MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori 35A chromosome

Total Repeats: 214

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017360	AAAGA	2	10	70	79	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017360	TATCG	2	10	112	121	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017360	TTTTA	2	10	13115	13124	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017360	CACGA	2	10	27657	27666	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_017360	TTACC	2	10	28455	28464	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017360	AAAGA	2	10	28968	28977	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017360	TAAGC	2	10	40226	40235	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017360	TATAT	2	10	56508	56517	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017360	ATGAA	2	10	59465	59474	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017360	ATTTT	2	10	59636	59645	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017360	TGCTT	2	10	61706	61715	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017360	GGATT	2	10	61749	61758	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017360	TTTTC	2	10	61970	61979	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017360	ATAAA	2	10	80319	80328	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017360	TTATT	2	10	85363	85372	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017360	GCAAC	2	10	87622	87631	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_017360	AGTCT	2	10	88628	88637	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017360	TAATA	2	10	96039	96048	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017360	AGTTT	2	10	103031	103040	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017360	GATAA	2	10	116547	116556	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017360	GCTTG	2	10	118428	118437	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017360	TATAA	2	10	129746	129755	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017360	AAAAG	3	15	141634	141648	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017360	AATCA	2	10	149355	149364	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017360	TTTTG	2	10	198313	198322	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017360	ATAAA	2	10	198408	198417	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017360	TTTTA	2	10	201438	201447	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017360	ATTTA	2	10	201670	201679	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017360	AGTTT	2	10	202076	202085	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017360	TAAAA	3	15	203072	203086	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017360	TTAAA	2	10	203501	203510	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017360	TTTTA	2	10	209507	209516	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017360	ATTTT	2	10	212176	212185	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017360	AAGAA	2	10	212237	212246	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017360	GCTTT	2	10	218223	218232	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017360	AAATC	2	10	230499	230508	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017360	AAATT	2	10	234773	234782	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017360	CTTAT	2	10	262570	262579	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017360	GCCAA	2	10	262583	262592	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_017360	TGCCT	2	10	262693	262702	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_017360	AGTTT	2	10	280515	280524	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017360	TTAAA	2	10	280541	280550	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017360	CAAAG	2	10	280559	280568	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017360	AAAGA	2	10	281161	281170	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017360	TATCC	2	10	281706	281715	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_017360	TCATA	2	10	282260	282269	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017360	GGTGG	2	10	285966	285975	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017360	TTTTA	2	10	293762	293771	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017360	TTACA	2	10	295647	295656	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017360	CAAGC	2	10	298511	298520	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_017360	CAAAC	2	10	298593	298602	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_017360	TAAGA	2	10	309691	309700	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017360	TAAAA	2	10	309762	309771	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017360	TTAAG	2	10	314740	314749	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017360	ACAAA	2	10	321852	321861	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017360	AAAAG	2	10	326061	326070	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017360	ATTAA	2	10	335103	335112	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017360	TCTTG	2	10	343339	343348	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017360	TTTTG	2	10	343392	343401	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017360	AAATT	2	10	350090	350099	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017360	TAGGG	2	10	352684	352693	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017360	ATCTA	2	10	359234	359243	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017360	ATGTA	2	10	359982	359991	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017360	TGGTT	2	10	360937	360946	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017360	CTTTT	2	10	361206	361215	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017360	AAATT	2	10	390751	390760	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017360	CAAAA	2	10	392140	392149	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017360	TTTCT	2	10	405486	405495	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017360	AAATC	2	10	405843	405852	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017360	CAAAA	2	10	405861	405870	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017360	TTTAA	2	10	408890	408899	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017360	AATGA	2	10	424623	424632	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017360	TACCT	2	10	432827	432836	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_017360	AAACA	2	10	432874	432883	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017360	TGCTA	2	10	439759	439768	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017360	TTGGT	2	10	439998	440007	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017360	AAGCG	2	10	451530	451539	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_017360	AAACC	2	10	451934	451943	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
79	NC_017360	AAATT	2	10	476557	476566	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017360	CCTTG	2	10	481473	481482	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_017360	AAAAT	2	10	481752	481761	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017360	ATCGT	2	10	482062	482071	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017360	CTCTT	2	10	490420	490429	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
