400	407	75 %	0 %	0 %	25 %	387826796
3	NC_017405	AAAG	2	8	574	581	75 %	0 %	25 %	0 %	387826796
4	NC_017405	ATAC	2	8	747	754	50 %	25 %	0 %	25 %	387826796
5	NC_017405	AATA	2	8	1180	1187	75 %	25 %	0 %	0 %	387826797
6	NC_017405	ATTA	2	8	1267	1274	50 %	50 %	0 %	0 %	387826797
7	NC_017405	ATAA	2	8	1445	1452	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017405	TTAT	2	8	1735	1742	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017405	AAAG	2	8	1937	1944	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017405	ATTT	2	8	2370	2377	25 %	75 %	0 %	0 %	387826799
11	NC_017405	AATT	2	8	2646	2653	50 %	50 %	0 %	0 %	387826799
12	NC_017405	ATTA	2	8	3127	3134	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017405	AAGA	2	8	3522	3529	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017405	GTAA	2	8	3634	3641	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017405	ACCA	2	8	3726	3733	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_017405	TTAA	2	8	3896	3903	50 %	50 %	0 %	0 %	387826800
17	NC_017405	TATC	2	8	4549	4556	25 %	50 %	0 %	25 %	387826800
18	NC_017405	CTTT	2	8	4572	4579	0 %	75 %	0 %	25 %	387826800
19	NC_017405	TTAA	2	8	4758	4765	50 %	50 %	0 %	0 %	387826800
20	NC_017405	TAGT	2	8	5055	5062	25 %	50 %	25 %	0 %	387826800
21	NC_017405	TTAA	2	8	5631	5638	50 %	50 %	0 %	0 %	387826800
22	NC_017405	CTTT	2	8	6063	6070	0 %	75 %	0 %	25 %	387826800
23	NC_017405	TTTC	2	8	6302	6309	0 %	75 %	0 %	25 %	387826800
24	NC_017405	ATTT	2	8	6790	6797	25 %	75 %	0 %	0 %	387826800
25	NC_017405	TCTT	2	8	7082	7089	0 %	75 %	0 %	25 %	387826800
26	NC_017405	TAAA	2	8	7105	7112	75 %	25 %	0 %	0 %	387826800
27	NC_017405	TTAT	2	8	7737	7744	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017405	ATTT	2	8	7850	7857	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017405	AATT	2	8	7918	7925	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017405	ATTT	2	8	7936	7943	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017405	TTAA	2	8	7958	7965	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017405	GCAA	2	8	8127	8134	50 %	0 %	25 %	25 %	387826801
33	NC_017405	AGGA	2	8	8349	8356	50 %	0 %	50 %	0 %	387826801
34	NC_017405	TTAA	2	8	8573	8580	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017405	TAAA	2	8	8739	8746	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017405	TAAT	2	8	8978	8985	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017405	TAAA	2	8	9138	9145	75 %	25 %	0 %	0 %	387826802
38	NC_017405	TAAA	2	8	9266	9273	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017405	ATCT	2	8	10057	10064	25 %	50 %	0 %	25 %	387826803
40	NC_017405	ATCT	2	8	10111	10118	25 %	50 %	0 %	25 %	387826803
41	NC_017405	ATCT	2	8	10165	10172	25 %	50 %	0 %	25 %	387826803
42	NC_017405	ATCT	2	8	10219	10226	25 %	50 %	0 %	25 %	387826803
43	NC_017405	ATCT	2	8	10273	10280	25 %	50 %	0 %	25 %	387826803
44	NC_017405	TCAC	2	8	10525	10532	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
45	NC_017405	GTCT	2	8	11046	11053	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_017405	TTTA	2	8	11691	11698	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017405	TTTC	2	8	11815	11822	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_017405	ATTA	2	8	12014	12021	50 %	50 %	0 %	0 %	387826804
49	NC_017405	GTTG	2	8	12178	12185	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017405	TAAT	2	8	12365	12372	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017405	ATTT	2	8	12741	12748	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017405	AGAA	2	8	12861	12868	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017405	AATT	2	8	12972	12979	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017405	TATG	2	8	13344	13351	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017405	AAAT	2	8	13515	13522	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017405	GCTT	2	8	13668	13675	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_017405	CTAT	2	8	13711	13718	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_017405	ATTT	2	8	14128	14135	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017405	TTAA	2	8	14383	14390	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017405	CAAA	2	8	14763	14770	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_017405	GAAA	2	8	15497	15504	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017405	AAGA	2	8	15643	15650	75 %	0 %	25 %	0 %	387826806
63	NC_017405	TCAT	2	8	15811	15818	25 %	50 %	0 %	25 %	387826806
