MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 lp28-3

Total Repeats: 223

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017405	ATA	2	6	93	98	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017405	AAT	2	6	179	184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017405	TAA	2	6	224	229	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017405	TAT	2	6	230	235	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017405	ATA	2	6	986	991	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017405	AAC	2	6	1014	1019	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017405	TTC	3	9	1797	1805	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017405	AAG	2	6	1857	1862	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017405	TAT	2	6	1914	1919	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017405	AGT	2	6	1972	1977	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017405	AAT	2	6	2062	2067	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017405	TAA	2	6	2079	2084	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017405	ATT	2	6	2099	2104	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017405	TAG	2	6	2166	2171	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017405	TAA	2	6	3287	3292	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017405	TCA	2	6	3357	3362	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017405	GAT	2	6	3394	3399	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017405	ATT	2	6	3445	3450	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017405	AAT	2	6	3453	3458	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017405	ATT	2	6	3504	3509	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017405	ATC	2	6	3612	3617	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017405	ATT	2	6	3765	3770	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017405	TCA	2	6	3838	3843	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017405	TAA	3	9	3846	3854	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017405	CTT	2	6	7760	7765	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_017405	ATT	2	6	7898	7903	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017405	TTA	2	6	7930	7935	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017405	ATT	2	6	8588	8593	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017405	TAT	2	6	8598	8603	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017405	TCT	2	6	8657	8662	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017405	AAT	2	6	8710	8715	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017405	ATG	2	6	8830	8835	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017405	CAA	2	6	8838	8843	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017405	TAA	2	6	8875	8880	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017405	ACT	2	6	9031	9036	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017405	AGT	2	6	9063	9068	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017405	TCA	2	6	9069	9074	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017405	ATA	2	6	9315	9320	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017405	TTC	2	6	9340	9345	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017405	ATA	2	6	9442	9447	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017405	ATT	2	6	9471	9476	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017405	GAT	2	6	9525	9530	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017405	AAT	2	6	9690	9695	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017405	ACT	2	6	9719	9724	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_017405	CTA	2	6	10533	10538	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017405	TTA	2	6	10673	10678	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017405	ATA	3	9	10751	10759	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017405	ATT	2	6	10767	10772	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017405	TGA	2	6	10809	10814	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017405	TAA	2	6	10864	10869	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017405	ATA	2	6	10940	10945	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017405	ACT	2	6	10973	10978	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017405	CTT	2	6	11079	11084	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_017405	ATC	2	6	11178	11183	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017405	ATT	2	6	11323	11328	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017405	ATT	2	6	11342	11347	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017405	TAT	2	6	11363	11368	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017405	GCT	2	6	11488	11493	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_017405	TAA	2	6	11664	11669	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017405	CTA	2	6	11685	11690	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017405	ATT	2	6	11715	11720	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017405	TCT	2	6	11799	11804	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_017405	ATA	2	6	12305	12310	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017405	CTA	2	6	12314	12319	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017405	AAC	2	6	12352	12357	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017405	ACC	2	6	12393	12398	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_017405	TAA	2	6	12446	12451	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017405	ACA	2	6	12452	12457	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_017405	TAA	2	6	12470	12475	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017405	TAC	3	9	12516	12524	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017405	TTA	2	6	12569	12574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017405	ACA	2	6	12627	12632	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017405	AAG	2	6	12638	12643	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017405	ATT	2	6	12703	12708	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017405	GAA	2	6	12718	12723	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017405	ACA	2	6	12757	12762	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017405	AAT	2	6	12935	12940	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017405	TGG	2	6	13030	13035	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017405	GTT	2	6	13149	13154	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017405	AAG	2	6	13164	13169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017405	AGA	2	6	13183	13188	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017405	TAT	2	6	13255	13260	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017405	TAA	2	6	13274	13279	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017405	ATA	2	6	13293	13298	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017405	TCT	2	6	13382	13387	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_017405	ATA	2	6	13413	13418	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017405	AAT	2	6	13560	13565	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017405	AAG	2	6	13652	13657	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017405	ATT	2	6	13822	13827	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017405	AAC	2	6	13908	13913	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_017405	TAA	3	9	13990	13998	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017405	CTT	2	6	14007	14012	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_017405	CTT	2	6	14071	14076	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_017405	TTA	2	6	14115	14120	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017405	ATT	2	6	14139	14144	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017405	ACA	2	6	14176	14181	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_017405	AAC	2	6	14223	14228	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_017405	TCT	2	6	14256	14261	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017405	GCT	2	6	14287	14292	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_017405	ACA	3	9	14302	14310	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_017405	ATA	2	6	14320	14325	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017405	AAG	2	6	14394	14399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017405	ATT	2	6	14557	14562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017405	ACA	2	6	14598	14603	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_017405	ATT	2	6	14612	14617	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017405	TAT	3	9	14736	14744	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017405	TTA	2	6	14781	14786	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017405	ATC	2	6	14944	14949	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_017405	AAT	2	6	15038	15043	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017405	TGA	2	6	15115	15120	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017405	AAT	2	6	15386	15391	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017405	ATT	2	6	15478	15483	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017405	TAA	2	6	15511	15516	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017405	ATT	2	6	15874	15879	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017405	TGA	2	6	15885	15890	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017405	CTG	2	6	15966	15971	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_017405	AGA	2	6	15998	16003	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017405	TGA	2	6	16009	16014	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017405	AAC	2	6	16075	16080	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017405	CAA	2	6	16142	16147	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_017405	ACT	2	6	16225	16230	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_017405	ATA	2	6	16431	16436	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017405	ATT	2	6	16491	16496	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017405	AGT	2	6	19498	19503	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017405	CTA	2	6	19537	19542	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_017405	TAA	2	6	19558	19563	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017405	TTA	2	6	19653	19658	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017405	TAG	2	6	19720	19725	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017405	CAA	2	6	19735	19740	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_017405	TAT	2	6	19759	19764	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017405	TAA	2	6	19844	19849	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017405	TAA	2	6	20003	20008	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017405	ATA	3	9	20044	20052	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017405	TTG	2	6	20074	20079	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017405	TTA	2	6	20191	20196	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017405	CAT	2	6	20275	20280	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_017405	ATT	2	6	20297	20302	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017405	TCT	2	6	20327	20332	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_017405	CAG	2	6	20387	20392	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_017405	TAA	2	6	20440	20445	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017405	ATA	2	6	20798	20803	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017405	TAA	3	9	20804	20812	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017405	CAT	2	6	20843	20848	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_017405	AAT	2	6	20856	20861	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017405	ATT	2	6	20923	20928	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017405	TAT	2	6	21032	21037	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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148	NC_017405	ATA	2	6	21218	21223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017405	TAA	2	6	21242	21247	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017405	AAT	2	6	21317	21322	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017405	ATA	2	6	21424	21429	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017405	ATA	2	6	21444	21449	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017405	GCA	2	6	22280	22285	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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157	NC_017405	ATC	2	6	22372	22377	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_017405	AAT	2	6	22393	22398	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_017405	ACT	2	6	22417	22422	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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162	NC_017405	TTA	2	6	22487	22492	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_017405	ATT	2	6	22599	22604	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_017405	TAT	3	9	22619	22627	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_017405	TAA	2	6	22631	22636	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_017405	GGT	2	6	23111	23116	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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168	NC_017405	AGC	2	6	23476	23481	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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175	NC_017405	TAA	2	6	23913	23918	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_017405	ATA	2	6	24080	24085	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.