MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 lp28-1

Total Repeats: 116

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017404	TAA	2	6	507	512	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826783
2	NC_017404	CTA	2	6	555	560	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826783
3	NC_017404	TAA	2	6	618	623	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826783
4	NC_017404	TTA	2	6	640	645	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826783
5	NC_017404	TAA	2	6	690	695	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826783
6	NC_017404	ATT	2	6	1050	1055	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826784
7	NC_017404	ATA	2	6	1080	1085	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826784
8	NC_017404	TAA	2	6	1102	1107	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826784
9	NC_017404	TTC	2	6	1118	1123	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826784
10	NC_017404	ATT	2	6	1215	1220	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826784
11	NC_017404	TCT	2	6	1371	1376	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826784
12	NC_017404	ATT	2	6	1445	1450	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826784
13	NC_017404	TCT	2	6	1476	1481	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826784
14	NC_017404	TAA	2	6	1552	1557	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826784
15	NC_017404	AAC	2	6	1784	1789	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826784
16	NC_017404	GAT	2	6	1930	1935	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826784
17	NC_017404	TAT	2	6	1954	1959	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826784
18	NC_017404	TTC	2	6	1988	1993	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826784
19	NC_017404	AAT	2	6	8397	8402	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826785
20	NC_017404	AAT	2	6	8493	8498	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826785
21	NC_017404	TAT	2	6	8556	8561	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826785
22	NC_017404	AAC	2	6	8568	8573	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826785
23	NC_017404	CTT	2	6	8618	8623	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826785
24	NC_017404	AAG	2	6	8817	8822	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826786
25	NC_017404	TTC	2	6	9106	9111	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826787
26	NC_017404	CTT	2	6	9277	9282	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826787
27	NC_017404	CTA	2	6	9287	9292	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826787
28	NC_017404	ATC	2	6	9415	9420	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826787
29	NC_017404	TTC	2	6	9519	9524	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826787
30	NC_017404	TCA	2	6	9557	9562	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826787
31	NC_017404	ATT	2	6	9574	9579	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826787
32	NC_017404	CTT	2	6	9711	9716	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826788
33	NC_017404	TAA	2	6	9870	9875	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826788
34	NC_017404	CTT	2	6	9927	9932	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826788
35	NC_017404	TAT	2	6	9991	9996	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826788
36	NC_017404	AGG	2	6	10045	10050	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387826788
37	NC_017404	ATT	3	9	10075	10083	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826788
38	NC_017404	TAA	2	6	10111	10116	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826788
39	NC_017404	TCT	2	6	10136	10141	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826788
40	NC_017404	AAT	2	6	10174	10179	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826788
41	NC_017404	ATT	3	9	10186	10194	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826788
42	NC_017404	GTA	2	6	10246	10251	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826788
43	NC_017404	AAT	2	6	10369	10374	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826788
44	NC_017404	TTA	2	6	10419	10424	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826788
45	NC_017404	TCC	2	6	10458	10463	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387826789
46	NC_017404	ATT	2	6	10513	10518	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826789
47	NC_017404	TAA	2	6	10565	10570	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826789
48	NC_017404	TGT	2	6	10659	10664	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826789
49	NC_017404	ATA	2	6	10716	10721	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826789
50	NC_017404	TCA	2	6	10735	10740	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826789
51	NC_017404	TTA	2	6	10783	10788	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826789
52	NC_017404	TTA	2	6	10831	10836	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826789
53	NC_017404	ATT	2	6	10861	10866	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826789
54	NC_017404	TAA	2	6	10968	10973	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826789
55	NC_017404	TTA	2	6	11035	11040	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826790
56	NC_017404	AAT	2	6	11121	11126	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826790
57	NC_017404	ATT	2	6	11197	11202	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826790
58	NC_017404	TCT	2	6	11274	11279	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826790
59	NC_017404	CTT	2	6	11406	11411	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826790
60	NC_017404	TTG	2	6	11431	11436	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826790
61	NC_017404	GTA	2	6	11546	11551	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826790
62	NC_017404	CTT	2	6	11667	11672	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826790
63	NC_017404	TAT	2	6	11673	11678	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826790
64	NC_017404	ACT	2	6	11713	11718	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826790
65	NC_017404	TTA	2	6	11735	11740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826790
66	NC_017404	CTT	2	6	11949	11954	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826790
67	NC_017404	TCT	2	6	11965	11970	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826790
68	NC_017404	TAT	3	9	11973	11981	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826790
69	NC_017404	TAA	2	6	11987	11992	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826790
70	NC_017404	GTA	2	6	13131	13136	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826792
71	NC_017404	TAA	3	9	13971	13979	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826793
72	NC_017404	TAT	2	6	14009	14014	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826793
73	NC_017404	ATA	3	9	14082	14090	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826793
74	NC_017404	TAT	2	6	14102	14107	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826793
75	NC_017404	AAT	2	6	14123	14128	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826793
76	NC_017404	TAT	2	6	14239	14244	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826793
77	NC_017404	TTC	2	6	14347	14352	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826793
78	NC_017404	AGG	2	6	14440	14445	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387826793
79	NC_017404	ATA	2	6	14508	14513	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826793
80	NC_017404	AGG	3	9	14572	14580	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387826793
81	NC_017404	GAT	2	6	23395	23400	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826794
82	NC_017404	CAA	2	6	23402	23407	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826794
83	NC_017404	ACA	3	9	23591	23599	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826794
84	NC_017404	GTG	3	9	23609	23617	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826794
85	NC_017404	CTG	2	6	23618	23623	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826794
86	NC_017404	GCT	2	6	23635	23640	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826794
87	NC_017404	CTG	2	6	23651	23656	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826794
88	NC_017404	AGA	2	6	23706	23711	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826794
89	NC_017404	GCT	2	6	23722	23727	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826794
90	NC_017404	GCT	2	6	23734	23739	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826794
91	NC_017404	CTG	2	6	23741	23746	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826794
92	NC_017404	GTT	2	6	23779	23784	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826794
93	NC_017404	GCA	3	9	23797	23805	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826794
94	NC_017404	GGT	2	6	23809	23814	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826794
95	NC_017404	TGG	2	6	23841	23846	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826794
96	NC_017404	TTG	2	6	23858	23863	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826794
97	NC_017404	AAG	2	6	23872	23877	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826794
98	NC_017404	GGC	2	6	23907	23912	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387826794
99	NC_017404	TGG	2	6	23913	23918	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826794
100	NC_017404	GTT	2	6	23943	23948	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826794
101	NC_017404	GTG	2	6	23981	23986	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826794
102	NC_017404	TGC	4	12	23988	23999	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826794
103	NC_017404	GCT	3	9	24007	24015	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826794
104	NC_017404	TTG	2	6	24056	24061	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826794
105	NC_017404	TGC	2	6	24063	24068	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826794
106	NC_017404	TGA	2	6	24099	24104	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826794
107	NC_017404	AGG	2	6	24110	24115	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387826794
108	NC_017404	GCT	2	6	24133	24138	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826794
109	NC_017404	TGA	2	6	24153	24158	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826794
110	NC_017404	GCT	4	12	24163	24174	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826794
111	NC_017404	TAA	2	6	24177	24182	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826794
112	NC_017404	GAA	3	9	24186	24194	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826794
113	NC_017404	TGC	3	9	24204	24212	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826794
114	NC_017404	GAA	2	6	24255	24260	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826794
115	NC_017404	TGA	2	6	24261	24266	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826794
116	NC_017404	TAA	2	6	24315	24320	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826794

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.