MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 cp32-9

Total Repeats: 391

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017397	AGA	2	6	164	169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825623
2	NC_017397	TGC	2	6	200	205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387825623
3	NC_017397	TAT	2	6	272	277	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825623
4	NC_017397	AAC	2	6	343	348	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825623
5	NC_017397	CAA	2	6	449	454	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825623
6	NC_017397	CAA	2	6	685	690	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825623
7	NC_017397	CTT	2	6	691	696	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387825623
8	NC_017397	AGC	2	6	714	719	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387825623
9	NC_017397	AAT	2	6	720	725	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825623
10	NC_017397	TCT	2	6	747	752	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387825623
11	NC_017397	AAT	2	6	858	863	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825623
12	NC_017397	TTA	2	6	907	912	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825623
13	NC_017397	AGG	2	6	934	939	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387825623
14	NC_017397	ATG	2	6	1027	1032	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825623
15	NC_017397	ATT	2	6	1051	1056	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825623
16	NC_017397	GAA	2	6	1164	1169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825623
17	NC_017397	TAA	2	6	1244	1249	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825623
18	NC_017397	GAG	2	6	1251	1256	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387825623
19	NC_017397	ATT	2	6	1277	1282	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825623
20	NC_017397	AGA	2	6	1320	1325	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825624
21	NC_017397	AGA	2	6	1329	1334	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825624
22	NC_017397	AGA	2	6	1353	1358	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825624
23	NC_017397	GCA	2	6	1359	1364	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387825624
24	NC_017397	TTC	3	9	1812	1820	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387825624
25	NC_017397	AGA	2	6	1857	1862	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825624
26	NC_017397	CAA	2	6	2089	2094	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825625
27	NC_017397	TGG	2	6	2157	2162	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825625
28	NC_017397	AAC	2	6	2253	2258	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825625
29	NC_017397	TGG	3	9	2277	2285	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825625
30	NC_017397	TAA	2	6	2569	2574	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825625
31	NC_017397	GCT	2	6	2659	2664	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387825626
32	NC_017397	TGA	2	6	2742	2747	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825626
33	NC_017397	GTT	2	6	2822	2827	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825626
34	NC_017397	TTA	2	6	3140	3145	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825626
35	NC_017397	CCA	2	6	3163	3168	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387825626
36	NC_017397	TGG	2	6	3333	3338	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825626
37	NC_017397	AAG	2	6	3413	3418	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825627
38	NC_017397	ATC	2	6	3553	3558	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387825627
39	NC_017397	TGG	2	6	3650	3655	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825627
40	NC_017397	CTA	2	6	3709	3714	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387825627
41	NC_017397	AAT	2	6	3729	3734	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825627
42	NC_017397	TAG	2	6	3748	3753	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825627
43	NC_017397	TAA	2	6	3794	3799	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825627
44	NC_017397	TAA	2	6	3942	3947	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825627
45	NC_017397	ATT	2	6	3971	3976	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825628
46	NC_017397	TGA	2	6	3977	3982	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825628
47	NC_017397	ATT	2	6	3985	3990	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825628
48	NC_017397	TAT	2	6	4034	4039	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825628
49	NC_017397	ACA	2	6	4137	4142	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825628
50	NC_017397	ATT	2	6	4204	4209	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825628
51	NC_017397	TAA	3	9	4289	4297	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825628
52	NC_017397	AGT	2	6	4332	4337	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825628
53	NC_017397	TTA	2	6	4351	4356	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825628
54	NC_017397	GCT	2	6	4436	4441	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387825628
55	NC_017397	AGA	2	6	4463	4468	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825628
56	NC_017397	GTG	2	6	4477	4482	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825628
57	NC_017397	CGA	2	6	4547	4552	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387825628
58	NC_017397	GAT	2	6	4565	4570	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825628
59	NC_017397	GCA	3	9	4617	4625	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387825628
60	NC_017397	GCA	2	6	4632	4637	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387825628
61	NC_017397	AGT	2	6	4638	4643	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825628
62	NC_017397	TAA	2	6	4688	4693	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825628
63	NC_017397	AGA	2	6	4697	4702	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825628
64	NC_017397	TTA	2	6	4768	4773	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825628
65	NC_017397	CTA	2	6	4882	4887	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387825628
