MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 cp32-11

Total Repeats: 423

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017393	TAA	2	6	46	51	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017393	AGA	2	6	164	169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825445
3	NC_017393	TGC	2	6	200	205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387825445
4	NC_017393	TAT	2	6	272	277	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825445
5	NC_017393	AAC	2	6	343	348	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825445
6	NC_017393	CAA	2	6	449	454	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825445
7	NC_017393	CAA	2	6	685	690	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825445
8	NC_017393	CTT	2	6	691	696	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387825445
9	NC_017393	AAT	2	6	717	722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825445
10	NC_017393	TCT	2	6	744	749	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387825445
11	NC_017393	AAT	2	6	855	860	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825445
12	NC_017393	TTA	2	6	904	909	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825445
13	NC_017393	AGG	2	6	931	936	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387825445
14	NC_017393	ATG	2	6	1024	1029	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825445
15	NC_017393	ATT	2	6	1048	1053	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825445
16	NC_017393	GAA	2	6	1161	1166	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825445
17	NC_017393	TAA	2	6	1241	1246	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825445
18	NC_017393	GAG	2	6	1248	1253	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387825445
19	NC_017393	ATT	2	6	1274	1279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825445
20	NC_017393	AGA	2	6	1317	1322	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825446
21	NC_017393	AGA	2	6	1326	1331	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825446
22	NC_017393	AGA	2	6	1350	1355	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825446
23	NC_017393	GCA	2	6	1356	1361	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387825446
24	NC_017393	TTC	3	9	1809	1817	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387825446
25	NC_017393	AGA	2	6	1854	1859	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825446
26	NC_017393	AGA	2	6	2036	2041	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825447
27	NC_017393	TAG	2	6	2171	2176	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825447
28	NC_017393	ACA	2	6	2256	2261	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825447
29	NC_017393	TGG	3	9	2279	2287	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825447
30	NC_017393	TGA	2	6	2618	2623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825448
31	NC_017393	GAA	2	6	2694	2699	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825448
32	NC_017393	TAG	2	6	2807	2812	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825448
33	NC_017393	GTT	2	6	2821	2826	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825448
34	NC_017393	AGA	2	6	2891	2896	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825448
35	NC_017393	TAG	2	6	3029	3034	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825448
36	NC_017393	TTA	2	6	3139	3144	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825448
37	NC_017393	TGG	3	9	3152	3160	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825448
38	NC_017393	CCA	2	6	3162	3167	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387825448
39	NC_017393	TGG	2	6	3335	3340	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825448
40	NC_017393	ATT	2	6	3390	3395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825449
41	NC_017393	ATC	2	6	3554	3559	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387825449
42	NC_017393	TGG	2	6	3651	3656	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825449
43	NC_017393	GAT	2	6	3661	3666	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825449
44	NC_017393	AAT	2	6	3730	3735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825449
45	NC_017393	TAG	2	6	3749	3754	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825449
46	NC_017393	TAA	2	6	3795	3800	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825449
47	NC_017393	CAC	2	6	3830	3835	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387825449
48	NC_017393	GGA	2	6	3958	3963	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017393	ATT	2	6	3975	3980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825450
50	NC_017393	TGA	2	6	3981	3986	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825450
51	NC_017393	ATT	2	6	3989	3994	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825450
52	NC_017393	TAA	2	6	4293	4298	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825450
53	NC_017393	ATT	2	6	4345	4350	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825450
54	NC_017393	TTA	2	6	4355	4360	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825450
55	NC_017393	CTT	2	6	4441	4446	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387825450
56	NC_017393	AGA	2	6	4467	4472	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825450
57	NC_017393	GTG	2	6	4481	4486	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825450
58	NC_017393	ATG	2	6	4570	4575	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825450
59	NC_017393	GCA	3	9	4621	4629	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387825450
60	NC_017393	GCA	2	6	4636	4641	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387825450
61	NC_017393	GGA	2	6	4659	4664	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387825450
62	NC_017393	TAA	2	6	4692	4697	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825450
63	NC_017393	AGA	2	6	4701	4706	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825450
64	NC_017393	TTA	2	6	4772	4777	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825450
65	NC_017393	AGG	2	6	4872	4877	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387825450
66	NC_017393	CTA	2	6	4886	4891	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387825450
67	NC_017393	GAA	3	9	4988	4996	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825451
68	NC_017393	GTT	2	6	5201	5206	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825451
69	NC_017393	ATT	2	6	5262	5267	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825451
70	NC_017393	TAG	2	6	5272	5277	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825451
71	NC_017393	GAA	2	6	5288	5293	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825451
72	NC_017393	GGC	2	6	5294	5299	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387825451
73	NC_017393	TGT	2	6	5496	5501	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825452
74	NC_017393	TTC	2	6	5517	5522	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387825452
75	NC_017393	TTA	2	6	5570	5575	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825452
76	NC_017393	TGG	2	6	5819	5824	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825453
77	NC_017393	TAG	2	6	5900	5905	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825453
78	NC_017393	AAT	2	6	5928	5933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825453
