MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori Gambia94/24 chromosome

Total Repeats: 113

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017371	ATTATA	2	12	9971	9982	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017371	AAACAC	2	12	18529	18540	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017371	AGACTT	2	12	45249	45260	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017371	GAAAAC	2	12	64266	64277	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017371	GATGTG	2	12	65214	65225	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017371	AGCCAA	2	12	65292	65303	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017371	AAAAGA	2	12	66314	66325	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017371	CCAACA	2	12	67159	67170	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_017371	AGCGGG	2	12	71457	71468	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017371	TACAAA	2	12	98061	98072	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_017371	GGTTTT	2	12	136069	136080	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017371	CAAACA	2	12	148082	148093	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017371	TTTCAC	2	12	168909	168920	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_017371	TAAAAA	2	12	172819	172830	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017371	GAGATA	2	12	186556	186567	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017371	TGGTTT	2	12	202396	202407	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017371	TATAAT	2	12	234094	234105	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017371	AAAAAC	2	12	234469	234480	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017371	TAATTA	2	12	241553	241564	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017371	ACTTTA	2	12	241599	241610	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017371	ATTAAA	2	12	247918	247929	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017371	CCCTAA	2	12	249323	249334	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_017371	ATTTTA	2	12	271131	271142	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017371	AAATAT	2	12	328267	328278	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017371	TAGAAA	2	12	348702	348713	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017371	TTTTAT	2	12	396379	396390	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017371	TAAAAA	2	12	453725	453736	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017371	TAAAAA	2	12	467527	467538	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017371	CAAACG	2	12	475758	475769	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_017371	AGCGTG	2	12	489591	489602	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_017371	AAATTT	2	12	490833	490844	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017371	TTTTAA	2	12	519257	519268	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017371	TTGTAA	2	12	544522	544533	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017371	TTTTTA	2	12	550568	550579	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017371	ATTTAA	2	12	550686	550697	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017371	TGTTAT	2	12	551544	551555	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017371	AGCTAA	2	12	576703	576714	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017371	ATTTTA	2	12	603361	603372	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017371	ATGGCA	2	12	685667	685678	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_017371	ATGGTA	2	12	752026	752037	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017371	ATTAAA	2	12	772057	772068	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017371	CGGCTT	2	12	783885	783896	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017371	ATTATA	2	12	851396	851407	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017371	ATTTTT	2	12	909272	909283	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017371	TTTATC	2	12	914044	914055	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017371	AAAATA	2	12	925524	925535	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017371	TGCATT	2	12	934898	934909	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_017371	CGGCTT	2	12	947866	947877	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_017371	GCGTTA	2	12	948957	948968	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017371	ATTATA	2	12	956342	956353	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017371	TTTGGG	2	12	957943	957954	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017371	ATTGAA	2	12	963876	963887	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017371	TTTTTC	2	12	1012670	1012681	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017371	ACGCTC	2	12	1031629	1031640	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
55	NC_017371	CGCATG	2	12	1047183	1047194	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_017371	GAAAAA	2	12	1047554	1047565	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017371	CTCTTT	2	12	1052646	1052657	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_017371	CGTTAG	2	12	1053953	1053964	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_017371	TCTTGT	2	12	1056989	1057000	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017371	TAAAAA	2	12	1060983	1060994	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017371	GCTGGA	2	12	1067394	1067405	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017371	AAACAA	2	12	1069516	1069527	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_017371	CTTTAA	2	12	1069787	1069798	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_017371	AAAGAG	2	12	1076637	1076648	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017371	TAAAGA	2	12	1076675	1076686	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017371	AATTAA	2	12	1114890	1114901	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017371	TCATTT	2	12	1114937	1114948	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_017371	GATATA	2	12	1136821	1136832	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017371	GCATTA	2	12	1199437	1199448	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_017371	AAACAC	2	12	1200235	1200246	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017371	AAAACT	2	12	1200411	1200422	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017371	GCATTT	2	12	1225888	1225899	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017371	TTTTAA	2	12	1232230	1232241	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017371	ATCCTT	2	12	1251729	1251740	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_017371	GCGCAT	2	12	1251748	1251759	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_017371	TTGTAT	2	12	1254150	1254161	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017371	ACTTAA	2	12	1271310	1271321	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017371	TTAAAA	2	12	1322963	1322974	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017371	ACGCTA	2	12	1344663	1344674	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_017371	TTTTTA	2	12	1354806	1354817	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017371	ATAAAA	2	12	1354985	1354996	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017371	CAAAGC	2	12	1358308	1358319	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_017371	AATTAC	2	12	1389267	1389278	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_017371	TGGCTT	2	12	1403994	1404005	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017371	AATTAA	2	12	1442238	1442249	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017371	AGTTTT	2	12	1442254	1442265	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017371	CTTTAA	2	12	1444519	1444530	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_017371	TTTCTT	2	12	1450697	1450708	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_017371	ATAAAA	2	12	1450977	1450988	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017371	AAAGAT	2	12	1451216	1451227	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017371	AAAGAG	2	12	1454108	1454119	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017371	TAAAGA	2	12	1454146	1454157	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017371	TGATTA	2	12	1458102	1458113	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017371	GTTTTA	2	12	1465817	1465828	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017371	TAAAAA	2	12	1466606	1466617	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017371	ATTTTG	2	12	1477198	1477209	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017371	AGATTT	2	12	1477704	1477715	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017371	TTGGTT	2	12	1480300	1480311	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017371	ATTACA	2	12	1495924	1495935	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_017371	TCTTAT	2	12	1495959	1495970	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_017371	CTCTTT	2	12	1498024	1498035	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_017371	CGTTAG	2	12	1499331	1499342	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_017371	TCTTGT	2	12	1502367	1502378	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_017371	CTAAGT	2	12	1523989	1524000	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_017371	AAACAC	2	12	1526153	1526164	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_017371	AAAACT	2	12	1526329	1526340	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_017371	CTTTTG	2	12	1608791	1608802	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_017371	TTTTTG	2	12	1611179	1611190	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017371	TTTTGA	2	12	1613498	1613509	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017371	ATTTTT	2	12	1614187	1614198	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017371	TTTCAC	2	12	1614440	1614451	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_017371	AAATTG	2	12	1614730	1614741	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017371	CAGTTT	2	12	1704820	1704831	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.