66	NC_017397	GAA	3	9	4984	4992	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825629
67	NC_017397	GTT	2	6	5197	5202	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825629
68	NC_017397	ATT	2	6	5258	5263	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825629
69	NC_017397	TAG	2	6	5268	5273	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825629
70	NC_017397	GAA	2	6	5284	5289	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825629
71	NC_017397	TGT	2	6	5492	5497	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825630
72	NC_017397	TTC	2	6	5513	5518	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387825630
73	NC_017397	TTA	2	6	5566	5571	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825630
74	NC_017397	TGG	2	6	5815	5820	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825631
75	NC_017397	TAG	2	6	5896	5901	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825631
76	NC_017397	AAT	2	6	5924	5929	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825631
77	NC_017397	CTA	2	6	6017	6022	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387825631
78	NC_017397	GTA	2	6	6081	6086	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825631
79	NC_017397	GCA	2	6	6092	6097	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387825631
80	NC_017397	TTG	2	6	6105	6110	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825631
81	NC_017397	AAT	2	6	6232	6237	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825632
82	NC_017397	CAT	2	6	6249	6254	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387825632
83	NC_017397	ATC	2	6	6266	6271	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387825632
84	NC_017397	GCT	2	6	6292	6297	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387825632
85	NC_017397	ATA	2	6	6307	6312	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825632
86	NC_017397	TAA	2	6	6549	6554	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825632
87	NC_017397	AGG	2	6	6689	6694	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387825632
88	NC_017397	CAG	2	6	6754	6759	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387825633
89	NC_017397	ATT	2	6	6765	6770	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825633
90	NC_017397	TGC	2	6	6820	6825	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387825633
91	NC_017397	TAA	2	6	6853	6858	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825633
92	NC_017397	GAA	2	6	6971	6976	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825633
93	NC_017397	TGT	2	6	7060	7065	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825633
94	NC_017397	TTA	2	6	7068	7073	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825633
95	NC_017397	GAT	2	6	7094	7099	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825633
96	NC_017397	TAA	2	6	7126	7131	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825633
97	NC_017397	TTG	2	6	7350	7355	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825633
98	NC_017397	CTT	2	6	7406	7411	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387825633
99	NC_017397	ATT	2	6	7517	7522	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825633
100	NC_017397	TTA	2	6	7527	7532	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825633
101	NC_017397	TAC	2	6	7771	7776	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387825633
102	NC_017397	TGG	2	6	7867	7872	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825634
103	NC_017397	ACA	2	6	7916	7921	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825634
104	NC_017397	TAG	2	6	7933	7938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825634
105	NC_017397	TAA	2	6	7959	7964	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825634
106	NC_017397	TGA	2	6	8053	8058	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825634
107	NC_017397	ATT	2	6	8135	8140	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825634
108	NC_017397	AAG	2	6	8173	8178	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825634
109	NC_017397	CTG	2	6	8184	8189	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387825634
110	NC_017397	ACA	2	6	8247	8252	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825634
111	NC_017397	TTA	2	6	8268	8273	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825635
112	NC_017397	TTA	2	6	8503	8508	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825635
113	NC_017397	TTG	2	6	8520	8525	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825635
114	NC_017397	AAT	2	6	8527	8532	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825635
115	NC_017397	AAT	2	6	8612	8617	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825635
116	NC_017397	TCA	2	6	8687	8692	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387825635
117	NC_017397	ATT	2	6	8825	8830	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825636
118	NC_017397	GCA	2	6	9014	9019	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387825637
119	NC_017397	AAT	2	6	9113	9118	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825637
120	NC_017397	TTG	2	6	9369	9374	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825637
121	NC_017397	AGA	2	6	9496	9501	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825637
122	NC_017397	TAA	2	6	9517	9522	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825637
123	NC_017397	AAC	2	6	9600	9605	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825637
124	NC_017397	ATG	2	6	9663	9668	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825637
125	NC_017397	CAA	2	6	9693	9698	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825637
126	NC_017397	AGC	2	6	9703	9708	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387825637
127	NC_017397	TTG	2	6	9729	9734	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825637
128	NC_017397	GTT	2	6	9758	9763	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825637
129	NC_017397	TAA	2	6	9921	9926	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825637
130	NC_017397	TGA	2	6	9961	9966	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825637
131	NC_017397	TAA	2	6	10024	10029	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825637
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.