MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Helicobacter pylori SouthAfrica7 chromosome

Total Repeats: 688

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017361	ATTATA	2	12	1795	1806	50 %	50 %	0 %	0 %	385221508
2	NC_017361	GCTTGC	2	12	6321	6332	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385221511
3	NC_017361	GTAGGT	2	12	6776	6787	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	385221511
4	NC_017361	GAAACC	2	12	7878	7889	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385221513
5	NC_017361	ATTTGA	2	12	13091	13102	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385221517
6	NC_017361	CAATAT	2	12	17527	17538	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385221521
7	NC_017361	AGCTTT	2	12	20504	20515	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385221523
8	NC_017361	GATAAA	2	12	22397	22408	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385221525
9	NC_017361	TTAAAG	2	12	30412	30423	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385221531
10	NC_017361	GTTAGT	2	12	30584	30595	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385221531
11	NC_017361	TATCAA	2	12	30775	30786	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385221532
12	NC_017361	TCGGTG	2	12	30963	30974	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	385221532
13	NC_017361	AGCTTT	2	12	33799	33810	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385221535
14	NC_017361	TAAGGA	2	12	34945	34956	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385221535
15	NC_017361	TCAATA	2	12	35509	35520	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385221536
16	NC_017361	TAGCGC	2	12	37204	37215	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385221539
17	NC_017361	AAAGAA	2	12	39546	39557	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385221542
18	NC_017361	ATCAAA	2	12	51124	51135	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385221554
19	NC_017361	TAAAAA	2	12	54495	54506	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385221556
20	NC_017361	AAAGAA	2	12	60259	60270	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385221560
21	NC_017361	AAAAGA	2	12	61153	61164	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385221561
22	NC_017361	TTTTGT	2	12	64027	64038	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	385221562
23	NC_017361	AAAGAG	2	12	64306	64317	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385221562
24	NC_017361	AGCGGG	2	12	68223	68234	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	385221568
25	NC_017361	ACGCCC	2	12	76245	76256	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	385221576
26	NC_017361	AAGGGC	2	12	78973	78984	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	385221579
27	NC_017361	CGCTAA	2	12	79335	79346	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385221579
28	NC_017361	CGCTCA	2	12	79509	79520	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385221579
29	NC_017361	CAGCCC	2	12	80297	80308	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	385221580
30	NC_017361	GCTCAA	2	12	81561	81572	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385221581
31	NC_017361	ACACCG	2	12	83894	83905	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	385221582
32	NC_017361	ACACCG	2	12	83924	83935	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	385221582
33	NC_017361	ACACCG	2	12	83984	83995	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	385221582
34	NC_017361	ATATTG	2	12	84720	84731	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385221583
35	NC_017361	TTTTAA	2	12	88833	88844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385221587
36	NC_017361	AAAAAT	2	12	95437	95448	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385221593
37	NC_017361	ATTAGA	2	12	96940	96951	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385221594
38	NC_017361	GCTAAA	2	12	98405	98416	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385221596
39	NC_017361	CAAGCT	2	12	98820	98831	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385221597
40	NC_017361	TCAAAA	2	12	100193	100204	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385221599
41	NC_017361	GGCGGT	2	12	100864	100875	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	385221600
42	NC_017361	TAATAT	2	12	104070	104081	50 %	50 %	0 %	0 %	385221601
43	NC_017361	CCTAAA	2	12	108950	108961	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385221605
44	NC_017361	CCATGT	2	12	109908	109919	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385221606
45	NC_017361	TGGAGC	2	12	113550	113561	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385221610
46	NC_017361	TTTTCT	2	12	115048	115059	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385221611
47	NC_017361	GTTCAT	2	12	115493	115504	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385221611
48	NC_017361	GTTAAG	2	12	119953	119964	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385221616
49	NC_017361	CGCTCG	2	12	120029	120040	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	385221616
50	NC_017361	TAGGCA	2	12	122565	122576	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385221617
51	NC_017361	TTCTAT	2	12	124894	124905	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385221619
52	NC_017361	CTAAGG	2	12	126585	126596	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385221620
53	NC_017361	TGAATT	2	12	127119	127130	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385221620
54	NC_017361	TTTCAA	2	12	127278	127289	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385221620
55	NC_017361	AGCAAA	2	12	130623	130634	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385221623
56	NC_017361	TGGTTT	2	12	132153	132164	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385221626
57	NC_017361	TCATGA	2	12	133405	133416	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385221627
58	NC_017361	ACGCTC	2	12	137229	137240	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385221632
59	NC_017361	AAAAAT	2	12	140184	140195	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385221634
60	NC_017361	ACGATT	2	12	144842	144853	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385221639
61	NC_017361	TATCGC	2	12	145423	145434	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385221639
62	NC_017361	TTTTAG	2	12	146538	146549	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385221640
63	NC_017361	ATCGCT	2	12	147131	147142	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385221640
