MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 cp32-12

Total Repeats: 443

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017396	TAA	2	6	46	51	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017396	AGA	2	6	164	169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825582
3	NC_017396	TGC	2	6	200	205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387825582
4	NC_017396	TAT	2	6	272	277	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825582
5	NC_017396	AAC	2	6	343	348	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825582
6	NC_017396	CAA	2	6	449	454	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825582
7	NC_017396	CAA	2	6	685	690	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825582
8	NC_017396	CTT	2	6	691	696	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387825582
9	NC_017396	AAT	2	6	717	722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825582
10	NC_017396	TCT	2	6	744	749	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387825582
11	NC_017396	AAT	2	6	855	860	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825582
12	NC_017396	TTA	2	6	904	909	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825582
13	NC_017396	AGG	2	6	931	936	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387825582
14	NC_017396	ATG	2	6	1024	1029	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825582
15	NC_017396	ATT	2	6	1048	1053	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825582
16	NC_017396	GAA	2	6	1161	1166	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825582
17	NC_017396	TAA	2	6	1241	1246	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825582
18	NC_017396	GAG	2	6	1248	1253	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387825582
19	NC_017396	ATT	2	6	1274	1279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825582
20	NC_017396	AGA	2	6	1317	1322	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825583
21	NC_017396	AGA	2	6	1326	1331	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825583
22	NC_017396	AGA	2	6	1350	1355	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825583
23	NC_017396	GCA	2	6	1356	1361	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387825583
24	NC_017396	TTC	3	9	1809	1817	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387825583
25	NC_017396	AGA	2	6	1854	1859	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825583
26	NC_017396	CAA	2	6	2086	2091	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825584
27	NC_017396	TGG	2	6	2154	2159	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825584
28	NC_017396	AAC	2	6	2250	2255	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825584
29	NC_017396	TGG	3	9	2274	2282	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825584
30	NC_017396	TAA	2	6	2566	2571	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825584
31	NC_017396	GCT	2	6	2656	2661	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387825585
32	NC_017396	TGA	2	6	2739	2744	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825585
33	NC_017396	AGT	2	6	2815	2820	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825585
34	NC_017396	TTA	2	6	3137	3142	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825585
35	NC_017396	CCA	2	6	3160	3165	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387825585
36	NC_017396	TGG	2	6	3330	3335	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825585
37	NC_017396	AGG	2	6	3356	3361	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017396	AAG	2	6	3410	3415	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825586
39	NC_017396	ATC	2	6	3550	3555	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387825586
40	NC_017396	TGG	2	6	3647	3652	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825586
41	NC_017396	CTA	2	6	3706	3711	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387825586
42	NC_017396	AAT	2	6	3726	3731	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825586
43	NC_017396	TAG	2	6	3745	3750	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825586
44	NC_017396	TAA	2	6	3791	3796	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825586
45	NC_017396	TAA	2	6	3939	3944	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825586
46	NC_017396	GGA	2	6	3951	3956	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017396	ATT	2	6	3968	3973	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825587
48	NC_017396	TGA	2	6	3974	3979	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825587
49	NC_017396	ATT	2	6	3982	3987	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825587
50	NC_017396	TAT	2	6	4031	4036	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825587
51	NC_017396	ACA	2	6	4134	4139	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825587
52	NC_017396	ATT	2	6	4201	4206	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825587
53	NC_017396	TAA	3	9	4286	4294	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825587
54	NC_017396	AGT	2	6	4329	4334	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825587
55	NC_017396	ATT	2	6	4338	4343	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825587
56	NC_017396	TTA	2	6	4348	4353	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825587
57	NC_017396	GCT	2	6	4433	4438	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387825587
58	NC_017396	AGA	2	6	4460	4465	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825587
59	NC_017396	GTG	2	6	4474	4479	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825587
60	NC_017396	CGA	2	6	4544	4549	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387825587
61	NC_017396	GAT	2	6	4562	4567	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825587
62	NC_017396	GCA	3	9	4614	4622	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387825587
63	NC_017396	GCA	2	6	4629	4634	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387825587
64	NC_017396	AGT	2	6	4635	4640	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825587
65	NC_017396	TAA	2	6	4685	4690	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825587
66	NC_017396	AGA	2	6	4694	4699	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825587