84	NC_017360	AAATA	2	10	502561	502570	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017360	GTTTT	2	10	508180	508189	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017360	GGTTT	2	10	518104	518113	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017360	TTATA	2	10	544530	544539	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017360	TCAAA	2	10	561026	561035	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017360	ATCAC	2	10	599932	599941	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_017360	AAAGG	2	10	641166	641175	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017360	TTAAT	2	10	642776	642785	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017360	CTATT	2	10	647608	647617	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017360	ATAAA	2	10	652919	652928	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017360	AAAAT	2	10	652953	652962	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017360	GTTTT	2	10	661007	661016	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017360	AAAGC	2	10	666085	666094	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017360	TAACA	2	10	673689	673698	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017360	TACAA	2	10	673701	673710	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017360	AATAA	2	10	675078	675087	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017360	TAAAA	2	10	675172	675181	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017360	AAAAT	2	10	679715	679724	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017360	AAAAT	2	10	700128	700137	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017360	TTAAA	2	10	704754	704763	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017360	TAAAA	2	10	723850	723859	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017360	TAAAA	2	10	730038	730047	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017360	TTTAA	2	10	738465	738474	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017360	AAATA	2	10	738749	738758	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017360	AAAGG	2	10	764510	764519	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017360	AAAGC	2	10	765625	765634	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017360	ATAAA	2	10	788389	788398	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017360	AATAA	2	10	790951	790960	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017360	AATTT	2	10	792962	792971	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017360	TAAAA	2	10	797618	797627	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017360	TGGTA	2	10	804756	804765	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017360	GTTAT	2	10	807029	807038	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017360	AAAGA	2	10	814412	814421	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017360	CAACA	2	10	838297	838306	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_017360	TAGAA	2	10	839032	839041	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017360	ATTTA	2	10	849441	849450	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017360	TACTA	2	10	849460	849469	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017360	TAAAT	2	10	851679	851688	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017360	TTTAA	2	10	857411	857420	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017360	TTGAT	2	10	859844	859853	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017360	GTTTT	2	10	883144	883153	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017360	TTAAT	2	10	886351	886360	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017360	AAACA	2	10	891034	891043	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017360	CTTTT	2	10	892138	892147	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_017360	TGTTT	2	10	904519	904528	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017360	GATTT	2	10	904539	904548	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017360	GCTTT	2	10	904958	904967	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017360	AATCT	2	10	923192	923201	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017360	ATTAA	2	10	937739	937748	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017360	TGGTA	2	10	938331	938340	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017360	AGTCA	2	10	945559	945568	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017360	TTAAA	2	10	961504	961513	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017360	GAAAA	2	10	964588	964597	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017360	CAAAT	2	10	986521	986530	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017360	AAGCG	2	10	992556	992565	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017360	CCTTA	2	10	992668	992677	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
140	NC_017360	TACAA	2	10	1028425	1028434	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017360	ATAGC	2	10	1032674	1032683	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_017360	ATTAA	2	10	1034165	1034174	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017360	TATTT	2	10	1052279	1052288	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017360	TTAAA	2	10	1055226	1055235	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017360	TTGAA	2	10	1081116	1081125	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017360	AGCCT	2	10	1086639	1086648	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
147	NC_017360	AGTTA	2	10	1095977	1095986	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017360	AAATG	2	10	1100375	1100384	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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151	NC_017360	TCGTA	2	10	1123902	1123911	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
152	NC_017360	TAAAA	2	10	1127438	1127447	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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165	NC_017360	AAAAT	2	10	1244993	1245002	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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167	NC_017360	TAAAA	2	10	1277437	1277446	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_017360	CTAGA	2	10	1409982	1409991	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
193	NC_017360	CCTCC	2	10	1412227	1412236	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
194	NC_017360	TAATA	2	10	1414326	1414335	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_017360	AGTCT	2	10	1418412	1418421	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
196	NC_017360	ATTTA	2	10	1420256	1420265	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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198	NC_017360	ATGAG	2	10	1440689	1440698	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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207	NC_017360	TTATG	2	10	1559456	1559465	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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210	NC_017360	ATTTT	2	10	1559513	1559522	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
211	NC_017360	TTCAA	2	10	1561747	1561756	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
212	NC_017360	CTCAT	2	10	1561977	1561986	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
213	NC_017360	TCACT	2	10	1563456	1563465	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
214	NC_017360	TACTT	2	10	1563754	1563763	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.