MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori SouthAfrica7 chromosome

Total Repeats: 104

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017361	AAAAAG	2	12	5166	5177	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017361	ATTATA	2	12	9896	9907	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017361	ACTTAG	2	12	45517	45528	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017361	AGGCCT	2	12	63484	63495	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017361	AACACC	2	12	63691	63702	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_017361	GATGTG	2	12	63754	63765	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017361	AGATTG	2	12	94949	94960	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017361	ATAAAA	2	12	109208	109219	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017361	TTATTC	2	12	131716	131727	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017361	TAAAAA	2	12	168712	168723	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017361	AGGCGA	2	12	169063	169074	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017361	TATAAT	2	12	212980	212991	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017361	GGCGTT	2	12	213337	213348	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017361	AAAAAC	2	12	213349	213360	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_017361	ACTTTA	2	12	220475	220486	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_017361	CCCTAA	2	12	226829	226840	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_017361	ATTAAA	2	12	226933	226944	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017361	CCCTAA	2	12	228632	228643	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_017361	AAAAAG	2	12	326901	326912	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017361	ATTTTC	2	12	364354	364365	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017361	TAAAAA	2	12	436247	436258	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017361	ATTAAA	2	12	436417	436428	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017361	ATCGTT	2	12	446456	446467	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017361	TAAAAA	2	12	449991	450002	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017361	TAAAAT	2	12	484002	484013	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017361	TTTAAA	2	12	487125	487136	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017361	AAAAAC	2	12	495998	496009	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017361	TGCTTC	2	12	514184	514195	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_017361	TTGCTT	2	12	514204	514215	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017361	ATTTTA	2	12	552947	552958	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017361	AAAATC	2	12	562032	562043	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_017361	GAAAAA	2	12	635614	635625	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017361	ATGGCA	2	12	637821	637832	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017361	AAATAC	2	12	655887	655898	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017361	AAGAAA	2	12	662639	662650	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017361	AATGAG	2	12	662675	662686	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017361	AGAAAA	2	12	668547	668558	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017361	CTTTTT	2	12	682188	682199	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_017361	ATTTGT	2	12	706751	706762	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017361	ATTAAA	2	12	713950	713961	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017361	CCTTAT	2	12	716404	716415	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_017361	CGGCTT	2	12	730668	730679	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017361	CATGCT	2	12	735987	735998	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017361	TGGCTG	2	12	766276	766287	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017361	TTAAAA	2	12	775209	775220	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017361	TTTTTA	2	12	831697	831708	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017361	ATAACT	2	12	851423	851434	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_017361	ATTTTT	2	12	853361	853372	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017361	GGATTT	2	12	865589	865600	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017361	TTTGAG	2	12	866485	866496	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017361	AGCAAC	2	12	867119	867130	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_017361	AACGCT	2	12	867173	867184	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017361	AAAATA	2	12	868756	868767	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017361	ATTATA	2	12	898098	898109	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017361	TAAAAT	2	12	898123	898134	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017361	TTTTTG	2	12	898290	898301	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017361	ATTGAA	2	12	905592	905603	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017361	GAAAAA	2	12	934484	934495	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017361	GCTTTT	2	12	942045	942056	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017361	TAAAAA	2	12	943155	943166	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017361	ATTTTA	2	12	962117	962128	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017361	TTTTTC	2	12	990032	990043	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_017361	GCTGAA	2	12	1000704	1000715	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_017361	TTTTAA	2	12	1175937	1175948	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017361	AAATCA	2	12	1188671	1188682	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_017361	ATCCTT	2	12	1198649	1198660	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017361	TTGTAT	2	12	1201074	1201085	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017361	CTCTAG	2	12	1202762	1202773	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_017361	TATGGG	2	12	1202791	1202802	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017361	AGAAAA	2	12	1203302	1203313	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017361	TTATTT	2	12	1203765	1203776	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017361	ACTTAA	2	12	1219138	1219149	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017361	AAATTC	2	12	1232053	1232064	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_017361	CCCTAA	2	12	1232925	1232936	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_017361	AAACTT	2	12	1239973	1239984	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_017361	TTAGGG	2	12	1244625	1244636	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017361	AAAAAG	2	12	1255894	1255905	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017361	TTAAAA	2	12	1268953	1268964	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017361	TTAGGG	2	12	1272061	1272072	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017361	AGCGGG	2	12	1348908	1348919	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_017361	TTTGAT	2	12	1351295	1351306	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017361	TAAAGA	2	12	1352226	1352237	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017361	TTTTTC	2	12	1358484	1358495	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_017361	AAATGC	2	12	1358629	1358640	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017361	GTTTTA	2	12	1359175	1359186	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017361	GATTAG	2	12	1361071	1361082	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017361	GTTATG	2	12	1367227	1367238	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017361	AATTTC	2	12	1367388	1367399	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_017361	ACAGAT	2	12	1368940	1368951	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_017361	CTTTAG	2	12	1369381	1369392	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_017361	ATTTTG	2	12	1369473	1369484	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017361	CTAAGT	2	12	1372209	1372220	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_017361	CAATCA	2	12	1374703	1374714	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_017361	TAGGAT	2	12	1459285	1459296	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017361	GTTTTT	2	12	1464994	1465005	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017361	TTTTTC	2	12	1465555	1465566	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_017361	TTTGAC	2	12	1466044	1466055	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_017361	TCGCTC	2	12	1525457	1525468	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
99	NC_017361	ACCTTA	2	12	1526703	1526714	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_017361	TAAAAT	2	12	1541155	1541166	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017361	GAAAAA	2	12	1546231	1546242	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017361	TTTTTA	2	12	1558716	1558727	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017361	AAAAGA	2	12	1587176	1587187	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017361	TTTAAA	2	12	1598222	1598233	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.