64	NC_017361	TTGTTT	2	12	153501	153512	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	385221648
65	NC_017361	CTTGGG	2	12	154165	154176	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	385221650
66	NC_017361	ATTGGA	2	12	155817	155828	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385221651
67	NC_017361	TTGGGT	2	12	159219	159230	0 %	50 %	50 %	0 %	385221655
68	NC_017361	GATTTT	2	12	159732	159743	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385221656
69	NC_017361	ATGGCG	2	12	162948	162959	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385221660
70	NC_017361	GATGGC	2	12	163055	163066	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385221660
71	NC_017361	CTTTCT	2	12	163199	163210	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385221660
72	NC_017361	CCGCTC	2	12	165629	165640	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	385221664
73	NC_017361	GCTCTC	2	12	168054	168065	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	385221666
74	NC_017361	TTCTAA	2	12	170792	170803	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385221669
75	NC_017361	ATCGTT	2	12	172909	172920	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385221671
76	NC_017361	AATTTC	2	12	173260	173271	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385221672
77	NC_017361	TTCTTT	2	12	175194	175205	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385221673
78	NC_017361	TTCTTT	2	12	176171	176182	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385221675
79	NC_017361	ATTTTG	2	12	176563	176574	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385221676
80	NC_017361	AAAGAA	3	18	176583	176600	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385221676
81	NC_017361	CGCTTT	2	12	177041	177052	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385221676
82	NC_017361	GTTTAA	2	12	177824	177835	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385221677
83	NC_017361	TGCAAG	2	12	178552	178563	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385221678
84	NC_017361	ATTTTT	2	12	180197	180208	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	385221679
85	NC_017361	TCCCGC	2	12	180728	180739	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	385221680
86	NC_017361	GAAAAA	2	12	184348	184359	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385221683
87	NC_017361	GCATTT	2	12	186151	186162	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385221685
88	NC_017361	GGGCGA	2	12	186190	186201	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	385221685
89	NC_017361	TCAAAC	2	12	186718	186729	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385221686
90	NC_017361	TAAAGA	2	12	186868	186879	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385221686
91	NC_017361	GTTAGT	2	12	188677	188688	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385221688
92	NC_017361	GGTATT	2	12	189817	189828	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385221689
93	NC_017361	TCTAAA	2	12	190047	190058	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385221689
94	NC_017361	TGGGCA	2	12	191115	191126	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385221690
95	NC_017361	TTCTAA	2	12	191594	191605	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385221691
96	NC_017361	ATTTTC	2	12	193539	193550	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385221691
97	NC_017361	TTAAGA	2	12	198799	198810	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385221697
98	NC_017361	TGGGGC	2	12	200967	200978	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	385221701
99	NC_017361	AAATCC	2	12	202778	202789	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385221703
100	NC_017361	CGCTCT	2	12	204638	204649	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	385221704
101	NC_017361	AATTTT	2	12	205525	205536	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385221704
102	NC_017361	ATTCTA	2	12	213660	213671	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385221711
103	NC_017361	CATAGC	2	12	215416	215427	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385221712
104	NC_017361	GTTTTG	2	12	215921	215932	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385221712
105	NC_017361	TAATTA	2	12	220427	220438	50 %	50 %	0 %	0 %	385221716
106	NC_017361	CCATTA	2	12	226218	226229	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385221724
107	NC_017361	GGTGAT	2	12	233074	233085	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	385221729
108	NC_017361	CACGCC	2	12	233978	233989	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	385221730
109	NC_017361	CGCTTT	2	12	235219	235230	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385221731
110	NC_017361	GCTAGG	2	12	236588	236599	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385221732
111	NC_017361	TCTTTA	2	12	243120	243131	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385221740
112	NC_017361	CTCATT	2	12	245542	245553	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385221742
113	NC_017361	GTTTTT	2	12	248766	248777	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	385221747
114	NC_017361	TTGTCC	2	12	251917	251928	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385221750
115	NC_017361	TCCCGC	2	12	254310	254321	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	385221752
116	NC_017361	TCCCGC	2	12	255123	255134	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	385221752
117	NC_017361	CAATAC	2	12	258530	258541	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385221755
118	NC_017361	AGAAAA	2	12	261272	261283	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385221757
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231	NC_017361	ATATTA	2	12	530132	530143	50 %	50 %	0 %	0 %	385222006
232	NC_017361	TTCATT	2	12	534067	534078	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385222009
233	NC_017361	CAATGT	2	12	534940	534951	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385222010
234	NC_017361	TCAAAC	2	12	535513	535524	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385222010
235	NC_017361	GCCTTC	2	12	536177	536188	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	385222010
236	NC_017361	GGGCTA	2	12	536679	536690	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385222011
237	NC_017361	CCCACG	2	12	540232	540243	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	385222017
