MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori India7 chromosome

Total Repeats: 223

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017372	GAAAC	2	10	4650	4659	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017372	ATTTT	2	10	4893	4902	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017372	TTTTA	2	10	4926	4935	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017372	AAATT	2	10	7317	7326	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017372	GCTTT	2	10	13609	13618	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017372	AAAAG	2	10	23067	23076	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017372	ATTAA	2	10	49607	49616	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017372	TTAAA	2	10	54987	54996	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017372	ACAAA	2	10	55015	55024	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017372	TTTTA	2	10	70784	70793	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017372	TTTGT	2	10	76264	76273	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017372	TAAGA	2	10	87453	87462	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017372	TAAAA	2	10	87524	87533	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017372	GGCTT	2	10	91915	91924	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017372	ATAAA	2	10	93916	93925	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017372	TAAAA	2	10	103309	103318	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017372	GAATG	2	10	107913	107922	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017372	TTAAT	2	10	112166	112175	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017372	TTTTC	2	10	128367	128376	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017372	AGATT	2	10	130937	130946	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017372	CAAAT	2	10	151613	151622	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017372	AAAAC	2	10	158872	158881	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017372	CTTAA	2	10	198456	198465	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017372	TGTTT	2	10	201485	201494	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017372	CAAAA	2	10	207296	207305	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017372	AAATT	2	10	216641	216650	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017372	CATTT	2	10	232134	232143	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017372	AAATA	2	10	244251	244260	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017372	TATAT	2	10	291436	291445	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017372	AAGTT	2	10	297907	297916	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017372	ATTAT	2	10	306387	306396	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017372	TAAAA	2	10	333359	333368	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017372	AAGAT	2	10	361095	361104	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017372	AAAGG	2	10	385738	385747	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017372	TTGTT	2	10	392188	392197	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017372	ATAAA	2	10	397564	397573	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017372	AAAAT	2	10	397598	397607	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017372	GTTTT	2	10	405657	405666	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017372	TAACA	2	10	418504	418513	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017372	AATAA	2	10	419890	419899	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017372	TAAAA	2	10	419986	419995	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017372	TGAAT	2	10	433749	433758	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017372	ACACC	2	10	438306	438315	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
44	NC_017372	AAAAT	2	10	446818	446827	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017372	TTAAA	2	10	451443	451452	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017372	TAAAA	2	10	474530	474539	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017372	TTTAA	2	10	482921	482930	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017372	ATAAG	2	10	483229	483238	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017372	AAATA	2	10	483239	483248	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017372	TAAAG	2	10	505544	505553	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017372	ATTTT	2	10	510858	510867	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017372	AAGAA	2	10	517121	517130	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017372	ATAAA	2	10	531387	531396	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017372	TCGTA	2	10	534430	534439	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017372	CTTTT	2	10	574086	574095	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017372	GACGC	2	10	584684	584693	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
57	NC_017372	TACTA	2	10	593738	593747	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_017372	TGATT	2	10	597002	597011	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017372	TAAAT	2	10	597740	597749	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017372	AACCC	2	10	614003	614012	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_017372	ATTTT	2	10	630950	630959	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017372	GTTTT	2	10	630962	630971	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017372	TTAAT	2	10	636829	636838	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017372	AAACA	2	10	641479	641488	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017372	CTTTT	2	10	642501	642510	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017372	GTTAA	2	10	699952	699961	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017372	CCATT	2	10	703475	703484	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_017372	TTAAA	2	10	714034	714043	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017372	ACGCT	2	10	717720	717729	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_017372	TGTGT	2	10	739080	739089	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017372	ATTTT	2	10	740604	740613	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017372	AAGCG	2	10	746063	746072	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017372	CCTTA	2	10	746175	746184	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_017372	TGCTA	2	10	752805	752814	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017372	TTAAA	2	10	752839	752848	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017372	ATAAG	2	10	755170	755179	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017372	TCAAA	2	10	755325	755334	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_017372	AATTT	2	10	755897	755906	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017372	CTTTT	2	10	759226	759235	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017372	TGCGT	2	10	759317	759326	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017372	CTTTC	2	10	786857	786866	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_017372	TTTTG	2	10	797068	797077	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017372	AGAGT	2	10	806820	806829	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017372	TGTAA	2	10	825026	825035	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017372	TACAA	2	10	830713	830722	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017372	CTTGT	2	10	832396	832405	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017372	TAAAA	2	10	834926	834935	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017372	ATAGC	2	10	834960	834969	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017372	ATTAA	2	10	836451	836460	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017372	AATTT	2	10	837556	837565	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017372	GTTTG	2	10	841719	841728	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017372	AAAAC	2	10	852969	852978	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017372	TTGTT	2	10	857721	857730	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017372	AATTT	2	10	879810	879819	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017372	TTTTA	2	10	883946	883955	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017372	TTGAA	2	10	883966	883975	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017372	AGTTA	2	10	898880	898889	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017372	CTAAA	2	10	908896	908905	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017372	TATAA	2	10	911349	911358	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017372	AAACA	2	10	918572	918581	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017372	TCGTA	2	10	930340	930349	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017372	TTTGT	2	10	946039	946048	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017372	TTTAT	2	10	950899	950908	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017372	TCAAG	2	10	965517	965526	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017372	GATAG	2	10	978836	978845	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017372	ATAAA	2	10	980627	980636	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017372	TTTGA	2	10	984974	984983	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017372	ATTTT	2	10	985428	985437	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017372	TTACT	2	10	999623	999632	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017372	AAAGG	2	10	1004289	1004298	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017372	TTAGT	2	10	1013875	1013884	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017372	TATTT	2	10	1016851	1016860	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017372	TGTAT	2	10	1024371	1024380	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017372	TTTCC	2	10	1024982	1024991	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_017372	GCAAA	2	10	1027809	1027818	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_017372	TTATC	2	10	1030290	1030299	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017372	TTCAA	2	10	1031305	1031314	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017372	CTCAT	2	10	1031535	1031544	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
119	NC_017372	TCACT	2	10	1033013	1033022	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
120	NC_017372	TACTT	2	10	1033311	1033320	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017372	TAAAA	2	10	1033684	1033693	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017372	GATGC	2	10	1050548	1050557	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017372	TCCAT	2	10	1055366	1055375	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_017372	TGAAT	2	10	1056306	1056315	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017372	AAAAT	2	10	1059471	1059480	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017372	AATTG	2	10	1076791	1076800	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017372	TAAAA	2	10	1090667	1090676	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017372	AAAAT	2	10	1091845	1091854	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017372	TTGGC	2	10	1092503	1092512	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017372	TGCCT	2	10	1093640	1093649	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
131	NC_017372	TTTTG	2	10	1093912	1093921	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017372	TTATT	2	10	1107963	1107972	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017372	AAATC	2	10	1119154	1119163	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017372	AAAAC	2	10	1137093	1137102	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017372	CAAAA	2	10	1152219	1152228	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_017372	AATTC	2	10	1152626	1152635	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017372	TTGAT	2	10	1152827	1152836	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017372	TTCTT	2	10	1153172	1153181	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017372	ACTTG	2	10	1153480	1153489	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017372	GATTT	2	10	1155985	1155994	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017372	CACGA	2	10	1157470	1157479	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_017372	TTACC	2	10	1158268	1158277	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
143	NC_017372	TTAAA	2	10	1166772	1166781	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017372	AAAAG	2	10	1168362	1168371	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017372	TAAAA	2	10	1177598	1177607	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017372	GATAG	2	10	1183230	1183239	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017372	GAAAG	2	10	1189651	1189660	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.