64	NC_017405	GTTG	2	8	15829	15836	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017405	AACA	2	8	15901	15908	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_017405	TTTA	2	8	15909	15916	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017405	AAAT	2	8	16254	16261	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017405	TTAG	2	8	16443	16450	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017405	TAAA	2	8	16628	16635	75 %	25 %	0 %	0 %	387826807
70	NC_017405	ACTT	2	8	16952	16959	25 %	50 %	0 %	25 %	387826807
71	NC_017405	AGAA	2	8	16976	16983	75 %	0 %	25 %	0 %	387826807
72	NC_017405	CTTT	2	8	17072	17079	0 %	75 %	0 %	25 %	387826807
73	NC_017405	TAAA	2	8	17333	17340	75 %	25 %	0 %	0 %	387826807
74	NC_017405	ATGG	2	8	17691	17698	25 %	25 %	50 %	0 %	387826808
75	NC_017405	AAAG	2	8	17846	17853	75 %	0 %	25 %	0 %	387826808
76	NC_017405	AATG	2	8	18181	18188	50 %	25 %	25 %	0 %	387826809
77	NC_017405	AGAA	2	8	18481	18488	75 %	0 %	25 %	0 %	387826809
78	NC_017405	ACTA	2	8	18723	18730	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_017405	AAAT	2	8	19256	19263	75 %	25 %	0 %	0 %	387826810
80	NC_017405	AAAT	2	8	19914	19921	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017405	TTTA	2	8	19985	19992	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017405	ATTT	2	8	20094	20101	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017405	TATT	2	8	20105	20112	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017405	CAAA	2	8	20334	20341	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_017405	AAAT	2	8	20354	20361	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017405	GAAT	2	8	20539	20546	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017405	TTGA	2	8	20593	20600	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017405	AGAT	2	8	21260	21267	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017405	AAAT	2	8	21336	21343	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017405	TATT	2	8	21358	21365	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017405	TAAG	2	8	21463	21470	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017405	TTTG	3	12	21508	21519	0 %	75 %	25 %	0 %	387826811
93	NC_017405	TAAG	2	8	21569	21576	50 %	25 %	25 %	0 %	387826811
94	NC_017405	GTAT	2	8	21743	21750	25 %	50 %	25 %	0 %	387826811
95	NC_017405	TTTG	2	8	22023	22030	0 %	75 %	25 %	0 %	387826811
96	NC_017405	TAAA	2	8	22474	22481	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017405	ATAA	2	8	22682	22689	75 %	25 %	0 %	0 %	387826812
98	NC_017405	CTAG	2	8	22746	22753	25 %	25 %	25 %	25 %	387826812
99	NC_017405	ATTA	2	8	23038	23045	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017405	ATTA	2	8	23052	23059	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017405	AAGG	2	8	23067	23074	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017405	TTTA	2	8	23637	23644	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017405	ATGG	2	8	24054	24061	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017405	AATA	2	8	24239	24246	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017405	TGAA	2	8	24598	24605	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017405	CACT	2	8	24760	24767	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_017405	AAAT	2	8	24899	24906	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017405	ACTT	2	8	25449	25456	25 %	50 %	0 %	25 %	387826814
109	NC_017405	GCTT	2	8	25961	25968	0 %	50 %	25 %	25 %	387826814
110	NC_017405	TGGT	2	8	26037	26044	0 %	50 %	50 %	0 %	387826814
111	NC_017405	TTAA	2	8	26408	26415	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017405	TTTG	2	8	26446	26453	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017405	ATAA	2	8	26468	26475	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017405	AATT	2	8	26476	26483	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017405	ATTC	2	8	26631	26638	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_017405	TTTA	2	8	26846	26853	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017405	TCTT	2	8	27335	27342	0 %	75 %	0 %	25 %	387826815
118	NC_017405	CATT	2	8	27450	27457	25 %	50 %	0 %	25 %	387826815
119	NC_017405	ATCT	2	8	27678	27685	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_017405	AGGT	2	8	27761	27768	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017405	TTGG	2	8	27789	27796	0 %	50 %	50 %	0 %	387826816
122	NC_017405	AGTG	2	8	28031	28038	25 %	25 %	50 %	0 %	387826816
123	NC_017405	TTCT	2	8	28065	28072	0 %	75 %	0 %	25 %	387826816
124	NC_017405	GTTT	2	8	28401	28408	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017405	TTTA	2	8	28731	28738	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.