79	NC_017393	CTA	2	6	6021	6026	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387825453
80	NC_017393	GCA	2	6	6096	6101	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387825453
81	NC_017393	TTG	2	6	6109	6114	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825453
82	NC_017393	AAT	2	6	6236	6241	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825454
83	NC_017393	GCT	2	6	6296	6301	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387825454
84	NC_017393	ATA	2	6	6311	6316	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825454
85	NC_017393	TAA	2	6	6553	6558	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825454
86	NC_017393	AGG	2	6	6693	6698	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387825454
87	NC_017393	CAG	2	6	6758	6763	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387825455
88	NC_017393	ATT	2	6	6769	6774	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825455
89	NC_017393	TGC	2	6	6824	6829	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387825455
90	NC_017393	TAA	2	6	6857	6862	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825455
91	NC_017393	GAA	2	6	6975	6980	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825455
92	NC_017393	TGT	2	6	7064	7069	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825455
93	NC_017393	TTA	2	6	7072	7077	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825455
94	NC_017393	GAT	2	6	7098	7103	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825455
95	NC_017393	TAA	2	6	7130	7135	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825455
96	NC_017393	GCT	2	6	7341	7346	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387825455
97	NC_017393	TTG	2	6	7354	7359	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825455
98	NC_017393	CTT	2	6	7410	7415	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387825455
99	NC_017393	ATT	2	6	7521	7526	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825455
100	NC_017393	TTA	2	6	7531	7536	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825455
101	NC_017393	TTA	2	6	7660	7665	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825455
102	NC_017393	TAC	2	6	7775	7780	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387825455
103	NC_017393	TGG	2	6	7873	7878	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825456
104	NC_017393	CAA	2	6	7923	7928	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825456
105	NC_017393	TAG	2	6	7939	7944	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825456
106	NC_017393	TAA	2	6	7965	7970	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825456
107	NC_017393	TGA	2	6	8059	8064	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825456
108	NC_017393	ACA	2	6	8073	8078	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825456
109	NC_017393	ATT	2	6	8141	8146	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825456
110	NC_017393	AAG	2	6	8179	8184	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825456
111	NC_017393	CTG	2	6	8190	8195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387825456
112	NC_017393	ACA	2	6	8253	8258	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825456
113	NC_017393	TTA	2	6	8509	8514	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825457
114	NC_017393	TTG	2	6	8526	8531	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825457
115	NC_017393	AAT	2	6	8533	8538	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825457
116	NC_017393	AAT	2	6	8618	8623	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825457
117	NC_017393	TCA	2	6	8693	8698	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387825457
118	NC_017393	ATG	3	9	8864	8872	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825458
119	NC_017393	AAG	2	6	8875	8880	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825458
120	NC_017393	TGC	2	6	9019	9024	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387825459
121	NC_017393	TTG	2	6	9375	9380	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825459
122	NC_017393	GGC	2	6	9440	9445	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387825459
123	NC_017393	ACA	2	6	9514	9519	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825459
124	NC_017393	ATA	2	6	9555	9560	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825459
125	NC_017393	AGA	2	6	9610	9615	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387825459
126	NC_017393	CAA	2	6	9699	9704	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387825459
127	NC_017393	AGC	2	6	9709	9714	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387825459
128	NC_017393	GTG	2	6	9753	9758	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825459
129	NC_017393	ATT	2	6	9807	9812	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825459
130	NC_017393	ACT	2	6	9871	9876	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387825459
131	NC_017393	TAA	2	6	9927	9932	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825459
132	NC_017393	AAT	2	6	9952	9957	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825459
133	NC_017393	GAT	2	6	9989	9994	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825459
134	NC_017393	TAA	2	6	10030	10035	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825459
135	NC_017393	TTA	2	6	10050	10055	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825459
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137	NC_017393	GGT	2	6	10202	10207	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825459
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141	NC_017393	ATG	2	6	10416	10421	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825460
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143	NC_017393	TAA	2	6	10467	10472	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825460
144	NC_017393	GTT	2	6	10611	10616	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387825460
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147	NC_017393	TGA	2	6	10921	10926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387825460
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150	NC_017393	TAA	2	6	11103	11108	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825461
151	NC_017393	TGG	2	6	11341	11346	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387825461
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216	NC_017393	TGA	2	6	15726	15731	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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233	NC_017393	TAA	3	9	17283	17291	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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249	NC_017393	TCA	2	6	18022	18027	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387825472
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252	NC_017393	ATT	2	6	18252	18257	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825472
253	NC_017393	AAT	2	6	18291	18296	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387825472
254	NC_017393	TAT	2	6	18305	18310	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387825472
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256	NC_017393	CTT	2	6	18356	18361	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387825472
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.