MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori SNT49 chromosome

Total Repeats: 233

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017376	TTTGT	2	10	2424	2433	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017376	GAAAC	2	10	4657	4666	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017376	TTTTA	2	10	4930	4939	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017376	AAATT	2	10	7362	7371	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017376	CAAAG	2	10	7640	7649	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017376	GCTTT	2	10	13618	13627	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017376	GTTTT	2	10	16667	16676	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017376	AAAAG	2	10	23070	23079	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017376	TTAAA	2	10	55180	55189	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017376	ACAAA	2	10	55209	55218	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017376	AAAGA	2	10	56643	56652	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017376	TATCC	2	10	57317	57326	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
13	NC_017376	AAAAG	2	10	58021	58030	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017376	ATTTT	2	10	61928	61937	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017376	AATTC	2	10	65476	65485	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017376	TGGGC	2	10	65566	65575	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017376	GATTA	2	10	66132	66141	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017376	CCATA	2	10	66188	66197	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
19	NC_017376	GTTTT	2	10	66301	66310	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017376	TAAAA	2	10	67238	67247	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017376	ATAAC	2	10	78649	78658	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017376	TTTAA	2	10	83860	83869	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017376	GCTAC	2	10	83914	83923	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_017376	AATTA	2	10	83995	84004	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017376	TAATG	2	10	93327	93336	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017376	TAAAG	2	10	94378	94387	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017376	CAAAA	2	10	106728	106737	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017376	TTTTA	2	10	109662	109671	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017376	TTACA	2	10	111547	111556	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017376	TTTGT	2	10	115165	115174	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017376	ATTTT	2	10	119473	119482	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017376	ATAAA	2	10	125703	125712	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017376	TAAGA	2	10	125745	125754	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017376	TAAAA	2	10	125816	125825	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017376	ATAAA	2	10	132438	132447	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017376	GAATG	2	10	146346	146355	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017376	TTAAT	2	10	150503	150512	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017376	TTTGT	2	10	162402	162411	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017376	ATTAG	2	10	183336	183345	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017376	CAAAT	2	10	190023	190032	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017376	AAATC	2	10	212752	212761	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017376	AAAAT	2	10	212771	212780	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017376	TTTAA	2	10	215800	215809	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017376	TCGCA	2	10	221256	221265	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_017376	AGAGG	2	10	222296	222305	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017376	TTCAA	2	10	228923	228932	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017376	ATATT	2	10	236555	236564	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017376	TTTGA	2	10	237804	237813	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017376	ATTTA	2	10	240339	240348	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017376	AAACA	2	10	240361	240370	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017376	AACCA	2	10	259097	259106	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_017376	CTTAA	2	10	265207	265216	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017376	CTAAC	2	10	272942	272951	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_017376	CAAAA	2	10	274280	274289	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017376	ATTGA	2	10	283626	283635	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017376	CAATC	2	10	292693	292702	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_017376	AAATA	2	10	310467	310476	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017376	TTTTA	2	10	316078	316087	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017376	TTATA	2	10	359364	359373	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017376	TAAGT	2	10	366155	366164	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017376	ATTAA	2	10	371992	372001	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017376	ATCAA	2	10	389692	389701	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017376	TAAAA	2	10	400055	400064	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017376	CCAAT	2	10	401846	401855	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_017376	AATTT	2	10	402310	402319	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017376	AATGA	2	10	411023	411032	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017376	AAAGG	2	10	452614	452623	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017376	TTAAT	2	10	454225	454234	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017376	ATAAA	2	10	464438	464447	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017376	AAAAT	2	10	464472	464481	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017376	GTTTT	2	10	472363	472372	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017376	TAACA	2	10	485199	485208	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017376	TAAAA	2	10	485321	485330	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017376	CAAAA	2	10	486181	486190	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017376	AATAA	2	10	486590	486599	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017376	TAAAA	2	10	486685	486694	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017376	TTTGA	2	10	486785	486794	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017376	CAAAG	2	10	487591	487600	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017376	GCTCT	2	10	504779	504788	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_017376	ACACC	2	10	504857	504866	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
81	NC_017376	TAACT	2	10	514313	514322	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017376	AGGCT	2	10	523660	523669	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017376	TTCAA	2	10	529232	529241	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017376	AGTAA	2	10	538065	538074	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017376	TTTGA	2	10	538121	538130	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017376	AAACC	2	10	571490	571499	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_017376	TTTCT	2	10	571566	571575	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017376	AAATT	2	10	575809	575818	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017376	ATTTT	2	10	578453	578462	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017376	TTGTA	2	10	582664	582673	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017376	TAAGG	2	10	621399	621408	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017376	CGCTT	2	10	621511	621520	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_017376	ATTTT	2	10	621625	621634	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017376	TTTGT	2	10	637931	637940	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017376	TATAA	2	10	637998	638007	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017376	TTTAA	2	10	652889	652898	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017376	AATGG	2	10	662117	662126	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017376	TTAAC	2	10	665663	665672	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017376	TTTAA	2	10	675176	675185	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017376	CACAA	2	10	680384	680393	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_017376	TGCAA	2	10	706960	706969	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017376	AGGTT	2	10	707041	707050	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017376	TCTAT	2	10	707899	707908	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017376	GAAAA	2	10	708013	708022	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017376	CCAAC	2	10	708425	708434	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
106	NC_017376	AAAGC	2	10	709334	709343	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017376	CCTTG	2	10	710895	710904	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_017376	AAAAG	2	10	717354	717363	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017376	CTTAT	2	10	726619	726628	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017376	TTGAT	2	10	728761	728770	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017376	TCGCT	2	10	728784	728793	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_017376	TTGAT	2	10	728926	728935	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017376	TAAAT	2	10	729792	729801	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017376	AAAAC	2	10	733024	733033	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017376	TAAAA	2	10	733035	733044	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017376	GGTTT	2	10	749864	749873	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017376	ATTTA	2	10	766106	766115	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017376	ATTCT	2	10	766704	766713	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017376	TACTA	2	10	770278	770287	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017376	ATTCA	2	10	776685	776694	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017376	AAAAG	2	10	789704	789713	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017376	TCTTT	2	10	804419	804428	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017376	TTGGA	2	10	809835	809844	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017376	TTTTA	2	10	830403	830412	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017376	TTCTT	2	10	844920	844929	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_017376	TTTTA	2	10	881203	881212	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017376	TTTTA	2	10	895252	895261	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017376	TTTAA	2	10	914202	914211	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017376	ATTTT	2	10	918965	918974	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017376	CTAAA	2	10	924651	924660	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017376	TATAA	2	10	927109	927118	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017376	AAAAG	2	10	940443	940452	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017376	AAAAG	2	10	940556	940565	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017376	CTTTT	2	10	946832	946841	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017376	GATTT	2	10	947314	947323	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017376	TAAAA	2	10	949165	949174	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017376	TTTGT	2	10	961449	961458	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017376	TCAAG	2	10	980740	980749	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017376	AAAGC	2	10	998336	998345	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017376	AATTA	2	10	998666	998675	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017376	AAATT	2	10	998680	998689	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017376	TTAGT	2	10	1024475	1024484	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017376	TTCAA	2	10	1038606	1038615	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_017376	CTCAT	2	10	1038836	1038845	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_017376	TCACT	2	10	1040315	1040324	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_017376	TACTT	2	10	1040613	1040622	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_017376	ATAAA	2	10	1041069	1041078	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017376	AGCGA	2	10	1044733	1044742	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.