MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori SNT49 chromosome

Total Repeats: 105

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017376	AAAAAG	2	12	5141	5152	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017376	AAACAC	2	12	18357	18368	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017376	TTTCTT	2	12	23001	23012	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017376	TATCAA	2	12	29860	29871	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017376	AGAAAA	2	12	55938	55949	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017376	GATGTG	2	12	56616	56627	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017376	AGCCAA	2	12	56694	56705	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017376	CCAACA	2	12	58572	58583	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_017376	AATTAC	2	12	61380	61391	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017376	AGTGGT	2	12	65598	65609	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017376	TTTGTT	2	12	67439	67450	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017376	ATTTTA	2	12	88970	88981	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017376	AGATTG	2	12	94433	94444	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017376	AGCGGG	2	12	101970	101981	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_017376	TACAAA	2	12	127840	127851	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_017376	TAGCGA	2	12	130544	130555	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017376	TTAAAA	2	12	131422	131433	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017376	GTTTTA	2	12	165636	165647	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017376	ATCCCC	2	12	169167	169178	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_017376	CAAACA	2	12	177269	177280	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_017376	AAAAAC	2	12	197296	197307	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017376	TAAAAA	2	12	201305	201316	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017376	CTTAAT	2	12	208142	208153	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017376	ATCGTT	2	12	238443	238454	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_017376	AATTTT	2	12	239776	239787	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017376	ATTAAA	2	12	260604	260615	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017376	TCAATA	2	12	266765	266776	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017376	ATTTTA	2	12	283584	283595	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017376	GATTTA	2	12	356827	356838	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017376	AAACGC	2	12	402347	402358	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017376	TTTTAT	2	12	405706	405717	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017376	AATTTT	2	12	439733	439744	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017376	AAAATA	2	12	464408	464419	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017376	TAAAAA	2	12	478418	478429	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017376	ATAAGG	2	12	485358	485369	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017376	AAAATC	2	12	486044	486055	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017376	CAAACG	2	12	486655	486666	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017376	TATTTT	2	12	503296	503307	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017376	TTTAAT	2	12	514454	514465	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017376	AAAAAC	2	12	523145	523156	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_017376	GAAGCA	2	12	531469	531480	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_017376	GATGAA	2	12	531760	531771	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017376	TGTAAT	2	12	552811	552822	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017376	TTTAAA	2	12	578511	578522	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017376	AGCTAA	2	12	585340	585351	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017376	CATTAC	2	12	589378	589389	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017376	TTTTAA	2	12	590236	590247	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017376	TTAGGG	2	12	592312	592323	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017376	ATTTTA	2	12	611462	611473	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017376	AATCAA	2	12	621694	621705	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_017376	TATTGA	2	12	707135	707146	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017376	CTAAAG	2	12	707866	707877	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_017376	CACCGG	2	12	709471	709482	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
54	NC_017376	TAAAAA	2	12	710687	710698	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017376	AAAATT	2	12	714990	715001	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017376	TATTGA	2	12	716890	716901	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017376	AAGAAA	2	12	724109	724120	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017376	AATGAG	2	12	724145	724156	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017376	TGTAAG	2	12	727942	727953	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017376	CAATTC	2	12	727991	728002	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017376	AAAAAT	2	12	729868	729879	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017376	ATTTTT	2	12	919046	919057	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017376	TGAAAA	2	12	935575	935586	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017376	TAGGGT	2	12	947867	947878	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017376	ATTATA	2	12	963505	963516	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017376	ATTGAA	2	12	970901	970912	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017376	TTATTT	2	12	992308	992319	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017376	TATGGG	2	12	1016084	1016095	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017376	ACTTAG	2	12	1036864	1036875	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_017376	AGTAGA	2	12	1041542	1041553	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017376	AAAGCC	2	12	1063539	1063550	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_017376	TTTTAA	2	12	1084538	1084549	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017376	ACAAAA	2	12	1132520	1132531	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_017376	CTTTTT	2	12	1161309	1161320	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_017376	CCTACC	2	12	1161456	1161467	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_017376	AAAAAG	2	12	1177162	1177173	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017376	AAAAAG	2	12	1187751	1187762	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017376	ATCCTT	2	12	1216749	1216760	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017376	TTGTAT	2	12	1219170	1219181	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017376	ATTGAG	2	12	1220956	1220967	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017376	AGAAAA	2	12	1221584	1221595	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017376	ACTTAA	2	12	1237469	1237480	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_017376	AAACTT	2	12	1260955	1260966	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_017376	TTTGAT	2	12	1276065	1276076	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017376	ATTTTT	2	12	1292435	1292446	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017376	AACTCA	2	12	1317552	1317563	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_017376	ATAAAA	2	12	1321283	1321294	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017376	AGTTTT	3	18	1401706	1401723	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017376	AGCGGG	2	12	1413240	1413251	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_017376	TGTTTA	2	12	1415497	1415508	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017376	CTATGG	2	12	1415963	1415974	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_017376	AAAGAC	2	12	1416551	1416562	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_017376	GTTTTA	2	12	1423344	1423355	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017376	TAAAAA	2	12	1424169	1424180	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017376	CTAAGT	2	12	1434416	1434427	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_017376	TCGCAT	2	12	1434748	1434759	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_017376	AGTTGA	2	12	1435289	1435300	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017376	AGAAAA	2	12	1435454	1435465	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017376	TATAAA	2	12	1435773	1435784	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017376	TGTTTA	2	12	1443778	1443789	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017376	GATAAA	2	12	1490957	1490968	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017376	ATATAA	2	12	1490969	1490980	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017376	TCTTAA	2	12	1513163	1513174	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_017376	AGCGAT	2	12	1539643	1539654	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_017376	AAAGAT	2	12	1602984	1602995	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.