MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 chromosome

Total Repeats: 62

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017403	AAAACC	2	12	3254	3265	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_017403	GAAAAA	2	12	15846	15857	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017403	CTAATA	2	12	15904	15915	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017403	AATTAA	2	12	45213	45224	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017403	AATACT	2	12	85685	85696	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_017403	GAAATA	2	12	105206	105217	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017403	ATTTTA	2	12	139765	139776	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017403	ATAGCA	2	12	148613	148624	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017403	TAAAAA	2	12	158344	158355	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017403	TTTATT	2	12	189925	189936	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017403	TTTTAA	2	12	249844	249855	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017403	TTTAAA	2	12	290744	290755	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017403	TTAAAA	2	12	334555	334566	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017403	TAATTT	2	12	338052	338063	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017403	ATTAAA	2	12	373906	373917	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017403	AAATTT	2	12	390080	390091	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017403	TTCAAA	2	12	416342	416353	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_017403	AATTAA	2	12	418081	418092	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017403	TAAAAA	2	12	434919	434930	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017403	ATTAGT	2	12	435084	435095	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017403	TCGCTT	2	12	437281	437292	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017403	ATAAAA	2	12	438138	438149	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017403	TAAAAA	2	12	438165	438176	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017403	ATTAGT	2	12	438330	438341	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017403	TCGCTT	2	12	440526	440537	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_017403	ATATTT	2	12	440815	440826	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017403	AATAAA	2	12	443054	443065	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017403	TAAAAA	2	12	444179	444190	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017403	TTCGCC	2	12	445116	445127	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
30	NC_017403	ATTTTT	2	12	491933	491944	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017403	TGTTTT	2	12	527028	527039	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017403	CATATT	2	12	534559	534570	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_017403	AATAAG	2	12	547526	547537	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017403	ATTTTT	2	12	553569	553580	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017403	CTTTTC	2	12	573457	573468	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017403	TAATTA	2	12	589950	589961	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017403	TTATTT	2	12	610927	610938	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017403	TTAGTT	2	12	628705	628716	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017403	ATTTAT	2	12	648087	648098	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017403	CCCCAA	2	12	674587	674598	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_017403	TTGTTT	2	12	682284	682295	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017403	AATTTA	2	12	699692	699703	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017403	ATTATA	2	12	730843	730854	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017403	ATATTT	2	12	739282	739293	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017403	AATTTT	2	12	757503	757514	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017403	TTTAAG	2	12	775226	775237	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017403	AAATTT	2	12	777407	777418	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017403	TTAATT	2	12	793414	793425	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017403	TTTAAA	2	12	802534	802545	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017403	GTAAAA	2	12	818663	818674	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017403	TTTTTA	2	12	820278	820289	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017403	AATTAA	2	12	822432	822443	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017403	TAATGT	2	12	828879	828890	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017403	AAATAA	2	12	842376	842387	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017403	TTCTAT	2	12	904659	904670	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017403	ATTTTT	2	12	904776	904787	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017403	TAATTT	2	12	905267	905278	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017403	CATTTT	2	12	905376	905387	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_017403	TTATAA	2	12	906708	906719	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017403	TATAAA	2	12	909884	909895	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017403	TTTATC	2	12	920554	920565	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017403	TAAGAT	2	12	921836	921847	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.