MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Helicobacter pylori SNT49 chromosome

Total Repeats: 659

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017376	TTGCAA	2	12	867	878	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385226254
2	NC_017376	ATTATA	2	12	1795	1806	50 %	50 %	0 %	0 %	385226256
3	NC_017376	GCTTGC	2	12	6267	6278	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385226259
4	NC_017376	CCGTTC	2	12	6960	6971	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	385226259
5	NC_017376	GAAACC	2	12	7772	7783	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385226260
6	NC_017376	AAATGC	2	12	8009	8020	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385226260
7	NC_017376	AGAAAA	2	12	18707	18718	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385226269
8	NC_017376	CAATTC	2	12	26687	26698	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385226275
9	NC_017376	GAGTCC	2	12	27644	27655	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385226276
10	NC_017376	GCGTGG	2	12	32476	32487	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	385226281
11	NC_017376	TTGGAT	2	12	32586	32597	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385226281
12	NC_017376	TAATGA	2	12	32621	32632	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385226281
13	NC_017376	TTGAAT	2	12	33672	33683	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385226281
14	NC_017376	TAAGGA	2	12	33971	33982	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385226281
15	NC_017376	TAGGGG	2	12	35478	35489	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	385226284
16	NC_017376	TTCTAC	2	12	36962	36973	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385226285
17	NC_017376	AAAGAA	2	12	36990	37001	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385226285
18	NC_017376	CGCAAA	2	12	45003	45014	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385226293
19	NC_017376	TAAAAA	2	12	51229	51240	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385226298
20	NC_017376	CCACGC	2	12	52984	52995	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	385226299
21	NC_017376	TTTTGT	2	12	58910	58921	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	385226305
22	NC_017376	AAAGAG	2	12	59189	59200	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385226305
23	NC_017376	AGAAAA	2	12	60615	60626	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385226307
24	NC_017376	AGAGCG	2	12	64866	64877	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	385226311
25	NC_017376	GCTTTT	2	12	68820	68831	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385226312
26	NC_017376	AATAAC	2	12	71265	71276	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385226314
27	NC_017376	GCAAGA	2	12	72596	72607	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385226314
28	NC_017376	AAAGAG	2	12	76947	76958	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385226314
29	NC_017376	AGAATG	2	12	78391	78402	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385226314
30	NC_017376	CATGCG	2	12	82391	82402	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385226318
31	NC_017376	TTTTAA	2	12	84215	84226	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385226321
32	NC_017376	CACAGC	2	12	85568	85579	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	385226321
33	NC_017376	TAGGAA	2	12	89079	89090	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385226329
34	NC_017376	TAAAAG	2	12	90226	90237	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385226329
35	NC_017376	TATTTG	2	12	91121	91132	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385226330
36	NC_017376	TTCAAA	2	12	91988	91999	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385226331
37	NC_017376	GCAATA	2	12	97647	97658	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385226335
38	NC_017376	CAGGCT	2	12	98282	98293	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385226336
39	NC_017376	ATTACT	2	12	99696	99707	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385226336
40	NC_017376	ACGCCC	2	12	109737	109748	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	385226346
41	NC_017376	CCACTA	2	12	110733	110744	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385226347
42	NC_017376	AAGGGC	2	12	112466	112477	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	385226349
43	NC_017376	CGCCCA	2	12	113002	113013	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	385226349
44	NC_017376	AGTGGC	2	12	113947	113958	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385226351
45	NC_017376	AATATT	2	12	117607	117618	50 %	50 %	0 %	0 %	385226353
46	NC_017376	TGGTTA	2	12	123523	123534	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385226358
47	NC_017376	GGCTTT	2	12	126804	126815	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385226361
48	NC_017376	AAGATA	3	18	128665	128682	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385226362
49	NC_017376	GATTTT	2	12	131529	131540	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385226365
50	NC_017376	AAACTC	2	12	131646	131657	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385226365
51	NC_017376	TCAAAA	2	12	132933	132944	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385226366
52	NC_017376	GCGGTG	2	12	133633	133644	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	385226367
53	NC_017376	CAATAT	2	12	136843	136854	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385226368
54	NC_017376	CATATT	2	12	142593	142604	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385226373
55	NC_017376	AGCGTT	2	12	143456	143467	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385226373
56	NC_017376	GGAGCG	2	12	147535	147546	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	385226378
57	NC_017376	TTTTCT	2	12	149036	149047	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385226379
58	NC_017376	GCAAGC	2	12	149443	149454	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385226379
59	NC_017376	CGCTCG	2	12	154040	154051	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	385226384
60	NC_017376	TAGGCA	2	12	156578	156589	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385226385
61	NC_017376	TTCTAT	2	12	158851	158862	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385226387
62	NC_017376	GTTCTA	2	12	159267	159278	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385226387
63	NC_017376	CTAAGG	2	12	160587	160598	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385226388
64	NC_017376	TGAATT	2	12	161121	161132	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385226388
65	NC_017376	TTTCAA	2	12	161280	161291	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385226388
66	NC_017376	CTTTGG	2	12	162681	162692	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385226389
67	NC_017376	AAATCT	2	12	174790	174801	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385226403
68	NC_017376	TAGCGA	2	12	175842	175853	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385226404
69	NC_017376	ACGATT	2	12	178380	178391	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385226406
70	NC_017376	TTAGCG	2	12	178749	178760	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385226406
71	NC_017376	ATCGCT	2	12	180669	180680	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385226407
72	NC_017376	AACCTA	2	12	182890	182901	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385226409
73	NC_017376	TTCTAT	2	12	184052	184063	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385226410
