MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 cp32-1+5

Total Repeats: 48

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017394	AAAAC	2	10	81	90	80 %	0 %	0 %	20 %	387825485
2	NC_017394	ATTAA	2	10	1780	1789	60 %	40 %	0 %	0 %	387825486
3	NC_017394	TAAAT	2	10	2414	2423	60 %	40 %	0 %	0 %	387825487
4	NC_017394	CTGCA	2	10	7549	7558	20 %	20 %	20 %	40 %	387825493
5	NC_017394	CACTT	2	10	8656	8665	20 %	40 %	0 %	40 %	387825495
6	NC_017394	CATAA	2	10	11472	11481	60 %	20 %	0 %	20 %	387825498
7	NC_017394	AATCT	2	10	12193	12202	40 %	40 %	0 %	20 %	387825499
8	NC_017394	ATTAA	2	10	14657	14666	60 %	40 %	0 %	0 %	387825501
9	NC_017394	AGTAA	2	10	15294	15303	60 %	20 %	20 %	0 %	387825503
10	NC_017394	TCACT	2	10	15451	15460	20 %	40 %	0 %	40 %	387825503
11	NC_017394	TTGCT	2	10	15548	15557	0 %	60 %	20 %	20 %	387825504
12	NC_017394	TATGT	2	10	15658	15667	20 %	60 %	20 %	0 %	387825504
13	NC_017394	TAATT	2	10	16072	16081	40 %	60 %	0 %	0 %	387825505
14	NC_017394	AAAAC	2	10	16194	16203	80 %	0 %	0 %	20 %	387825505
15	NC_017394	AAAGA	2	10	16322	16331	80 %	0 %	20 %	0 %	387825505
16	NC_017394	ATAAA	2	10	17588	17597	80 %	20 %	0 %	0 %	387825507
17	NC_017394	AATTT	2	10	18738	18747	40 %	60 %	0 %	0 %	387825508
18	NC_017394	GATTT	2	10	21660	21669	20 %	60 %	20 %	0 %	387825510
19	NC_017394	ATTTT	2	10	21711	21720	20 %	80 %	0 %	0 %	387825510
20	NC_017394	CAAAA	2	10	22173	22182	80 %	0 %	0 %	20 %	387825511
21	NC_017394	TTTTG	2	10	22441	22450	0 %	80 %	20 %	0 %	387825512
22	NC_017394	GAAAG	2	10	27019	27028	60 %	0 %	40 %	0 %	387825514
23	NC_017394	ATTAA	2	10	32418	32427	60 %	40 %	0 %	0 %	387825519
24	NC_017394	TGGCA	2	10	32968	32977	20 %	20 %	40 %	20 %	387825520
25	NC_017394	AATTA	2	10	33206	33215	60 %	40 %	0 %	0 %	387825520
26	NC_017394	AAGAG	2	10	34046	34055	60 %	0 %	40 %	0 %	387825522
27	NC_017394	TTCAA	2	10	35025	35034	40 %	40 %	0 %	20 %	387825523
28	NC_017394	CACTT	2	10	39323	39332	20 %	40 %	0 %	40 %	387825528
29	NC_017394	CAAAA	2	10	40127	40136	80 %	0 %	0 %	20 %	387825530
30	NC_017394	ACTTT	2	10	40723	40732	20 %	60 %	0 %	20 %	387825530
31	NC_017394	GAAAA	2	10	41001	41010	80 %	0 %	20 %	0 %	387825531
32	NC_017394	GGACT	2	10	43299	43308	20 %	20 %	40 %	20 %	387825533
33	NC_017394	TACTT	2	10	43942	43951	20 %	60 %	0 %	20 %	387825534
34	NC_017394	AGAAA	2	10	44019	44028	80 %	0 %	20 %	0 %	387825534
35	NC_017394	AAAGT	2	10	44042	44051	60 %	20 %	20 %	0 %	387825534
36	NC_017394	AGACA	2	10	45149	45158	60 %	0 %	20 %	20 %	387825535
37	NC_017394	ATTAA	2	10	45883	45892	60 %	40 %	0 %	0 %	387825536
38	NC_017394	AGTAA	2	10	46520	46529	60 %	20 %	20 %	0 %	387825538
39	NC_017394	TCACT	2	10	46677	46686	20 %	40 %	0 %	40 %	387825538
40	NC_017394	TAAAA	2	10	48193	48202	80 %	20 %	0 %	0 %	387825540
41	NC_017394	CACTT	2	10	48968	48977	20 %	40 %	0 %	40 %	387825541
42	NC_017394	CTTTG	2	10	51866	51875	0 %	60 %	20 %	20 %	387825544
43	NC_017394	GAGTT	2	10	54793	54802	20 %	40 %	40 %	0 %	387825547
44	NC_017394	ATAAA	2	10	55238	55247	80 %	20 %	0 %	0 %	387825548
45	NC_017394	ATTTT	2	10	56335	56344	20 %	80 %	0 %	0 %	387825549
46	NC_017394	AAAGA	2	10	57449	57458	80 %	0 %	20 %	0 %	387825550
47	NC_017394	GAAAA	2	10	58321	58330	80 %	0 %	20 %	0 %	387825551
48	NC_017394	ATTTT	2	10	58526	58535	20 %	80 %	0 %	0 %	387825551

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.