MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori 35A chromosome

Total Repeats: 95

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017360	GTTTTA	2	12	12399	12410	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017360	TAAAAA	2	12	13225	13236	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017360	TTTGAG	2	12	26673	26684	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017360	CAATTT	2	12	59646	59657	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017360	TGAAAT	2	12	60085	60096	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017360	TCTTTA	2	12	136006	136017	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017360	CCTAAA	2	12	141836	141847	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017360	TGTCTT	2	12	156643	156654	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017360	AAAAAG	2	12	209734	209745	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017360	AAACAC	2	12	222962	222973	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_017360	TTTCTT	2	12	227593	227604	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017360	TTTGTT	2	12	230524	230535	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017360	TAAAGA	2	12	281019	281030	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017360	AGATAA	2	12	281237	281248	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017360	AGAAAA	2	12	281300	281311	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017360	CCAACA	2	12	282962	282973	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_017360	AGCGGG	2	12	286045	286056	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_017360	AAAAGA	2	12	313944	313955	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017360	GAAAAA	2	12	314655	314666	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017360	CTAAAA	2	12	318616	318627	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017360	TTTGAA	2	12	360038	360049	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017360	TTGTTT	2	12	381891	381902	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017360	TAAAAA	2	12	396404	396415	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017360	AATTTC	2	12	400530	400541	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_017360	ATTCTT	2	12	413939	413950	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017360	CTGTAT	2	12	431683	431694	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_017360	AATTTT	2	12	432367	432378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017360	ACTCAA	2	12	432846	432857	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_017360	TATAAT	2	12	439658	439669	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017360	TAATTA	2	12	447115	447126	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017360	ATTAAA	2	12	453437	453448	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017360	ATTTTA	2	12	476517	476528	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017360	CAAAGC	2	12	482690	482701	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017360	AATTTT	2	12	518357	518368	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017360	CTACAA	2	12	518684	518695	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017360	GATTTA	2	12	541980	541991	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017360	TGGCTA	2	12	560652	560663	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017360	AAAAAT	2	12	646685	646696	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017360	AAAATA	2	12	652889	652900	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017360	TAAAAA	2	12	666908	666919	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017360	TATTAG	2	12	676246	676257	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017360	ACTTTA	2	12	685674	685685	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017360	TATTTT	2	12	691780	691791	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017360	CACGCA	2	12	694077	694088	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
45	NC_017360	AGTTTT	2	12	732349	732360	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017360	ACAGGC	2	12	763683	763694	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017360	GCACAA	2	12	765069	765080	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_017360	AAAAGA	2	12	771400	771411	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017360	CCAAAG	2	12	790443	790454	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017360	TATCAA	2	12	806284	806295	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_017360	ATTCCT	2	12	807277	807288	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_017360	CAAATT	2	12	828965	828976	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_017360	TGAAGA	2	12	840189	840200	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017360	GAAAAA	2	12	840274	840285	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017360	CGCCAA	2	12	841381	841392	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
56	NC_017360	AATCTT	2	12	862808	862819	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017360	TAAGTT	2	12	883241	883252	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017360	TTTTTA	2	12	886276	886287	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017360	CTCATT	2	12	892104	892115	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_017360	TTCTAT	2	12	898933	898944	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_017360	ATTTTT	2	12	903613	903624	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017360	GATTTT	2	12	905564	905575	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017360	TGCTTT	2	12	945388	945399	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_017360	TTAAAA	2	12	999478	999489	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017360	TTTAAA	2	12	1032582	1032593	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017360	TTACAA	2	12	1057744	1057755	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017360	TTGTTT	2	12	1087141	1087152	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017360	TCTTTA	2	12	1087313	1087324	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_017360	ATTAAA	2	12	1095835	1095846	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017360	TGCGTG	2	12	1103745	1103756	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_017360	AAAAAG	2	12	1118078	1118089	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017360	AAAAAG	2	12	1118252	1118263	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017360	AAAGAA	2	12	1118374	1118385	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017360	ATTGAA	2	12	1148913	1148924	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017360	AAATTT	2	12	1166293	1166304	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017360	CTCTCG	2	12	1193533	1193544	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
77	NC_017360	TTTTCT	2	12	1195787	1195798	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017360	TTTTTC	2	12	1197231	1197242	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_017360	TATGGG	2	12	1198881	1198892	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017360	AACTTG	2	12	1221565	1221576	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_017360	ATGGTT	2	12	1222580	1222591	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017360	TTTTAA	2	12	1262417	1262428	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017360	AATACC	2	12	1340588	1340599	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017360	AACAAA	3	18	1340719	1340736	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017360	AACGCT	2	12	1344311	1344322	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_017360	ATCCTT	2	12	1392638	1392649	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_017360	TTGTAT	2	12	1395059	1395070	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017360	ACTTAA	2	12	1412024	1412035	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_017360	AAACTT	2	12	1435622	1435633	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_017360	GTAAGC	2	12	1446219	1446230	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_017360	ATTTTT	2	12	1466432	1466443	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017360	TAAAAA	2	12	1494535	1494546	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017360	AGTTTT	2	12	1556964	1556975	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017360	AACTTG	2	12	1563947	1563958	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_017360	ATGGTT	2	12	1564962	1564973	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.