67	NC_017396	TTA	2	6	4765	4770	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825587
68	NC_017396	CTA	2	6	4879	4884	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387825587
69	NC_017396	GAA	3	9	4981	4989	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825588
70	NC_017396	GTT	2	6	5194	5199	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825588
71	NC_017396	ATT	2	6	5255	5260	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825588
72	NC_017396	TAG	2	6	5265	5270	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825588
73	NC_017396	GAA	2	6	5281	5286	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825588
74	NC_017396	TGT	2	6	5489	5494	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825589
75	NC_017396	TTC	2	6	5510	5515	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387825589
76	NC_017396	TTA	2	6	5563	5568	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825589
77	NC_017396	TGG	2	6	5812	5817	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825590
78	NC_017396	TAG	2	6	5893	5898	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825590
79	NC_017396	AAT	2	6	5921	5926	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825590
80	NC_017396	CTA	2	6	6014	6019	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387825590
81	NC_017396	GTA	2	6	6078	6083	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825590
82	NC_017396	GCA	2	6	6089	6094	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387825590
83	NC_017396	TTG	2	6	6102	6107	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825590
84	NC_017396	AAT	2	6	6229	6234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825591
85	NC_017396	ATC	2	6	6263	6268	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387825591
86	NC_017396	GCT	2	6	6289	6294	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387825591
87	NC_017396	ATA	2	6	6304	6309	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825591
88	NC_017396	TAA	2	6	6546	6551	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825591
89	NC_017396	AGG	2	6	6686	6691	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387825591
90	NC_017396	CAG	2	6	6751	6756	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387825592
91	NC_017396	ATT	2	6	6762	6767	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825592
92	NC_017396	TGC	2	6	6817	6822	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387825592
93	NC_017396	TAA	2	6	6850	6855	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825592
94	NC_017396	GAA	2	6	6968	6973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825592
95	NC_017396	TGT	2	6	7057	7062	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825592
96	NC_017396	TTA	2	6	7065	7070	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825592
97	NC_017396	GAT	2	6	7091	7096	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825592
98	NC_017396	TAA	2	6	7123	7128	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825592
99	NC_017396	TTG	2	6	7347	7352	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825592
100	NC_017396	CTT	2	6	7403	7408	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387825592
101	NC_017396	ATT	2	6	7514	7519	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825592
102	NC_017396	TTA	2	6	7524	7529	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825592
103	NC_017396	TTA	2	6	7653	7658	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825592
104	NC_017396	TAC	2	6	7768	7773	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387825592
105	NC_017396	TGG	2	6	7866	7871	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825593
106	NC_017396	CAA	2	6	7916	7921	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825593
107	NC_017396	TAG	2	6	7932	7937	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825593
108	NC_017396	TAA	2	6	7958	7963	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825593
109	NC_017396	TGA	2	6	8052	8057	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825593
110	NC_017396	ACA	2	6	8066	8071	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825593
111	NC_017396	ATT	2	6	8134	8139	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825593
112	NC_017396	AAG	2	6	8172	8177	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825593
113	NC_017396	CTG	2	6	8183	8188	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387825593
114	NC_017396	ACA	2	6	8246	8251	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825593
115	NC_017396	TTA	2	6	8502	8507	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825594
116	NC_017396	TTG	2	6	8519	8524	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825594
117	NC_017396	AAT	2	6	8526	8531	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825594
118	NC_017396	AAT	2	6	8611	8616	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825594
119	NC_017396	TCA	2	6	8686	8691	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387825594
120	NC_017396	ATG	3	9	8857	8865	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825595
121	NC_017396	AAG	2	6	8868	8873	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825595
122	NC_017396	TGC	2	6	9012	9017	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387825596
123	NC_017396	TTG	2	6	9368	9373	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825596
124	NC_017396	GGC	2	6	9433	9438	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387825596
125	NC_017396	ACA	2	6	9507	9512	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825596
126	NC_017396	ATA	2	6	9548	9553	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825596
127	NC_017396	AGA	2	6	9603	9608	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825596
128	NC_017396	CAA	2	6	9692	9697	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825596
129	NC_017396	AGC	2	6	9702	9707	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387825596
130	NC_017396	GTG	2	6	9746	9751	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825596
131	NC_017396	ATT	2	6	9800	9805	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825596
132	NC_017396	ACT	2	6	9864	9869	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387825596
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.