MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 cp32-1+5

Total Repeats: 66

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017394	AAAAC	2	10	81	90	80 %	0 %	0 %	20 %	387825485
2	NC_017394	ATTAA	2	10	1780	1789	60 %	40 %	0 %	0 %	387825486
3	NC_017394	TAAAT	2	10	2414	2423	60 %	40 %	0 %	0 %	387825487
4	NC_017394	TTCAA	2	10	4359	4368	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017394	CTGCA	2	10	7549	7558	20 %	20 %	20 %	40 %	387825493
6	NC_017394	CACTT	2	10	8656	8665	20 %	40 %	0 %	40 %	387825495
7	NC_017394	AAGAA	2	10	9223	9232	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017394	CATAA	2	10	11472	11481	60 %	20 %	0 %	20 %	387825498
9	NC_017394	AATCT	2	10	12193	12202	40 %	40 %	0 %	20 %	387825499
10	NC_017394	ATTCA	2	10	13623	13632	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017394	ATTAA	2	10	14657	14666	60 %	40 %	0 %	0 %	387825501
12	NC_017394	AGTAA	2	10	15294	15303	60 %	20 %	20 %	0 %	387825503
13	NC_017394	TCACT	2	10	15451	15460	20 %	40 %	0 %	40 %	387825503
14	NC_017394	TTGCT	2	10	15548	15557	0 %	60 %	20 %	20 %	387825504
15	NC_017394	TATGT	2	10	15658	15667	20 %	60 %	20 %	0 %	387825504
16	NC_017394	TAATT	2	10	16072	16081	40 %	60 %	0 %	0 %	387825505
17	NC_017394	AAAAC	2	10	16194	16203	80 %	0 %	0 %	20 %	387825505
18	NC_017394	AAAGA	2	10	16322	16331	80 %	0 %	20 %	0 %	387825505
19	NC_017394	ATAAA	2	10	17588	17597	80 %	20 %	0 %	0 %	387825507
20	NC_017394	AATTT	2	10	18738	18747	40 %	60 %	0 %	0 %	387825508
21	NC_017394	TGTAG	2	10	19162	19171	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017394	GATTT	2	10	21660	21669	20 %	60 %	20 %	0 %	387825510
23	NC_017394	ATTTT	2	10	21711	21720	20 %	80 %	0 %	0 %	387825510
24	NC_017394	CAAAA	2	10	22173	22182	80 %	0 %	0 %	20 %	387825511
25	NC_017394	TTTTG	2	10	22441	22450	0 %	80 %	20 %	0 %	387825512
26	NC_017394	TTTTA	2	10	23131	23140	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017394	TAAGC	2	10	23212	23221	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017394	GAGTT	2	10	24610	24619	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017394	ATAAA	2	10	25055	25064	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017394	ACTTG	2	10	25403	25412	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017394	AATTT	2	10	26485	26494	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017394	GAAAG	2	10	27019	27028	60 %	0 %	40 %	0 %	387825514
33	NC_017394	ATTAA	2	10	32418	32427	60 %	40 %	0 %	0 %	387825519
34	NC_017394	TGGCA	2	10	32968	32977	20 %	20 %	40 %	20 %	387825520
35	NC_017394	AATTA	2	10	33206	33215	60 %	40 %	0 %	0 %	387825520
36	NC_017394	AAGAG	2	10	34046	34055	60 %	0 %	40 %	0 %	387825522
37	NC_017394	TTCAA	2	10	35025	35034	40 %	40 %	0 %	20 %	387825523
38	NC_017394	CTGCA	2	10	38215	38224	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_017394	CACTT	2	10	39323	39332	20 %	40 %	0 %	40 %	387825528
40	NC_017394	CAAAA	2	10	40127	40136	80 %	0 %	0 %	20 %	387825530
41	NC_017394	ACTTT	2	10	40723	40732	20 %	60 %	0 %	20 %	387825530
42	NC_017394	GAAAA	2	10	41001	41010	80 %	0 %	20 %	0 %	387825531
43	NC_017394	AATCT	2	10	42917	42926	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017394	GGACT	2	10	43299	43308	20 %	20 %	40 %	20 %	387825533
45	NC_017394	TACTT	2	10	43942	43951	20 %	60 %	0 %	20 %	387825534
46	NC_017394	AGAAA	2	10	44019	44028	80 %	0 %	20 %	0 %	387825534
47	NC_017394	AAAGT	2	10	44042	44051	60 %	20 %	20 %	0 %	387825534
48	NC_017394	ATTCA	2	10	44849	44858	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017394	AGACA	2	10	45149	45158	60 %	0 %	20 %	20 %	387825535
50	NC_017394	ATTAA	2	10	45883	45892	60 %	40 %	0 %	0 %	387825536
51	NC_017394	AGTAA	2	10	46520	46529	60 %	20 %	20 %	0 %	387825538
52	NC_017394	TCACT	2	10	46677	46686	20 %	40 %	0 %	40 %	387825538
53	NC_017394	TTGCT	2	10	46774	46783	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017394	TATGT	2	10	46884	46893	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017394	TAAAA	2	10	48193	48202	80 %	20 %	0 %	0 %	387825540
56	NC_017394	CACTT	2	10	48968	48977	20 %	40 %	0 %	40 %	387825541
57	NC_017394	TGTAG	2	10	49624	49633	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017394	CTTTG	2	10	51866	51875	0 %	60 %	20 %	20 %	387825544
59	NC_017394	TTTTA	2	10	53469	53478	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017394	TAAGC	2	10	53550	53559	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017394	GAGTT	2	10	54793	54802	20 %	40 %	40 %	0 %	387825547
62	NC_017394	ATAAA	2	10	55238	55247	80 %	20 %	0 %	0 %	387825548
63	NC_017394	ATTTT	2	10	56335	56344	20 %	80 %	0 %	0 %	387825549
64	NC_017394	AAAGA	2	10	57449	57458	80 %	0 %	20 %	0 %	387825550
65	NC_017394	GAAAA	2	10	58321	58330	80 %	0 %	20 %	0 %	387825551
66	NC_017394	ATTTT	2	10	58526	58535	20 %	80 %	0 %	0 %	387825551

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.