MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori 83 chromosome

Total Repeats: 175

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017375	CATGA	2	10	7383	7392	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017375	GCTTT	2	10	13561	13570	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017375	GCATG	2	10	22846	22855	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017375	AAATT	2	10	30121	30130	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017375	GCCAA	2	10	57331	57340	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017375	ATTAT	2	10	72748	72757	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017375	TTAAA	2	10	72803	72812	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017375	ACAAA	2	10	72820	72829	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017375	ATATT	2	10	89623	89632	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017375	TAACT	2	10	89709	89718	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017375	CTTTC	2	10	95718	95727	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_017375	TTACA	2	10	118085	118094	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017375	TAAGA	2	10	132312	132321	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017375	TAAAA	2	10	132383	132392	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017375	AAAAT	2	10	148370	148379	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017375	TTAAT	2	10	156659	156668	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017375	CAATC	2	10	165858	165867	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
18	NC_017375	TTTGT	2	10	169967	169976	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017375	AAATT	2	10	203696	203705	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017375	CAAAA	2	10	205094	205103	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017375	TTTAA	2	10	222071	222080	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017375	AATGA	2	10	237800	237809	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017375	AAACA	2	10	246340	246349	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017375	TGCTA	2	10	253175	253184	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017375	TTGGT	2	10	253621	253630	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017375	AAGCG	2	10	265167	265176	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017375	AAACC	2	10	265576	265585	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_017375	CAAAA	2	10	279398	279407	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017375	AAATT	2	10	288753	288762	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017375	CAATC	2	10	297843	297852	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_017375	CATTT	2	10	304147	304156	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017375	GAAAT	2	10	316263	316272	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017375	GTTTT	2	10	321881	321890	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017375	TTATA	2	10	365208	365217	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017375	TGTGT	2	10	380057	380066	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017375	TCAAA	2	10	382144	382153	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017375	TTTTA	2	10	383281	383290	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017375	GATTT	2	10	398022	398031	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017375	AATCA	2	10	398240	398249	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017375	TAAAA	2	10	409826	409835	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017375	AAAGG	2	10	462394	462403	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017375	TTAAT	2	10	464005	464014	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017375	TCTTG	2	10	468818	468827	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017375	ATAAA	2	10	474215	474224	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017375	AAAAT	2	10	474249	474258	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017375	TAACA	2	10	494746	494755	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017375	AATAA	2	10	496135	496144	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017375	TAAAA	2	10	496229	496238	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017375	AAAAT	2	10	500870	500879	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017375	TATCC	2	10	509237	509246	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_017375	ATGAT	2	10	517918	517927	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017375	AAAAT	2	10	517950	517959	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017375	TTAAA	2	10	522645	522654	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017375	TAAAA	2	10	545627	545636	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017375	TTTAA	2	10	554031	554040	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017375	ATTTT	2	10	554108	554117	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017375	AAATA	2	10	554314	554323	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017375	AAGAA	2	10	589708	589717	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017375	ATAAA	2	10	603387	603396	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017375	TAAAA	2	10	612634	612643	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017375	TTTTA	2	10	622417	622426	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017375	AAAGA	2	10	629726	629735	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017375	CAAAG	2	10	654607	654616	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017375	TACTA	2	10	664319	664328	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017375	TAAAT	2	10	666157	666166	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017375	CTTAT	2	10	721759	721768	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017375	TAAAT	2	10	724994	725003	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017375	AACAA	2	10	728035	728044	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017375	AAAAC	2	10	730711	730720	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017375	TTCTA	2	10	741233	741242	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017375	ATCAA	2	10	754015	754024	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017375	TTAAA	2	10	780181	780190	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017375	TGTGT	2	10	805256	805265	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017375	CCTTA	2	10	812344	812353	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_017375	TACAA	2	10	848110	848119	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017375	ATAGC	2	10	852359	852368	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017375	ATTAA	2	10	853850	853859	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017375	TATTT	2	10	871980	871989	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017375	TTAAA	2	10	874928	874937	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017375	TTGAA	2	10	900908	900917	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017375	AGTTA	2	10	914726	914735	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017375	AAACT	2	10	919058	919067	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017375	CTAAA	2	10	923185	923194	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017375	TATAA	2	10	925644	925653	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017375	TTCCC	2	10	939807	939816	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