74	NC_017376	TTGTTT	2	12	187040	187051	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	385226415
75	NC_017376	CTTGGG	2	12	187701	187712	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	385226417
76	NC_017376	TTGGGT	2	12	192477	192488	0 %	50 %	50 %	0 %	385226422
77	NC_017376	GATTTT	2	12	192989	193000	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385226423
78	NC_017376	GATGGC	2	12	196215	196226	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385226427
79	NC_017376	GATGGC	3	18	196323	196340	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385226427
80	NC_017376	CTTTCT	2	12	196473	196484	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385226427
81	NC_017376	CCGCTC	2	12	198223	198234	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	385226429
82	NC_017376	GCTCTC	2	12	200647	200658	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	385226431
83	NC_017376	TAGTGG	2	12	202440	202451	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	385226434
84	NC_017376	TTCTAA	2	12	202993	203004	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385226434
85	NC_017376	ATCGTT	2	12	205080	205091	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385226436
86	NC_017376	AATTTC	2	12	205431	205442	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385226437
87	NC_017376	TTCTTT	2	12	207366	207377	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385226438
88	NC_017376	TTCTTT	2	12	208345	208356	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385226440
89	NC_017376	ATTTTG	2	12	208766	208777	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385226441
90	NC_017376	CGCTTT	2	12	209244	209255	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385226441
91	NC_017376	GTTTAA	2	12	210028	210039	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385226442
92	NC_017376	CCGCTC	2	12	214365	214376	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	385226450
93	NC_017376	AGGCAT	2	12	218066	218077	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385226453
94	NC_017376	GCATTT	2	12	219779	219790	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385226455
95	NC_017376	TCAAAC	2	12	220346	220357	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385226456
96	NC_017376	ATAAAG	2	12	220507	220518	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385226456
97	NC_017376	GGTATT	2	12	224299	224310	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385226458
98	NC_017376	TCTAAA	2	12	224529	224540	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385226458
99	NC_017376	TTCTAA	2	12	226076	226087	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385226460
100	NC_017376	ATTTTC	2	12	228021	228032	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385226460
101	NC_017376	TGGGGC	2	12	235434	235445	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	385226470
102	NC_017376	AAATCC	2	12	237085	237096	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385226472
103	NC_017376	GGAAAA	2	12	241453	241464	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385226473
104	NC_017376	ATTCTA	2	12	247464	247475	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385226479
105	NC_017376	CATAGC	2	12	249220	249231	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385226480
106	NC_017376	GTTTTG	2	12	249725	249736	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385226480
107	NC_017376	CCATTC	2	12	253307	253318	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385226483
108	NC_017376	TAATTA	2	12	254228	254239	50 %	50 %	0 %	0 %	385226484
109	NC_017376	TAAAAA	2	12	257779	257790	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385226488
110	NC_017376	TGGTTT	2	12	264556	264567	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385226494
111	NC_017376	GGTGAT	2	12	266335	266346	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	385226495
112	NC_017376	CGCTTT	2	12	268486	268497	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385226496
113	NC_017376	GCTAGG	2	12	269869	269880	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385226497
114	NC_017376	TGGTGA	2	12	270131	270142	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	385226498
115	NC_017376	TCTTTA	2	12	276493	276504	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385226505
116	NC_017376	GTTTTT	2	12	282124	282135	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	385226512
117	NC_017376	ATTGTC	2	12	285284	285295	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385226515
118	NC_017376	TCCCGC	2	12	287452	287463	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	385226517
119	NC_017376	AAAAAG	2	12	294592	294603	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385226523
120	NC_017376	TGAGCG	2	12	296124	296135	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385226525
121	NC_017376	GATTTT	2	12	302101	302112	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385226529
122	NC_017376	TGAGCG	2	12	305362	305373	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385226532
123	NC_017376	AGCTTT	2	12	305510	305521	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385226532
124	NC_017376	GATTTT	2	12	310048	310059	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385226539
125	NC_017376	ATTAGA	2	12	310170	310181	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385226539
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133	NC_017376	ATTTGA	2	12	329385	329396	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385226554
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230	NC_017376	GAAATT	2	12	535132	535143	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385226749
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343	NC_017376	GTGTTG	2	12	801466	801477	0 %	50 %	50 %	0 %	385226988
344	NC_017376	TTGATA	2	12	810955	810966	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385226999
345	NC_017376	AGAAAG	2	12	812664	812675	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385227001
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449	NC_017376	GATAAA	2	12	1073882	1073893	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385227240
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451	NC_017376	AAATCA	2	12	1080990	1081001	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385227247
452	NC_017376	CCAAAC	2	12	1081413	1081424	50 %	0 %	0 %	50 %	385227247
453	NC_017376	CCATGC	2	12	1085623	1085634	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385227251
454	NC_017376	ATTAAA	2	12	1095457	1095468	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385227260
455	NC_017376	ATTGAC	2	12	1107381	1107392	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385227271
456	NC_017376	TACCAA	2	12	1108565	1108576	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385227272
457	NC_017376	GAATTT	2	12	1108660	1108671	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385227272
458	NC_017376	CGCCAT	2	12	1116802	1116813	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385227281
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460	NC_017376	TAGCGA	2	12	1119085	1119096	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385227283
461	NC_017376	TCACCC	2	12	1121084	1121095	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	385227284
462	NC_017376	TTTGAA	2	12	1121371	1121382	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385227285
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