238	NC_017361	CACGCT	2	12	540300	540311	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385222017
239	NC_017361	GTTTTG	2	12	545946	545957	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385222022
240	NC_017361	TTTGGC	2	12	546498	546509	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385222022
241	NC_017361	AATGAA	2	12	554203	554214	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385222029
242	NC_017361	TGGCGA	2	12	554818	554829	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385222030
243	NC_017361	TCAAGA	2	12	559546	559557	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385222035
244	NC_017361	TTTGGC	2	12	565355	565366	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385222041
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248	NC_017361	TTGAAT	2	12	575341	575352	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385222051
249	NC_017361	TGAAAT	2	12	575921	575932	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385222051
250	NC_017361	GCAATT	2	12	577178	577189	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385222051
251	NC_017361	TTAGCG	2	12	577977	577988	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385222051
252	NC_017361	AGTTAT	2	12	578702	578713	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385222052
253	NC_017361	ACACTT	2	12	580890	580901	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385222053
254	NC_017361	CCAAAC	2	12	583543	583554	50 %	0 %	0 %	50 %	385222053
255	NC_017361	ACTTGA	2	12	583641	583652	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385222053
256	NC_017361	AATCTC	2	12	584774	584785	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385222053
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259	NC_017361	ATTTCT	2	12	592226	592237	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385222056
260	NC_017361	GCGCTT	2	12	594981	594992	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385222058
261	NC_017361	GCGTAT	2	12	595156	595167	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385222058
262	NC_017361	TCCAAT	2	12	599762	599773	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385222063
263	NC_017361	CGCTTT	2	12	599950	599961	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385222063
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266	NC_017361	ATGCAA	2	12	610476	610487	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385222071
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346	NC_017361	ATTTCC	2	12	796634	796645	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385222247
347	NC_017361	ATAGAA	2	12	799246	799257	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385222251
348	NC_017361	AGAGCA	2	12	801931	801942	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385222255
349	NC_017361	ATTTTG	2	12	803562	803573	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385222256
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351	NC_017361	GGGGCT	2	12	807937	807948	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	385222261
352	NC_017361	TTTTTG	2	12	809783	809794	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	385222264
353	NC_017361	ATTAAG	2	12	811420	811431	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385222267
354	NC_017361	ATAGCG	2	12	814458	814469	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385222271
355	NC_017361	TAGCGC	2	12	815872	815883	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385222272
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367	NC_017361	TTGCCA	2	12	859000	859011	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385222316
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372	NC_017361	ATCGCT	2	12	870219	870230	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385222321
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375	NC_017361	TGCATT	2	12	875885	875896	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385222328
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439	NC_017361	ATTTAG	2	12	1084093	1084104	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385222505
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441	NC_017361	CCATCG	2	12	1092878	1092889	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385222515
442	NC_017361	TAGCGA	2	12	1095040	1095051	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385222517
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444	NC_017361	GTTTGA	2	12	1097326	1097337	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385222519
445	NC_017361	GAGCGG	2	12	1098575	1098586	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	385222520
446	NC_017361	AGCTTG	2	12	1100232	1100243	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385222522
447	NC_017361	TTTAGG	2	12	1103482	1103493	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385222524
448	NC_017361	CTCTGC	2	12	1104788	1104799	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	385222525
449	NC_017361	ATAACA	2	12	1105919	1105930	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385222527
450	NC_017361	CAATGA	2	12	1108556	1108567	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385222530
451	NC_017361	TTAGAA	2	12	1109010	1109021	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385222530
452	NC_017361	ATCACA	2	12	1112281	1112292	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385222532
453	NC_017361	AATATC	2	12	1114101	1114112	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385222534
454	NC_017361	CCTTAG	2	12	1117795	1117806	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385222536
455	NC_017361	TCGCAT	2	12	1118128	1118139	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385222536
456	NC_017361	GATTGC	2	12	1124350	1124361	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385222542
457	NC_017361	CTTGAG	2	12	1125908	1125919	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385222544
458	NC_017361	TCAAAA	2	12	1126394	1126405	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385222545
459	NC_017361	TCAAAT	2	12	1126910	1126921	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385222546
460	NC_017361	TCAATC	2	12	1130006	1130017	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385222550
461	NC_017361	CACGCT	2	12	1132680	1132691	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385222553
462	NC_017361	TTATCT	2	12	1134032	1134043	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385222553
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