MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 chromosome

Total Repeats: 127

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017403	TATAA	2	10	38	47	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017403	AATTT	2	10	8327	8336	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017403	TAAAT	2	10	20016	20025	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017403	AATTA	2	10	22583	22592	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017403	AAATT	2	10	49113	49122	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017403	AATTA	2	10	56656	56665	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017403	TACAA	2	10	62894	62903	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017403	AAAAT	2	10	80819	80828	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017403	ATTAA	2	10	83783	83792	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017403	ATAAA	2	10	93956	93965	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017403	AAAGT	2	10	98525	98534	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017403	ATAAA	2	10	101285	101294	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017403	TACAA	2	10	108059	108068	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017403	TAAAA	2	10	131091	131100	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017403	TTATA	2	10	131103	131112	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017403	GAAAA	2	10	138102	138111	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017403	AAATA	2	10	138129	138138	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017403	AAAAT	2	10	141764	141773	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017403	TATAA	2	10	144139	144148	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017403	TAAAA	2	10	150755	150764	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017403	TAAAA	2	10	150798	150807	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017403	TAAAG	2	10	152919	152928	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017403	GACTT	2	10	158381	158390	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017403	TTTAA	2	10	189142	189151	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017403	TAAAA	2	10	193553	193562	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017403	GTCAA	2	10	202646	202655	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017403	AAATT	2	10	208538	208547	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017403	TAAAA	2	10	244451	244460	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017403	AGAAA	2	10	245229	245238	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017403	TAAAA	2	10	245361	245370	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017403	AAAAT	2	10	245396	245405	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017403	AGAAA	2	10	248199	248208	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017403	TAAAA	2	10	252791	252800	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017403	AACAA	2	10	263453	263462	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017403	CTTTG	2	10	273372	273381	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017403	TATAA	3	15	273439	273453	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017403	TTTTA	2	10	273482	273491	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017403	AAACA	2	10	317852	317861	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017403	AGATT	2	10	317908	317917	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017403	TAATT	2	10	327596	327605	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017403	AAAGC	2	10	339750	339759	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017403	ATAAA	2	10	355155	355164	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017403	AAAGT	2	10	356648	356657	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017403	TAAAA	2	10	360894	360903	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017403	TAAAA	2	10	394987	394996	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017403	TTTCA	2	10	405362	405371	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017403	AATTT	2	10	408269	408278	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017403	TTAAT	2	10	410439	410448	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017403	AGAAA	2	10	416207	416216	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017403	CTCCC	2	10	437426	437435	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
51	NC_017403	CTCCC	2	10	440671	440680	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
52	NC_017403	AAAAG	2	10	444254	444263	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017403	TCGCT	2	10	444594	444603	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_017403	TTATT	2	10	445843	445852	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017403	AAAAC	2	10	449119	449128	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017403	ATTCA	2	10	463693	463702	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_017403	TTTTA	2	10	475938	475947	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017403	TATTT	2	10	480913	480922	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017403	TTTTA	2	10	489222	489231	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017403	TTATT	2	10	491774	491783	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017403	ATAAA	2	10	494302	494311	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017403	TTCTT	2	10	533346	533355	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017403	ATTTA	2	10	533929	533938	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017403	CTTTT	2	10	534627	534636	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017403	TTTTA	2	10	538995	539004	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017403	TTTTG	2	10	552755	552764	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017403	ATTTT	2	10	553513	553522	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017403	ATTAT	2	10	553527	553536	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017403	TAATT	2	10	565641	565650	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017403	TATTT	2	10	575559	575568	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017403	ATTTA	2	10	576920	576929	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017403	TAAAT	2	10	576998	577007	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017403	TTTTA	2	10	587656	587665	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017403	ATTTA	2	10	590648	590657	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017403	TAAAT	7	35	590668	590702	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017403	ATTTG	2	10	590820	590829	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017403	GGATA	2	10	606745	606754	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017403	GTTTT	2	10	618499	618508	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017403	ATTGT	2	10	630439	630448	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017403	TATAT	2	10	634231	634240	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017403	TAAAT	2	10	634250	634259	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017403	ATTTT	2	10	635948	635957	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017403	TTTAT	2	10	645365	645374	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017403	TTAAA	2	10	662690	662699	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017403	TTGAT	2	10	674650	674659	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017403	TTAAA	2	10	686251	686260	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017403	TAATT	2	10	702692	702701	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017403	TAAAT	2	10	705216	705225	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017403	TTTTA	2	10	714509	714518	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017403	TAGAA	2	10	714663	714672	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017403	TATAA	2	10	723894	723903	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017403	GATAT	2	10	733740	733749	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017403	ATTAT	2	10	742344	742353	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017403	ATTTT	2	10	744607	744616	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017403	TTAAT	2	10	766429	766438	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017403	ATTTT	2	10	782544	782553	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017403	ATTAA	2	10	783041	783050	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017403	TTTTG	2	10	788996	789005	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017403	CTTAA	2	10	798829	798838	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017403	ATTAT	2	10	798841	798850	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017403	ATTTT	2	10	809320	809329	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017403	AATTT	2	10	813028	813037	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017403	TAAAA	2	10	815192	815201	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017403	CTTTT	2	10	818287	818296	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017403	AATTT	2	10	828918	828927	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017403	GTTTA	2	10	842218	842227	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017403	GTTTT	2	10	859940	859949	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017403	TTTTA	2	10	860051	860060	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017403	GTTTA	2	10	866172	866181	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017403	AGTTT	2	10	869803	869812	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017403	TTTTA	2	10	887894	887903	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017403	TATAT	2	10	899104	899113	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017403	AAATT	2	10	901500	901509	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017403	TTTCT	2	10	902972	902981	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017403	TATTG	2	10	903274	903283	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017403	TTTTA	2	10	905703	905712	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017403	TAAAT	2	10	905746	905755	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017403	TTTAA	2	10	906157	906166	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017403	ACTTA	2	10	906909	906918	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017403	GAATT	2	10	907103	907112	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017403	AAAAT	2	10	907779	907788	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017403	TTGCT	2	10	907836	907845	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017403	TAAGG	2	10	907950	907959	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017403	AATAA	2	10	909391	909400	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017403	ATCTT	2	10	912524	912533	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_017403	TTTTC	2	10	913030	913039	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017403	TAAAT	2	10	920238	920247	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.