86	NC_017375	TGAAT	2	10	940461	940470	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017375	TAAAA	2	10	947121	947130	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017375	ATGAT	2	10	955411	955420	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017375	TAATA	2	10	968830	968839	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017375	TCAAG	2	10	978717	978726	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017375	AGATT	2	10	991888	991897	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017375	GTTTT	2	10	1013962	1013971	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017375	TTAGT	2	10	1024592	1024601	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017375	TTCAA	2	10	1036669	1036678	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017375	CTCAT	2	10	1036899	1036908	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_017375	TCACT	2	10	1038377	1038386	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
97	NC_017375	TACTT	2	10	1038675	1038684	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017375	ATTTA	2	10	1043480	1043489	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017375	TCAAA	2	10	1043963	1043972	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017375	AATTG	2	10	1082475	1082484	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017375	TAAAA	2	10	1097527	1097536	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017375	TGAAA	2	10	1111852	1111861	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017375	AAATC	2	10	1125921	1125930	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017375	TTAAA	2	10	1129324	1129333	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017375	AAAAC	2	10	1130767	1130776	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017375	ATTAA	2	10	1130796	1130805	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017375	TTGAT	2	10	1133788	1133797	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017375	AAAAC	2	10	1141155	1141164	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017375	GATTT	2	10	1159699	1159708	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017375	AATTT	2	10	1159735	1159744	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017375	TAAAA	2	10	1160101	1160110	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017375	AAACA	2	10	1160130	1160139	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017375	CACGA	2	10	1161015	1161024	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
114	NC_017375	TTACC	2	10	1161813	1161822	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_017375	TTTTA	2	10	1162144	1162153	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017375	AAAAG	2	10	1171882	1171891	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017375	TATTT	2	10	1182125	1182134	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017375	AAAAT	2	10	1186488	1186497	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017375	TTAAT	2	10	1197356	1197365	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017375	TATTT	2	10	1197392	1197401	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017375	TTGTG	2	10	1197424	1197433	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017375	AAATC	2	10	1203429	1203438	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017375	CAATC	2	10	1212206	1212215	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_017375	AAAGC	2	10	1216765	1216774	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017375	AATCC	2	10	1229324	1229333	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_017375	CTAGA	2	10	1229876	1229885	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017375	CCTCC	2	10	1232120	1232129	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
128	NC_017375	TAATA	2	10	1234219	1234228	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017375	TTAAT	2	10	1241264	1241273	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017375	ATTAG	2	10	1241365	1241374	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017375	AACAA	2	10	1260574	1260583	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017375	TTTGA	2	10	1270829	1270838	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017375	TTTAT	2	10	1270930	1270939	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017375	TTATT	2	10	1270968	1270977	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017375	TTTTA	2	10	1270991	1271000	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017375	AAAGA	2	10	1271433	1271442	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017375	TAAGC	2	10	1305549	1305558	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017375	TTATT	2	10	1318310	1318319	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017375	TATAT	2	10	1331407	1331416	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017375	TTATT	2	10	1332023	1332032	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017375	AATAA	2	10	1332415	1332424	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017375	TATTT	2	10	1333722	1333731	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017375	GAAAG	2	10	1348827	1348836	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017375	ACAAA	2	10	1354229	1354238	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_017375	TTCAA	2	10	1381331	1381340	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_017375	CTCAT	2	10	1381561	1381570	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
147	NC_017375	TCACT	2	10	1383039	1383048	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
148	NC_017375	TACTT	2	10	1383337	1383346	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
149	NC_017375	ATTTA	2	10	1388148	1388157	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017375	TCAAA	2	10	1388631	1388640	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
151	NC_017375	TTTTA	2	10	1402044	1402053	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017375	AAATT	2	10	1402558	1402567	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017375	TATAA	2	10	1402594	1402603	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017375	GTTTT	2	10	1415213	1415222	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017375	CACGA	2	10	1416606	1416615	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
156	NC_017375	TTACC	2	10	1417404	1417413	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
157	NC_017375	TTTTA	2	10	1417735	1417744	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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164	NC_017375	TTTTG	2	10	1560507	1560516	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
165	NC_017375	AATCA	2	10	1562424	1562433	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
166	NC_017375	TTAAA	2	10	1597197	1597206	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_017375	TTTTG	2	10	1611140	1611149	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
168	NC_017375	ATAAA	2	10	1611235	1611244	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_017375	TAGTG	2	10	1614428	1614437	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
170	NC_017375	ATTTA	2	10	1614503	1614512	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_017375	ATAAA	2	10	1614609	1614618	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_017375	AGTTT	2	10	1614912	1614921	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
173	NC_017375	TAAAA	3	15	1615909	1615923	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_017375	GGATA	2	10	1616067	1616076	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
175	NC_017375	TTAAA	2	10	1616335	1616344	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.